TY - JOUR AU - Jin, J. AU - Li, Z. J. AU - Wang, S. W. AU - Wang, S. M. AU - Huang, D. H. AU - Li, Y. H. AU - Ma, Y. Y. AU - Wang, J. AU - Liu, F. AU - Chen, X. D. AU - Li, G. X. AU - Wang, X. T. AU - Wang, Z. Q. AU - Zhao, G. Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - Isolation and characterization of ZZ1, a novel lytic phage that infects Acinetobacter baumannii clinical isolates JO - BMC Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-156 DO - 10.1186/1471-2180-12-156 ID - Jin2012 ER - TY - JOUR AU - Petrov, V. M. AU - Ratnayaka, S. AU - Nolan, J. M. AU - Miller, E. S. AU - Karam, J. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomes of the T4-related bacteriophages as windows on microbial genome evolution JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-292 DO - 10.1186/1743-422X-7-292 ID - Petrov2010 ER - TY - JOUR AU - Miller, E. S. AU - Kutter, E. AU - Mosig, G. AU - Arisaka, F. AU - Kunisawa, T. AU - Ruger, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Bacteriophage T4 genome JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.67.1.86-156.2003 DO - 10.1128/MMBR.67.1.86-156.2003 ID - Miller2003 ER - TY - JOUR AU - Tetart, F. AU - Desplats, C. AU - Kutateladze, M. AU - Monod, C. AU - Ackermann, H. W. AU - Krisch, H. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Phylogeny of the major head and tail genes of the wide-ranging T4-type bacteriophages JO - J Bacteriol VL - 183 UR - https://doi.org/10.1128/JB.183.1.358-366.2001 DO - 10.1128/JB.183.1.358-366.2001 ID - Tetart2001 ER - TY - JOUR AU - Ackermann, H. W. AU - Krisch, H. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - A catalogue of T4-type bacteriophages JO - Arch Virol VL - 142 UR - https://doi.org/10.1007/s007050050246 DO - 10.1007/s007050050246 ID - Ackermann1997 ER - TY - JOUR AU - Arbiol, C. AU - Comeau, A. M. AU - Kutateladze, M. AU - Adamia, R. AU - Krisch, H. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mobile regulatory cassettes mediate modular shuffling in T4-type phage genomes JO - Genome Biol Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evq006 DO - 10.1093/gbe/evq006 ID - Arbiol2010 ER - TY - JOUR AU - Comeau, A. M. AU - Bertrand, C. AU - Letarov, A. AU - Tetart, F. AU - Krisch, H. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Modular architecture of the T4 phage superfamily: A conserved core genome and a plastic periphery JO - Virology VL - 362 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.12.031 DO - 10.1016/j.virol.2006.12.031 ID - Comeau2007 ER - TY - JOUR AU - Miller, E. S. AU - Heidelberg, J. F. AU - Eisen, J. A. AU - Nelson, W. C. AU - Durkin, A. S. AU - Ciecko, A. AU - Feldblyum, T. V. AU - White, O. AU - Paulsen, I. T. AU - Nierman, W. C. AU - Lee, J. AU - Szczypinski, B. AU - Fraser, C. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete genome sequence of the broad-host-range vibriophage KVP40: comparative genomics of a T4-related bacteriophage JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.17.5220-5233.2003 DO - 10.1128/JB.185.17.5220-5233.2003 ID - Miller2003 ER - TY - JOUR AU - Petrov, V. M. AU - Nolan, J. M. AU - Bertrand, C. AU - Levy, D. AU - Desplats, C. AU - Krisch, H. M. AU - Karam, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Plasticity of the gene functions for DNA replication in the T4-like phages JO - J Mol Biol VL - 361 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.05.071 DO - 10.1016/j.jmb.2006.05.071 ID - Petrov2006 ER - TY - JOUR AU - Mann, N. H. AU - Clokie, M. R. AU - Millard, A. AU - Cook, A. AU - Wilson, W. H. AU - Wheatley, P. J. AU - Letarov, A. AU - Krisch, H. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of S-PM2, a “photosynthetic” T4-type bacteriophage that infects marine Synechococcus strains JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.9.3188-3200.2005 DO - 10.1128/JB.187.9.3188-3200.2005 ID - Mann2005 ER - TY - JOUR AU - Nolan, J. M. AU - Petrov, V. AU - Bertrand, C. AU - Krisch, H. M. AU - Karam, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetic diversity among five T4-like bacteriophages JO - Virol J VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-3-30 DO - 10.1186/1743-422X-3-30 ID - Nolan2006 ER - TY - JOUR AU - Sullivan, M. B. AU - Coleman, M. L. AU - Weigele, P. AU - Rohwer, F. AU - Chisholm, S. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Three Prochlorococcus cyanophage genomes: signature features and ecological interpretations JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030144 DO - 10.1371/journal.pbio.0030144 ID - Sullivan2005 ER - TY - JOUR AU - Liao, W. C. AU - Ng, W. V. AU - Lin, I. H. AU - Syu, W. J. AU - Liu, T. T. AU - Chang, C. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - T4-Like genome organization of the Escherichia coli O157:H7 lytic phage AR1 JO - J Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02378-10 DO - 10.1128/JVI.02378-10 ID - Liao2011 ER - TY - JOUR AU - Desplats, C. AU - Krisch, H. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The diversity and evolution of the T4-type bacteriophages JO - Res Microbiol VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/S0923-2508(03)00069-X DO - 10.1016/S0923-2508(03)00069-X ID - Desplats2003 ER - TY - JOUR AU - Brussow, H. AU - Desiere, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Comparative phage genomics and the evolution of Siphoviridae: insights from dairy phages JO - Mol Microbiol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02228.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2001.02228.x ID - Brussow2001 ER - TY - JOUR AU - Chibani-Chennoufi, S. AU - Sidoti, J. AU - Bruttin, A. AU - Dillmann, M. L. AU - Kutter, E. AU - Qadri, F. AU - Sarker, S. A. AU - Brussow, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Isolation of Escherichia coli bacteriophages from the stool of pediatric diarrhea patients in Bangladesh JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.24.8287-8294.2004 DO - 10.1128/JB.186.24.8287-8294.2004 ID - Chibani-Chennoufi2004 ER - TY - JOUR AU - Zuber, S. AU - Ngom-Bru, C. AU - Barretto, C. AU - Bruttin, A. AU - Brussow, H. AU - Denou, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome analysis of phage JS98 defines a fourth major subgroup of t4-like phages in Escherichia coli JO - J Bacteriol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00838-07 DO - 10.1128/JB.00838-07 ID - Zuber2007 ER - TY - JOUR AU - Filee, J. AU - Bapteste, E. AU - Susko, E. AU - Krisch, H. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - A selective barrier to horizontal gene transfer in the T4-type bacteriophages that has preserved a core genome with the viral replication and structural genes JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl036 DO - 10.1093/molbev/msl036 ID - Filee2006 ER - TY - JOUR AU - Krisch, H. M. AU - Hamlett, N. V. AU - Berger, H. PY - 1972 DA - 1972// TI - Polynucleotide ligase in bacteriophage T4D recombination JO - Genetics VL - 72 ID - Krisch1972 ER - TY - JOUR AU - Singer, B. S. AU - Gold, L. AU - Gauss, P. AU - Doherty, D. H. PY - 1982 DA - 1982// TI - Determination of the amount of homology required for recombination in bacteriophage T4 JO - Cell VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90401-9 DO - 10.1016/0092-8674(82)90401-9 ID - Singer1982 ER - TY - JOUR AU - Repoila, F. AU - Tetart, F. AU - Bouet, J. Y. AU - Krisch, H. M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Genomic polymorphism in the T-even bacteriophages JO - EMBO J VL - 13 ID - Repoila1994 ER - TY - JOUR AU - Desplats, C. AU - Dez, C. AU - Tetart, F. AU - Eleaume, H. AU - Krisch, H. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Snapshot of the genome of the pseudo-T-even bacteriophage RB49 JO - J Bacteriol VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/JB.184.10.2789-2804.2002 DO - 10.1128/JB.184.10.2789-2804.2002 ID - Desplats2002 ER - TY - JOUR AU - Park, J. Y. AU - Kim, S. AU - Kim, S. M. AU - Cha, S. H. AU - Lim, S. K. AU - Kim, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii strain 1656–2, which forms sturdy biofilm JO - J Bacteriol VL - 193 UR - https://doi.org/10.1128/JB.06109-11 DO - 10.1128/JB.06109-11 ID - Park2011 ER - TY - JOUR AU - Gan, H. M. AU - Lean, S. S. AU - Suhaili, Z. AU - Thong, K. L. AU - Yeo, C. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of Acinetobacter baumannii AC12, a polymyxin-resistant strain isolated from Terengganu JO - Malaysia J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01466-12 DO - 10.1128/JB.01466-12 ID - Gan2012 ER - TY - JOUR AU - Liou, M. L. AU - Liu, C. C. AU - Lu, C. W. AU - Hsieh, M. F. AU - Chang, K. C. AU - Kuo, H. Y. AU - Lee, C. C. AU - Chang, C. T. AU - Yang, C. Y. AU - Tang, C. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of Acinetobacter baumannii TYTH-1 JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01860-12 DO - 10.1128/JB.01860-12 ID - Liou2012 ER - TY - JOUR AU - Liu, S. AU - Wang, Y. AU - Xu, J. AU - Li, Y. AU - Guo, J. AU - Ke, Y. AU - Yuan, X. AU - Wang, L. AU - Du, X. AU - Wang, Z. AU - Huang, L. AU - Zhang, N. AU - Chen, Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of an OXA23-producing, carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii strain of sequence type ST75 JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01440-12 DO - 10.1128/JB.01440-12 ID - Liu2012 ER - TY - JOUR AU - Pedulla, M. L. AU - Ford, M. E. AU - Houtz, J. M. AU - Karthikeyan, T. AU - Wadsworth, C. AU - Lewis, J. A. AU - Jacobs-Sera, D. AU - Falbo, J. AU - Gross, J. AU - Pannunzio, N. R. AU - Brucker, W. AU - Kumar, V. AU - Kandasamy, J. AU - Keenan, L. AU - Bardarov, S. AU - Kriakov, J. AU - Lawrence, J. G. AU - Jacobs, W. R. AU - Hendrix, R. W. AU - Hatfull, G. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Origins of highly mosaic mycobacteriophage genomes JO - Cell VL - 113 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)00233-2 DO - 10.1016/S0092-8674(03)00233-2 ID - Pedulla2003 ER - TY - JOUR AU - Kwan, T. AU - Liu, J. AU - DuBow, M. AU - Gros, P. AU - Pelletier, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The complete genomes and proteomes of 27 Staphylococcus aureus bacteriophages JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501140102 DO - 10.1073/pnas.0501140102 ID - Kwan2005 ER - TY - JOUR AU - Mackiewicz, P. AU - Zakrzewska-Czerwinska, J. AU - Zawilak, A. AU - Dudek, M. R. AU - Cebrat, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Where does bacterial replication start? Rules for predicting the oriC region JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh699 DO - 10.1093/nar/gkh699 ID - Mackiewicz2004 ER - TY - JOUR AU - Bailly-Bechet, M. AU - Vergassola, M. AU - Rocha, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Causes for the intriguing presence of tRNAs in phages JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6649807 DO - 10.1101/gr.6649807 ID - Bailly-Bechet2007 ER - TY - JOUR AU - Kunisawa, T. PY - 1992 DA - 1992// TI - Synonymous codon preferences in bacteriophage T4: a distinctive use of transfer RNAs from T4 and from its host Escherichia coli JO - J Theor Biol VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-5193(05)80725-8 DO - 10.1016/S0022-5193(05)80725-8 ID - Kunisawa1992 ER - TY - JOUR AU - Bell-Pedersen, D. AU - Quirk, S. AU - Clyman, J. AU - Belfort, M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Intron mobility in phage T4 is dependent upon a distinctive class of endonucleases and independent of DNA sequences encoding the intron core: mechanistic and evolutionary implications JO - Nucleic Acids Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/nar/18.13.3763 DO - 10.1093/nar/18.13.3763 ID - Bell-Pedersen1990 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. AU - Gold, L. PY - 1991 DA - 1991// TI - The phage T4 nrdB intron: a deletion mutant of a version found in the wild JO - Genes Dev VL - 5 UR - https://doi.org/10.1101/gad.5.6.1032 DO - 10.1101/gad.5.6.1032 ID - Eddy1991 ER - TY - JOUR AU - Quirk, S. M. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Tomaschewski, J. AU - Ruger, W. AU - Belfort, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - The inconsistent distribution of introns in the T-even phages indicates recent genetic exchanges JO - Nucleic Acids Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/nar/17.1.301 DO - 10.1093/nar/17.1.301 ID - Quirk1989 ER - TY - JOUR AU - Landthaler, M. AU - Shub, D. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Unexpected abundance of self-splicing introns in the genome of bacteriophage Twort: introns in multiple genes, a single gene with three introns, and exon skipping by group I ribozymes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.12.7005 DO - 10.1073/pnas.96.12.7005 ID - Landthaler1999 ER - TY - JOUR AU - Landthaler, M. AU - Shen, B. W. AU - Stoddard, B. L. AU - Shub, D. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - I-BasI and I-HmuI: two phage intron-encoded endonucleases with homologous DNA recognition sequences but distinct DNA specificities JO - J Mol Biol VL - 358 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.02.054 DO - 10.1016/j.jmb.2006.02.054 ID - Landthaler2006 ER - TY - JOUR AU - van Sinderen, D. AU - Karsens, H. AU - Kok, J. AU - Terpstra, P. AU - Ruiters, M. H. AU - Venema, G. AU - Nauta, A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Sequence analysis and molecular characterization of the temperate lactococcal bacteriophage r1t JO - Mol Microbiol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1996.tb02478.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1996.tb02478.x ID - van Sinderen1996 ER - TY - JOUR AU - Edgell, D. R. AU - Belfort, M. AU - Shub, D. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Barriers to intron promiscuity in bacteria JO - J Bacteriol VL - 182 UR - https://doi.org/10.1128/JB.182.19.5281-5289.2000 DO - 10.1128/JB.182.19.5281-5289.2000 ID - Edgell2000 ER - TY - JOUR AU - Foley, S. AU - Bruttin, A. AU - Brussow, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Widespread distribution of a group I intron and its three deletion derivatives in the lysin gene of Streptococcus thermophilus bacteriophages JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.2.611-618.2000 DO - 10.1128/JVI.74.2.611-618.2000 ID - Foley2000 ER - TY - JOUR AU - Besemer, J. AU - Lomsadze, A. AU - Borodovsky, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.12.2607 DO - 10.1093/nar/29.12.2607 ID - Besemer2001 ER - TY - JOUR AU - Belshaw, R. AU - Katzourakis, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - BlastAlign: a program that uses blast to align problematic nucleotide sequences JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth459 DO - 10.1093/bioinformatics/bth459 ID - Belshaw2005 ER - TY - JOUR AU - Marchler-Bauer, A. AU - Lu, S. AU - Anderson, J. B. AU - Chitsaz, F. AU - Derbyshire, M. K. AU - DeWeese-Scott, C. AU - Fong, J. H. AU - Geer, L. Y. AU - Geer, R. C. AU - Gonzales, N. R. AU - Gwadz, M. AU - Hurwitz, D. I. AU - Jackson, J. D. AU - Ke, Z. AU - Lanczycki, C. J. AU - Lu, F. AU - Marchler, G. H. AU - Mullokandov, M. AU - Omelchenko, M. V. AU - Robertson, C. L. AU - Song, J. S. AU - Thanki, N. AU - Yamashita, R. A. AU - Zhang, D. AU - Zhang, N. AU - Zheng, C. AU - Bryant, S. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1189 DO - 10.1093/nar/gkq1189 ID - Marchler-Bauer2011 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.5.0955 DO - 10.1093/nar/25.5.0955 ID - Lowe1997 ER - TY - JOUR AU - Laslett, D. AU - Canback, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh152 DO - 10.1093/nar/gkh152 ID - Laslett2004 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. C. AU - Mau, B. AU - Blattner, F. R. AU - Perna, N. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2289704 DO - 10.1101/gr.2289704 ID - Darling2004 ER - TY - JOUR AU - Zafar, N. AU - Mazumder, R. AU - Seto, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - CoreGenes: a computational tool for identifying and cataloging “core” genes in a set of small genomes JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-12 DO - 10.1186/1471-2105-3-12 ID - Zafar2002 ER -