Table 1 SNPs with minor allele frequencies (MAF) determined through STRUCTURE analysis

chr1

9589467

G

A

0.154

0.272

0.117

0.146

0.198

0.298

0.052

0.152

0.100

chr1

62765400

C

T

0.265

0.357

0.092

0.190

0.483

0.254

0.293

0.063

0.230

chr1

112321563

C

T

0.530

0.417

0.112

0.547

0.496

0.376

0.05

0.171

0.120

chr1

114484199

G

A

0.290

0.202

0.088

0.261

0.326

0.147

0.065

0.114

0.179

chr1

128959247

C

G

0.367

0.359

0.008

0.363

0.436

0.288

0.073

0.075

0.148

chr1

197826522

G

A

0.361

0.261

0.101

0.425

0.216

0.293

0.210

0.132

0.078

chr1

215456600

A

G

0.164

0.208

0.044

0.156

0.206

0.198

0.051

0.042

0.008

chr2

20855998

T

C

0.292

0.342

0.050

0.272

0.395

0.283

0.123

0.011

0.112

chr2

34182166

G

C

0.351

0.498

0.147

0.262

0.627

0.381

0.366

0.119

0.246

chr2

87829723

G

A

0.256

0.085

0.172

0.337

0.117

0.055

0.221

0.282

0.062

chr2

90581348

T

C

0.290

0.169

0.121

0.349

0.167

0.173

0.181

0.176

0.005

chr2

97192885

G

A

0.180

0.154

0.026

0.195

0.096

0.209

0.100

0.014

0.113

chr2

133230027

A

T

0.388

0.341

0.046

0.413

0.304

0.376

0.109

0.037

0.072

chr2

134823729

T

C

0.338

0.352

0.014

0.363

0.278

0.397

0.085

0.034

0.120

chr2

136472042

G

T

0.118

0.116

0.002

0.150

0.049

0.152

0.101

0.003

0.103

chr3

95549222

T

C

0.469

0.470

0.001

0.471

0.478

0.461

0.007

0.010

0.017

chr3

164081759

A

G

0.215

0.336

0.121

0.168

0.358

0.300

0.190

0.132

0.058

chr3

192188304

A

G

0.441

0.404

0.037

0.434

0.414

0.418

0.020

0.016

0.004

chr4

46479393

G

A

0.150

0.571

0.421

0.118

0.211

0.746

0.093

0.628

0.535

chr4

46834407

C

T

0.189

0.571

0.382

0.163

0.207

0.765

0.044

0.602

0.559

chr4

47617528

A

C

0.487

0.272

0.215

0.528

0.419

0.189

0.109

0.338

0.229

chr4

116987652

T

G

0.209

0.324

0.115

0.178

0.330

0.295

0.152

0.117

0.035

chr4

131253869

C

T

0.417

0.384

0.033

0.388

0.429

0.382

0.041

0.006

0.047

chr5

96690554

C

T

0.177

0.263

0.085

0.134

0.291

0.234

0.157

0.100

0.057

chr5

178329879

T

C

0.149

0.316

0.167

0.122

0.326

0.251

0.204

0.128

0.076

chr6

72896506

T

C

0.468

0.266

0.202

0.507

0.309

0.283

0.198

0.224

0.026

chr6

86863653

C

T

0.414

0.347

0.067

0.463

0.334

0.346

0.128

0.116

0.012

chr6

145047256

C

A

0.132

0.240

0.108

0.107

0.203

0.250

0.096

0.143

0.047

chr7

30401169

C

G

0.351

0.375

0.024

0.348

0.407

0.335

0.059

0.013

0.072

chr7

53553308

C

T

0.427

0.209

0.219

0.468

0.263

0.222

0.205

0.246

0.042

chr7

59074588

T

G

0.147

0.145

0.002

0.155

0.133

0.151

0.022

0.004

0.018

chr7

87206195

T

A

0.410

0.322

