TY - CHAP AU - Wendel, J. F. AU - Brubaker, C. AU - Alvarez, I. AU - Cronn, R. AU - Stewart, J. M. ED - Paterson, A. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution and Natural History of the Cotton Genus BT - Genetics and Genomics of Cotton. Volume 3 PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-70810-2_1 DO - 10.1007/978-0-387-70810-2_1 ID - Wendel2009 ER - TY - JOUR AU - Richmond, T. PY - 1950 DA - 1950// TI - Procedures and methods of cotton breeding with special reference to American cultivated species JO - Adv Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2660(08)60236-9 DO - 10.1016/S0065-2660(08)60236-9 ID - Richmond1950 ER - TY - JOUR AU - Van Esbroeck, G. AU - Bowman, D. T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Cotton germplasm diversity and its importance to cultivar development JO - J Cotton Sci VL - 2 ID - Van Esbroeck1998 ER - TY - JOUR AU - Yik, C. -. P. AU - Birchfield, W. PY - 1984 DA - 1984// TI - Resistant germplasm in Gossypium species and related plants to Rotylenchulus reniformis JO - J Nematol VL - 16 ID - Yik1984 ER - TY - JOUR AU - Weaver, D. B. AU - Sikkens, R. B. AU - Lawrence, K. S. AU - Sürmelioğlu, Ç. AU - van Santen, E. AU - Nichols, R. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - RENlon and its effects on agronomic and fiber quality traits in upland cotton JO - Crop Sci VL - 53 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2012.08.0504 DO - 10.2135/cropsci2012.08.0504 ID - Weaver2013 ER - TY - CHAP AU - Jayaraj, S. AU - Palaniswamy, P. ED - Ignacimuthu, S. ED - Jayaraj, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Host Plant Resistance in Cotton to Major Insect Pests: Perspectives and Progress BT - Sustainable Insect Pest Management PB - Alpha Science Int’l Ltd CY - New Delhi ID - Jayaraj2005 ER - TY - JOUR AU - Briddon, R. AU - Markham, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Cotton leaf curl virus disease JO - Virus Res VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1702(00)00195-7 DO - 10.1016/S0168-1702(00)00195-7 ID - Briddon2000 ER - TY - JOUR AU - Robinson, A. AU - Bell, A. AU - Dighe, N. AU - Menz, M. AU - Nichols, R. AU - Stelly, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Introgression of resistance to nematode into upland cotton (Gossypium hirsutum) from Gossypium longicalyx JO - Crop Sci VL - 47 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2006.12.0776 DO - 10.2135/cropsci2006.12.0776 ID - Robinson2007 ER - TY - JOUR AU - Mergeai, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Introgressions interspécifiques chez le cotonnier JO - CAH Agric VL - 15 ID - Mergeai2006 ER - TY - CHAP AU - Altaf, M. AU - Stewart, J. AU - Murphy, J. ED - Oosterhuis, D. ED - Stewart, J. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Survey of Cotton Germplasm for Terpenoid Aldehydes Important in Host Plant Resistance BT - Special Reports-University of Arkansas Agricultural Experiment Station ID - Altaf1997 ER - TY - JOUR AU - Reinisch, A. J. AU - Dong, J. -. M. AU - Brubaker, C. L. AU - Stelly, D. M. AU - Wendel, J. F. AU - Paterson, A. H. PY - 1994 DA - 1994// TI - A detailed RFLP map of cotton, Gossypium hirsutum x Gossypium barbadense: chromosome organization and evolution in a disomic polyploid genome JO - Genetics VL - 138 ID - Reinisch1994 ER - TY - JOUR AU - Shappley, Z. W. AU - Jenkins, J. N. AU - Meredith, W. R. AU - McCarty, J. C. PY - 1998 DA - 1998// TI - An RFLP linkage map of Upland cotton, Gossypium hirsutum L JO - Theor Appl Genet VL - 97 UR - https://doi.org/10.1007/s001220050952 DO - 10.1007/s001220050952 ID - Shappley1998 ER - TY - JOUR AU - Lacape, J. M. AU - Nguyen, T. B. AU - Thibivilliers, S. AU - Bojinov, B. AU - Courtois, B. AU - Cantrell, R. G. AU - Burr, B. AU - Hau, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - A combined RFLP-SSR-AFLP map of tetraploid cotton based on a Gossypium hirsutum x Gossypium barbadense backcross population JO - Genome VL - 46 UR - https://doi.org/10.1139/g03-050 DO - 10.1139/g03-050 ID - Lacape2003 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. Z. AU - Kohel, R. J. AU - Fang, D. D. AU - Cho, J. AU - Van Deynze, A. AU - Ulloa, M. AU - Hoffman, S. M. AU - Pepper, A. E. AU - Stelly, D. M. AU - Jenkins, J. N. AU - Saha, S. AU - Kumpatla, S. P. AU - Shah, M. R. AU - Hugie, W. V. AU - Percy, R. