Skip to main content

Table 1 SNPs with minor allele frequencies (MAF) determined through STRUCTURE analysis

From: Genetic substructure in cynomolgus macaques (Macaca fascicularis) on the island of Mauritius

   K = 2 K = 3
Chromosome Position Allele 1 Allele 2 MAF* Pop1 MAF* Pop2 ΔMAF MAF* Pop1 MAF* Pop2 MAF* Pop3 ΔMAF (1,2) ΔMAF (1,3) ΔMAF (2,3)
chr1 9589467 G A 0.154 0.272 0.117 0.146 0.198 0.298 0.052 0.152 0.100
chr1 62765400 C T 0.265 0.357 0.092 0.190 0.483 0.254 0.293 0.063 0.230
chr1 112321563 C T 0.530 0.417 0.112 0.547 0.496 0.376 0.05 0.171 0.120
chr1 114484199 G A 0.290 0.202 0.088 0.261 0.326 0.147 0.065 0.114 0.179
chr1 128959247 C G 0.367 0.359 0.008 0.363 0.436 0.288 0.073 0.075 0.148
chr1 197826522 G A 0.361 0.261 0.101 0.425 0.216 0.293 0.210 0.132 0.078
chr1 215456600 A G 0.164 0.208 0.044 0.156 0.206 0.198 0.051 0.042 0.008
chr2 20855998 T C 0.292 0.342 0.050 0.272 0.395 0.283 0.123 0.011 0.112
chr2 34182166 G C 0.351 0.498 0.147 0.262 0.627 0.381 0.366 0.119 0.246
chr2 87829723 G A 0.256 0.085 0.172 0.337 0.117 0.055 0.221 0.282 0.062
chr2 90581348 T C 0.290 0.169 0.121 0.349 0.167 0.173 0.181 0.176 0.005
chr2 97192885 G A 0.180 0.154 0.026 0.195 0.096 0.209 0.100 0.014 0.113
chr2 133230027 A T 0.388 0.341 0.046 0.413 0.304 0.376 0.109 0.037 0.072
chr2 134823729 T C 0.338 0.352 0.014 0.363 0.278 0.397 0.085 0.034 0.120
chr2 136472042 G T 0.118 0.116 0.002 0.150 0.049 0.152 0.101 0.003 0.103
chr3 95549222 T C 0.469 0.470 0.001 0.471 0.478 0.461 0.007 0.010 0.017
chr3 164081759 A G 0.215 0.336 0.121 0.168 0.358 0.300 0.190 0.132 0.058
chr3 192188304 A G 0.441 0.404 0.037 0.434 0.414 0.418 0.020 0.016 0.004
chr4 46479393 G A 0.150 0.571 0.421 0.118 0.211 0.746 0.093 0.628 0.535
chr4 46834407 C T 0.189 0.571 0.382 0.163 0.207 0.765 0.044 0.602 0.559
chr4 47617528 A C 0.487 0.272 0.215 0.528 0.419 0.189 0.109 0.338 0.229
chr4 116987652 T G 0.209 0.324 0.115 0.178 0.330 0.295 0.152 0.117 0.035
chr4 131253869 C T 0.417 0.384 0.033 0.388 0.429 0.382 0.041 0.006 0.047
chr5 96690554 C T 0.177 0.263 0.085 0.134 0.291 0.234 0.157 0.100 0.057
chr5 178329879 T C 0.149 0.316 0.167 0.122 0.326 0.251 0.204 0.128 0.076
chr6 72896506 T C 0.468 0.266 0.202 0.507 0.309 0.283 0.198 0.224 0.026
chr6 86863653 C T 0.414 0.347 0.067 0.463 0.334 0.346 0.128 0.116 0.012
chr6 145047256 C A 0.132 0.240 0.108 0.107 0.203 0.250 0.096 0.143 0.047
chr7 30401169 C G 0.351 0.375 0.024 0.348 0.407 0.335 0.059 0.013 0.072
chr7 53553308 C T 0.427 0.209 0.219 0.468 0.263 0.222 0.205 0.246 0.042
chr7 59074588 T G 0.147 0.145 0.002 0.155 0.133 0.151 0.022 0.004 0.018
