TY - JOUR AU - Rokas, A. AU - Abbot, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Harnessing genomics for evolutionary insights JO - Trends Ecol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2008.11.004 DO - 10.1016/j.tree.2008.11.004 ID - Rokas2009 ER - TY - JOUR AU - Metzker, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing technologies – the next generation JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2626 DO - 10.1038/nrg2626 ID - Metzker2010 ER - TY - JOUR AU - Schuster, S. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Next-generation sequencing transforms today’s biology JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1156 DO - 10.1038/nmeth1156 ID - Schuster2008 ER - TY - JOUR AU - Jex, A. R. AU - Hall, R. S. AU - Littlewood, D. T. J. AU - Gasser, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - An integrated pipeline for next-generation sequencing and annotation of mitochondrial genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp883 DO - 10.1093/nar/gkp883 ID - Jex2010 ER - TY - JOUR AU - Jex, A. R. AU - Littlewood, D. T. J. AU - Gasser, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Toward next-generation sequencing of mitochondrial genomes – focus on parasitic worms of animals and biotechnological implications JO - Biotechnol Adv VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2009.11.002 DO - 10.1016/j.biotechadv.2009.11.002 ID - Jex2010 ER - TY - JOUR AU - Vasta, V. AU - Ng, S. B. AU - Turner, E. H. AU - Shendure, J. AU - Houn Hahn, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Next generation sequence analysis for mitochondrial disorders JO - Genome Medicine VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/gm100 DO - 10.1186/gm100 ID - Vasta2009 ER - TY - JOUR AU - Calvo, S. E. AU - Compton, A. G. AU - Hershman, S. G. AU - Lim, S. C. AU - Lieber, D. S. AU - Tucker, E. J. AU - Laskowski, A. AU - Garone, C. AU - Liu, S. T. AU - Jaffe, D. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Molecular diagnosis of infantile mitochondrial disease with targeted next-generation sequencing JO - Sci Transl Med VL - 4 ID - Calvo2012 ER - TY - JOUR AU - Zaragoza, M. V. AU - Fass, J. AU - Diegoli, M. AU - Lin, D. AU - Arbustini, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mitochondrial DNA variant discovery and evaluation in human cardiomyopathies through next-generation sequencing JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012295 DO - 10.1371/journal.pone.0012295 ID - Zaragoza2010 ER - TY - JOUR AU - Simison, W. B. AU - Lindberg, D. R. AU - Boore, J. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Rolling circle amplification of metazoan mitochondrial genomes JO - Mol Phylogenet Evol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2005.11.006 DO - 10.1016/j.ympev.2005.11.006 ID - Simison2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, M. AU - Jex, A. R. AU - Campbell, B. E. AU - Gasser, R. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Long PCR amplification of the entire mitochondrial genome from individual helminths for direct sequencing JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.358 DO - 10.1038/nprot.2007.358 ID - Hu2007 ER - TY - JOUR AU - Pierson, M. J. AU - Martinez-Arias, R. AU - Holland, B. R. AU - Gemmell, N. J. AU - Hurles, M. E. AU - Penny, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Deciphering past human population movements in Oceania: provably optimal trees of 127 mtDNA genomes JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl063 DO - 10.1093/molbev/msl063 ID - Pierson2006 ER - TY - JOUR AU - Meyer, M. AU - Stenzel, U. AU - Hofreiter, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Parallel tagged sequencing on the 454 platform JO - Nat Protoc VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.520 DO - 10.1038/nprot.2007.520 ID - Meyer2008 ER - TY - JOUR AU - Nakano, M. AU - Komatsu, J. AU - Matsuura, S. AU - Takashima, K. AU - Katsura, S. AU - Mizuno, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Single-molecule PCR using water-in-oil emulsion JO - J Biotechnol VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1656(03)00023-3 DO - 10.1016/S0168-1656(03)00023-3 ID - Nakano2003 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. -. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Ronaghi, M. AU - Uhlén, M. AU - Nyrén, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - A sequencing method based on real-time pyrophosphate JO - Science VL - 281 UR - https://doi.org/10.1126/science.281.5375.363 DO - 10.1126/science.281.5375.363 ID - Ronaghi1998 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Knapp, M. AU - Horsburgh, K. A. AU - Prost, S. AU - Stanton, J. -. A. AU - Buckley, H. R. AU - Walter, R. K. AU - Matisoo-Smith, E. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete mitochondrial DNA genome sequences from the first New Zealanders JO - Proc Natl Acad Sci VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1209896109 DO - 10.1073/pnas.1209896109 ID - Knapp2012 ER - TY - JOUR AU - Schmieder, R. AU - Lim, Y. W. AU - Rohwer, F. AU - Edwards, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - TagCleaner: identification and removal of tag sequences from genomic and metagenomic datasets JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-341 DO - 10.1186/1471-2105-11-341 ID - Schmieder2010 ER - TY - JOUR AU - Lindgreen, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - AdapterRemoval: easy cleaning of next-generation sequencing reads JO - BMC Research Notes VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-5-337 DO - 10.1186/1756-0500-5-337 ID - Lindgreen2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long-read alignment with Burrows–Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Andrews, R. M. AU - Kubacka, I. AU - Chinnery, P. F. AU - Lightowlers, R. N. AU - Turnbull, D. M. AU - Howell, N. PY - 1999 DA - 1999// TI - Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA JO - Nat Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/13779 DO - 10.1038/13779 ID - Andrews1999 ER - TY - JOUR AU - Bender, A. AU - Krishnan, K. J. AU - Morris, C. M. AU - Taylor, G. A. AU - Reeve, A. K. AU - Perry, R. H. AU - Jaros, E. AU - Hersheson, J. S. AU - Betts, J. AU - Klopstock, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - High levels of mitochondrial DNA deletions in substantia nigra neurons in aging and Parkinson disease JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1769 DO - 10.1038/ng1769 ID - Bender2006 ER - TY - JOUR AU - Pleasance, E. D. AU - Cheetham, R. K. AU - Stephens, P. J. AU - McBride, D. J. AU - Humphray, S. J. AU - Greenman, C. D. AU - Varela, I. AU - Lin, M. -. L. AU - Ordóñez, G. R. AU - Bignell, G. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08658 DO - 10.1038/nature08658 ID - Pleasance2010 ER - TY - JOUR AU - Taylor, R. W. AU - Turnbull, D. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mitochondrial DNA mutations in human disease JO - Nat Rev Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1606 DO - 10.1038/nrg1606 ID - Taylor2005 ER - TY - JOUR AU - Kircher, M. AU - Kelso, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - High throughput DNA sequencing – concepts and limitations JO - Bioessays VL - 32 UR - https://doi.org/10.1002/bies.200900181 DO - 10.1002/bies.200900181 ID - Kircher2010 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Stewart, D. A. AU - Strömberg, M. P. AU - Marth, G. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Pyrobayes: an improved base caller for SNP discovery in pyrosequences JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1172 DO - 10.1038/nmeth.1172 ID - Quinlan2008 ER - TY - JOUR AU - Thomas, R. K. AU - Nickerson, E. AU - Simons, J. F. AU - Jänne, P. A. AU - Tengs, T. AU - Yuza, Y. AU - Garraway, L. A. AU - LaFramboise, T. AU - Lee, J. C. AU - Shah, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Sensitive mutation detection in heterogeneous cancer specimens by massively parallel picoliter reactor sequencing JO - Nat Med VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nm1437 DO - 10.1038/nm1437 ID - Thomas2006 ER - TY - JOUR AU - Green, R. E. AU - Malaspinas, A. -. S. AU - Krause, J. AU - Briggs, A. W. AU - Johnson, P. L. F. AU - Uhler, C. AU - Meyer, M. AU - Good, J. M. AU - Maricic, T. AU - Stenzel, U. PY - 2008 DA - 2008// TI - A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing JO - Cell VL - 134 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.06.021 DO - 10.1016/j.cell.2008.06.021 ID - Green2008 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using Phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, R. AU - Paul, J. S. AU - Albrechtsen, A. AU - Song, Y. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2986 DO - 10.1038/nrg2986 ID - Nielsen2011 ER - TY - STD TI - Bolger A, Giorgi F: Trimmomatic: A Flexible Read Trimming Tool for Illumina NGS Data.http://www.usadellab.org/cms/index.php, UR - http://www.usadellab.org/cms/index.php ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. G. AU - Cook, C. E. AU - Miller, K. W. P. AU - Warin, M. J. AU - Hagelberg, E. PY - 1998 DA - 1998// TI - Molecular instability in the COII–tRNALys intergenic region of the human mitochondrial genome: multiple origins of the 9-bp deletion and heteroplasmy for expanded repeats JO - Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences VL - 353 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.1998.0260 DO - 10.1098/rstb.1998.0260 ID - Thomas1998 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - CHAP AU - Chevreux, B. W. T. AU - Suhai, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome sequence assembly using trace signals and additional sequence information BT - Computer Science and Biology: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics (GCB) PB - Springer CY - Berlin ID - Chevreux1999 ER - TY - JOUR AU - Miller, J. R. AU - Koren, S. AU - Sutton, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Assembly algorithms for next-generation sequencing data JO - Genomics VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.03.001 DO - 10.1016/j.ygeno.2010.03.001 ID - Miller2010 ER - TY - JOUR AU - Scheibye-Alsing, K. AU - Hoffmann, S. AU - Frankel, A. AU - Jensen, P. AU - Stadler, P. F. AU - Mang, Y. AU - Tommerup, N. AU - Gilchrist, M. J. AU - Nygård, A. -. B. AU - Cirera, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sequence assembly JO - Comput Biol Chem VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2008.11.003 DO - 10.1016/j.compbiolchem.2008.11.003 ID - Scheibye-Alsing2009 ER - TY - JOUR AU - Wilm, A. AU - Aw, P. P. K. AU - Bertrand, D. AU - Yeo, G. H. T. AU - Ong, S. H. AU - Wong, C. H. AU - Khor, C. C. AU - Petric, R. AU - Hibberd, M. L. AU - Nagarajan, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - LoFreq: a sequence-quality aware, ultra-sensitive variant caller for uncovering cell-population heterogeneity from high-throughput sequencing datasets JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks918 DO - 10.1093/nar/gks918 ID - Wilm2012 ER -