TY - JOUR AU - Kharchenko, P. V. AU - Alekseyenko, A. A. AU - Schwartz, Y. B. AU - Minoda, A. AU - Riddle, N. C. AU - Ernst, J. AU - Sabo, P. J. AU - Larschan, E. AU - Gorchakov, A. A. AU - Gu, T. AU - Linder-Basso, D. AU - Plachetka, A. AU - Shanower, G. AU - Tolstorukov, M. Y. AU - Luquette, L. J. AU - Xi, R. AU - Jung, Y. L. AU - Park, R. W. AU - Bishop, E. P. AU - Canfield, T. K. AU - Sandstrom, R. AU - Thurman, R. E. AU - MacAlpine, D. M. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Kellis, M. AU - Elgin, S. C. R. AU - Kuroda, M. I. AU - Pirrotta, V. AU - Karpen, G. H. AU - Park, P. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster JO - Nature VL - 471 UR - https://doi.org/10.1038/nature09725 DO - 10.1038/nature09725 ID - Kharchenko2011 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. K. AU - Koche, R. P. AU - Lee, W. AU - Mendenhall, E. AU - O’Donovan, A. AU - Presser, A. AU - Russ, C. AU - Xie, X. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Jaenisch, R. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Bernstein, B. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Landt, S. G. AU - Marinov, G. K. AU - Kundaje, A. AU - Kheradpour, P. AU - Pauli, F. AU - Batzoglou, S. AU - Bernstein, B. E. AU - Bickel, P. AU - Brown, J. B. AU - Cayting, P. AU - Chen, Y. AU - DeSalvo, G. AU - Epstein, C. AU - Fisher-Aylor, K. I. AU - Euskirchen, G. AU - Gerstein, M. AU - Gertz, J. AU - Hartemink, A. J. AU - Hoffman, M. M. AU - Iyer, V. R. AU - Jung, Y. L. AU - Karmakar, S. AU - Kellis, M. AU - Kharchenko, P. V. AU - Li, Q. AU - Liu, T. AU - Liu, X. S. AU - Ma, L. AU - Milosavljevic, A. AU - Myers, R. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136184.111 DO - 10.1101/gr.136184.111 ID - Landt2012 ER - TY - JOUR AU - Wilbanks, E. G. AU - Facciotti, M. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evaluation of algorithm performance in ChIP-Seq peak detection JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011471 DO - 10.1371/journal.pone.0011471 ID - Wilbanks2010 ER - TY - JOUR AU - Zang, C. AU - Schones, D. E. AU - Zeng, C. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. AU - Peng, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp340 DO - 10.1093/bioinformatics/btp340 ID - Zang2009 ER - TY - JOUR AU - Song, Q. AU - Smith, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identifying dispersed epigenomic domains from ChIP-Seq data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr030 DO - 10.1093/bioinformatics/btr030 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Hoang, S. A. AU - Xu, X. AU - Bekiranov, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quantification of histone modification ChIP-seq enrichment for data mining and machine learning applications JO - BMC Res Notes VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-4-288 DO - 10.1186/1756-0500-4-288 ID - Hoang2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, H. AU - Wei, C. L. AU - Lin, F. AU - Sung, W. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - An HMM approach to genome-wide identification of differential histone modification sites from ChIP-seq data JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn402 DO - 10.1093/bioinformatics/btn402 ID - Xu2008 ER - TY - JOUR AU - Strahl, B. D. AU - Allis, C. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - The language of covalent histone modifications JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/47412 DO - 10.1038/47412 ID - Strahl2000 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Zang, C. AU - Rosenfeld, J. A. AU - Schones, D. E. AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Peng, W. AU - Zhang, M. Q. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Combinatorial patterns of histone acetylations and methylations in the human genome JO - Nature Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.154 DO - 10.1038/ng.154 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Ye, T. AU - Krebs, A. R. AU - Choukrallah, M. A. AU - Keime, C. AU - Plewniak, F. AU - Davidson, I. AU - Tora, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - seqMINER: an integrated ChIP-seq data interpretation platform JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1287 DO - 10.1093/nar/gkq1287 ID - Ye2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Han, J. D. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Application of Bayesian networks on large-scale biological data JO - Front Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1007/s11515-010-0023-8 DO - 10.1007/s11515-010-0023-8 ID - Liu2010 ER - TY - JOUR AU - Santoni, F. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - EMdeCODE: a novel algorithm capable of reading words of epigenetic code to predict enhancers and retroviral integration sites and to identify H3R2me1 as a distinctive mark of coding versus non-coding genes JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1214 DO - 10.1093/nar/gks1214 ID - Santoni2013 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChromHMM: automating chromatin-state discovery and characterization JO - Nature Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1906 DO - 10.1038/nmeth.1906 ID - Ernst2012 ER - TY - CHAP AU - Hoffman, M. M. AU - Buske, O. J. AU - Bilmes, J. A. AU - Noble, W. S. PY - 2011 DA - 2011// BT - Segway: simultaneous segmentation of multiple functional genomics data sets with heterogeneous patterns of missing data ID - Hoffman2011 ER - TY - JOUR AU - Hoffman, M. M. AU - Buske, O. J. AU - Wang, J. AU - Weng, Z. AU - Bilmes, J. A. AU - Noble, W. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Unsupervised pattern discovery in human chromatin structure through genomic segmentation JO - Nature Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1937 DO - 10.1038/nmeth.1937 ID - Hoffman2012 ER - TY - JOUR AU - Hon, G. AU - Ren, B. AU - Wang, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - ChromaSig: a probabilistic approach to finding common chromatin signatures in the human genome JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000201 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000201 ID - Hon2008 ER - TY - JOUR AU - Ucar, D. AU - Hu, Q. AU - Tan, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Combinatorial chromatin modification patterns in the human genome revealed by subspace clustering JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr016 DO - 10.1093/nar/gkr016 ID - Ucar2011 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kheradpour, P. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Shoresh, N. AU - Ward, L. D. AU - Epstein, C. B. AU - Zhang, X. AU - Wang, L. AU - Issner, R. AU - Coyne, M. AU - Ku, M. AU - Durham, T. AU - Kellis, M. AU - Bernstein, B. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature09906 DO - 10.1038/nature09906 ID - Ernst2011 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Jørgensen, M. AU - Kolde, R. AU - Zhao, X. AU - Parker, B. AU - Valen, E. AU - Wen, J. AU - Sandelin, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Prediction of RNA Polymerase II recruitment, elongation and stalling from histone modification data JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-544 DO - 10.1186/1471-2164-12-544 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Hoang, S. AU - Mayo, M. W. AU - Bekiranov, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Application of machine learning methods to histone methylation ChIP-Seq data reveals H4R3me2 globally represses gene expression JO - BMC Bioinformatics VL - 11 ID - Xu2010 ER - TY - JOUR AU - Karlić, R. AU - Chung, H. R. AU - Lasserre, J. AU - Vlahoviček, K. AU - Vingron, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Histone modification levels are predictive for gene expression JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0909344107 DO - 10.1073/pnas.0909344107 ID - Karlić2010 ER - TY - JOUR AU - Nathans, L. L. AU - Oswald, F. L. AU - Nimon, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Interpreting multiple linear regression: a guidebook of variable importance JO - Pract Assessment, Res Eval VL - 17 ID - Nathans2012 ER - TY - JOUR AU - Chong, I. G. AU - Jun, C. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Performance of some variable selection methods when multicollinearity is present JO - Chemometrics Intell Lab Syst VL - 78 UR - https://doi.org/10.1016/j.chemolab.2004.12.011 DO - 10.1016/j.chemolab.2004.12.011 ID - Chong2005 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Discovery and characterization of chromatin states for systematic annotation of the human genome JO - Nat Biotech VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1662 DO - 10.1038/nbt.1662 ID - Ernst2010 ER - TY - JOUR AU - Ruthenburg, A. J. AU - Li, H. AU - Patel, D. J. AU - David Allis, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multivalent engagement of chromatin modifications by linked binding modules JO - Nature Rev Mol Cell Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2298 DO - 10.1038/nrm2298 ID - Ruthenburg2007 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. AU - Benner, C. AU - Spann, N. AU - Bertolino, E. AU - Lin, Y. C. AU - Laslo, P. AU - Cheng, J. X. AU - Murre, C. AU - Singh, H. AU - Glass, C. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Bonn, S. AU - Zinzen, R. P. AU - Girardot, C. AU - Gustafson, E. H. AU - Perez-Gonzalez, A. AU - Delhomme, N. AU - Ghavi-Helm, Y. AU - Wilczyéski, B. AU - Riddell, A. AU - Furlong, E. E. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tissue-specific analysis of chromatin state identifies temporal signatures of enhancer activity during embryonic development JO - Nature Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1064 DO - 10.1038/ng.1064 ID - Bonn2012 ER - TY - JOUR AU - Lee, D. D. AU - Seung, H. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Learning the parts of objects by non-negative matrix factorization JO - Nature VL - 401 UR - https://doi.org/10.1038/44565 DO - 10.1038/44565 ID - Lee1999 ER - TY - JOUR AU - Brunet, J. P. AU - Tamayo, P. AU - Golub, T. R. AU - Mesirov, J. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Metagenes and molecular pattern discovery using matrix factorization JO - Proc Natl Acad Sci VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0308531101 DO - 10.1073/pnas.0308531101 ID - Brunet2004 ER - TY - JOUR AU - Pascual-Montano, A. AU - Carmona-Saez, P. AU - Chagoyen, M. AU - Tirado, F. AU - Carazo, J. M. AU - Pascual-Marqui, R. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - bioNMF: a versatile tool for non-negative matrix factorization in biology JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-366 DO - 10.1186/1471-2105-7-366 ID - Pascual-Montano2006 ER - TY - JOUR AU - Lin, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Projected gradient methods for nonnegative matrix factorization JO - Neural Comput VL - 19 UR - https://doi.org/10.1162/neco.2007.19.10.2756 DO - 10.1162/neco.2007.19.10.2756 ID - Lin2007 ER - TY - JOUR AU - Boutsidis, C. AU - Gallopoulos, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - SVD based initialization: A head start for nonnegative matrix factorization JO - Pattern Recognit VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.patcog.2007.09.010 DO - 10.1016/j.patcog.2007.09.010 ID - Boutsidis2008 ER - TY - JOUR AU - Hoyer, P. O. PY - 2004 DA - 2004// TI - Non-negative matrix factorization with sparseness constraints JO - J Mach Learn Res VL - 5 ID - Hoyer2004 ER - TY - JOUR AU - Devarajan, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nonnegative matrix factorization: an analytical and interpretive tool in computational biology JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000029 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000029 ID - Devarajan2008 ER - TY - JOUR AU - Jain, A. AU - Nandakumar, K. AU - Ross, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Score normalization in multimodal biometric systems JO - Pattern Recognit VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.patcog.2005.01.012 DO - 10.1016/j.patcog.2005.01.012 ID - Jain2005 ER - TY - CHAP AU - Okun, O. AU - Priisalu, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nonnegative matrix factorization for pattern recognition BT - Pattern Recognition ID - Okun2005 ER - TY - JOUR AU - Wong, M. M. AU - Cox, L. K. AU - Chrivia, J. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - The chromatin remodeling protein, SRCAP, is critical for deposition of the histone variant H2A.Z at promoters JO - J Biol Chem VL - 282 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M703418200 DO - 10.1074/jbc.M703418200 ID - Wong2007 ER - TY - JOUR AU - Calo, E. AU - Wysocka, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Modification of enhancer chromatin: what, how, and why? JO - Mol Cell VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.01.038 DO - 10.1016/j.molcel.2013.01.038 ID - Calo2013 ER - TY - JOUR AU - Bannister, A. J. AU - Kouzarides, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Regulation of chromatin by histone modifications JO - Cell Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2011.22 DO - 10.1038/cr.2011.22 ID - Bannister2011 ER - TY - JOUR AU - Papp, B. AU - Plath, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Reprogramming to pluripotency: stepwise resetting of the epigenetic landscape JO - Cell Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2011.28 DO - 10.1038/cr.2011.28 ID - Papp2011 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Lieber, M. AU - Smith, B. AU - Szakal, A. AU - Nelson-Rees, W. AU - Todaro, G. PY - 1976 DA - 1976// TI - A continuous tumor-cell line from a human lung carcinoma with properties of type II alveolar epithelial cells JO - Int J Cancer. Journal International Du Cancer VL - 17 UR - https://doi.org/10.1002/ijc.2910170110 DO - 10.1002/ijc.2910170110 ID - Lieber1976 ER - TY - JOUR AU - Liokatis, S. AU - Stützer, A. AU - Elsüsser, S. J. AU - Theillet, F. X. AU - Klingberg, R. AU - van Rossum, B. AU - Schwarzer, D. AU - Allis, C. D. AU - Fischle, W. AU - Selenko, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phosphorylation of histone H3 Ser10 establishes a hierarchy for subsequent intramolecular modification events JO - Nature Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2310 DO - 10.1038/nsmb.2310 ID - Liokatis2012 ER - TY - JOUR AU - Guccione, E. AU - Martinato, F. AU - Finocchiaro, G. AU - Luzi, L. AU - Tizzoni, L. AU - Dall’ Olio, V. AU - Zardo, G. AU - Nervi, C. AU - Bernard, L. AU - Amati, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Myc-binding-site recognition in the human genome is determined by chromatin context JO - Nature Cell Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1434 DO - 10.1038/ncb1434 ID - Guccione2006 ER - TY - CHAP AU - Schuster-Böckler, B. AU - Lehner, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Chromatin organization is a major influence on regional mutation rates in human cancer cells BT - Nature ID - Schuster-Böckler2012 ER - TY - JOUR AU - Kiang, M. Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparative assessment of classification methods JO - Decis Support Syst VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-9236(02)00110-0 DO - 10.1016/S0167-9236(02)00110-0 ID - Kiang2003 ER - TY - JOUR AU - Park, M. Y. AU - Hastie, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Penalized logistic regression for detecting gene interactions JO - Biostatistics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxm010 DO - 10.1093/biostatistics/kxm010 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Farrar, D. E. AU - Glauber, R. R. PY - 1967 DA - 1967// TI - Multicollinearity in regression analysis: the problem revisited JO - Rev Econ Stat VL - 49 UR - https://doi.org/10.2307/1937887 DO - 10.2307/1937887 ID - Farrar1967 ER - TY - JOUR AU - Ward, J. H. PY - 1963 DA - 1963// TI - Hierarchical grouping to optimize an objective function JO - J Am Stat Assoc VL - 58 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1963.10500845 DO - 10.1080/01621459.1963.10500845 ID - Ward1963 ER - TY - STD TI - Cosine similarity. 