0.088

0.436

0.355

0.305

0.081

0.131

0.050

chr7

101174441

G

C

0.272

0.309

0.037

0.262

0.246

0.364

0.015

0.102

0.118

chr7

144144421

G

C

0.456

0.357

0.099

0.487

0.301

0.432

0.186

0.055

0.131

chr7

154450353

G

T

0.521

0.438

0.083

0.551

0.413

0.473

0.138

0.078

0.060

chr7

162987878

G

A

0.231

0.280

0.049

0.178

0.317

0.269

0.139

0.091

0.049

chr7

168414331

C

T

0.164

0.136

0.028

0.189

0.158

0.105

0.031

0.084

0.053

chr8

28713522

G

A

0.294

0.241

0.053

0.301

0.246

0.255

0.055

0.046

0.009

chr8

38422084

C

T

0.319

0.276

0.044

0.337

0.220

0.336

0.118

0.001

0.116

chr8

55827375

G

A

0.331

0.326

0.005

0.293

0.293

0.401

0.001

0.108

0.107

chr8

67208693

A

G

0.259

0.471

0.212

0.193

0.446

0.459

0.253

0.267

0.013

chr8

143859237

G

A

0.153

0.193

0.040

0.111

0.262

0.143

0.151

0.032

0.119

chr9

25787241

A

G

0.187

0.229

0.042

0.189

0.180

0.258

0.009

0.069

0.077

chr9

90272749

T

C

0.054

0.268

0.214

0.030

0.265

0.192

0.235

0.162

0.073

chr9

132778054

T

C

0.361

0.513

0.151

0.299

0.549

0.463

0.251

0.164

0.086

chr10

10319647

C

G

0.510

0.385

0.125

0.538

0.408

0.395

0.130

0.142

0.013

chr10

38608009

G

A

0.144

0.271

0.127

0.119

0.319

0.185

0.200

0.066

0.133

chr10

87110837

C

T

0.293

0.153

0.140

0.316

0.251

0.101

0.065

0.215

0.150

chr10

90566608

A

G

0.131

0.243

0.112

0.085

0.304

0.170

0.219

0.086

0.134

chr11

7005631

C

G

0.275

0.531

0.256

0.190

0.519

0.503

0.329

0.313

0.016

chr11

13375736

G

T

0.147

0.127

0.020

0.167

0.087

0.159

0.080

0.008

0.072

chr11

99848243

G

A

0.195

0.396

0.202

0.146

0.412

0.333

0.266

0.186

0.079

chr11

123966677

C

T

0.384

0.467

0.083

0.380

0.416

0.482

0.036

0.102

0.066

chr12

94765925

G

A

0.600

0.307

0.294

0.672

0.405

0.280

0.267

0.392

0.125

chr12

94964954

C

G

0.180

0.418

0.237

0.136

0.291

0.475

0.156

0.339

0.183

chr12

100440950

G

A

0.234

0.220

0.014

0.240

0.230

0.212

0.010

0.027

0.017

chr13

49122594

G

A

0.282

0.362

0.080

0.233

0.370

0.364

0.137

0.130

0.007

chr13

125692849

C

G

0.251

0.420

0.169

0.181

0.468

0.356

0.287

0.175

0.112

chr13

133631999

A

G

0.234

0.348

0.114

0.205

0.399

0.269

0.194

0.064

0.130

chr13

134111985

G

A

0.155

0.084

0.071

0.188

0.073

0.098

0.115

0.090

0.025

chr14

451418

C

T

0.179

0.302

0.123

0.135

0.378

0.210

0.243

0.075

0.167

chr14

3231322

A

G

0.220

0.253

0.033

0.219

0.202

0.290

0.017

0.071

0.088

chr14

10137714

A

G

0.233

0.160

0.074

0.296

0.134

0.160

0.162

0.136

0.025

chr14

44393953

A

G

0.138

0.222

0.085

0.091

0.274

0.175

