TY - JOUR AU - McCormick, J. B. AU - King, I. J. AU - Webb, P. a. AU - Johnson, K. M. AU - O’Sullivan, R. AU - Smith, E. S. AU - Trippel, S. AU - Tong, T. C. PY - 1987 DA - 1987// TI - A case–control study of the clinical diagnosis and course of Lassa fever JO - J Infect Dis VL - 155 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/155.3.445 DO - 10.1093/infdis/155.3.445 ID - McCormick1987 ER - TY - JOUR AU - Macher, A. AU - Wolfe, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Historical Lassa fever reports and 30-year clinical update JO - Emerg Infect Dis VL - 12 UR - https://doi.org/10.3201/eid1205.050052 DO - 10.3201/eid1205.050052 ID - Macher2006 ER - TY - JOUR AU - Buckley, S. M. AU - Casals, J. PY - 1970 DA - 1970// TI - Lassa fever, a new virus disease of man from West Africa. 3. Isolation and characterization of the virus JO - Am J Trop Med Hyg VL - 19 ID - Buckley1970 ER - TY - JOUR AU - Shaffer, J. G. AU - Grant, D. S. AU - Schieffelin, J. S. AU - Boisen, M. L. AU - Goba, A. AU - Hartnett, J. N. AU - Levy, D. C. AU - Yenni, R. E. AU - Moses, L. M. AU - Fullah, M. AU - Momoh, M. AU - Fonnie, M. AU - Fonnie, R. AU - Kanneh, L. AU - Koroma, V. J. AU - Kargbo, K. AU - Ottomassathien, D. AU - Muncy, I. J. AU - Jones, A. B. AU - Illick, M. M. AU - Kulakosky, P. C. AU - Haislip, A. M. AU - Bishop, C. M. AU - Elliot, D. H. AU - Brown, B. L. AU - Zhu, H. AU - Hastie, K. M. AU - Andersen, K. G. AU - Gire, S. K. AU - Tabrizi, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Lassa fever in post-conflict sierra leone JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002748 DO - 10.1371/journal.pntd.0002748 ID - Shaffer2014 ER - TY - JOUR AU - Bausch, D. G. AU - Nichol, S. T. AU - Muyembe-Tamfum, J. J. AU - Borchert, M. AU - Rollin, P. E. AU - Sleurs, H. AU - Campbell, P. AU - Tshioko, F. K. AU - Roth, C. AU - Colebunders, R. AU - Pirard, P. AU - Mardel, S. AU - Olinda, L. A. AU - Zeller, H. AU - Tshomba, A. AU - Kulidri, A. AU - Libande, M. L. AU - Mulangu, S. AU - Formenty, P. AU - Grein, T. AU - Leirs, H. AU - Braack, L. AU - Ksiazek, T. AU - Zaki, S. AU - Bowen, M. D. AU - Smit, S. B. AU - Leman, P. A. AU - Burt, F. J. AU - Kemp, A. AU - Swanepoel, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Marburg hemorrhagic fever associated with multiple genetic lineages of virus JO - N Engl J Med VL - 355 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa051465 DO - 10.1056/NEJMoa051465 ID - Bausch2006 ER - TY - JOUR AU - Towner, J. S. AU - Khristova, M. L. AU - Sealy, T. K. AU - Vincent, M. J. AU - Erickson, B. R. AU - Bawiec, D. A. AU - Hartman, A. L. AU - Comer, J. A. AU - Zaki, S. R. AU - Ströher, U. AU - Gomes da Silva, F. AU - del Castillo, F. AU - Rollin, P. E. AU - Ksiazek, T. G. AU - Nichol, S. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Marburgvirus genomics and association with a large hemorrhagic fever outbreak in Angola JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00069-06 DO - 10.1128/JVI.00069-06 ID - Towner2006 ER - TY - JOUR AU - Timen, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Response to imported case of marburg hemorrhagic fever, the Netherlands JO - Emerg Infect Dis VL - 15 UR - https://doi.org/10.3201/eid1508.090015 DO - 10.3201/eid1508.090015 ID - Timen2009 ER - TY - JOUR AU - Fujita, N. AU - Miller, A. AU - Miller, G. AU - Gershman, K. AU - Gallagher, N. AU - Marano, N. AU - Hale, C. AU - Jentes, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Imported case of Marburg hemorrhagic fever - Colorado, 2008 JO - MMWR Morb Mortal Wkly Rep VL - 58 ID - Fujita2009 ER - TY - JOUR AU - Drosten, C. AU - Kümmerer, B. AU - Schmitz, H. AU - Günther, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular diagnostics of viral hemorrhagic fevers JO - Antiviral Res VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-3542(02)00201-2 DO - 10.1016/S0166-3542(02)00201-2 ID - Drosten2003 ER - TY - JOUR AU - Green, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - West Africa struggles to contain Ebola outbreak JO - Lancet VL - 383 