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Table 2 The pyramid analysis results for carboplatin in HapMap YRI samples

From: Integrative analyses of genetic variation, epigenetic regulation, and the transcriptome to elucidate the biology of platinum sensitivity

SNP

miRNA

mRNA

SNP-phenotype pvalue

SNP-miRNA pvalue

SNP-mRNA pvalue

miRNA-phenotype pvalue

miRNA-mRNA pvalue

mRNA-phenotype pvalue

rs11138019

hsa-miR-181a

ABCD2

3.28E-05

7.22E-03

3.00E-05

6.93E-03

3.47E-06

1.88E-02

  

DDR2

  

1.00E-05

 

4.00E-02

5.72E-03

  

ECOP

  

1.00E-04

 

5.91E-03

2.31E-03

  

EIF2AK3

  

1.00E-05

 

2.00E-02

1.54E-02

  

HMOX1

  

1.00E-04

 

1.65E-04

3.76E-02

  

HSPC159

  

7.00E-05

 

1.10E-04

1.27E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

1.96E-05

1.05E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

1.49E-04

2.44E-02

  

PIK3R5

  

1.00E-04

 

4.32E-03

1.86E-02

  

RBM47

  

1.00E-04

 

1.00E-02

5.55E-03

  

USP53

  

2.00E-05

 

8.56E-05

4.77E-02

 

hsa-miR-181b

ABCD2

 

1.26E-02

3.00E-05

1.17E-02

4.70E-06

1.88E-02

  

ECOP

  

1.00E-04

 

3.38E-03

2.31E-03

  

EIF2AK3

  

1.00E-05

 

2.00E-02

1.54E-02

  

HMOX1

  

1.00E-04

 

3.56E-04

3.76E-02

  

HSPC159

  

7.00E-05

 

5.84E-04

1.27E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

6.74E-05

1.05E-03

  

MEF2D

  

4.00E-05

 

4.00E-02

7.53E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

1.81E-04

2.44E-02

  

PIK3R5

  

1.00E-04

 

4.60E-03

1.86E-02

  

RBM47

  

1.00E-04

 

1.00E-02

5.55E-03

  

USP53

  

2.00E-05

 

8.32E-05

4.77E-02

 

hsa-miR-19b

ECOP

 

2.71E-02

1.00E-04

9.82E-04

1.00E-02

2.31E-03

  

EIF2AK3

  

1.00E-05

 

1.76E-03

1.54E-02

  

HMOX1

  

1.00E-04

 

1.46E-03

3.76E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

4.00E-02

1.05E-03

  

MEF2D

  

4.00E-05

 

2.35E-03

7.53E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

1.00E-02

2.44E-02

  

RBM47

  

1.00E-04

 

5.92E-03

5.55E-03

 

hsa-miR-20b

ABCD2

 

2.90E-02

3.00E-05

9.45E-05

1.00E-02

1.88E-02

  

DDR2

  

1.00E-05

 

2.00E-02

5.72E-03

  

ECOP

  

1.00E-04

 

4.76E-04

2.31E-03

  

EIF2AK3

  

1.00E-05

 

3.41E-05

1.54E-02

  

HMOX1

  

1.00E-04

 

2.55E-03

3.76E-02

  

HSPC159

  

7.00E-05

 

2.00E-02

1.27E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

1.93E-04

1.05E-03

  

MEF2D

  

4.00E-05

 

1.11E-04

7.53E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

2.38E-05

2.44E-02

  

PIK3R5

  

1.00E-04

 

8.33E-03

1.86E-02

  

RBM47

  

1.00E-04

 

4.48E-04

5.55E-03

  

USP53

  

2.00E-05

 

3.00E-02

4.77E-02

 

hsa-miR-30d

ABCD2

 

4.42E-02

3.00E-05

3.80E-03

8.57E-05

1.88E-02

  

DDR2

  

1.00E-05

 

3.55E-05

5.72E-03

  

ECOP

  

1.00E-04

 

3.52E-03

2.31E-03

  

HMOX1

  

1.00E-04

 

3.09E-03

3.76E-02

  

HSPC159

  

7.00E-05

 

4.68E-04

1.27E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

1.00E-02

1.05E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

1.00E-02

2.44E-02

  

PIK3R5

  

1.00E-04

 

1.46E-03

1.86E-02

  

USP53

  