chr7 87206195 T A 0.410 0.322 0.088 0.436 0.355 0.305 0.081 0.131 0.050
chr7 101174441 G C 0.272 0.309 0.037 0.262 0.246 0.364 0.015 0.102 0.118
chr7 144144421 G C 0.456 0.357 0.099 0.487 0.301 0.432 0.186 0.055 0.131
chr7 154450353 G T 0.521 0.438 0.083 0.551 0.413 0.473 0.138 0.078 0.060
chr7 162987878 G A 0.231 0.280 0.049 0.178 0.317 0.269 0.139 0.091 0.049
chr7 168414331 C T 0.164 0.136 0.028 0.189 0.158 0.105 0.031 0.084 0.053
chr8 28713522 G A 0.294 0.241 0.053 0.301 0.246 0.255 0.055 0.046 0.009
chr8 38422084 C T 0.319 0.276 0.044 0.337 0.220 0.336 0.118 0.001 0.116
chr8 55827375 G A 0.331 0.326 0.005 0.293 0.293 0.401 0.001 0.108 0.107
chr8 67208693 A G 0.259 0.471 0.212 0.193 0.446 0.459 0.253 0.267 0.013
chr8 143859237 G A 0.153 0.193 0.040 0.111 0.262 0.143 0.151 0.032 0.119
chr9 25787241 A G 0.187 0.229 0.042 0.189 0.180 0.258 0.009 0.069 0.077
chr9 90272749 T C 0.054 0.268 0.214 0.030 0.265 0.192 0.235 0.162 0.073
chr9 132778054 T C 0.361 0.513 0.151 0.299 0.549 0.463 0.251 0.164 0.086
chr10 10319647 C G 0.510 0.385 0.125 0.538 0.408 0.395 0.130 0.142 0.013
chr10 38608009 G A 0.144 0.271 0.127 0.119 0.319 0.185 0.200 0.066 0.133
chr10 87110837 C T 0.293 0.153 0.140 0.316 0.251 0.101 0.065 0.215 0.150
chr10 90566608 A G 0.131 0.243 0.112 0.085 0.304 0.170 0.219 0.086 0.134
chr11 7005631 C G 0.275 0.531 0.256 0.190 0.519 0.503 0.329 0.313 0.016
chr11 13375736 G T 0.147 0.127 0.020 0.167 0.087 0.159 0.080 0.008 0.072
chr11 99848243 G A 0.195 0.396 0.202 0.146 0.412 0.333 0.266 0.186 0.079
chr11 123966677 C T 0.384 0.467 0.083 0.380 0.416 0.482 0.036 0.102 0.066
chr12 94765925 G A 0.600 0.307 0.294 0.672 0.405 0.280 0.267 0.392 0.125
chr12 94964954 C G 0.180 0.418 0.237 0.136 0.291 0.475 0.156 0.339 0.183
chr12 100440950 G A 0.234 0.220 0.014 0.240 0.230 0.212 0.010 0.027 0.017
chr13 49122594 G A 0.282 0.362 0.080 0.233 0.370 0.364 0.137 0.130 0.007
chr13 125692849 C G 0.251 0.420 0.169 0.181 0.468 0.356 0.287 0.175 0.112
chr13 133631999 A G 0.234 0.348 0.114 0.205 0.399 0.269 0.194 0.064 0.130
chr13 134111985 G A 0.155 0.084 0.071 0.188 0.073 0.098 0.115 0.090 0.025
chr14 451418 C T 0.179 0.302 0.123 0.135 0.378 0.210 0.243 0.075 0.167
chr14 3231322 A G 0.220 0.253 0.033 0.219 0.202 0.290 0.017 0.071 0.088
chr14 10137714 A G 0.233 0.160 0.074 0.296 0.134 0.160 0.162 0.136 0.025
chr14 44393953 A G 0.138 0.222 0.085 0.091 0.274 0.175 0.183 0.084 0.099
chr14 52927439 G A 0.442 0.503 0.060 0.435 0.497 0.487 0.062 0.052 0.010
chr14 57078000 A G 0.395 0.379 0.016 0.424 0.370 0.369 0.054 0.055 0.002
chr14 65934862 C A 0.304 0.196 0.108 0.373 0.147 0.229 0.226 0.145 0.082
chr14 69046745 G A 0.233 0.062 0.172 0.327 0.048 0.064 0.280 0.263 0.017
chr14 71412148 C T 0.404 0.220 0.184 0.513 0.169 0.254 0.344 0.259 0.085
chr14 91544113 C T 0.407 0.493 0.086 0.338 0.494 0.517 0.157 0.179 0.023
chr14 103525965 G A 0.052 0.202 0.150 0.037 0.173 0.175 0.136 0.138 0.002
chr14 117290848 C T 0.301 0.293 0.009 0.340 0.188 0.364 0.152 0.023 0.175
chr15 8694018 C G 0.390 0.388 0.002 0.395 0.371 0.401 0.024 0.006 0.030
chr15 37923113 C T 0.395 0.381 0.015 0.420 0.313 0.432 0.107 0.012 0.119
chr15 85452749 T C 0.452 0.442 0.009 0.471 0.400 0.469 0.071 0.002 0.069
chr16 69710848 G A 0.184 0.216 0.032 0.175 0.260 0.166 0.085 0.009 0.094
chr16 77232074 C T 0.187 0.319 0.132 0.113 0.238 0.405 0.124 0.292 0.168
chr16 77856955 C T 0.357 0.432 0.076 0.269 0.379 0.534 0.110 0.265 0.155
chr17 77388581 A G 0.254 0.226 0.028 0.274 0.146 0.299 0.128 0.025 0.154
chr17 79668813 G A 0.440 0.426 0.014 0.444 0.429 0.426 0.015 0.018 0.003
chr18 53659440 G A 0.509 0.463 0.046 0.507 0.451 0.500 0.055 0.006 0.049
chr18 70696212 C A 0.124 0.171 0.048 0.096 0.168 0.179 0.072 0.083 0.011
chr19 3035008 G A 0.229 0.269 0.040 0.207 0.291 0.248 0.084 0.042 0.043
chr19 6802211 T C 0.164 0.188 0.024 0.118 0.277 0.131 0.159 0.013 0.146
chr19 9916169 G A 0.445 0.474 0.029 0.413 0.449 0.514 0.036 0.102 0.065
chr19 13840476 G A 0.127 0.214 0.087 0.076 0.308 0.126 0.232 0.050 0.182
chr19 14183472 G A 0.519 0.206 0.313 0.523 0.468 0.090 0.055 0.432 0.377
chr19 14337213 T C 0.472 0.350 0.122 0.496 0.269 0.469 0.227 0.027 0.200
chr19 15160971 A C 0.325 0.509 0.184 0.302 0.486 0.466 0.184 0.164 0.020
chr19 47366874 G A 0.183 0.230 0.048 0.175 0.189 0.257 0.014 0.082 0.068
chr19 52125587 C T 0.489 0.386 0.104 0.532 0.405 0.375 0.127 0.157 0.030
chr19 52960498 G A 0.287 0.198 0.089 0.358 0.131 0.239 0.227 0.119 0.108
chr19 53650389 C G 0.397 0.421 0.024 0.364 0.412 0.451 0.047 0.086 0.039
chr20 18839854 T C 0.203 0.330 0.126 0.172 0.376 0.252 0.204 0.080 0.124
chr20 19030347 A G 0.412 0.466 0.054 0.400 0.451 0.467 0.051 0.067 0.016
chr20 56038933 C T 0.073 0.078 0.005 0.079 0.107 0.041 0.028 0.038 0.066
  1. Data for two (K = 2) and three (K = 3) subpopulations is shown. Some SNPs failed to differentiate between the subpopulations and are emphasized; given a K of 2, ΔMAF values less than 1% are highlighted in dark grey and ΔMAF values between 1% and 2% are highlighted in light grey. Minor allele designation is made relative to the population as a whole; some subpopulations may have minor allele frequencies greater than 0.5. ΔMAF: Difference in minor allele frequencies between subpopulations.