TY - JOUR AU - Kim, M. Y. AU - Lee, S. AU - Van, K. AU - Kim, T. H. AU - Jeong, S. C. AU - Choi, I. Y. AU - Kim, D. S. AU - Lee, Y. S. AU - Park, D. AU - Ma, J. AU - Kim, W. Y. AU - Kim, B. C. AU - Park, S. AU - Lee, K. A. AU - Kim, D. H. AU - Kim, K. H. AU - Shin, J. H. AU - Jang, Y. E. AU - Kim, K. D. AU - Liu, W. X. AU - Chaisan, T. AU - Kang, Y. J. AU - Lee, Y. H. AU - Kim, K. H. AU - Moon, J. K. AU - Schmutz, J. AU - Jackson, S. A. AU - Bhak, J. AU - Lee, S. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Whole-genome sequencing and intensive analysis of the undomesticated soybean (Glycine soja Sieb. and Zucc.) genome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1009526107 DO - 10.1073/pnas.1009526107 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Schmutz, J. AU - Cannon, S. B. AU - Schlueter, J. AU - Ma, J. AU - Mitros, T. AU - Nelson, W. AU - Hyten, D. L. AU - Song, Q. AU - Thelen, J. J. AU - Cheng, J. AU - Xu, D. AU - Hellsten, U. AU - May, G. D. AU - Yu, Y. AU - Sakurai, T. AU - Umezawa, T. AU - Bhattacharyya, M. K. AU - Sandhu, D. AU - Valliyodan, B. AU - Lindquist, E. AU - Peto, M. AU - Grant, D. AU - Shu, S. AU - Goodstein, D. AU - Barry, K. AU - Futrell-Griggs, M. AU - Abernathy, B. AU - Du, J. AU - Tian, Z. AU - Zhu, L. AU - Gill, N. AU - Joshi, T. AU - Libault, M. AU - Sethuraman, A. AU - Zhang, X. C. AU - Shinozaki, K. AU - Nguyen, H. T. AU - Wing, R. A. AU - Cregan, P. AU - Specht, J. AU - Grimwood, J. AU - Rokhsar, D. AU - Stacey, G. AU - Shoemaker, R. C. AU - Jackson, S. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome sequence of the palaeopolyploid soybean JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08670 DO - 10.1038/nature08670 ID - Schmutz2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, B. AU - Fujita, T. AU - Yan, Z. H. AU - Sakamoto, S. AU - Xu, D. AU - Abe, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - QTL mapping of domestication-related traits in soybean (Glycine max) JO - Ann Bot VL - 100 UR - https://doi.org/10.1093/aob/mcm149 DO - 10.1093/aob/mcm149 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. K. AU - Wang, Y. J. AU - Luo, G. Z. AU - Zhang, J. S. AU - He, C. Y. AU - Wu, X. L. AU - Gai, J. Y. AU - Chen, S. Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - QTL mapping of ten agronomic traits on the soybean (Glycine max L. Merr.) genetic map and their association with EST markers JO - Theor Appl Genet VL - 108 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-003-1527-2 DO - 10.1007/s00122-003-1527-2 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Kang, S. T. AU - Kwak, M. AU - Kim, H. K. AU - Choung, M. G. AU - Han, W. Y. AU - Baek, I. Y. AU - Kim, M. Y. AU - Van, K. AU - Lee, S. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Population-specific QTLs and their different epistatic interactions for pod dehiscence in soybean (Glycine max (L.) Merr.) JO - Euphytica VL - 166 UR - https://doi.org/10.1007/s10681-008-9810-6 DO - 10.1007/s10681-008-9810-6 ID - Kang2009 ER - TY - STD TI - Carter TE, Nelson R, Sneller CH, Cui Z: Genetic diversity in soybean. Soybeans: Improvement, Production and Uses. Edited by: Boerma HR, Specht JE. American Society of Agronomy, Madison, WI, 303-416. ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Tanksley, S. D. AU - McCouch, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Seed banks and molecular maps: unlocking genetic potential from the wild JO - Science VL - 277 UR - https://doi.org/10.1126/science.277.5329.1063 DO - 10.1126/science.277.5329.1063 ID - Tanksley1997 ER - TY - JOUR AU - Li, D. AU - Pfeiffer, T. W. AU - Cornelius, P. