TY - JOUR AU - Crump, J. A. AU - Mintz, E. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Global trends in typhoid and paratyphoid fever JO - Clin Infect Dis VL - 50 UR - https://doi.org/10.1086/649541 DO - 10.1086/649541 ID - Crump2010 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez-Escobedo, G. AU - Marshall, J. M. AU - Gunn, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chronic and acute infection of the gall bladder by Salmonella Typhi: understanding the carrier state JO - Nat Rev Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2490 DO - 10.1038/nrmicro2490 ID - Gonzalez-Escobedo2010 ER - TY - BOOK PY - 2006 DA - 2006// TI - Epidemiology of foodborne diseases in Malaysia PB - Director General Ministry of Health Malaysia Technical Report: Epidemiology of foodborne diseases in Malaysia CY - Putrajaya, Malaysia ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Holt, K. E. AU - Parkhill, J. AU - Mazzoni, C. J. AU - Roumagnac, P. AU - Weill, F. X. AU - Goodhead, I. AU - Rance, R. AU - Baker, S. AU - Maskell, D. J. AU - Wain, J. AU - Dolecek, C. AU - Achtman, M. AU - Dougan, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-throughput sequencing provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Typhi JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.195 DO - 10.1038/ng.195 ID - Holt2008 ER - TY - JOUR AU - Vaishnavi, C. AU - Kochhar, R. AU - Singh, G. AU - Kumar, S. AU - Singh, S. AU - Singh, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Epidemiology of typhoid carriers among blood donors and patients with biliary, gastrointestinal and other related diseases JO - Microbiol Immun VL - 49 UR - https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2005.tb03709.x DO - 10.1111/j.1348-0421.2005.tb03709.x ID - Vaishnavi2005 ER - TY - JOUR AU - Yap, K. P. AU - Teh, C. S. J. AU - Baddam, R. AU - Chai, L. C. AU - Kumar, N. AU - Avasthi, T. S. AU - Ahmed, N. AU - Thong, K. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Insights from the genome sequence of a Salmonella enterica serovar Typhi strain associated with a sporadic case of typhoid fever in Malaysia JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01062-12 DO - 10.1128/JB.01062-12 ID - Yap2012 ER - TY - JOUR AU - Achtman, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolution, population structure, and phylogeography of genetically monomorphic bacterial pathogens JO - Annu Rev Microbiol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.62.081307.162832 DO - 10.1146/annurev.micro.62.081307.162832 ID - Achtman2008 ER - TY - JOUR AU - Parry, C. M. AU - Hien, T. T. AU - Dougan, G. AU - White, N. J. AU - Farrar, J. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Typhoid fever JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra020201 DO - 10.1056/NEJMra020201 ID - Parry2002 ER - TY - JOUR AU - Thong, K. L. AU - Puthucheary, S. D. AU - Pang, T. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genome size variation among recent human isolates of Salmonella typhi JO - Res Microbiol VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/S0923-2508(97)85243-6 DO - 10.1016/S0923-2508(97)85243-6 ID - Thong1997 ER - TY - JOUR AU - Thong, K. L. AU - Passey, M. AU - Clegg, A. AU - Combs, B. G. AU - Yassin, R. M. AU - Pang, T. PY - 1996 DA - 1996// TI - Molecular analysis of isolates of Salmonella typhi obtained from patients with fatal and nonfatal typhoid fever JO - J Clin Microbiol VL - 34 ID - Thong1996 ER - TY - JOUR AU - Fraser-Liggett, C. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Insights on biology and evolution from microbial genome sequencing JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3724205 DO - 10.1101/gr.3724205 ID - Fraser-Liggett2005 ER - TY - JOUR AU - Dobrindt, U. AU - Hacker, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Whole genome plasticity in pathogenic bacteria JO - Curr Opin Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1369-5274(00)00250-2 DO - 10.1016/S1369-5274(00)00250-2 ID - Dobrindt2001 ER - TY - JOUR AU - Wren, B. W. PY - 2000 DA - 2000// TI - Microbial genome analysis: insights into virulence, host adaptation and evolution JO - Nature Rev VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/35049551 DO - 10.1038/35049551 ID - Wren2000 ER - TY - JOUR AU - Ahmed, N. AU - Dobrindt, U. AU - Hacker, J. AU - Hasnain, S. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic fluidity and pathogenic bacteria: applications in diagnostics, epidemiology and intervention JO - Nature Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1889 DO - 10.1038/nrmicro1889 ID - Ahmed2008 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, J. G. AU - Ochman, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Reconciling the many faces of lateral gene transfer JO - Trends Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S0966-842X(01)02282-X DO - 10.1016/S0966-842X(01)02282-X ID - Lawrence2002 ER - TY - JOUR AU - Medini, D. AU - Donati, C. AU - Tettelin, H. AU - Masignani, V. AU - Rappuoli, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The microbial pan-genome JO - Curr Opin Genet Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2005.09.006 DO - 10.1016/j.gde.2005.09.006 ID - Medini2005 ER - TY - JOUR AU - Baddam, R. AU - Kumar, N. AU - Thong, K. L. AU - Ngoi, S. T. AU - Teh, C. S. AU - Yap, K. P. AU - Chai, L. C. AU - Avasthi, T. S. AU - N. Ahmed, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genetic fine structure of a Salmonella enterica serovar Typhi strain associated with the 2005 outbreak of typhoid fever in Kelantan, Malaysia JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00581-12 DO - 10.1128/JB.00581-12 ID - Baddam2012 ER - TY - JOUR AU - Yap, K. P. AU - Gan, H. M. AU - Teh, C. S. J. AU - Baddam, R. AU - Chai, L. C. AU - Kumar, N. AU - Avasthi, T. S. AU - Ahmed, N. AU - Thong, K. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence and comparative pathogenomics analysis of a Salmonella enterica serovar Typhi strain associated with a typhoid carrier in Malaysia JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01416-12 DO - 10.1128/JB.01416-12 ID - Yap2012 ER - TY - JOUR AU - Kidgell, C. AU - Reichard, U. AU - Wain, J. AU - Linz, B. AU - Torpdahl, M. AU - Dougan, G. AU - Achtman, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Salmonella typhi, the causative agent of typhoid fever, is approximately 50,000 years old JO - Infect Genet Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1567-1348(02)00089-8 DO - 10.1016/S1567-1348(02)00089-8 ID - Kidgell2002 ER - TY - JOUR AU - Parkhill, J. AU - Dougan, G. AU - James, K. D. AU - Thomson, N. R. AU - Pickard, D. AU - Wain, J. AU - Churcher, C. AU - Mungall, K. L. AU - Bentley, S. D. AU - Holden, M. T. G. AU - Sebaihia, M. AU - Baker, S. AU - Basham, D. AU - Brooks, K. AU - Chillingworth, T. AU - Connerton, P. AU - Cronin, A. AU - Davis, P. AU - Davies, R. M. AU - Dowd, L. AU - White, N. AU - Farrar, J. AU - Feltwell, T. AU - Hamlin, N. AU - Haque, A. AU - Hien, T. T. AU - Holroyd, S. AU - Jagels, K. AU - Krogh, A. AU - Larsen, T. S. AU - Leather, S. AU - Moule, S. AU - Ó’Gaora, P. AU - Parry, C. AU - Quail, M. AU - Rutherford, K. AU - Simmonds, M. AU - Skelton, J. AU - Stevens, K. AU - Whitehead, S. AU - Barrell, B. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18 JO - Nature VL - 413 UR - https://doi.org/10.1038/35101607 DO - 10.1038/35101607 ID - Parkhill2001 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Liou, S. R. AU - Plunkett, G. AU - Mayhew, G. F. AU - Rose, D. J. AU - Burland, V. AU - Kodoyianni, V. AU - Schwartz, D. C. AU - Blattner, F. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi strains Ty2 and CT18 JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.7.2330-2337.2003 DO - 10.1128/JB.185.7.2330-2337.2003 ID - Deng2003 ER - TY - JOUR AU - Ong, S. Y. AU - Pratap, C. B. AU - Wan, X. AU - Hou, S. AU - Rahman, A. Y. A. AU - Saito, J. A. AU - Nath, G. AU - Alam, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi P-stx-12 JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00121-12 DO - 10.1128/JB.00121-12 ID - Ong2012 ER - TY - JOUR AU - Kingsley, R. A. AU - Msefula, C. L. AU - Thomson, N. R. AU - Kariuki, S. AU - Holt, K. E. AU - Gordon, M. A. AU - Harris, D. AU - Whitehead, S. AU - Sangal, V. AU - Marsh, K. AU - Achtman, M. AU - Molyneux, M. E. AU - Cormican, M. AU - Parkhill, J. AU - MacLennan, C. A. AU - Heyderman, R. S. AU - Dougan, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Epidemic multiple drug resistant Salmonella Typhimurium causing invasive disease in sub-saharan Africa have a distinct genotype JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.091017.109 DO - 10.1101/gr.091017.109 ID - Kingsley2009 ER - TY - JOUR AU - Schell, M. A. AU - Ulrich, R. L. AU - Ribot, W. J. AU - Brueggemann, E. E. AU - Hines, H. B. AU - Chen, D. AU - Lipscomb, L. AU - Kim, H. S. AU - Mrázek, J. AU - Nierman, W. C. AU - DeShazer, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Type VI secretion is a major virulence determinant in Burkholderia mallei JO - Mol Microbiol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05734.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2007.05734.x ID - Schell2007 ER - TY - JOUR AU - Pukatzki, S. AU - McAuley, S. B. AU - Miyata, S. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - The type VI secretion system: translocation of effectors and effector-domains JO - Curr Opin Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2008.11.010 DO - 10.1016/j.mib.2008.11.010 ID - Pukatzki2009 ER - TY - JOUR AU - Bingle, L. E. AU - Bailey, C. M. AU - Pallen, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Type VI secretion: a beginner’s guide JO - Curr Opin Microbiol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2008.01.006 DO - 10.1016/j.mib.2008.01.006 ID - Bingle2008 ER - TY - JOUR AU - Fernanda, D. P. AU - Paiva, J. B. AU - Nakazato, G. AU - Lancellotti, M. AU - Sircili, M. P. AU - Stehling, E. G. AU - Silveira, W. D. AU - Sperandio, V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization of IcmF of the type VI secretion system in an avian pathogenic Escherichia coli (APEC) strain JO - Microbiol VL - 157 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.050005-0 DO - 10.1099/mic.0.050005-0 ID - Fernanda2011 ER - TY - JOUR AU - Parsons, D. A. AU - Heffron, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - sciS, an icmF homolog in Salmonella enterica serovar Typhimurium, limits intracellular replication and decreases virulence JO - Infect Immun VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.73.7.4338-4345.2005 DO - 10.1128/IAI.73.7.4338-4345.2005 ID - Parsons2005 ER - TY - JOUR AU - Ochman, H. AU - Groisman, E. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Distribution of pathogenicity islands in Salmonella spp JO - Infect Immun VL - 64 ID - Ochman1996 ER - TY - JOUR AU - Faucher, S. P. AU - Viau, C. AU - Gros, P. P. AU - Daigle, F. AU - Moual, H. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The prpZ gene cluster encoding eukaryotic‒type Ser/Thr protein kinases and phosphatases is repressed by oxidative stress and involved in Salmonella enterica serovar Typhi survival in human macrophages JO - FEMS Microbiol Lett VL - 281 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2008.01094.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2008.01094.x ID - Faucher2008 ER - TY - JOUR AU - Schofield, M. J. AU - Hsieh, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - DNA MISMATCH REPAIR: molecular mechanisms and biological function JO - Annu Rev Microbiol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.57.030502.090847 DO - 10.1146/annurev.micro.57.030502.090847 ID - Schofield2003 ER - TY - JOUR AU - Bueno, S. M. AU - Santiviago, C. A. AU - Murillo, A. A. AU - Fuentes, J. A. AU - Trombert, A. N. AU - Rodas, P. I. AU - Youderian, P. AU - Mora, G. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Precise excision of the large pathogenicity island, SPI7, in Salmonella enterica serovar Typhi JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.10.3202-3213.2004 DO - 10.1128/JB.186.10.3202-3213.2004 ID - Bueno2004 ER - TY - JOUR AU - Roumagnac, P. AU - Weill, F. X. AU - Dolecek, C. AU - Baker, S. AU - Brisse, S. AU - Chinh, N. T. AU - Le, T. A. H. AU - Acosta, C. J. AU - Farrar, J. AU - Dougan, G. AU - Achtman, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolutionary history of Salmonella Typhi JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1134933 DO - 10.1126/science.1134933 ID - Roumagnac2006 ER - TY - JOUR AU - Viong, V. AU - Thong, K. L. AU - Yusof, M. Y. M. AU - Hanifah, Y. A. AU - Sam, J. I. C. AU - Hassan, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Macrorestriction analysis and antimicrobial susceptibility profiling of Salmonella enterica at a university teaching hospital, Kuala Lumpur JO - Jpn J Infect Dis VL - 63 ID - Viong2010 ER - TY - JOUR AU - Edwards, R. A. AU - Olsen, G. J. AU - Maloy, S. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparative genomics of closely related salmonellae JO - Trends Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S0966-842X(01)02293-4 DO - 10.1016/S0966-842X(01)02293-4 ID - Edwards2002 ER - TY - JOUR AU - Threlfall, E. J. AU - Torre, E. AU - Ward, L. R. AU - Dávalos-Pérez, A. AU - Rowe, B. AU - Gibert, I. PY - 1994 DA - 1994// TI - Insertion sequence IS200 fingerprinting of Salmonella typhi: an assessment of epidemiological applicability JO - Epidemiol Infect VL - 112 UR - https://doi.org/10.1017/S0950268800057666 DO - 10.1017/S0950268800057666 ID - Threlfall1994 ER - TY - JOUR AU - Ooka, T. AU - Ogura, Y. AU - Asadulghani, M. AU - Ohnishi, M. AU - Nakayama, K. AU - Terajima, J. AU - Watanabe, H. AU - Hayashi, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli O157 genomes JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.089615.108 DO - 10.1101/gr.089615.108 ID - Ooka2009 ER - TY - JOUR AU - Kusumoto, M. AU - Ooka, T. AU - Nishiya, Y. AU - Ogura, Y. AU - Saito, T. AU - Sekine, Y. AU - Iwata, T. AU - Akiba, M. AU - Hayashi, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Insertion sequence-excision enhancer removes transposable elements from bacterial genomes and induces various genomic deletions JO - Nat Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1152 DO - 10.1038/ncomms1152 ID - Kusumoto2011 ER - TY - JOUR AU - Casjens, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prophages and bacterial genomics: what have we learned so far? JO - Mol Microbiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03580.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03580.x ID - Casjens2003 ER - TY - JOUR AU - Barrangou, R. AU - Fremaux, C. AU - Deveau, H. AU - Richards, M. AU - Boyaval, P. AU - Moineau, S. AU - Romero, D. A. AU - Horvath, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes JO - Science VL - 315 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138140 DO - 10.1126/science.1138140 ID - Barrangou2007 ER - TY - JOUR AU - Horvath, P. AU - Barrangou, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea JO - Science VL - 327 UR - https://doi.org/10.1126/science.1179555 DO - 10.1126/science.1179555 ID - Horvath2010 ER - TY - JOUR AU - Cady, K. C. AU - O’Toole, G. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Non-identity-mediated CRISPR-bacteriophage interaction mediated via the Csy and Cas3 proteins JO - J Bacteriol VL - 193 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01411-10 DO - 10.1128/JB.01411-10 ID - Cady2011 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. AU - Brinkman, F. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - IslandViewer: an integrated interface for computational identification and visualization of genomic islands JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp030 DO - 10.1093/bioinformatics/btp030 ID - Langille2009 ER - TY - JOUR AU - Michael, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evolution of pathogenicity islands of Salmonella enterica JO - Int J Med Microbiol VL - 294 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijmm.2004.06.025 DO - 10.1016/j.ijmm.2004.06.025 ID - Michael2004 ER - TY - JOUR AU - Radnedge, L. AU - Agron, P. G. AU - Worsham, P. L. AU - Andersen, G. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome plasticity in Yersinia pestis JO - Microbiol VL - 148 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-148-6-1687 DO - 10.1099/00221287-148-6-1687 ID - Radnedge2002 ER - TY - JOUR AU - Rosso, M. L. AU - Chauvaux, S. AU - Dessein, R. AU - Laurans, C. AU - Frangeul, L. AU - Lacroix, C. AU - Schiavo, A. AU - Dillies, M. A. AU - Foulon, J. AU - Coppée, J. Y. AU - Médigue, C. AU - Carniel, E. AU - Simonet, M. AU - Marceau, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Growth of Yersinia pseudotuberculosis in human plasma: impacts on virulence and metabolic gene expression JO - BMC Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-8-211 DO - 10.1186/1471-2180-8-211 ID - Rosso2008 ER - TY - JOUR AU - Hazen, T. H. AU - Sahl, J. W. AU - Redman, J. C. AU - Morris, C. R. AU - Daugherty, S. C. AU - Chibucos, M. C. AU - Sengamalay, N. A. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Steinsland, H. AU - Whittam, T. S. AU - Whittam, B. AU - Manning, S. D. AU - Rasko, D. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Draft genome sequences of the diarrheagenic Escherichia coli Collection JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00426-12 DO - 10.1128/JB.00426-12 ID - Hazen2012 ER - TY - JOUR AU - Kurazono, H. AU - Yamamoto, S. AU - Nakano, M. AU - Nair, G. B. AU - Terai, A. AU - Chaicumpa, W. AU - Hayashi, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization of a putative virulence island in the chromosome of uropathogenic Escherichia coli possessing a gene encoding a uropathogenic-specific protein JO - Microb Pathog VL - 28 UR - https://doi.org/10.1006/mpat.1999.0331 DO - 10.1006/mpat.1999.0331 ID - Kurazono2000 ER - TY - JOUR AU - Mahendran, V. AU - Tan, Y. S. AU - Riordan, S. M. AU - Grimm, M. C. AU - Day, A. S. AU - Lemberg, D. A. AU - Octavia, S. AU - Lan, R. AU - Zhang, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - The prevalence and polymorphisms of zonula occluden toxin gene in multiple campylobacter concisus strains isolated from saliva of patients with inflammatory bowel disease and controls JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0075525 DO - 10.1371/journal.pone.0075525 ID - Mahendran2013 ER - TY - JOUR AU - Di Pierro, M. AU - Lu, R. AU - Uzzau, S. AU - Wang, W. AU - Margaretten, K. AU - Pazzani, C. AU - Maimone, F. AU - Fasano, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Zonula occludens toxin structure-function analysis JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M009674200 DO - 10.1074/jbc.M009674200 ID - Di Pierro2001 ER - TY - JOUR AU - Groschwitz, K. R. AU - Hogan, S. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Intestinal barrier function: molecular regulation and disease pathogenesis JO - J Allergy Clin Immun VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2009.05.038 DO - 10.1016/j.jaci.2009.05.038 ID - Groschwitz2009 ER - TY - JOUR AU - Lee, A. AU - White, N. AU - van der Walle, C. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - The intestinal zonula occludens toxin (ZOT) receptor recognises non-native ZOT conformers and localises to the intercellular contacts JO - FEBS Lett VL - 555 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(03)01348-6 DO - 10.1016/S0014-5793(03)01348-6 ID - Lee2003 ER - TY - JOUR AU - Goldblum, S. E. AU - Rai, U. AU - Tripathi, A. AU - Thakar, M. AU - De Leo, L. AU - Di Toro, N. AU - Not, T. AU - Ramachandran, R. AU - Puche, A. C. AU - Hollenberg, M. D. AU - Fasano, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - The active Zot domain (aa 288–293) increases ZO-1 and myosin 1C serine/threonine phosphorylation, alters interaction between ZO-1 and its binding partners, and induces tight junction disassembly through proteinase activated receptor 2 activation JO - FASEB J VL - 25 UR - https://doi.org/10.1096/fj.10-158972 DO - 10.1096/fj.10-158972 ID - Goldblum2011 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Chen, S. AU - Dong, H. AU - Sun, H. AU - Peng, D. AU - Liu, X. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of genes responsible for biofilm formation or virulence in Salmonella enterica Serovar Pullorum JO - Avian Dis VL - 56 UR - https://doi.org/10.1637/9806-052411-Reg.1 DO - 10.1637/9806-052411-Reg.1 ID - Lu2012 ER - TY - JOUR AU - Robbe‒saule, V. AU - Coynault, C. AU - Norel, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - The live oral typhoid vaccine Ty21a is a rpoS mutant and is susceptible to various environmental stresses JO - FEMS Microbiol Lett VL - 126 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.1995.tb07412.x DO - 10.1111/j.1574-6968.1995.tb07412.x ID - Robbe‒saule2006 ER - TY - JOUR AU - Fang, F. C. AU - Libby, S. J. AU - Buchmeier, N. A. AU - Loewen, P. C. AU - Switala, J. AU - Harwood, J. AU - Guiney, D. G. PY - 1992 DA - 1992// TI - The alternative sigma factor katF (rpoS) regulates Salmonella virulence JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 89 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.89.24.11978 DO - 10.1073/pnas.89.24.11978 ID - Fang1992 ER - TY - JOUR AU - Santader, J. AU - Roland, K. L. AU - Curtiss, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulation of Vi capsular polysaccharide synthesis in Salmonella enterica serotype Typhi JO - J Infect Dev Ctries VL - 2 ID - Santader2008 ER - TY - JOUR AU - Baker, S. AU - Sarwar, Y. AU - Aziz, H. AU - Haque, A. AU - Ali, A. AU - Dougan, G. AU - Wain, J. AU - Haque, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Detection of Vi-negative Salmonella enterica serovar typhi in the peripheral blood of patients with typhoid fever in the Faisalabad region of Pakistan JO - J Clin Microbiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.43.9.4418-4425.2005 DO - 10.1128/JCM.43.9.4418-4425.2005 ID - Baker2005 ER - TY - JOUR AU - Arricau, N. AU - Hermant, D. AU - Waxin, H. AU - Ecobichon, C. AU - Duffey, P. S. AU - Popoff, M. Y. PY - 2002 DA - 2002// TI - The RcsB–RcsC regulatory system of Salmonella typhi differentially modulates the expression of invasion proteins, flagellin and Vi antigen in response to osmolarity JO - Mol Microbiol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1998.00976.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1998.00976.x ID - Arricau2002 ER - TY - JOUR AU - Santader, J. AU - Wanda, S. Y. AU - Nickerson, C. A. AU - Curtiss, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Role of RpoS in fine-tuning the synthesis of Vi capsular polysaccharide in Salmonella enterica serotype Typhi JO - Infect Immun VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.00888-06 DO - 10.1128/IAI.00888-06 ID - Santader2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - I-TASSER server for protein 3D structure prediction JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-40 DO - 10.1186/1471-2105-9-40 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Adzhubei, I. A. AU - Schmidt, S. AU - Peshkin, L. AU - Ramensky, V. E. AU - Gerasimova, A. AU - Bork, P. AU - Kondrashov, A. S. AU - Sunyaev, S. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - A method and server for predicting damaging missense mutations JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0410-248 DO - 10.1038/nmeth0410-248 ID - Adzhubei2010 ER - TY - JOUR AU - Ng, P. C. AU - Henikoff, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - SIFT: predicting amino acid changes that affect protein function JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg509 DO - 10.1093/nar/gkg509 ID - Ng2003 ER - TY - JOUR AU - Choi, Y. AU - Sims, G. E. AU - Murphy, S. AU - Miller, J. R. AU - Chan, A. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Predicting the functional effect of amino acid substitutions and indels JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0046688 DO - 10.1371/journal.pone.0046688 ID - Choi2012 ER - TY - JOUR AU - Thomas, P. D. AU - Campbell, M. J. AU - Kejariwal, A. AU - Mi, H. AU - Karlak, B. AU - Daverman, R. AU - Diemer, K. AU - Muruganujan, A. AU - Narechania, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - PANTHER: a library of protein families and subfamilies indexed by function JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.772403 DO - 10.1101/gr.772403 ID - Thomas2003 ER - TY - JOUR AU - Capriotti, E. AU - Fariselli, P. AU - Rossi, I. AU - Casadio, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - A three-state prediction of single point mutations on protein stability changes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S2-S6 DO - 10.1186/1471-2105-9-S2-S6 ID - Capriotti2008 ER - TY - JOUR AU - Kumar, S. AU - Nei, M. AU - Dudley, J. AU - Tamura, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - MEGA: a biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences JO - Brief Bioinform VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbn017 DO - 10.1093/bib/bbn017 ID - Kumar2008 ER - TY - JOUR AU - Hyatt, D. AU - Chen, G. L. AU - LoCascio, P. AU - Land, M. AU - Larimer, F. AU - Hauser, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 DO - 10.1186/1471-2105-11-119 ID - Hyatt2010 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Götz, S. AU - García-Gómez, J. M. AU - Terol, J. AU - Talón, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti610 DO - 10.1093/bioinformatics/bti610 ID - Conesa2005 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Aziz, R. K. AU - Bartels, D. AU - Best, A. A. AU - DeJongh, M. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. A. AU - Formsma, K. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Meyer, F. AU - Olsen, G. J. AU - Olson, R. AU - Osterman, A. L. AU - Overbeek, R. A. AU - McNeil, L. K. AU - Paarmann, D. AU - Paczian, T. AU - Parrello, B. AU - Pusch, G. D. AU - Reich, C. AU - Stevens, R. AU - Vassieva, O. AU - Vonstein, V. AU - Wilke, A. AU - Zagnitko, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-75 DO - 10.1186/1471-2164-9-75 ID - Aziz2008 ER - TY - JOUR AU - Alikha, N. F. AU - Petty, N. K. AU - Zakour, N. L. B. AU - Beatson, S. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-402 DO - 10.1186/1471-2164-12-402 ID - Alikha2011 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. E. AU - Mau, B. AU - Perna, N. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - progressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011147 DO - 10.1371/journal.pone.0011147 ID - Darling2010 ER - TY - JOUR AU - Delcher, A. L. AU - Phillippy, A. AU - Carlton, J. AU - Salzberg, S. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fast algorithms for large-scale genome alignment and comparison JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.11.2478 DO - 10.1093/nar/30.11.2478 ID - Delcher2002 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Y. AU - Wu, J. AU - Yang, J. AU - Sun, S. AU - Xiao, J. AU - Yu, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - PGAP: pan-genomes analysis pipeline JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr655 DO - 10.1093/bioinformatics/btr655 ID - Zhao2012 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Liang, Y. AU - Lynch, K. H. AU - Dennis, J. J. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PHAST: a fast phage search tool JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr485 DO - 10.1093/nar/gkr485 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. J. AU - Rutherford, K. M. AU - Berriman, M. AU - Rajandream, M. A. AU - Barrell, B. G. AU - Parkhill, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - ACT: the Artemis comparison tool JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti553 DO - 10.1093/bioinformatics/bti553 ID - Carver2005 ER - TY - JOUR AU - Bertels, F. AU - Silander, O. K. AU - Pachkov, M. AU - Rainey, P. B. AU - van Nimwegen, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads JO - Mol Biol Evol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msu088 DO - 10.1093/molbev/msu088 ID - Bertels2014 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Standley, D. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst010 DO - 10.1093/molbev/mst010 ID - Katoh2013 ER - TY - JOUR AU - Gouy, M. AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building JO - Mol Biol Evol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp259 DO - 10.1093/molbev/msp259 ID - Gouy2010 ER - TY - JOUR AU - Darriba, D. AU - Taboada, G. L. AU - Doallo, R. AU - Posada, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - ProtTest 3: fast selection of best-fit models of protein evolution JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr088 DO - 10.1093/bioinformatics/btr088 ID - Darriba2011 ER - TY - JOUR AU - Bromberg, Y. AU - Rost, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - SNAP: predict effect of non-synonymous polymorphisms on function JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm238 DO - 10.1093/nar/gkm238 ID - Bromberg2007 ER - TY - JOUR AU - Bendl, J. AU - Stourac, J. AU - Salanda, O. AU - Pavelka, A. AU - Wieben, E. D. AU - Zendulka, J. AU - Brezovsky, J. AU - Damborsky, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - PredictSNP: robust and accurate consensus classifier for prediction of disease-related mutations JO - PLoS Comput Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003440 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003440 ID - Bendl2014 ER - TY - JOUR AU - Lindahl, E. AU - Azuara, C. AU - Koehl, P. AU - Delarue, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - NOMAD-Ref: visualization, deformation and refinement of macromolecular structures based on all-atom normal mode analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl082 DO - 10.1093/nar/gkl082 ID - Lindahl2006 ER - TY - JOUR AU - Kaplan, W. AU - Littlejohn, T. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Swiss-PDB viewer (deep view) JO - Brief Bioinform VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/bib/2.2.195 DO - 10.1093/bib/2.2.195 ID - Kaplan2001 ER - TY - JOUR AU - Andrio, P. AU - Fenollosa, C. AU - Cicin-Sain, D. AU - Orozco, M. AU - Gelpí, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - MDWeb and MDMoby: an integrated web-based platform for molecular dynamics simulations JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts139 DO - 10.1093/bioinformatics/bts139 ID - Andrio2012 ER - TY - JOUR AU - Xu, D. AU - Zhang, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improving the physical realism and structural accuracy of protein models by a two-step atomic-level energy minimization JO - Biophys J VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.10.024 DO - 10.1016/j.bpj.2011.10.024 ID - Xu2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Liang, Y. AU - Zhang, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Atomic-level protein structure refinement using fragment-guided molecular dynamics conformation sampling JO - Structure VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.str.2011.09.022 DO - 10.1016/j.str.2011.09.022 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Laskowski, R. A. AU - Rullmann, J. A. C. AU - MacArthur, M. W. AU - Kaptein, R. AU - Thornton, J. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - AQUA and PROCHECK-NMR: programs for checking the quality of protein structures solved by NMR JO - J Biomol NMR VL - 8 ID - Laskowski1996 ER - TY - JOUR AU - Hooft, R. W. W. AU - Vriend, G. AU - Sander, C. AU - Abola, E. E. PY - 1996 DA - 1996// TI - Errors in protein structures JO - Nature VL - 381 UR - https://doi.org/10.1038/381272a0 DO - 10.1038/381272a0 ID - Hooft1996 ER - TY - JOUR AU - Wiederstein, M. AU - Sippl, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - ProSA-web: interactive web service for the recognition of errors in three-dimensional structures of proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm290 DO - 10.1093/nar/gkm290 ID - Wiederstein2007 ER -