TY - JOUR AU - Falkowski, P. G. AU - Fenchel, T. AU - Delong, E. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - The microbial engines that drive Earth's biogeochemical cycles JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1153213 DO - 10.1126/science.1153213 ID - Falkowski2008 ER - TY - JOUR AU - Handelsman, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.69.1.195.2005 DO - 10.1128/MMBR.69.1.195.2005 ID - Handelsman2005 ER - TY - JOUR AU - Ishoey, T. AU - Woyke, T. AU - Stepanauskas, R. AU - Novotny, M. AU - Lasken, R. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples JO - Curr Opin Microbiol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2008.05.006 DO - 10.1016/j.mib.2008.05.006 ID - Ishoey2008 ER - TY - JOUR AU - Wooley, J. C. AU - Ye, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Metagenomics: facts and artifacts, and computational challenges JO - J Comput Sci Technol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1007/s11390-010-9306-4 DO - 10.1007/s11390-010-9306-4 ID - Wooley2009 ER - TY - CHAP AU - Hey, A. J. AU - Tansley, S. AU - Tolle, K. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Microsoft Research BT - The fourth paradigm: data-intensive scientific discovery ID - Hey2009 ER - TY - JOUR AU - Ye, Y. AU - Doak, T. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - A parsimony approach to biological pathway reconstruction/inference for genomes and metagenomes JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000465 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000465 ID - Ye2009 ER - TY - JOUR AU - Abubucker, S. AU - Segata, N. AU - Goll, J. AU - Schubert, A. M. AU - Izard, J. AU - Cantarel, B. J. AU - Rodriguez-Mueller, B. AU - Zucker, J. AU - Thiagarajan, M. AU - Henrissat, B. AU - White, O. AU - Kelley, S. T. AU - Methé, B. AU - Schloss, P. D. AU - Gevers, D. AU - Mitreva, M. AU - Huttenhower, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002358 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002358 ID - Abubucker2012 ER - TY - JOUR AU - Larsen, P. E. AU - Collart, F. R. AU - Field, D. AU - Meyer, F. AU - Keegan, K. P. AU - Henry, C. S. AU - McGrath, J. AU - Quinn, J. AU - Gilbert, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Predicted Relative Metabolomic Turnover (PRMT): determining metabolic turnover from a coastal marine metagenomic dataset JO - Microb Inform Exp VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2042-5783-1-4 DO - 10.1186/2042-5783-1-4 ID - Larsen2011 ER - TY - JOUR AU - Altman, T. AU - Travers, M. AU - Kothari, A. AU - Caspi, R. AU - Karp, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A systematic comparison of the MetaCyc and KEGG pathway databases JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-112 DO - 10.1186/1471-2105-14-112 ID - Altman2013 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Paley, S. AU - Romero, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - The pathway tools software JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S225 DO - 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S225 ID - Karp2002 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Foerster, H. AU - Fulcher, C. A. AU - Hopkinson, R. AU - Ingraham, J. AU - Kaipa, P. AU - Krummenacker, M. AU - Paley, S. AU - Pick, J. AU - Rhee, S. Y. AU - Tissier, C. AU - Zhang, P. AU - Karp, P. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - MetaCyc: a multiorganism database of metabolic pathways and enzymes JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj128 DO - 10.1093/nar/gkj128 ID - Caspi2006 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Latendresse, M. AU - Caspi, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - The pathway tools pathway prediction algorithm JO - Stand Genomic Sci VL - 5 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.1794338 DO - 10.4056/sigs.1794338 ID - Karp2011 ER - TY - JOUR AU - Latendresse, M. AU - Krummenacker, M. AU - Trupp, M. AU - Karp, P. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Construction and completion of flux balance models from pathway databases JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr681 DO - 10.1093/bioinformatics/btr681 ID - Latendresse2012 ER - TY - JOUR AU - Konwar, K. M. AU - Hanson, N. W. AU - Pagé, A. P. AU - Hallam, S. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - MetaPathways: a modular pipeline for constructing pathway/genome databases from environmental sequence information JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-202 DO - 10.1186/1471-2105-14-202 ID - Konwar2013 ER - TY - STD TI - Hanson NW, Konwar KM, Wu S-J, Hallam SJ: MetaPathways v2.0: A master-worker model for environmental Pathway/Genome Database construction on grids and clouds. Conf Proc IEEE Comp Intel in Bioinf and Comp Biology. 2014, 1-7. 28 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Ouzounis, C. A. AU - Moore-Kochlacs, C. AU - Goldovsky, L. AU - Kaipa, P. AU - Ahrén, D. AU - Tsoka, S. AU - Darzentas, N. AU - Kunin, V. AU - López-Bigas, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expansion of the BioCyc collection of pathway/genome databases to 160 genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki892 DO - 10.1093/nar/gki892 ID - Karp2005 ER - TY - JOUR AU - McCutcheon, J. P. AU - von Dohlen, C. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - An interdependent metabolic patchwork in the nested symbiosis of mealybugs JO - Curr Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2011.06.051 DO - 10.1016/j.cub.2011.06.051 ID - McCutcheon2011 ER - TY - JOUR AU - Delong, E. F. AU - Preston, C. M. AU - Mincer, T. AU - Rich, V. AU - Hallam, S. J. AU - Frigaard, N. -. U. AU - Martinez, A. AU - Sullivan, M. B. AU - Edwards, R. AU - Brito, B. R. AU - Chisholm, S. W. AU - Karl, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Community genomics among stratified microbial assemblages in the ocean's interior JO - Science VL - 311 UR - https://doi.org/10.1126/science.1120250 DO - 10.1126/science.1120250 ID - Delong2006 ER - TY - JOUR AU - Stewart, F. J. AU - Sharma, A. K. AU - Bryant, J. A. AU - Eppley, J. M. AU - Delong, E. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Community transcriptomics reveals universal patterns of protein sequence conservation in natural microbial communities JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-3-r26 DO - 10.1186/gb-2011-12-3-r26 ID - Stewart2011 ER - TY - JOUR AU - Shi, Y. AU - Tyson, G. W. AU - Eppley, J. M. AU - Delong, E. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrated metatranscriptomic and metagenomic analyses of stratified microbial assemblages in the open ocean JO - ISME J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2010.189 DO - 10.1038/ismej.2010.189 ID - Shi2011 ER - TY - JOUR AU - Dale, J. M. AU - Popescu, L. AU - Karp, P. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Machine learning methods for metabolic pathway prediction JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-15 DO - 10.1186/1471-2105-11-15 ID - Dale2010 ER - TY - JOUR AU - Richter, D. C. AU - Ott, F. AU - Auch, A. F. AU - Schmid, R. AU - Huson, D. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - MetaSim—a sequencing simulator for genomics and metagenomics JO - PLoS ONE VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003373 DO - 10.1371/journal.pone.0003373 ID - Richter2008 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Cordero, O. X. AU - Ventouras, L. -. A. AU - Delong, E. F. AU - Polz, M. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Public good dynamics drive evolution of iron acquisition strategies in natural bacterioplankton populations JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1213344109 DO - 10.1073/pnas.1213344109 ID - Cordero2012 ER - TY - JOUR AU - Ellers, J. AU - Toby Kiers, E. AU - Currie, C. R. AU - McDonald, B. R. AU - Visser, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ecological interactions drive evolutionary loss of traits JO - Ecol Lett VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2012.01830.x DO - 10.1111/j.1461-0248.2012.01830.x ID - Ellers2012 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, D. AU - Fiegna, F. AU - Behrends, V. AU - Bundy, J. G. AU - Phillimore, A. B. AU - Bell, T. AU - Barraclough, T. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Species interactions alter evolutionary responses to a novel environment JO - PLoS Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001330 DO - 10.1371/journal.pbio.1001330 ID - Lawrence2012 ER - TY - JOUR AU - Morris, J. J. AU - Lenski, R. E. AU - Zinser, E. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Black Queen hypothesis: evolution of dependencies through adaptive gene loss JO - MBio VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00036-12 DO - 10.1128/mBio.00036-12 ID - Morris2012 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Dreher, K. AU - Karp, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - The challenge of constructing, classifying, and representing metabolic pathways JO - FEMS Microbiol Lett VL - 345 UR - https://doi.org/10.1111/1574-6968.12194 DO - 10.1111/1574-6968.12194 ID - Caspi2013 ER - TY - JOUR AU - Lam, P. AU - Kuypers, M. M. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microbial nitrogen cycling processes in oxygen minimum zones JO - Ann Rev Mar Sci VL - 3 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-marine-120709-142814 DO - 10.1146/annurev-marine-120709-142814 ID - Lam2011 ER - TY - JOUR AU - Wright, J. J. AU - Konwar, K. M. AU - Hallam, S. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbial ecology of expanding oxygen minimum zones JO - Nat Rev Microbiol VL - 10 ID - Wright2012 ER - TY - JOUR AU - Ehrich, S. AU - Behrens, D. AU - Lebedeva, E. AU - Ludwig, W. AU - Bock, E. PY - 1995 DA - 1995// TI - A new obligately chemolithoautotrophic, nitrite-oxidizing bacterium. Nitrospira moscoviensis sp. nov. and its phylogenetic relationship JO - Arch Microbiol VL - 164 UR - https://doi.org/10.1007/BF02568729 DO - 10.1007/BF02568729 ID - Ehrich1995 ER - TY - JOUR AU - Strous, M. AU - Pelletier, E. AU - Mangenot, S. AU - Rattei, T. AU - Lehner, A. AU - Taylor, M. W. AU - Horn, M. AU - Daims, H. AU - Bartol-Mavel, D. AU - Wincker, P. AU - Barbe, V. AU - Fonknechten, N. AU - Vallenet, D. AU - Segurens, B. AU - Schenowitz-Truong, C. AU - Médigue, C. AU - Collingro, A. AU - Snel, B. AU - Dutilh, B. E. AU - Op den Camp, H. J. M. AU - van der Drift, C. AU - Cirpus, I. AU - van de Pas-Schoonen, K. T. AU - Harhangi, H. R. AU - van Niftrik, L. AU - Schmid, M. AU - Keltjens, J. AU - van de Vossenberg, J. AU - Kartal, B. AU - Meier, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome JO - Nature VL - 440 UR - https://doi.org/10.1038/nature04647 DO - 10.1038/nature04647 ID - Strous2006 ER - TY - JOUR AU - Lücker, S. AU - Wagner, M. AU - Maixner, F. AU - Pelletier, E. AU - Koch, H. AU - Vacherieb, B. AU - Ratteie, T. AU - Damstéf, J. S. S. AU - Spieckg, E. AU - Le Paslier, D. AU - Daimsa, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - A Nitrospira metagenome illuminates the physiology and evolution of globally important nitrite-oxidizing bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1003860107 DO - 10.1073/pnas.1003860107 ID - Lücker2010 ER - TY - JOUR AU - Kartal, B. AU - Maalcke, W. J. AU - de Almeida, N. M. AU - Cirpus, I. AU - Gloerich, J. AU - Geerts, W. AU - Op den Camp, H. J. M. AU - Harhangi, H. R. AU - Janssen-Megens, E. M. AU - Francoijs, K. -. J. AU - Stunnenberg, H. G. AU - Keltjens, J. T. AU - Jetten, M. S. M. AU - Strous, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular mechanism of anaerobic ammonium oxidation JO - Nature VL - 479 UR - https://doi.org/10.1038/nature10453 DO - 10.1038/nature10453 ID - Kartal2011 ER - TY - JOUR AU - Zumft, W. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - Cell biology and molecular basis of denitrification JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 61 ID - Zumft1997 ER - TY - CHAP AU - Ganesh, S. AU - Parris, D. J. AU - Delong, E. F. AU - Stewart, F. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metagenomic analysis of size-fractionated picoplankton in a marine oxygen minimum zone BT - ISME J ID - Ganesh2013 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Natale, D. A. AU - Garkavtsev, I. V. AU - Tatusova, T. A. AU - Shankavaram, U. T. AU - Rao, B. S. AU - Kiryutin, B. AU - Galperin, M. Y. AU - Fedorova, N. D. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.22 DO - 10.1093/nar/29.1.22 ID - Tatusov2001 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. AU - Maglott, D. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl842 DO - 10.1093/nar/gkl842 ID - Pruitt2007 ER -