0.183

0.084

0.099

chr14

52927439

G

A

0.442

0.503

0.060

0.435

0.497

0.487

0.062

0.052

0.010

chr14

57078000

A

G

0.395

0.379

0.016

0.424

0.370

0.369

0.054

0.055

0.002

chr14

65934862

C

A

0.304

0.196

0.108

0.373

0.147

0.229

0.226

0.145

0.082

chr14

69046745

G

A

0.233

0.062

0.172

0.327

0.048

0.064

0.280

0.263

0.017

chr14

71412148

C

T

0.404

0.220

0.184

0.513

0.169

0.254

0.344

0.259

0.085

chr14

91544113

C

T

0.407

0.493

0.086

0.338

0.494

0.517

0.157

0.179

0.023

chr14

103525965

G

A

0.052

0.202

0.150

0.037

0.173

0.175

0.136

0.138

0.002

chr14

117290848

C

T

0.301

0.293

0.009

0.340

0.188

0.364

0.152

0.023

0.175

chr15

8694018

C

G

0.390

0.388

0.002

0.395

0.371

0.401

0.024

0.006

0.030

chr15

37923113

C

T

0.395

0.381

0.015

0.420

0.313

0.432

0.107

0.012

0.119

chr15

85452749

T

C

0.452

0.442

0.009

0.471

0.400

0.469

0.071

0.002

0.069

chr16

69710848

G

A

0.184

0.216

0.032

0.175

0.260

0.166

0.085

0.009

0.094

chr16

77232074

C

T

0.187

0.319

0.132

0.113

0.238

0.405

0.124

0.292

0.168

chr16

77856955

C

T

0.357

0.432

0.076

0.269

0.379

0.534

0.110

0.265

0.155

chr17

77388581

A

G

0.254

0.226

0.028

0.274

0.146

0.299

0.128

0.025

0.154

chr17

79668813

G

A

0.440

0.426

0.014

0.444

0.429

0.426

0.015

0.018

0.003

chr18

53659440

G

A

0.509

0.463

0.046

0.507

0.451

0.500

0.055

0.006

0.049

chr18

70696212

C

A

0.124

0.171

0.048

0.096

0.168

0.179

0.072

0.083

0.011

chr19

3035008

G

A

0.229

0.269

0.040

0.207

0.291

0.248

0.084

0.042

0.043

chr19

6802211

T

C

0.164

0.188

0.024

0.118

0.277

0.131

0.159

0.013

0.146

chr19

9916169

G

A

0.445

0.474

0.029

0.413

0.449

0.514

0.036

0.102

0.065

chr19

13840476

G

A

0.127

0.214

0.087

0.076

0.308

0.126

0.232

0.050

0.182

chr19

14183472

G

A

0.519

0.206

0.313

0.523

0.468

0.090

0.055

0.432

0.377

chr19

14337213

T

C

0.472

0.350

0.122

0.496

0.269

0.469

0.227

0.027

0.200

chr19

15160971

A

C

0.325

0.509

0.184

0.302

0.486

0.466

0.184

0.164

0.020

chr19

47366874

G

A

0.183

0.230

0.048

0.175

0.189

0.257

0.014

0.082

0.068

chr19

52125587

C

T

0.489

0.386

0.104

0.532

0.405

0.375

0.127

0.157

0.030

chr19

52960498

G

A

0.287

0.198

0.089

0.358

0.131

0.239

0.227

0.119

0.108

chr19

53650389

C

G

0.397

0.421

0.024

0.364

0.412

0.451

0.047

0.086

0.039

chr20

18839854

T

C

0.203

0.330

0.126

0.172

0.376

0.252

0.204

0.080

0.124

chr20

19030347

A

G

0.412

0.466

0.054

0.400

0.451

0.467

0.051

0.067

0.016

chr20

56038933

C

T

0.073

0.078

0.005

0.079

0.107

0.041

0.028

0.038

0.066