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(14)60579-1 DO - 10.1016/S0140-6736(14)60579-1 ID - Green2014 ER - TY - JOUR AU - Baize, S. AU - Pannetier, D. AU - Oestereich, L. AU - Rieger, T. AU - Koivogui, L. AU - Magassouba, N. AU - Soropogui, B. AU - Sow, M. S. AU - Keïta, S. AU - De Clerck, H. AU - Tiffany, A. AU - Dominguez, G. AU - Loua, M. AU - Traoré, A. AU - Kolié, M. AU - Malano, E. R. AU - Heleze, E. AU - Bocquin, A. AU - Mély, S. AU - Raoul, H. AU - Caro, V. AU - Cadar, D. AU - Gabriel, M. AU - Pahlmann, M. AU - Tappe, D. AU - Schmidt-Chanasit, J. AU - Impouma, B. AU - Diallo, A. K. AU - Formenty, P. AU - Van Herp, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Emergence of Zaire Ebola virus disease in Guinea - preliminary report JO - N Engl J Med VL - 371 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1404505 DO - 10.1056/NEJMoa1404505 ID - Baize2014 ER - TY - JOUR AU - Panning, M. AU - Emmerich, P. AU - Olschläger, S. AU - Bojenko, S. AU - Koivogui, L. AU - Marx, A. AU - Lugala, P. C. AU - Günther, S. AU - Bausch, D. G. AU - Drosten, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Laboratory diagnosis of Lassa fever, liberia JO - Emerg Infect Dis VL - 16 UR - https://doi.org/10.3201/eid1606.100040 DO - 10.3201/eid1606.100040 ID - Panning2010 ER - TY - JOUR AU - Bausch, D. G. AU - Rollin, P. E. AU - Demby, A. H. AU - Coulibaly, M. AU - Kanu, J. AU - Conteh, A. S. AU - Wagoner, K. D. AU - McMullan, L. K. AU - Bowen, M. D. AU - Peters, C. J. AU - Ksiazek, T. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Diagnosis and clinical virology of Lassa fever as evaluated by enzyme-linked immunosorbent assay, indirect fluorescent-antibody test, and virus isolation JO - J Clin Microbiol VL - 38 ID - Bausch2000 ER - TY - JOUR AU - Grolla, A. AU - Lucht, A. AU - Dick, D. AU - Strong, J. E. AU - Feldmann, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Laboratory diagnosis of Ebola and Marburg hemorrhagic fever JO - Bull Soc Pathol Exot VL - 98 ID - Grolla2005 ER - TY - JOUR AU - Jahrling, P. B. AU - Peters, C. J. AU - Stephen, E. L. PY - 1984 DA - 1984// TI - Enhanced treatment of Lassa fever by immune plasma combined with ribavirin in cynomolgus monkeys JO - J Infect Dis VL - 149 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/149.3.420 DO - 10.1093/infdis/149.3.420 ID - Jahrling1984 ER - TY - JOUR AU - Geisbert, T. W. AU - Feldmann, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Recombinant vesicular stomatitis virus-based vaccines against Ebola and Marburg virus infections JO - J Infect Dis VL - 204 Suppl UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jir349 DO - 10.1093/infdis/jir349 ID - Geisbert2011 ER - TY - JOUR AU - Ursic-Bedoya, R. AU - Mire, C. E. AU - Robbins, M. AU - Geisbert, J. B. AU - Judge, A. AU - Maclachlan, I. AU - Geisbert, T. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Protection against lethal Marburg virus infection mediated by lipid encapsulated small interfering RNA JO - J Infect Dis VL - 209 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jit465 DO - 10.1093/infdis/jit465 ID - Ursic-Bedoya2014 ER - TY - JOUR AU - Malhotra, S. AU - Yen, J. Y. AU - Honko, A. N. AU - Garamszegi, S. AU - Caballero, I. S. AU - Johnson, J. C. AU - Mucker, E. M. AU - Trefry, J. C. AU - Hensley, L. E. AU - Connor, J. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional profiling of the circulating immune response to Lassa virus in an aerosol model of exposure JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002171 DO - 10.1371/journal.pntd.0002171 ID - Malhotra2013 ER - TY - JOUR AU - Baas, T. AU - Baskin, C. R. AU - Diamond, D. L. AU - García-Sastre, A. AU - Bielefeldt-Ohmann, H. AU - Tumpey, T. M. AU - Thomas, M. J. AU - Carter, V. S. AU - Teal, T. H. AU - Van Hoeven, N. AU - Proll, S. AU - Jacobs, J. M. AU - Caldwell, Z. R. AU - Gritsenko, M. A. AU - Hukkanen, R. R. AU - Camp, D. G. AU - Smith, R. D. AU - Katze, M. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrated molecular signature of disease: analysis of influenza virus-infected macaques through functional genomics and proteomics JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00851-06 DO - 10.1128/JVI.00851-06 ID - Baas2006 ER - TY - JOUR AU - Zaas, A. K. AU - Burke, T. AU - Chen, M. AU - McClain, M. AU - Nicholson, B. AU - Veldman, T. AU - Tsalik, E. L. AU - Fowler, V. AU - Rivers, E. P. AU - Otero, R. AU - Kingsmore, S. F. AU - Voora, D. AU - Lucas, J. AU - Hero, A. O. AU - Carin, L. AU - Woods, C. W. AU - Ginsburg, G. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - A host-based RT-PCR gene expression signature to identify acute respiratory viral infection JO - Sci Transl Med VL - 5 ID - Zaas2013 ER - TY - JOUR AU - Hu, X. AU - Yu, J. AU - Crosby, S. D. AU - Storch, G. a. PY - 2013 DA - 2013// TI - Gene expression profiles in febrile children with defined viral and bacterial infection JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1302968110 DO - 10.1073/pnas.1302968110 ID - Hu2013 ER - TY - JOUR AU - Schoggins, J. W. AU - Wilson, S. J. AU - Panis, M. AU - Murphy, M. Y. AU - Jones, C. T. AU - Bieniasz, P. AU - Rice, C. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A diverse range of gene products are effectors of the type I interferon antiviral response JO - Nature VL - 472 UR - https://doi.org/10.1038/nature09907 DO - 10.1038/nature09907 ID - Schoggins2011 ER - TY - JOUR AU - Dufour, J. H. AU - Dziejman, M. AU - Liu, M. T. AU - Leung, J. H. AU - Lane, T. E. AU - Luster, A. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - IFN-gamma-inducible protein 10 (IP-10; CXCL10)-deficient mice reveal a role for IP-10 in effector T cell generation and trafficking JO - J Immunol VL - 168 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.168.7.3195 DO - 10.4049/jimmunol.168.7.3195 ID - Dufour2002 ER - TY - JOUR AU - Izquierdo-Useros, N. AU - Lorizate, M. AU - Puertas, M. C. AU - Rodriguez-Plata, M. T. AU - Zangger, N. AU - Erikson, E. AU - Pino, M. AU - Erkizia, I. AU - Glass, B. AU - Clotet, B. AU - Keppler, O. T. AU - Telenti, A. AU - Kräusslich, H. -. G. AU - Martinez-Picado, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Siglec-1 is a novel dendritic cell receptor that mediates HIV-1 trans-infection through recognition of viral membrane gangliosides JO - PLoS Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001448 DO - 10.1371/journal.pbio.1001448 ID - Izquierdo-Useros2012 ER - TY - JOUR AU - Crocker, P. R. AU - Paulson, J. C. AU - Varki, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Siglecs and their roles in the immune system JO - Nat Rev Immunol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nri2056 DO - 10.1038/nri2056 ID - Crocker2007 ER - TY - JOUR AU - Baez, M. V. AU - Boccaccio, G. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mammalian Smaug is a translational repressor that forms cytoplasmic foci similar to stress granules JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M508374200 DO - 10.1074/jbc.M508374200 ID - Baez2005 ER - TY - JOUR AU - Howlin, J. AU - Rosenkvist, J. AU - Andersson, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - TNK2 preserves epidermal growth factor receptor expression on the cell surface and enhances migration and invasion of human breast cancer cells JO - Breast Cancer Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2087 DO - 10.1186/bcr2087 ID - Howlin2008 ER - TY - JOUR AU - Hink-Schauer, C. AU - Estébanez-Perpiñá, E. AU - Kurschus, F. C. AU - Bode, W. AU - Jenne, D. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Crystal structure of the apoptosis-inducing human granzyme A dimer JO - Nat Struct Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nsb945 DO - 10.1038/nsb945 ID - Hink-Schauer2003 ER - TY - JOUR AU - Bahassi, E. M. AU - Conn, C. W. AU - Myer, D. L. AU - Hennigan, R. F. AU - McGowan, C. H. AU - Sanchez, Y. AU - Stambrook, P. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mammalian Polo-like kinase 3 (Plk3) is a multifunctional protein involved in stress response pathways JO - Oncogene VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1205850 DO - 10.1038/sj.onc.1205850 ID - Bahassi2002 ER - TY - JOUR AU - Xie, S. AU - Wu, H. AU - Wang, Q. AU - Cogswell, J. P. AU - Husain, I. AU - Conn, C. AU - Stambrook, P. AU - Jhanwar-Uniyal, M. AU - Dai, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Plk3 functionally links DNA damage to cell cycle arrest and apoptosis at least in part via the p53 pathway JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M106050200 DO - 10.1074/jbc.M106050200 ID - Xie2001 ER - TY - JOUR AU - Ke, N. AU - Claassen, G. AU - Yu, D. -. H. AU - Albers, A. AU - Fan, W. AU - Tan, P. AU - Grifman, M. AU - Hu, X. AU - Defife, K. AU - Nguy, V. AU - Meyhack, B. AU - Brachat, A. AU - Wong-Staal, F. AU - Li, Q. -. X. PY - 2004 DA - 2004// TI - Nuclear hormone receptor NR4A2 is involved in cell transformation and apoptosis JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-2134 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-2134 ID - Ke2004 ER - TY - JOUR AU - Gupta, M. AU - Mahanty, S. AU - Ahmed, R. AU - Rollin, P. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Monocyte-derived human macrophages and peripheral blood mononuclear cells infected with ebola virus secrete MIP-1alpha and TNF-alpha and inhibit poly-IC-induced IFN-alpha in vitro JO - Virology VL - 284 UR - https://doi.org/10.1006/viro.2001.0836 DO - 10.1006/viro.2001.0836 ID - Gupta2001 ER - TY - JOUR AU - Huang, Y. AU - Zaas, A. K. AU - Rao, A. AU - Dobigeon, N. AU - Woolf, P. J. AU - Veldman, T. AU - Øien, N. C. AU - McClain, M. T. AU - Varkey, J. B. AU - Nicholson, B. AU - Carin, L. AU - Kingsmore, S. AU - Woods, C. W. AU - Ginsburg, G. S. AU - Hero, A. O. PY - 2011 DA - 2011// TI - Temporal dynamics of host molecular responses differentiate symptomatic and asymptomatic influenza a infection JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002234 DO - 10.1371/journal.pgen.1002234 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Chen, M. AU - Carlson, D. AU - Zaas, A. AU - Woods, C. W. AU - Ginsburg, G. S. AU - Hero, A. AU - Lucas, J. AU - Carin, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Detection of viruses via statistical gene expression analysis JO - IEEE Trans Biomed Eng VL - 58 UR - https://doi.org/10.1109/TBME.2010.2059702 DO - 10.1109/TBME.2010.2059702 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Fritz, E. a. AU - Geisbert, J. B. AU - Geisbert, T. W. AU - Hensley, L. E. AU - Reed, D. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cellular immune response to Marburg virus infection in cynomolgus macaques JO - Viral Immunol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1089/vim.2008.0023 DO - 10.1089/vim.2008.0023 ID - Fritz2008 ER - TY - JOUR AU - Van der Kuyl, A. C. AU - van den Burg, R. AU - Zorgdrager, F. AU - Groot, F. AU - Berkhout, B. AU - Cornelissen, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sialoadhesin (CD169) expression in CD14+ cells is upregulated early after HIV-1 infection and increases during disease progression JO - PLoS ONE VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000257 DO - 10.1371/journal.pone.0000257 ID - Van der Kuyl2007 ER - TY - JOUR AU - Hayes, M. AU - Salvato, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Arenavirus evasion of host anti-viral responses JO - Viruses VL - 4 UR - https://doi.org/10.3390/v4102182 DO - 10.3390/v4102182 ID - Hayes2012 ER - TY - JOUR AU - Basler, C. F. AU - Amarasinghe, G. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evasion of interferon responses by Ebola and Marburg viruses JO - J Interferon Cytokine Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1089/jir.2009.0076 DO - 10.1089/jir.2009.0076 ID - Basler2009 ER - TY - JOUR AU - Hensley, L. E. AU - Alves, D. A. AU - Geisbert, J. B. AU - Fritz, E. A. AU - Reed, C. AU - Larsen, T. AU - Geisbert, T. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pathogenesis of Marburg hemorrhagic fever in cynomolgus macaques JO - J Infect Dis VL - 204 Suppl UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jir339 DO - 10.1093/infdis/jir339 ID - Hensley2011 ER - TY - JOUR AU - Geisbert, T. W. AU - Hensley, L. E. AU - Gibb, T. R. AU - Steele, K. E. AU - Jaax, N. K. AU - Jahrling, P. B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Apoptosis induced in vitro and in vivo during infection by Ebola and Marburg viruses JO - Lab Invest VL - 80 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.3780021 DO - 10.1038/labinvest.3780021 ID - Geisbert2000 ER - TY - JOUR AU - Hensley, L. E. AU - Smith, M. A. AU - Geisbert, J. B. AU - Fritz, E. A. AU - Daddario-DiCaprio, K. M. AU - Larsen, T. AU - Geisbert, T. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pathogenesis of Lassa fever in cynomolgus macaques JO - Virol J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-8-205 DO - 10.1186/1743-422X-8-205 ID - Hensley2011 ER - TY - JOUR AU - Zapata, J. C. AU - Carrion, R. AU - Patterson, J. L. AU - Crasta, O. AU - Zhang, Y. AU - Mani, S. AU - Jett, M. AU - Poonia, B. AU - Djavani, M. AU - White, D. M. AU - Lukashevich, I. S. AU - Salvato, M. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptome analysis of human peripheral blood mononuclear cells exposed to Lassa virus and to the attenuated Mopeia/Lassa reassortant 29 (ML29), a vaccine candidate JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002406 DO - 10.1371/journal.pntd.0002406 ID - Zapata2013 ER - TY - JOUR AU - Djavani, M. M. AU - Crasta, O. R. AU - Zapata, J. C. AU - Fei, Z. AU - Folkerts, O. AU - Sobral, B. AU - Swindells, M. AU - Bryant, J. AU - Davis, H. AU - Pauza, C. D. AU - Lukashevich, I. S. AU - Hammamieh, R. AU - Jett, M. AU - Salvato, M. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Early blood profiles of virus infection in a monkey model for Lassa fever JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00536-07 DO - 10.1128/JVI.00536-07 ID - Djavani2007 ER - TY - BOOK PY - 2011 DA - 2011// TI - Guide for the care and use of laboratory animals PB - National Academies Press CY - Washington, D.C ID - ref44 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. -. J. AU - Liu, C. -. J. AU - Shi, M. AU - Kong, L. AU - Chen, J. -. Y. AU - Zhou, W. -. Z. AU - Zhu, X. AU - Yu, P. AU - Wang, J. AU - Yang, X. AU - Hou, N. AU - Ye, Z. AU - Zhang, R. AU - Xiao, R. AU - Zhang, X. AU - Li, C. -. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - RhesusBase: a knowledgebase for the monkey research community JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks835 DO - 10.1093/nar/gks835 ID - Zhang2013 ER - TY - CHAP AU - Anders, S. PY - 2010 DA - 2010// BT - HTSeq: Analysing high-throughput sequencing data with Python ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - Oshlack, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-3-r25 DO - 10.1186/gb-2010-11-3-r25 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Yen, J. Y. AU - Garamszegi, S. AU - Geisbert, J. B. AU - Rubins, K. H. AU - Geisbert, T. W. AU - Honko, A. AU - Xia, Y. AU - Connor, J. H. AU - Hensley, L. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Therapeutics of Ebola hemorrhagic fever: whole-genome transcriptional analysis of successful disease mitigation JO - J Infect Dis VL - 204 Suppl UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jir345 DO - 10.1093/infdis/jir345 ID - Yen2011 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Novoradovskaya, N. AU - Whitfield, M. L. AU - Basehore, L. S. AU - Novoradovsky, A. AU - Pesich, R. AU - Usary, J. AU - Karaca, M. AU - Wong, W. K. AU - Aprelikova, O. AU - Fero, M. AU - Perou, C. M. AU - Botstein, D. AU - Braman, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Universal Reference RNA as a standard for microarray experiments JO - BMC Genomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-5-20 DO - 10.1186/1471-2164-5-20 ID - Novoradovskaya2004 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. AU - Speed, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Normalization of cDNA microarray data JO - Methods VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/S1046-2023(03)00155-5 DO - 10.1016/S1046-2023(03)00155-5 ID - Smyth2003 ER -