2.00E-05

 

3.12E-04

4.77E-02

 

hsa-miR-363

ABCD2

 

1.28E-02

3.00E-05

1.13E-03

1.74E-04

1.88E-02

  

DDR2

  

1.00E-05

 

3.94E-05

5.72E-03

  

ECOP

  

1.00E-04

 

3.00E-02

2.31E-03

  

EIF2AK3

  

1.00E-05

 

4.00E-03

1.54E-02

  

HSPC159

  

7.00E-05

 

1.35E-03

1.27E-02

  

LARGE

  

5.00E-05

 

1.07E-05

1.05E-03

  

MEF2D

  

4.00E-05

 

1.00E-02

7.53E-03

  

PDK2

  

3.00E-05

 

1.36E-04

2.44E-02

  

PIK3R5

  

1.00E-04

 

1.66E-06

1.86E-02

  

USP53

  

2.00E-05

 

3.99E-06

4.77E-02

rs4919716

hsa-miR-20b

ECOP

1.95E-05

3.00E-02

9.00E-05

9.45E-05

4.76E-04

2.31E-03

  

FURIN

  

1.00E-04

 

3.00E-02

4.27E-02

  

MTMR14

  

8.00E-05

 

7.63E-03

1.73E-02

 

hsa-miR-30b

ECOP

 

4.09E-02

9.00E-05

7.08E-03

3.57E-03

2.31E-03

  

FURIN

  

1.00E-04

 

2.43E-05

4.27E-02

  

MTMR14

  

8.00E-05

 

5.77E-03

1.73E-02

 

hsa-miR-30d

ECOP

 

2.10E-02

9.00E-05

3.80E-03

3.52E-03

2.31E-03

  

FURIN

  

1.00E-04

 

1.69E-05

4.27E-02

  

MTMR14

  

8.00E-05

 

1.00E-02

1.73E-02

 

hsa-miR-339-5p

ECOP

 

1.12E-02

9.00E-05

1.31E-02

9.37E-03

2.31E-03

  

FURIN

  

1.00E-04

 

2.36E-03

4.27E-02

  

MTMR14

  

8.00E-05

 

3.42E-03

1.73E-02

 

hsa-miR-363

ECOP

 

2.64E-02

9.00E-05

1.13E-03

3.00E-02

2.31E-03

  

FURIN

  

1.00E-04

 

2.33E-06

4.27E-02

  

MTMR14

  

8.00E-05

 

5.69E-04

1.73E-02

rs7670734

hsa-let-7i

TP63

5.21E-05

2.20E-02

8.00E-05

2.44E-03

5.08E-05

3.95E-02

 

hsa-miR-20b

TP63

 

4.26E-02

 

9.45E-05

1.00E-02

 
 

hsa-miR-25

TP63

 

1.11E-02

 

1.65E-02

1.00E-02

 
 

hsa-miR-339-5p

TP63

 

1.07E-02

 

1.31E-02

5.44E-04

 
 

hsa-miR-363

TP63

 

2.48E-02

 

1.13E-03

1.76E-06

 

rs7677704

hsa-let-7i

TP63

5.21E-05

2.20E-02

8.00E-05

2.44E-03

5.08E-05

3.95E-02

 

hsa-miR-20b

TP63

 

4.26E-02

 

9.45E-05

1.00E-02

 
 

hsa-miR-25

TP63

 

1.11E-02

 

1.65E-02

1.00E-02

 
 

hsa-miR-339-5p

TP63

 

1.07E-02

 

1.31E-02

5.44E-04

 
 

hsa-miR-363

TP63

 

2.48E-02

 

1.13E-03

1.76E-06

 

rs9312445

hsa-let-7i

TP63

5.21E-05

2.20E-02

8.00E-05

2.44E-03

5.08E-05

3.95E-02

 

hsa-miR-20b

TP63

 

4.26E-02

 

9.45E-05

1.00E-02

 
 

hsa-miR-25

TP63

 

1.11E-02

 

1.65E-02

1.00E-02

 
 

hsa-miR-339-5p

TP63

 

1.07E-02

 

1.31E-02

5.44E-04

 
 

hsa-miR-363

TP63

 

2.48E-02

 

1.13E-03

1.76E-06

 
  1. Overall significance was evaluated using permutations.
  2. *Overlap with cisplatin pyramid analysis is shown in bold.