Skip to main content

Table 6 Output data when including duplicate reads

From: BisQC: an operational pipeline for multiplexed bisulfite sequencing

Lane

Sample

Raw-input

Alignment-input

Unique aligned

% Unique aligned

1X COV (# of CpGs)

5X COV (# of CpGs)

10X COV (# of CpGs)

Mean COV

1

B02

33 064 288

29 063 371

20 255 109

61.26

2 567 012

1 918 910

1 530 535

29.79

D07

22 138 393

17 645 024

11 939 603

53.93

2 062 303

1 389 067

1 058 733

20.73

E08

27 604 275

24 916 571

17 486 794

63.35

2 566 936

1 802 043

1 381 774

27.65

G12

34 606 411

30 925 499

20 902 905

60.4

2 714 010

2 109 753

1 713 530

28.79

2

B02

35 305 177

29 236 310

20 364 338

57.68

2 567 438

1 917 970

1 532 194

29.99

D07

13 678 215

10 201 505

6 940 443

50.74

1 870 722

1 147 585

781 304

13.52

E08

29 182 244

24 797 995

17 379 826

59.56

2 564 006

1 795 028

1 374 048

27.53

G12

35 675 527

30 029 857

20 267 725

56.81

2 706 283

2 091 749

1 691 941

27.99

3

B02

29 189 642

23 540 460

16 370 890

56.08

2 506 260

1 806 333

1 393 509

24.61

D07

11 434 385

8 327 312

5 657 862

49.48

1 798 599

1 043 794

667 799

11.41

E08

29 178 605

24 189 204

16 950 994

58.09

2 555 851

1 770 930

1 349 999

26.88

G12

32077566

26 281 812

17 702 331

55.18

2 672 851

2 022 443

1 596 346

24.60

4

B02

26 075 222

21 021 219

14 594 149

55.97

2 471 169

1 740 262

1 313 326

22.17

D07

15 915 092

11 619 325

7 851 241

49.33

1 923 817

1 191 959

832 127

14.57

E08

22 095 982

18 227 193

12 761 292

57.75

2 456 950

1 611 115

1 170 745

20.94

G12

27 526 678

22 602 833

15 277 998

55.5

2 629 556

1 938 216

1 484 737

21.55

5

B02

20 542 906

15 122 524

10 444 122

50.84

2 368 596

1 533 603

1 268 102

16.48

D07

9 506 379

6 102 317

4 110 762

43.24

1 716 465

876 141

498 166

8.65

E08

18 652 337

14 027 421

9 789 610

52.48

2 359 943

1 437 779

995 396

16.70

G12

23 046 688

17 307 795

11 663 692

50.6

2 559 434

1 764 888

1 268 102

16.86

6

B02

-

-

-

-

-

-

-

-

D07

-

-

-

-

-

-

-

-

E08

-

-

-

-

-

-

-

-

G12

147 537 115

99 359 722

66 638 301

45.17

2 988 624

2 499 292

2 279 640

82.78

7

B02

20 450 646

15 984 580

11 124 200

54.4

2 395 119

1 596 904

1 139 946

17.50

D07

8 334 712

5 747 869

3 899 752

46.79

1 671 805

859 372

476 623

8.47

E08

19 548 711

15 949 864

11 173 920

57.16

2 415 658

1 540 771

1 093 107

18.75

G12

21 853 857

17 549 017

11 807 885

51.13

2 562 616

1 799 635

1 299 192

17.11

8

B02

10 420 846

8 057 402

5 615 587

53.89

2 156 458

1 171 935

690 974

9.81

D07

4 061 039

2 785 294

1 891 770

46.58

1 394 239

493 022

177 403

4.913

E08

6 950 628

5 557 934

3 889 196

55.95

1 994 770

906 953

490 601

7.87

G12

11 162 134

8 765 612

5 907 141

52.92

2 334 809

1 324 775

759 389

9.39

Back to article page

BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

Contact us