TY - JOUR AU - Horner, D. S. AU - Pavesi, G. AU - Castrignanò, T. AU - De Meo, P. D. AU - Liuni, S. AU - Sammeth, M. AU - Picardi, E. AU - Pesole, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bioinformatics approaches for genomics and post genomics applications of next-generation sequencing JO - Brief Bioinform VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbp046 DO - 10.1093/bib/bbp046 ID - Horner2010 ER - TY - JOUR AU - Shendure, J. AU - Aiden, E. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - The expanding scope of DNA sequencing JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2421 DO - 10.1038/nbt.2421 ID - Shendure2012 ER - TY - JOUR AU - Shokralla, S. AU - Spall, J. L. AU - Gibson, J. F. AU - Hajibabaei, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Next-generation sequencing technologies for environmental DNA research JO - Mol Ecol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2012.05538.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2012.05538.x ID - Shokralla2012 ER - TY - JOUR AU - Simon, C. AU - Daniel, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Achievements and new knowledge unraveled by metagenomic approaches JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-009-2233-z DO - 10.1007/s00253-009-2233-z ID - Simon2009 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Forrest, A. R. AU - Carninci, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Whole genome transcriptome analysis JO - RNA Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/rna.6.2.7931 DO - 10.4161/rna.6.2.7931 ID - Forrest2009 ER - TY - JOUR AU - Dong, L. AU - Jensen, R. V. AU - De Rienzo, A. AU - Gordon, G. J. AU - Xu, Y. AU - Sugarbaker, D. J. AU - Bueno, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differentially expressed alternatively spliced genes in Malignant Pleural Mesothelioma identified using massively parallel transcriptome sequencing JO - BMC Medical Genetics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2350-10-149 DO - 10.1186/1471-2350-10-149 ID - Dong2009 ER - TY - JOUR AU - Sajnani, M. R. AU - Patel, A. K. AU - Bhatt, V. D. AU - Tripathi, A. K. AU - Ahir, V. B. AU - Shankar, V. AU - Shah, S. AU - Shah, T. M. AU - Koringa, P. G. AU - Jakhesara, S. J. AU - Joshi, C. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of novel transcripts deregulated in buccal cancer by RNA-seq JO - Gene VL - 507 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2012.07.036 DO - 10.1016/j.gene.2012.07.036 ID - Sajnani2012 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Li, Y. AU - Li, S. AU - Hu, N. AU - He, Y. AU - Pong, R. AU - Lin, D. AU - Lu, L. AU - Law, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparison of next-generation sequencing systems JO - J. Biomed. Biotechnol VL - 2012 ID - Liu2012 ER - TY - JOUR AU - Valletti, A. AU - Anselmo, A. AU - Mangiulli, M. AU - Boria, I. AU - Mignone, F. AU - Merla, G. AU - D'Angelo, V. AU - Tullo, A. AU - Sbisà, E. AU - D'Erchia, A. M. AU - Pesole, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation JO - Mol Cancer VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1476-4598-9-230 DO - 10.1186/1476-4598-9-230 ID - Valletti2010 ER - TY - JOUR AU - Ramsköld, D. AU - Kavak, E. AU - Sandberg, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - How to analyze gene expression using RNA-sequencing data JO - Methods Mol Biol VL - 802 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-400-1_17 DO - 10.1007/978-1-61779-400-1_17 ID - Ramsköld2012 ER - TY - JOUR AU - Yang, K. C. AU - Ku, Y. C. AU - Lovett, M. AU - Nerbonne, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Combined deep microRNA and mRNA sequencing identifies protective transcriptomal signature of enhanced PI3Kα signaling in cardiac hypertrophy JO - Journal of Molecular and Cellular Cardiology VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/j.yjmcc.2012.04.012 DO - 10.1016/j.yjmcc.2012.04.012 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Yu, Z. B. AU - Han, S. P. AU - Bai, Y. F. AU - Zhu, C. AU - Pan, Y. AU - Guo, X. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - microRNA expression profiling in fetal single ventricle malformation identified by deep sequencing JO - Int J Mol Med VL - 29 ID - Yu2012 ER - TY - JOUR AU - Gasparre, G. AU - Kurelac, I. AU - Capristo, M. AU - Iommarini, L. AU - Ghelli, A. AU - Ceccarelli, C. AU - Nicoletti, G. AU - Nanni, P. AU - De Giovanni, C. AU - Scotlandi, K. AU - Betts, C. M. AU - Carelli, V. AU - Lollini, P. L. AU - Romeo, G. AU - Rugolo, M. AU - Porcelli, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A mutation threshold distinguishes the antitumorigenic effects of the mitochondrial gene MTND1, an oncojanus function JO - Cancer Res VL - 71 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-11-1042 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-11-1042 ID - Gasparre2011 ER - TY - JOUR AU - Dean, F. B. AU - Nelson, J. R. AU - Giesler, T. L. AU - Lasken, R. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Rapid amplification of plasmid and phage DNA using Phi 29 DNA polymerase and multiply-primed rolling circle amplification JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.180501 DO - 10.1101/gr.180501 ID - Dean2001 ER - TY - JOUR AU - Rodríguez, I. AU - Lázaro, J. M. AU - Blanco, L. AU - Kamtekar, S. AU - Berman, A. J. AU - Wang, J. AU - Steitz, T. A. AU - Salas, M. AU - de Vega, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - A specific subdomain in φ29 DNA polymerase confers both processivity and strand-displacement capacity JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0500597102 DO - 10.1073/pnas.0500597102 ID - Rodríguez2005 ER - TY - JOUR AU - Paez, J. G. AU - Lin, M. AU - Beroukhim, R. AU - Lee, J. C. AU - Zhao, X. AU - Richter, D. J. AU - Gabriel, S. AU - Herman, P. AU - Sasaki, H. AU - Altshuler, D. AU - Li, C. AU - Meyerson, M. AU - Sellers, W. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome coverage and sequence fidelity of ϕ29 polymerase-based multiple strand displacement whole genome amplification JO - Nucleic Acids Research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh069 DO - 10.1093/nar/gnh069 ID - Paez2004 ER - TY - JOUR AU - Marzluff, W. F. AU - Wagner, E. J. AU - Duronio, R. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Metabolism and regulation of canonical histone mRNAs: life without a poly(A) tail JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2438 DO - 10.1038/nrg2438 ID - Marzluff2008 ER - TY - JOUR AU - Smibert, P. AU - Miura, P. AU - Westholm, J. O. AU - Shenker, S. AU - May, G. AU - Duff, M. O. AU - Zhang, D. AU - Eads, B. D. AU - Carlson, J. AU - Brown, J. B. AU - Eisman, R. C. AU - Andrews, J. AU - Kaufman, T. AU - Cherbas, P. AU - Celniker, S. E. AU - Graveley, B. R. AU - Lai, E. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Global patterns of tissue-specific alternative polyadenylation in Drosophila JO - Cell Rep VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2012.01.001 DO - 10.1016/j.celrep.2012.01.001 ID - Smibert2012 ER - TY - JOUR AU - Klevebring, D. AU - Fagerberg, L. AU - Lundberg, E. AU - Emanuelsson, O. AU - Uhlén, M. AU - Lundeberg, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of transcript and protein overlap in a human osteosarcoma cell line JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-684 DO - 10.1186/1471-2164-11-684 ID - Klevebring2010 ER - TY - JOUR AU - Cheng, Z. F. AU - Deutscher, M. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - An important role for RNase R in mRNA decay JO - Mol Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.11.048 DO - 10.1016/j.molcel.2004.11.048 ID - Cheng2005 ER - TY - JOUR AU - Wu, Q. AU - Kim, Y. C. AU - Lu, J. AU - Xuan, Z. AU - Chen, J. AU - Zheng, Y. AU - Zhou, T. AU - Zhang, M. Q. AU - Wu, C. I. AU - Wang, S. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Poly A- transcripts expressed in HeLa cells JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002803 DO - 10.1371/journal.pone.0002803 ID - Wu2008 ER - TY - JOUR AU - Kriesel, J. D. AU - Hobbs, M. R. AU - Jones, B. B. AU - Milash, B. AU - Nagra, R. M. AU - Fischer, K. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Deep Sequencing for the Detection of Virus-Like Sequences in the Brains of Patients with Multiple Sclerosis: Detection of GBV-C in Human Brain JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031886 DO - 10.1371/journal.pone.0031886 ID - Kriesel2012 ER - TY - JOUR AU - Bonora, E. AU - Porcelli, A. M. AU - Gasparre, G. AU - Biondi, A. AU - Ghelli, A. AU - Carelli, V. AU - Baracca, A. AU - Tallini, G. AU - Martinuzzi, A. AU - Lenaz, G. AU - Rugolo, M. AU - Romeo, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Defective oxidative phosphorylation in thyroid oncocytic carcinoma is associated with pathogenic mitochondrial DNA mutations affecting complexes I and III JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-0171 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-0171 ID - Bonora2006 ER - TY - JOUR AU - Porcelli, A. M. AU - Ghelli, A. AU - Ceccarelli, C. AU - Lang, M. AU - Cenacchi, G. AU - Capristo, M. AU - Pennisi, L. F. AU - Morra, I. AU - Ciccarelli, E. AU - Melcarne, A. AU - Bartoletti-Stella, A. AU - Salfi, N. AU - Tallini, G. AU - Martinuzzi, A. AU - Carelli, V. AU - Attimonelli, M. AU - Rugolo, M. AU - Romeo, G. AU - Gasparre, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - The genetic and metabolic signature of oncocytic transformation implicates HIF1alpha destabilization JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddp566 DO - 10.1093/hmg/ddp566 ID - Porcelli2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, K. AU - Martiny, A. C. AU - Reppas, N. B. AU - Barry, K. W. AU - Malek, J. AU - Chisholm, S. W. AU - Church, G. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Sequencing genomes from single cells by polymerase cloning JO - Nature Biotechnology VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1214 DO - 10.1038/nbt1214 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Lasken, R. S. AU - Stockwell, T. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mechanism of chimera formation during the Multiple Displacement Amplification reaction JO - BMC Biotechnol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6750-7-19 DO - 10.1186/1472-6750-7-19 ID - Lasken2007 ER - TY - JOUR AU - Richter, D. C. AU - Ott, F. AU - Auch, A. F. AU - Schmid, R. AU - Huson, D. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - MetaSim: a sequencing simulator for genomics and metagenomics JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003373 DO - 10.1371/journal.pone.0003373 ID - Richter2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, T. D. AU - Watanabe, C. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti310 DO - 10.1093/bioinformatics/bti310 ID - Wu2005 ER - TY - JOUR AU - Kozarewa, I. AU - Ning, Z. AU - Quail, M. A. AU - Sanders, M. J. AU - Berriman, M. AU - Turner, D. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Amplification-free Illumina sequencing-library preparation facilitates improved mapping and assembly of GC-biased genomes JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1311 DO - 10.1038/nmeth.1311 ID - Kozarewa2009 ER - TY - STD TI - Boria I, Boatti L, Pesole G, Mignone F: NGS Trex – Next Generation Sequences Transcriptome profile explorer. BMC Bioinformatics, in press. BMC Bioinformatics, in press ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-seq JO - Nature Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Rozen, S. AU - Skaletsky, H. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers JO - Methods Mol Biol VL - 132 ID - Rozen2000 ER - TY - JOUR AU - Zuker, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg595 DO - 10.1093/nar/gkg595 ID - Zuker2003 ER -