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Soybean QTL for yield and yield components associated with Glycine soja alleles JO - Crop Sci VL - 48 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2007.06.0361 DO - 10.2135/cropsci2007.06.0361 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Joshi, T. AU - Patil, K. AU - Fitzpatrick, M. R. AU - Franklin, L. D. AU - Yao, Q. AU - Cook, J. R. AU - Wang, Z. AU - Libault, M. AU - Brechenmacher, L. AU - Valliyodan, B. AU - Wu, X. AU - Cheng, J. AU - Stacey, G. AU - Nguyen, H. T. AU - Xu, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Soybean Knowledge Base (SoyKB): a web resource for soybean translational genomics JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-S1-S15 DO - 10.1186/1471-2164-13-S1-S15 ID - Joshi2012 ER - TY - STD TI - MAQ: [http://maq.sourceforge.net/maq-man.shtml] UR - http://maq.sourceforge.net/maq-man.shtml ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - STD TI - Phytozome: [http://www.phytozome.net/soybean] UR - http://www.phytozome.net/soybean ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Libault, M. AU - Joshi, T. AU - Valliyodan, B. AU - Nguyen, H. AU - Xu, D. AU - Stacey, G. AU - Cheng, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - SoyDB: A Knowledge Database of Soybean Transcription Factors JO - BMC Plant Biology VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-10-14 DO - 10.1186/1471-2229-10-14 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Nakamura, M. AU - Runko, A. P. AU - Sagerström, C. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - A novel subfamily of zinc finger genes involved in embryonic development JO - J Cell Biochem VL - 93 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.20255 DO - 10.1002/jcb.20255 ID - Nakamura2004 ER - TY - JOUR AU - Schmitz, G. AU - Theres, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Shoot and inflorescence branching JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2005.07.010 DO - 10.1016/j.pbi.2005.07.010 ID - Schmitz2005 ER - TY - JOUR AU - Huala, E. AU - Dickerman, A. AU - Garcia-Hernandez, M. AU - Weems, D. AU - Reiser, L. AU - LaFond, F. AU - Hanley, D. AU - Kiphart, D. AU - Zhuang, J. AU - Huang, W. AU - Mueller, L. AU - Bhattacharyya, D. AU - Bhaya, D. AU - Sobral, B. AU - Beavis, B. AU - Somerville, C. AU - Rhee, S. Y. PY - 2001 DA - 2001// TI - The Arabidopsis Information Resource (TAIR): A comprehensive database and web-based information retrieval, analysis, and visualization system for a model plant JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.102 DO - 10.1093/nar/29.1.102 ID - Huala2001 ER - TY - JOUR AU - Ramensky, V. AU - Bork, P. AU - Sunyaev, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Human non-synonymous SNPs: server and survey JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf493 DO - 10.1093/nar/gkf493 ID - Ramensky2002 ER - TY - JOUR AU - Ng, P. C. AU - Henikoff, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - SIFT: predicting amino acid changes that affect protein function JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg509 DO - 10.1093/nar/gkg509 ID - Ng2003 ER - TY - JOUR AU - Higo, K. AU - Ugawa, Y. AU - Iwamoto, M. AU - Korenaga, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - Plant cis-acting regulatory DNA elements (PLACE) database JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.297 DO - 10.1093/nar/27.1.297 ID - Higo1999 ER - TY - JOUR AU - Libault, M. AU - Farmer, A. AU - Joshi, T. AU - Takahashi, K. AU - Langley, R. J. AU - Franklin, L. D. AU - He, J. AU - Xu, D. AU - May, G. AU - Stacey, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - An integrated transcriptome atlas of the crop model Glycine max, and its use in comparative analyses in plants JO - Plant J VL - 63 ID - Libault2010 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - Pang, Y. AU - Wenger, J. P. AU - Saathoff, K. AU - Peel, G. J. AU - Wen, J. AU - Huhman, D. AU - Allen, S. N. AU - Tang, Y. AU - Cheng, X. AU - Tadege, M. AU - Ratet, P. AU - Mysore, K. S. AU - Sumner, L. W. AU - Marks, M. D. AU - Dixon, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A WD40 repeat protein from Medicago truncatula is necessary for tissue-specific anthocyanin and proanthocyanidin biosynthesis but not for trichome development JO - Plant Physiol VL - 151 UR - https://doi.org/10.1104/pp.109.144022 DO - 10.1104/pp.109.144022 ID - Pang2009 ER - TY - JOUR AU - Park, B. S. AU - Song, J. T. AU - Seo, H. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Arabidopsis nitrate reductase activity is stimulated by the E3 SUMO ligase AtSIZ1 JO - Nat Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1408 DO - 10.1038/ncomms1408 ID - Park2011 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Ren, Z. AU - Lu, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The phosphatidylcholine diacylglycerol cholinephosphotransferase is required for efficient hydroxy fatty acid accumulation in transgenic Arabidopsis JO - Plant Physiol VL - 158 UR - https://doi.org/10.1104/pp.111.192153 DO - 10.1104/pp.111.192153 ID - Hu2012 ER - TY - JOUR AU - Ravi, K. AU - Rip, J. W. AU - Carroll, K. K. PY - 1983 DA - 1983// TI - Characterization of dolichol and dolichyl phosphate phosphatase from soya beans (Glycine max) JO - Biochem J VL - 213 UR - https://doi.org/10.1042/bj2130513 DO - 10.1042/bj2130513 ID - Ravi1983 ER - TY - JOUR AU - Domergue, F. AU - Vishwanath, S. J. AU - Joubès, J. AU - Ono, J. AU - Lee, J. A. AU - Bourdon, M. AU - Alhattab, R. AU - Lowe, C. AU - Pascal, S. AU - Lessire, R. AU - Rowland, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition JO - Plant Physiol VL - 153 UR - https://doi.org/10.1104/pp.110.158238 DO - 10.1104/pp.110.158238 ID - Domergue2010 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. AU - Welti, R. AU - Roth, M. AU - Schapaugh, W. T. AU - Li, J. AU - Trick, H. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Enhanced seed viability and lipid compositional changes during natural ageing by suppressing phospholipase Dα in soybean seed JO - Plant Biotechnol J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2011.00650.x DO - 10.1111/j.1467-7652.2011.00650.x ID - Lee2012 ER - TY - JOUR AU - Zouhar, J. AU - Muñoz, A. AU - Rojo, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functional specialization within the vacuolar sorting receptor family: VSR1, VSR3 and VSR4 sort vacuolar storage cargo in seeds and vegetative tissues JO - Plant J VL - 64 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04349.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2010.04349.x ID - Zouhar2010 ER - TY - JOUR AU - Yutin, N. AU - Puigbò, P. AU - Koonin, E. V. AU - Wolf, Y. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phylogenomics of prokaryotic ribosomal proteins JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036972 DO - 10.1371/journal.pone.0036972 ID - Yutin2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, D. AU - Shan, S. O. PY - 2012 DA - 2012// TI - Translation elongation regulates substrate selection by the signal recognition particle JO - J Biol Chem VL - 287 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M111.325001 DO - 10.1074/jbc.M111.325001 ID - Zhang2012 ER - TY - JOUR AU - Moon Young, K. i. m. AU - Kyujung, V. a. n. AU - Yang Jae, K. a. n. g. AU - Kil Hyun, K. i. m. AU - Suk-Ha, L. e. e. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tracing soybean domestication history: From nucleotide to genome JO - Breed Sci VL - 61 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.61.445 DO - 10.1270/jsbbs.61.445 ID - Moon Young2012 ER -