TY - JOUR AU - Plessy, C. AU - Bertin, N. AU - Takahashi, H. AU - Simone, R. AU - Salimullah, M. AU - Lassmann, T. AU - Vitezic, M. AU - Severin, J. AU - Olivarius, S. AU - Lazarevic, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1470 DO - 10.1038/nmeth.1470 ID - Plessy2010 ER - TY - JOUR AU - Salimullah, M. AU - Sakai, M. AU - Plessy, C. AU - Carninci, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - NanoCAGE: a high-resolution technique to discover and interrogate cell transcriptomes JO - Cold Spring Harb Protoc VL - 2011 UR - https://doi.org/10.1101/pdb.prot5559 DO - 10.1101/pdb.prot5559 ID - Salimullah2011 ER - TY - JOUR AU - Tang, D. T. AU - Plessy, C. AU - Salimullah, M. AU - Suzuki, A. M. AU - Calligaris, R. AU - Gustincich, S. AU - Carninci, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Suppression of artifacts and barcode bias in high-throughput transcriptome analyses utilizing template switching JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1128 DO - 10.1093/nar/gks1128 ID - Tang2012 ER - TY - JOUR AU - Fan, J. B. AU - Chen, J. AU - April, C. S. AU - Fisher, J. S. AU - Klotzle, B. AU - Bibikova, M. AU - Kaper, F. AU - Ronaghi, M. AU - Linnarsson, S. AU - Ota, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Highly parallel genome-wide expression analysis of single mammalian cells JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030794 DO - 10.1371/journal.pone.0030794 ID - Fan2012 ER - TY - JOUR AU - Islam, S. AU - Kjallquist, U. AU - Moliner, A. AU - Zajac, P. AU - Fan, J. B. AU - Lonnerberg, P. AU - Linnarsson, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Highly multiplexed and strand-specific single-cell RNA 5' end sequencing JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.022 DO - 10.1038/nprot.2012.022 ID - Islam2012 ER - TY - JOUR AU - Ramskold, D. AU - Luo, S. AU - Wang, Y. C. AU - Li, R. AU - Deng, Q. AU - Faridani, O. R. AU - Daniels, G. A. AU - Khrebtukova, I. AU - Loring, J. F. AU - Laurent, L. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells JO - Nat biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2282 DO - 10.1038/nbt.2282 ID - Ramskold2012 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. Y. AU - Machleder, E. M. AU - Chenchik, A. AU - Li, R. AU - Siebert, P. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction JO - Biotechniques VL - 30 ID - Zhu2001 ER - TY - JOUR AU - Pinto, F. L. AU - Lindblad, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - A guide for in-house design of template-switch-based 5' rapid amplification of cDNA ends systems JO - Anal Biochem VL - 397 UR - https://doi.org/10.1016/j.ab.2009.10.022 DO - 10.1016/j.ab.2009.10.022 ID - Pinto2010 ER - TY - JOUR AU - Cloonan, N. AU - Forrest, A. R. AU - Kolle, G. AU - Gardiner, B. B. AU - Faulkner, G. J. AU - Brown, M. K. AU - Taylor, D. F. AU - Steptoe, A. L. AU - Wani, S. AU - Bethel, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1223 DO - 10.1038/nmeth.1223 ID - Cloonan2008 ER - TY - BOOK AU - Chenchik, A. AU - Zhu, Y. AU - Diatchenko, L. AU - Siebert, P. PY - 1997 DA - 1997// TI - Methods and compositions for full-length cDNA Cloning using a template-switching oligonucleotide ID - Chenchik1997 ER - TY - JOUR AU - Jepsen, J. S. AU - Sorensen, M. D. AU - Wengel, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Locked nucleic acid: a potent nucleic acid analog in therapeutics and biotechnology JO - Oligonucleotides VL - 14 UR - https://doi.org/10.1089/1545457041526317 DO - 10.1089/1545457041526317 ID - Jepsen2004 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Lassmann, T. AU - Hayashizaki, Y. AU - Daub, C. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - TagDust–a program to eliminate artifacts from next generation sequencing data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp527 DO - 10.1093/bioinformatics/btp527 ID - Lassmann2009 ER - TY - JOUR AU - Ouhammouch, M. AU - Brody, E. N. PY - 1992 DA - 1992// TI - Temperature-dependent template switching during in vitro cDNA synthesis by the AMV-reverse transcriptase JO - Nucleic Acids Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/nar/20.20.5443 DO - 10.1093/nar/20.20.5443 ID - Ouhammouch1992 ER - TY - JOUR AU - Natsume, T. AU - Ishikawa, Y. AU - Dedachi, K. AU - Tsukamoto, T. AU - Kurita, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hybridization energies of double strands composed of DNA, RNA, PNA and LNA JO - Chem physics letters VL - 434 UR - https://doi.org/10.1016/j.cplett.2006.12.017 DO - 10.1016/j.cplett.2006.12.017 ID - Natsume2007 ER - TY - JOUR AU - Hirzmann, J. AU - Luo, D. AU - Hahnen, J. AU - Hobom, G. PY - 1993 DA - 1993// TI - Determination of messenger RNA 5'-ends by reverse transcription of the cap structure JO - Nucleic Acids Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/nar/21.15.3597 DO - 10.1093/nar/21.15.3597 ID - Hirzmann1993 ER - TY - JOUR AU - Ohtake, H. AU - Ohtoko, K. AU - Ishimaru, Y. AU - Kato, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Determination of the capped site sequence of mRNA based on the detection of cap-dependent nucleotide addition using an anchor ligation method JO - DNA Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/11.4.305 DO - 10.1093/dnares/11.4.305 ID - Ohtake2004 ER - TY - JOUR AU - Lavie, L. AU - Maldener, E. AU - Brouha, B. AU - Meese, E. U. AU - Mayer, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The human L1 promoter: variable transcription initiation sites and a major impact of upstream flanking sequence on promoter activity JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2745804 DO - 10.1101/gr.2745804 ID - Lavie2004 ER - TY - JOUR AU - Oz-Gleenberg, I. AU - Herzig, E. AU - Hizi, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Template-independent DNA synthesis activity associated with the reverse transcriptase of the long terminal repeat retrotransposon Tf1 JO - Febs J VL - 279 UR - https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2011.08406.x DO - 10.1111/j.1742-4658.2011.08406.x ID - Oz-Gleenberg2012 ER - TY - JOUR AU - Mohr, S. AU - Ghanem, E. AU - Smith, W. AU - Sheeter, D. AU - Qin, Y. AU - King, O. AU - Polioudakis, D. AU - Iyer, V. R. AU - Hunicke-Smith, S. AU - Swamy, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Thermostable group II intron reverse transcriptase fusion proteins and their use in cDNA synthesis and next-generation RNA sequencing JO - Rna VL - 19 UR - https://doi.org/10.1261/rna.039743.113 DO - 10.1261/rna.039743.113 ID - Mohr2013 ER - TY - JOUR AU - Konig, J. AU - Zarnack, K. AU - Rot, G. AU - Curk, T. AU - Kayikci, M. AU - Zupan, B. AU - Turner, D. J. AU - Luscombe, N. M. AU - Ule, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution JO - Nat Struct Mol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1838 DO - 10.1038/nsmb.1838 ID - Konig2010 ER - TY - JOUR AU - Kivioja, T. AU - Vaharautio, A. AU - Karlsson, K. AU - Bonke, M. AU - Enge, M. AU - Linnarsson, S. AU - Taipale, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1778 DO - 10.1038/nmeth.1778 ID - Kivioja2012 ER - TY - JOUR AU - Moller, S. AU - Krabbenhoft, H. N. AU - Tille, A. AU - Paleino, D. AU - Williams, A. AU - Wolstencroft, K. AU - Goble, C. AU - Holland, R. AU - Belhachemi, D. AU - Plessy, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Community-driven computational biology with Debian Linux JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-S12-S5 DO - 10.1186/1471-2105-11-S12-S5 ID - Moller2010 ER - TY - JOUR AU - Myers, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - A fast bit-vector algorithm for approximate string matching based on dynamic programming JO - J ACM VL - 46 UR - https://doi.org/10.1145/316542.316550 DO - 10.1145/316542.316550 ID - Myers1999 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, H. AU - Forrest, A. R. AU - van Nimwegen, E. AU - Daub, C. O. AU - Balwierz, P. J. AU - Irvine, K. M. AU - Lassmann, T. AU - Ravasi, T. AU - Hasegawa, Y. AU - de Hoon, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line JO - Nat gene VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.375 DO - 10.1038/ng.375 ID - Suzuki2009 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER -