Table 1 Summary of SNP pairs, average linkage disequilibrium (r²), standard deviation (SD), median, persistence of LD phase (PL) between CA and MA genetic groups by genomic distance.

< 2.5

407,763

0.40

0.38

0.27

401,469

0.33

0.33

0.21

409,164

0.38

0.36

0.26

0.96

2.5 - 5.0

561,174

0.37

0.37

0.23

552,492

0.30

0.32

0.18

563,114

0.34

0.35

0.22

0.95

5.0 - 7.5

531,897

0.34

0.35

0.20

523,596

0.27

0.31

0.15

533,663

0.31

0.33

0.18

0.95

7.5 - 10

519,006

0.31

0.34

0.18

510,908

0.25

0.29

0.13

520,759

0.29

0.32

0.16

0.94

10 - 20

2,007,682

0.27

0.32

0.14

1,976,524

0.22

0.27

0.10

2,014,438

0.25

0.29

0.13

0.93

20 - 30

1,946,916

0.23

0.29

0.11

1,915,942

0.18

0.24

0.08

1,953,735

0.21

0.26

0.10

0.91

30 - 40

1,912,997

0.20

0.26

0.09

1,882,863

0.16

0.22

0.07

1,919,643

0.18

0.24

0.08

0.90

40 - 50

1,893,506

0.18

0.25

0.08

1,863,542

0.14

0.20

0.06

1,900,075

0.16

0.22

0.07

0.88

50 - 60

1,878,923

0.16

0.23

0.07

1,848,963

0.13

0.19

0.05

1,885,467

0.15

0.21

0.06

0.87

60 - 70

1,866,531

0.15

0.22

0.06

1,836,777

0.11

0.18

0.05

1,873,058

0.13

0.20

0.06

0.86

70 - 80

1,857,712

0.14

0.21

0.06

1,828,186

0.11

0.17

0.04

1,864,285

0.13

0.19

0.05

0.85

80 - 90

1,852,950

0.13

0.20

0.06

1,823,709

0.10

0.16

0.04

1,859,564

0.12

0.18

0.05

0.84

90 - 100

1,848,344

0.13

0.19

0.05

1,819,128

0.09

0.15

0.04

1,855,025

0.11

0.17

0.05

0.83

100 - 200

18,280,956

0.10

0.17

0.04

17,988,347

0.07

0.12

0.03

18,345,281

0.09

0.14

0.04

0.78

200 - 300

18,079,858

0.08

0.14

0.03

17,787,703

0.06

0.09

0.03

18,143,163

0.07

0.11

0.03

0.72

300 - 400

17,964,483

0.07

0.13

0.03

17,674,588

0.05

0.08

0.02

18,027,967

0.06

0.10

0.02

0.68

400 - 500

17,862,211

0.07

0.12

0.03

17,575,556

0.05

0.07

0.02

17,926,215

0.06

0.09

0.02

0.66