Skip to main content

Table 3 Polymorphism of disease-related STR markers.

From: Identification of conserved and polymorphic STRs for personal genomes

Gene Name Enbl. NA12878
(CEU Child)
NA12891
(CEU Dad)
NA12892
(CEU Mom)
NA19238
(YRI Mom)
NA19239
(YRI Dad)
NA19240
(YRI Child)
DMPK 20.666666 19 20.666666 17.666666 11 19.333334 20.666666
ATN1 15.666667 15.666667 15.333333 15.666667 12 15.666667 15.666667
ATXN1 14.666667 14.666667 14.666667 13 14.666667 14.666667 14.666667
  13.333333 13.333333 13.333333 13.333333 13 13.333333 13.333333
EGFR 22 22 22 22 22 21 21
AR 25.000001 23.666667 17.333334 24.333333 16.333334 18.666667 25.000001
HTT 19.666666 10.666667 11.333333 15.666667 0* 18 19.666666
ATXN3 8 8 8 8 8 8 8
FMR1 20.333333 0* 9.666667 2.666667 13.666667 0* 10.333333
PABPN1 7 3.666667 7 3 0* 7 7
CACNA1A 13.333333 13.333333 2 13.333333 13.333333 13.333333 13.333333
CALM1 7 8.333333 8.333333 8.333333 7 8.333333 7
ATXN10 14 14 14 14 14 14 14
FXN 6.666667 6.666667 6.666667 6.666667 6.666667 6.666667 6.666667
  1. Enbl represents Ensembl; NA12878 represents the CEU child, NA12891 the CEU father, and NA12892 the CEU mother; NA19238 represents the YRI mother, NA19239 the YRI father, and NA19240 the YRI child. The * indicates that the specific STR could not be found due to sequencing errors or inconsistent reference mapping processes. This table shows that the STR pattern for the "FMR1" gene displayed obvious variations among different individuals.