Identification of conserved and polymorphic STRs for personal genomes

BMC Genomics

Table 3 Polymorphism of disease-related STR markers.

Gene Name	Enbl.	NA12878 (CEU Child)	NA12891 (CEU Dad)	NA12892 (CEU Mom)	NA19238 (YRI Mom)	NA19239 (YRI Dad)	NA19240 (YRI Child)
DMPK	20.666666	19	20.666666	17.666666	11	19.333334	20.666666
ATN1	15.666667	15.666667	15.333333	15.666667	12	15.666667	15.666667
ATXN1	14.666667	14.666667	14.666667	13	14.666667	14.666667	14.666667
	13.333333	13.333333	13.333333	13.333333	13	13.333333	13.333333
EGFR	22	22	22	22	22	21	21
AR	25.000001	23.666667	17.333334	24.333333	16.333334	18.666667	25.000001
HTT	19.666666	10.666667	11.333333	15.666667	0*	18	19.666666
ATXN3	8	8	8	8	8	8	8
FMR1	20.333333	0*	9.666667	2.666667	13.666667	0*	10.333333
PABPN1	7	3.666667	7	3	0*	7	7
CACNA1A	13.333333	13.333333	2	13.333333	13.333333	13.333333	13.333333
CALM1	7	8.333333	8.333333	8.333333	7	8.333333	7
ATXN10	14	14	14	14	14	14	14
FXN	6.666667	6.666667	6.666667	6.666667	6.666667	6.666667	6.666667

Enbl represents Ensembl; NA12878 represents the CEU child, NA12891 the CEU father, and NA12892 the CEU mother; NA19238 represents the YRI mother, NA19239 the YRI father, and NA19240 the YRI child. The * indicates that the specific STR could not be found due to sequencing errors or inconsistent reference mapping processes. This table shows that the STR pattern for the "FMR1" gene displayed obvious variations among different individuals.

ISSN: 1471-2164