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - A high-density simple sequence repeat and single nucleotide polymorphism genetic map of the tetraploid cotton genome JO - G3 (Bethesda) VL - 2 UR - https://doi.org/10.1534/g3.111.001552 DO - 10.1534/g3.111.001552 ID - Yu2012 ER - TY - JOUR AU - Guo, W. AU - Cai, C. AU - Wang, C. AU - Han, Z. AU - Song, X. AU - Wang, K. AU - Niu, X. AU - Wang, C. AU - Lu, K. AU - Shi, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A microsatellite-based, gene-rich linkage map reveals genome structure, function and evolution in Gossypium JO - Genetics VL - 176 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.107.070375 DO - 10.1534/genetics.107.070375 ID - Guo2007 ER - TY - JOUR AU - Gao, W. AU - Chen, Z. J. AU - Yu, J. Z. AU - Raska, D. AU - Kohel, R. J. AU - Womack, J. E. AU - Stelly, D. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Wide-cross whole-genome radiation hybrid mapping of cotton (Gossypium hirsutum L.) JO - Genetics VL - 167 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.103.020479 DO - 10.1534/genetics.103.020479 ID - Gao2004 ER - TY - JOUR AU - Gao, W. AU - Chen, Z. J. AU - Yu, J. Z. AU - Kohel, R. J. AU - Womack, J. E. AU - Stelly, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Wide-cross whole-genome radiation hybrid mapping of the cotton (Gossypium barbadense L.) genome JO - Mol Genet Genomics VL - 275 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-005-0069-5 DO - 10.1007/s00438-005-0069-5 ID - Gao2006 ER - TY - JOUR AU - Blenda, A. AU - Fang, D. D. AU - Rami, J. F. AU - Garsmeur, O. AU - Luo, F. AU - Lacape, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - A high density consensus genetic map of tetraploid cotton that integrates multiple component maps through molecular marker redundancy check JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0045739 DO - 10.1371/journal.pone.0045739 ID - Blenda2012 ER - TY - JOUR AU - Byers, R. L. AU - Harker, D. B. AU - Yourstone, S. M. AU - Maughan, P. J. AU - Udall, J. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Development and mapping of SNP assays in allotetraploid cotton JO - Theor Appl Genet VL - 124 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-011-1780-8 DO - 10.1007/s00122-011-1780-8 ID - Byers2012 ER - TY - JOUR AU - Van Deynze, A. AU - Stoffel, K. AU - Lee, M. AU - Wilkins, T. A. AU - Kozik, A. AU - Cantrell, R. G. AU - Yu, J. Z. AU - Kohel, R. J. AU - Stelly, D. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sampling nucleotide diversity in cotton JO - BMC Plant Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-9-125 DO - 10.1186/1471-2229-9-125 ID - Van Deynze2009 ER - TY - JOUR AU - Rai, K. M. AU - Singh, S. K. AU - Bhardwaj, A. AU - Kumar, V. AU - Lakhwani, D. AU - Srivastava, A. AU - Jena, S. N. AU - Yadav, H. K. AU - Bag, S. K. AU - Sawant, S. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Large-scale resource development in Gossypium hirsutum L. by 454 sequencing of genic-enriched libraries from six diverse genotypes JO - Plant Biotechnol J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1111/pbi.12088 DO - 10.1111/pbi.12088 ID - Rai2013 ER - TY - JOUR AU - Buriev, Z. T. AU - Saha, S. AU - Abdurakhmonov, I. Y. AU - Jenkins, J. N. AU - Abdukarimov, A. AU - Scheffler, B. E. AU - Stelly, D. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Clustering, haplotype diversity and locations of MIC-3: a unique root-specific defense-related gene family in Upland cotton (Gossypium hirsutum L.) JO - Theor Appl Genet VL - 120 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-009-1178-z DO - 10.1007/s00122-009-1178-z ID - Buriev2010 ER - TY - JOUR AU - An, C. AU - Saha, S. AU - Jenkins, J. N. AU - Ma, D. -. P. AU - Scheffler, B. E. AU - Kohel, R. J. AU - John, Z. Y. AU - Stelly, D. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cotton (Gossypium spp.) R2R3-MYB transcription factors SNP identification, phylogenomic characterization, chromosome localization, and linkage mapping JO - Theor Appl Genet VL - 116 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-008-0732-4 DO - 10.1007/s00122-008-0732-4 ID - An2008 ER - TY - JOUR AU - Kaur, S. AU - Francki, M. G. AU - Forster, J. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification, characterization and interpretation of single-nucleotide sequence variation in allopolyploid crop species JO - Plant Biotechnol J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2011.00644.x DO - 10.1111/j.1467-7652.2011.00644.x ID - Kaur2012 ER - TY - JOUR AU - Page, J. T. AU - Gingle, A. R. AU - Udall, J. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - PolyCat: a resource for genome categorization of sequencing reads from allopolyploid organisms JO - G3 (Bethesda) VL - 3 UR - https://doi.org/10.1534/g3.112.005298 DO - 10.1534/g3.112.005298 ID - Page2013 ER - TY - JOUR AU - Page, J. T. AU - Huynh, M. D. AU - Liechty, Z. S. AU - Grupp, K. AU - Stelly, D. AU - Hulse, A. M. AU - Ashrafi, H. AU - Van Deynze, A. AU - Wendel, J. F. AU - Udall, J. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Insights into the evolution of cotton diploids and polyploids from whole-genome re-sequencing JO - G3 (Bethesda) VL - 3 UR - https://doi.org/10.1534/g3.113.007229 DO - 10.1534/g3.113.007229 ID - Page2013 ER - TY - JOUR AU - Paterson, A. H. AU - Wendel, J. F. AU - Gundlach, H. AU - Guo, H. AU - Jenkins, J. AU - Jin, D. AU - Llewellyn, D. AU - Showmaker, K. C. AU - Shu, S. AU - Udall, J. AU - Yoo, M. J. AU - Byers, R. AU - Chen, W. AU - Doron-Faigenboim, A. AU - Duke, M. V. AU - Gong, L. AU - Grimwood, J. AU - Grover, C. AU - Grupp, K. AU - Hu, G. AU - Lee, T. H. AU - Li, J. AU - Lin, L. AU - Liu, T. AU - Marler, B. S. AU - Page, J. T. AU - Roberts, A. W. AU - Romanel, E. AU - Sanders, W. S. AU - Szadkowski, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres JO - Nature VL - 492 UR - https://doi.org/10.1038/nature11798 DO - 10.1038/nature11798 ID - Paterson2012 ER - TY - JOUR AU - Wendel, J. F. AU - Cronn, R. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Polyploidy and the evolutionary history of cotton JO - Adv Agron VL - 78 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2113(02)78004-8 DO - 10.1016/S0065-2113(02)78004-8 ID - Wendel2003 ER - TY - JOUR AU - Li, F. AU - Fan, G. AU - Wang, K. AU - Sun, F. AU - Yuan, Y. AU - Song, G. AU - Li, Q. AU - Ma, Z. AU - Lu, C. AU - Zou, C. AU - Chen, W. AU - Liang, X. AU - Shang, H. AU - Liu, W. AU - Shi, C. AU - Xiao, G. AU - Gou, C. AU - Ye, W. AU - Xu, X. AU - Zhang, X. AU - Wei, H. AU - Li, Z. AU - Zhang, G. AU - Wang, J. AU - Liu, K. AU - Kohel, R. J. AU - Percy, R. G. AU - Yu, J. Z. AU - Zhu, Y. X. AU - Yu, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome sequence of the cultivated cotton Gossypium arboreum JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2987 DO - 10.1038/ng.2987 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Keller, O. AU - Kollmar, M. AU - Stanke, M. AU - Waack, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - A novel hybrid gene prediction method employing protein multiple sequence alignments JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr010 DO - 10.1093/bioinformatics/btr010 ID - Keller2011 ER - TY - CHAP AU - Bell, A. AU - Quintana, J. AU - Nichols, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pest resistance and Agronomic Performance of Advanced BARBREN Lines Compared to Commercial Cultivars and the Germplasm Line BARBREN 713 BT - National Cotton Council Beltwide Cotton Conference; 7-10 Januray 2013; San Antonio ID - Bell2013 ER - TY - JOUR AU - Luo, S. AU - Mach, J. AU - Abramson, B. AU - Ramirez, R. AU - Schurr, R. AU - Barone, P. AU - Copenhaver, G. AU - Folkerts, O. PY - 2012 DA - 2012// TI - The cotton centromere contains a Ty3-gypsy-like LTR retroelement JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035261 DO - 10.1371/journal.pone.0035261 ID - Luo2012 ER - TY - JOUR AU - Stelly, D. AU - Saha, S. AU - Raska, D. AU - Jenkins, J. AU - McCarty, J. AU - Gutierrez, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Registration of 17 upland (Gossypium hirsutum) cotton germplasm lines disomic for different chromosome or arm substitutions JO - Crop Sci VL - 45 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2004.0642 DO - 10.2135/cropsci2004.0642 ID - Stelly2005 ER - TY - JOUR AU - Jenkins, J. N. AU - McCarty, J. C. AU - Wu, J. AU - Saha, S. AU - Gutierrez, O. AU - Hayes, R. AU - Stelly, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic effects of thirteen Gossypium barbadense L. chromosome substitution lines in topcrosses with Upland cotton cultivars: II. Fiber quality traits JO - Crop Sci VL - 47 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2006.06.0396 DO - 10.2135/cropsci2006.06.0396 ID - Jenkins2007 ER - TY - JOUR AU - Jenkins, J. N. AU - Wu, J. AU - McCarty, J. C. AU - Saha, S. AU - Gutiérrez, O. AU - Hayes, R. AU - Stelly, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetic effects of thirteen Gossypium barbadense L. chromosome substitution lines in topcrosses with Upland cotton cultivars: I. Yield and yield components JO - Crop Sci VL - 46 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2005.08-0269 DO - 10.2135/cropsci2005.08-0269 ID - Jenkins2006 ER - TY - JOUR AU - Saha, S. AU - Wu, J. AU - Jenkins, J. AU - McCarty, J. AU - Stelly, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Interspecific chromosomal effects on agronomic traits in Gossypium hirsutum by AD analysis using intermated G. barbadense chromosome substitution lines JO - Theor Appl Genet VL - 126 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-012-1965-9 DO - 10.1007/s00122-012-1965-9 ID - Saha2013 ER - TY - JOUR AU - Bell, A. A. AU - Forest Robinson, A. AU - Quintana, J. AU - Dighe, N. D. AU - Menz, M. A. AU - Stelly, D. M. AU - Zheng, X. AU - Jones, J. E. AU - Overstreet, C. AU - Burris, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Registration of LONREN-1 and LONREN-2 germplasm lines of upland cotton resistant to reniform nematode JO - J Plant Regist VL - 8 UR - https://doi.org/10.3198/jpr2013.11.0069crg DO - 10.3198/jpr2013.11.0069crg ID - Bell2014 ER - TY - CHAP AU - Zheng, X. PY - 2012 DA - 2012// TI - High-Resolution Recombination to Dissect an Alien Segment of Cotton Chromosome-11 with Resistance to Reniform Nematodes BT - Plant and Animal Genome XX Conference; 14-18 January 2012; San Deigo ID - Zheng2012 ER - TY - JOUR AU - Matvienko, M. AU - Kozik, A. AU - Froenicke, L. AU - Lavelle, D. AU - Martineau, B. AU - Perroud, B. AU - Michelmore, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Consequences of normalizing transcriptomic and genomic libraries of plant genomes using a duplex-specific nuclease and tetramethylammonium chloride JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055913 DO - 10.1371/journal.pone.0055913 ID - Matvienko2013 ER - TY - JOUR AU - Zhulidov, P. A. AU - Bogdanova, E. A. AU - Shcheglov, A. S. AU - Vagner, L. L. AU - Khaspekov, G. L. AU - Kozhemyako, V. B. AU - Matz, M. V. AU - Meleshkevitch, E. AU - Moroz, L. L. AU - Lukyanov, S. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Simple cDNA normalization using kamchatka crab duplex-specific nuclease JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh031 DO - 10.1093/nar/gnh031 ID - Zhulidov2004 ER - TY - JOUR AU - Goecks, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r86 DO - 10.1186/gb-2010-11-8-r86 ID - Goecks2010 ER - TY - BOOK PY - 2010 DA - 2010// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Bayer, M. AU - Milne, I. AU - Stephen, G. AU - Shaw, P. AU - Cardle, L. AU - Wright, F. AU - Marshall, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative visualization of genetic and physical maps with Strudel JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr111 DO - 10.1093/bioinformatics/btr111 ID - Bayer2011 ER -