2013, [http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Cosine_similarity&oldid=572823419] [Page Version ID: 572823419], UR - http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Cosine_similarity&oldid=572823419 ID - ref51 ER - TY - JOUR AU - Munkres, J. PY - 1957 DA - 1957// TI - Algorithms for the assignment and transportation problems JO - J Soc Ind Appl Math VL - 5 UR - https://doi.org/10.1137/0105003 DO - 10.1137/0105003 ID - Munkres1957 ER - TY - JOUR AU - Dong, X. AU - Greven, M. C. AU - Kundaje, A. AU - Djebali, S. AU - Brown, J. B. AU - Cheng, C. AU - Gingeras, T. R. AU - Gerstein, M. AU - Guigó, R. AU - Birney, E. AU - Weng, Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - Modeling gene expression using chromatin features in various cellular contexts JO - Genome Biology VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-9-r53 DO - 10.1186/gb-2012-13-9-r53 ID - Dong2012 ER - TY - JOUR AU - Guenther, M. G. AU - Levine, S. S. AU - Boyer, L. A. AU - Jaenisch, R. AU - Young, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A chromatin landmark and transcription initiation at most promoters in human cells JO - Cell VL - 130 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.042 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.042 ID - Guenther2007 ER - TY - JOUR AU - De Santa, F. AU - Barozzi, I. AU - Mietton, F. AU - Ghisletti, S. AU - Polletti, S. AU - Tusi, B. K. AU - Muller, H. AU - Ragoussis, J. AU - Wei, C. L. AU - Natoli, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - A large fraction of extragenic RNA pol II transcription sites overlap enhancers JO - PLoS Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000384 DO - 10.1371/journal.pbio.1000384 ID - De Santa2010 ER - TY - JOUR AU - Rada-Iglesias, A. AU - Bajpai, R. AU - Swigut, T. AU - Brugmann, S. A. AU - Flynn, R. A. AU - Wysocka, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09692 DO - 10.1038/nature09692 ID - Rada-Iglesias2011 ER - TY - JOUR AU - Pekowska, A. AU - Benoukraf, T. AU - Zacarias-Cabeza, J. AU - Belhocine, M. AU - Koch, F. AU - Holota, H. AU - Imbert, J. AU - Andrau, J. C. AU - Ferrier, P. AU - Spicuglia, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - H3K4 tri-methylation provides an epigenetic signature of active enhancers JO - EMBO J VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/emboj.2011.295 DO - 10.1038/emboj.2011.295 ID - Pekowska2011 ER - TY - JOUR AU - Bargaje, R. AU - Alam, M. P. AU - Patowary, A. AU - Sarkar, M. AU - Ali, T. AU - Gupta, S. AU - Garg, M. AU - Singh, M. AU - Purkanti, R. AU - Scaria, V. AU - Sivasubbu, S. AU - Brahmachari, V. AU - Pillai, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proximity of H2A.Z containing nucleosome to the transcription start site influences gene expression levels in the mammalian liver and brain JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks665 DO - 10.1093/nar/gks665 ID - Bargaje2012 ER - TY - JOUR AU - Hu, G. AU - Cui, K. AU - Northrup, D. AU - Liu, C. AU - Wang, C. AU - Tang, Q. AU - Ge, K. AU - Levens, D. AU - Crane-Robinson, C. AU - Zhao, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - H2A.Z facilitates access of active and repressive complexes to chromatin in embryonic stem cell self-renewal and differentiation JO - Cell Stem Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2012.11.003 DO - 10.1016/j.stem.2012.11.003 ID - Hu2013 ER - TY - JOUR AU - Meissner, A. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gu, H. AU - Wernig, M. AU - Hanna, J. AU - Sivachenko, A. AU - Zhang, X. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. AU - Gnirke, A. AU - Jaenisch, R. AU - Lander, E. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells JO - Nature VL - 454 ID - Meissner2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Zhang, X. S. AU - Xia, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Predicting eukaryotic transcriptional cooperativity by Bayesian network integration of genome-wide data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp625 DO - 10.1093/nar/gkp625 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Hon, G. C. AU - Hawkins, R. D. AU - Ren, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Predictive chromatin signatures in the mammalian genome JO - Human Mol Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddp409 DO - 10.1093/hmg/ddp409 ID - Hon2009 ER - TY - JOUR AU - Asp, P. AU - Blum, R. AU - Vethantham, V. AU - Parisi, F. AU - Micsinai, M. AU - Cheng, J. AU - Bowman, C. AU - Kluger, Y. AU - Dynlacht, B. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide remodeling of the epigenetic landscape during myogenic differentiation JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1102223108 DO - 10.1073/pnas.1102223108 ID - Asp2011 ER - TY - JOUR AU - Liberzon, A. AU - Subramanian, A. AU - Pinchback, R. AU - Thorvaldsdóttir, H. AU - Tamayo, P. AU - Mesirov, J. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular signatures database (MSigDB) 3.0 JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr260 DO - 10.1093/bioinformatics/btr260 ID - Liberzon2011 ER - TY - JOUR AU - Newton, M. A. AU - Quintana, F. A. AU - Boon, J. A. d. AU - Sengupta, S. AU - Ahlquist, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Random-set methods identify distinct aspects of the enrichment signal in gene-set analysis JO - Ann Appl Stat VL - 1 UR - https://doi.org/10.1214/07-AOAS104 DO - 10.1214/07-AOAS104 ID - Newton2007 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Kuehn, H. AU - Gould, J. AU - Tamayo, P. AU - Mesirov, J. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - GSEA-P: a desktop application for gene set enrichment analysis JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm369 DO - 10.1093/bioinformatics/btm369 ID - Subramanian2007 ER - TY - JOUR AU - Moran, J. L. AU - Li, Y. AU - Hill, A. A. AU - Mounts, W. M. AU - Miller, C. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression changes during mouse skeletal myoblast differentiation revealed by transcriptional profiling JO - Physiolo Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00011.2002 DO - 10.1152/physiolgenomics.00011.2002 ID - Moran2002 ER - TY - JOUR AU - Jean-Baptiste, G. AU - Yang, Z. AU - Khoury, C. AU - Gaudio, S. AU - Greenwood, M. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Peptide and non-peptide G-protein coupled receptors (GPCRs) in skeletal muscle JO - Peptides VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.peptides.2005.03.011 DO - 10.1016/j.peptides.2005.03.011 ID - Jean-Baptiste2005 ER - TY - JOUR AU - Rayman, J. B. AU - Takahashi, Y. AU - Indjeian, V. B. AU - Dannenberg, J. H. AU - Catchpole, S. AU - Watson, R. J. AU - te Riele, H. AU - Dynlacht, B. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - E2F mediates cell cycle-dependent transcriptional repression in vivo by recruitment of an HDAC1/mSin3B corepressor complex JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.969202 DO - 10.1101/gad.969202 ID - Rayman2002 ER - TY - JOUR AU - Kennedy, P. J. AU - Feng, J. AU - Robison, A. J. AU - Maze, I. AU - Badimon, A. AU - Mouzon, E. AU - Chaudhury, D. AU - Damez-Werno, D. M. AU - Haggarty, S. J. AU - Han, M. H. AU - Bassel-Duby, R. AU - Olson, E. N. AU - Nestler, E. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Class I HDAC inhibition blocks cocaine-induced plasticity by targeted changes in histone methylation JO - Nature Neurosci VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nn.3354 DO - 10.1038/nn.3354 ID - Kennedy2013 ER - TY - JOUR AU - Lang, K. C. AU - Lin, I. H. AU - Teng, H. F. AU - Huang, Y. C. AU - Li, C. L. AU - Tang, K. T. AU - Chen, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Simultaneous overexpression of Oct4 and Nanog abrogates terminal myogenesis JO - Am J Physiol - Cell Physiol VL - 297 UR - https://doi.org/10.1152/ajpcell.00468.2008 DO - 10.1152/ajpcell.00468.2008 ID - Lang2009 ER - TY - JOUR AU - Tan, K. Y. AU - Eminli, S. AU - Hettmer, S. AU - Hochedlinger, K. AU - Wagers, A. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Efficient generation of iPS cells from skeletal muscle stem cells JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0026406 DO - 10.1371/journal.pone.0026406 ID - Tan2011 ER - TY - JOUR AU - Müller, F. J. AU - Laurent, L. C. AU - Kostka, D. AU - Ulitsky, I. AU - Williams, R. AU - Lu, C. AU - Park, I. H. AU - Rao, M. S. AU - Shamir, R. AU - Schwartz, P. H. AU - Schmidt, N. O. AU - Loring, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulatory networks define phenotypic classes of human stem cell lines JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07213 DO - 10.1038/nature07213 ID - Müller2008 ER - TY - JOUR AU - Wong, D. J. AU - Liu, H. AU - Ridky, T. W. AU - Cassarino, D. AU - Segal, E. AU - Chang, H. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Module map of stem cell genes guides creation of epithelial cancer stem cells JO - Cell Stem Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2008.02.009 DO - 10.1016/j.stem.2008.02.009 ID - Wong2008 ER - TY - JOUR AU - Guillamet, D. AU - Vitrià, J. AU - Schiele, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Introducing a weighted non-negative matrix factorization for image classification JO - Pattern Recognit Lett VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-8655(03)00089-8 DO - 10.1016/S0167-8655(03)00089-8 ID - Guillamet2003 ER - TY - CHAP AU - Li, S. Z. AU - Hou, X. AU - Zhang, H. AU - Cheng, Q. PY - 2001 DA - 2001// TI - Learning spatially localized, parts-based representation BT - Proceedings of the ID - Li2001 ER - TY - JOUR AU - Orkin, S. AU - Hochedlinger, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chromatin connections to pluripotency and cellular reprogramming JO - Cell VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.05.019 DO - 10.1016/j.cell.2011.05.019 ID - Orkin2011 ER - TY - JOUR AU - van der Walt, S. AU - Colbert, S. AU - Varoquaux, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - The NumPy array: a structure for efficient numerical computation JO - Comput Sci Eng VL - 13 UR - https://doi.org/10.1109/MCSE.2011.37 DO - 10.1109/MCSE.2011.37 ID - van der Walt2011 ER - TY - CHAP AU - Jones, E. AU - Oliphant, T. AU - Peterson, P. PY - 2001 DA - 2001// BT - SciPy: Open source scientific tools for Python ID - Jones2001 ER - TY - JOUR AU - Pedregosa, F. AU - Varoquaux, G. AU - Gramfort, A. AU - Michel, V. AU - Thirion, B. AU - Grisel, O. AU - Blondel, M. AU - Prettenhofer, P. AU - Weiss, R. AU - Dubourg, V. AU - Vanderplas, J. AU - Passos, A. AU - Cournapeau, D. AU - Brucher, M. AU - Perrot, M. AU - Duchesnay, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scikit-learn: machine learning in Python JO - J Mach Learn Res VL - 12 ID - Pedregosa2011 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Harrow, J. AU - Frankish, A. AU - Gonzalez, J. M. AU - Tapanari, E. AU - Diekhans, M. AU - Kokocinski, F. AU - Aken, B. L. AU - Barrell, D. AU - Zadissa, A. AU - Searle, S. AU - Barnes, I. AU - Bignell, A. AU - Boychenko, V. AU - Hunt, T. AU - Kay, M. AU - Mukherjee, G. AU - Rajan, J. AU - Despacio-Reyes, G. AU - Saunders, G. AU - Steward, C. AU - Harte, R. AU - Lin, M. AU - Howald, C. AU - Tanzer, A. AU - Derrien, T. AU - Chrast, J. AU - Walters, N. AU - Balasubramanian, S. AU - Pei, B. AU - Tress, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.135350.111 DO - 10.1101/gr.135350.111 ID - Harrow2012 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J Royal Stat Soc. Ser B (Methodological) VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nature Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER -