TY - JOUR AU - Ruhfel, B. R. AU - Gitzendanner, M. A. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. AU - Burleigh, J. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - From algae to angiosperms - inferring the phylogeny of green plants (Viridiplantae) from 360 plastid genomes JO - BMC Evol Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-14-23 DO - 10.1186/1471-2148-14-23 ID - Ruhfel2014 ER - TY - JOUR AU - Palmer, J. D. AU - Stein, D. B. PY - 1986 DA - 1986// TI - Conservation of chloroplast genome structure among vascular plants JO - Curr Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/BF00418529 DO - 10.1007/BF00418529 ID - Palmer1986 ER - TY - JOUR AU - Jansen, R. K. AU - Cai, Z. AU - Raubeson, L. A. AU - Daniell, H. AU - dePamphilis, C. W. AU - Leebens-Mack, J. AU - Müller, K. F. AU - Guisinger-Bellian, M. AU - Haberle, R. C. AU - Hansen, A. K. AU - Chumley, T. W. AU - Lee, S. AU - Peery, R. AU - McNeal, J. R. AU - Kuehl, J. V. AU - Boore, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0709121104 DO - 10.1073/pnas.0709121104 ID - Jansen2007 ER - TY - JOUR AU - Moore, M. J. AU - Soltis, P. S. AU - Bell, C. D. AU - Burleigh, J. G. AU - Soltis, D. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phylogenetic analysis of 83 plastid genes further resolves the early diversification of eudicots JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0907801107 DO - 10.1073/pnas.0907801107 ID - Moore2010 ER - TY - JOUR AU - Moore, M. J. AU - Hassan, N. AU - Gitzendanner, M. A. AU - Bruenn, R. A. AU - Croley, M. AU - Vandeventer, A. AU - Horn, J. W. AU - Dhingra, A. AU - Brockington, S. F. AU - Latvis, M. AU - Ramdial, J. AU - Alexandre, R. AU - Peidrahita, A. AU - Xi, Z. AU - Davis, C. C. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogenetic analysis of the plastid inverted repeat for 244 species: insights into deeper-level angiosperm relationships from a long, slowly evolving sequence region JO - Int J Plant Sci VL - 172 UR - https://doi.org/10.1086/658923 DO - 10.1086/658923 ID - Moore2011 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Smith, S. A. AU - Cellinese, N. AU - Wurdack, K. J. AU - Tank, D. C. AU - Brockington, S. F. AU - Refulio-Rodriguez, N. F. AU - Walker, J. B. AU - Moore, M. J. AU - Carlsward, B. S. AU - Bell, C. D. AU - Latvis, M. AU - Crawley, S. AU - Black, C. AU - Diouf, D. AU - Xi, Z. AU - Rushworth, C. A. AU - Gitzendanner, M. A. AU - Sytsma, K. J. AU - Qiu, Y. AU - Hilu, K. W. AU - Davis, C. C. AU - Sanderson, M. J. AU - Beaman, R. S. AU - Olmstead, R. G. AU - Judd, W. S. AU - Donoghue, M. J. AU - Soltis, P. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Angiosperm phylogeny: 17 genes, 640 taxa JO - Am J Bot VL - 98 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.1000404 DO - 10.3732/ajb.1000404 ID - Soltis2011 ER - TY - JOUR AU - Bell, C. D. AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - The age and diversification of the angiosperms revisited JO - Am J Bot VL - 97 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.0900346 DO - 10.3732/ajb.0900346 ID - Bell2010 ER - TY - JOUR AU - Hillis, D. M. AU - Pollock, D. D. AU - McGuire, J. A. AU - Zwickl, D. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Is sparse taxon sampling a problem for phylogenetic inference? JO - Syst Biol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1080/10635150390132911 DO - 10.1080/10635150390132911 ID - Hillis2003 ER - TY - JOUR AU - Leebens-Mack, J. AU - Raubeson, L. A. AU - Cui, L. AU - Kuehl, J. V. AU - Fourcade, M. H. AU - Chumley, T. W. AU - Boore, J. L. AU - Jansen, R. K. AU - dePamphilis, C. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identifying the basal angiosperm node in chloroplast genome phylogenies: sampling one's way out of the Felsenstein Zone JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi191 DO - 10.1093/molbev/msi191 ID - Leebens-Mack2005 ER - TY - JOUR PY - 2009 DA - 2009// TI - An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III JO - >Bot J Linn Soc VL - 161 UR - https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x DO - 10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Anderson, C. L. AU - Bremer, K. AU - Friis, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Dating phylogenetically basal eudicots using rbcL sequences and multiple fossil reference points JO - Am J Bot VL - 92 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.92.10.1737 DO - 10.3732/ajb.92.10.1737 ID - Anderson2005 ER - TY - JOUR AU - Sanderson, M. J. AU - Doyle, J. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Sources of error and confidence intervals in estimating the age of angiosperms from rbcL and 18S rDNA data JO - Am J Bot VL - 88 UR - https://doi.org/10.2307/3558458 DO - 10.2307/3558458 ID - Sanderson2001 ER - TY - JOUR AU - Barker, N. P. AU - Weston, P. H. AU - Rutschmann, F. AU - Sauquet, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular dating of the 'Gondwanan' plant family Proteaceae is only partially congruent with the timing of the break-up of Gondwana JO - J Biogeogr VL - 34 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2699.2007.01749.x DO - 10.1111/j.1365-2699.2007.01749.x ID - Barker2007 ER - TY - JOUR AU - Dettman, M. E. AU - Jarzen, D. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - The early history of the Proteaceae in Australia: the pollen record JO - Aust Syst Bot VL - 11 UR - https://doi.org/10.1071/SB97022 DO - 10.1071/SB97022 ID - Dettman1998 ER - TY - JOUR AU - Sauquet, H. AU - Weston, P. H. AU - Anderson, C. L. AU - Barker, N. P. AU - Cantrill, D. J. AU - Mast, A. R. AU - Savoainen, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Contrasted patterns of hyperdiversification in Mediterranean hotspots JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0805607106 DO - 10.1073/pnas.0805607106 ID - Sauquet2009 ER - TY - JOUR AU - Valente, L. M. AU - Reeves, G. AU - Schnitzler, J. AU - Mason, I. P. AU - Fay, M. F. AU - Rebelo, T. G. AU - Chase, M. W. AU - Barraclough, T. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Diversification of the African genus Protea (Proteaceae) in the Cape biodiversity hotspot and beyond: equal rates in different biomes JO - Evolution VL - 64 UR - https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2009.00856.x DO - 10.1111/j.1558-5646.2009.00856.x ID - Valente2010 ER - TY - JOUR AU - Mast, A. R. AU - Willis, C. L. AU - Jones, E. H. AU - Downs, K. M. AU - Weston, P. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - A smaller Macadamia from a more vigile tribe: Inference of phylogenetic relationships, divergence times and diaspore evolution in Macadamia and relatives (Tribe Macadamieae; Proteaceae) JO - Am J Bot VL - 95 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.0700006 DO - 10.3732/ajb.0700006 ID - Mast2008 ER - TY - JOUR AU - Duchenne, D. AU - Bromham, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rates of molecular evolution and diversification in plants: chloroplast substitution rates correlate with species-richness in the Proteaceae JO - BMC Evol Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-13-65 DO - 10.1186/1471-2148-13-65 ID - Duchenne2013 ER - TY - JOUR AU - Moore, M. AU - Dhingra, A. AU - Soltis, P. S. AU - Shaw, R. AU - Farmarie, W. G. AU - Folta, K. M. AU - DE, S. o. l. t. i. s. PY - 2006 DA - 2006// TI - Rapid and accurate pyrosequencing of angiosperm plastid genomes JO - BMC Plant Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-6-17 DO - 10.1186/1471-2229-6-17 ID - Moore2006 ER - TY - JOUR AU - Shinozaki, K. AU - Ohme, M. AU - Tanaka, M. AU - Wakasugi, T. AU - Hayashida, N. AU - Matsubayashi, T. AU - Zaita, N. AU - Chunwongse, J. AU - Obokata, J. AU - Yamaguchi-Shinozaki, K. AU - Ohto, C. AU - Torazawa, K. AU - Meng, B. Y. AU - Sugita, M. AU - Deno, H. AU - Kamogashira, T. AU - Yamada, K. AU - Kusuda, J. AU - Takaiwa, F. AU - Kato, A. AU - Tohdoh, N. AU - Shimada, H. AU - Sugiura, M. PY - 1986 DA - 1986// TI - The complete nucleotide sequence of tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression JO - EMBO J VL - 5 ID - Shinozaki1986 ER - TY - JOUR AU - Wicke, S. AU - Schneeweiss, G. M. AU - dePamphilis, C. W. AU - Muller, K. F. AU - Quandt, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - The evolution of the plastid chromosome in land plants: Gene content, gene order, gene function JO - Plant Mol Biol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-011-9762-4 DO - 10.1007/s11103-011-9762-4 ID - Wicke2011 ER - TY - JOUR AU - Delannoy, E. AU - Fujii, S. AU - Colas des Francs-Small, C. AU - Brundrett, M. AU - Small, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rampant gene loss in the underground orchid Rhizanthella gardneri highlights evolutionary constraints on plastid genomes JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr028 DO - 10.1093/molbev/msr028 ID - Delannoy2011 ER - TY - JOUR AU - Molina, J. AU - Hazzouri, K. M. AU - Nickrent, D. AU - Geisler, M. AU - Meyer, R. S. AU - Pentony, M. M. AU - Flowers, J. M. AU - Pelser, P. AU - Barcelona, J. AU - Inovejas, S. A. AU - Uy, I. AU - Yuan, W. AU - Wilkins, O. AU - Claire-Iphanise, M. AU - LockLear, S. AU - Concepcion, G. P. AU - Purugganan, M. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Possible loss of the chloroplast genome in the parasitic flowering plant Rafflesia lagascae (Rafflesiaceae) JO - Mol Biol Evol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msu051 DO - 10.1093/molbev/msu051 ID - Molina2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Li, C. AU - Miao, H. AU - Xiong, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Insights from the complete chloroplast genome into the evolution of Sesamum indicum L JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080508 DO - 10.1371/journal.pone.0080508 ID - Zhang2013 ER - TY - JOUR AU - Nugent, J. M. AU - Herbon, A. L. PY - 1987 DA - 1987// TI - Unusual structure of geranium chloroplast DNA: A triple-sized inverted repeat, extensive gene duplications, multiple inversions, and two repeat families JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 84 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.84.3.769 DO - 10.1073/pnas.84.3.769 ID - Nugent1987 ER - TY - JOUR AU - Martínez-Alberola, F. AU - del Campo, E. M. AU - Lázaro-Gimeno, D. AU - Mezquita-Claramonte, S. AU - Molins, A. AU - Mateu-Andrés, I. AU - Pedrola-Monfort, J. AU - Casano, L. M. AU - Barreno, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Balanced gene losses, duplications and intensive rearrangements led to an unusual regularly sized genome in Arbutus unedo chloroplasts JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0079685 DO - 10.1371/journal.pone.0079685 ID - Martínez-Alberola2013 ER - TY - JOUR AU - Sun, Y. AU - Moore, M. J. AU - Meng, A. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. AU - Li, J. AU - Wang, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Complete plastid genome sequencing of Trochodendraceae reveals a significant expansion of the inverted repeat and suggests a Paleogene divergence between the two extant species JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0060429 DO - 10.1371/journal.pone.0060429 ID - Sun2013 ER - TY - JOUR AU - Shi, C. AU - Liu, Y. AU - Huang, H. AU - Xia, E. AU - Zhang, H. AU - Gao, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Contradiction between plastid gene transcription and function due to complex posttranscriptional splicing: an exemplary study of ycf15 function and evolution in angiosperms JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0059620 DO - 10.1371/journal.pone.0059620 ID - Shi2013 ER - TY - JOUR PY - 1998 DA - 1998// TI - An ordinal classification for the families of flowering plants JO - Ann Mo Bot Gar VL - 85 UR - https://doi.org/10.2307/2992015 DO - 10.2307/2992015 ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Chase, M. W. AU - Mort, M. E. AU - Albach, D. C. AU - Zanis, M. AU - Savolainen, V. AU - Hahn, W. H. AU - Hoot, S. B. AU - Fay, M. F. AU - Axtell, M. AU - Swensen, S. M. AU - Prince, L. M. AU - Kress, W. J. AU - Nixon, K. C. AU - Farris, J. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Angiosperm phylogeny inferred from 18S rDNA, rbcL, and atpB sequences JO - Bot J Linn Soc VL - 133 UR - https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2000.tb01588.x DO - 10.1111/j.1095-8339.2000.tb01588.x ID - Soltis2000 ER - TY - JOUR AU - Weston, P. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - What has molecular systematics contributed to our knowledge of the plant family Proteaceae? JO - Methods Mol Biol VL - 1115 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-62703-767-9_18 DO - 10.1007/978-1-62703-767-9_18 ID - Weston2014 ER - TY - JOUR AU - Barniske, A. AU - Borsch, T. AU - Müller, K. AU - Krug, M. AU - Worberg, A. AU - Neinhuis, C. AU - Quandt, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phylogenetics of early branching eudicots: comparing phylogenetic signal across plastid introns, spacers, and genes JO - J Syst Evol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1111/j.1759-6831.2012.00181.x DO - 10.1111/j.1759-6831.2012.00181.x ID - Barniske2012 ER - TY - JOUR AU - Parks, M. AU - Cronn, R. AU - Liston, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Increasing phylogenetic resolution at low taxonomic levels using massively parallel sequencing of chloroplast genomes JO - BMC Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-7-84 DO - 10.1186/1741-7007-7-84 ID - Parks2009 ER - TY - JOUR AU - Nock, C. J. AU - Waters, D. L. AU - Edwards, M. A. AU - Bowen, S. G. AU - Rice, N. AU - Cordeiro, G. M. AU - Henry, R. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chloroplast genome sequences from total DNA for plant identification JO - Plant Biotechnol J VL - 9 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2010.00558.x DO - 10.1111/j.1467-7652.2010.00558.x ID - Nock2011 ER - TY - JOUR AU - Hollingsworth, P. M. AU - Graham, S. W. AU - Little, D. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Choosing and using a plant DNA barcode JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019254 DO - 10.1371/journal.pone.0019254 ID - Hollingsworth2011 ER - TY - JOUR AU - Arthofer, W. AU - Schüler, S. AU - Steiner, F. M. AU - Schlick-Steiner, B. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chloroplast DNA-based studies in molecular ecology may be compromised by nuclear-encoded plastid sequence JO - Mol Ecol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2010.04787.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2010.04787.x ID - Arthofer2010 ER - TY - JOUR AU - Smith, D. R. AU - Crosby, K. AU - Lee, R. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Correlation between nuclear plastid abundance and plastid number supports the limited transfer window hypothesis JO - Genome Biol Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evr001 DO - 10.1093/gbe/evr001 ID - Smith2011 ER - TY - JOUR AU - Ferrarini, M. AU - Moretto, M. AU - Ward, J. A. AU - Surbanovski, N. AU - Stevanovi, V. AU - Giongo, L. AU - Viola, R. AU - Cavalieri, D. AU - Velasco, R. AU - Cestaro, A. AU - Sargent, D. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - An evaluation of the PacBio RS platform for sequencing and de novo assembly of a chloroplast genome JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-670 DO - 10.1186/1471-2164-14-670 ID - Ferrarini2013 ER - TY - JOUR AU - Stull, G. W. AU - Moore, M. J. AU - Mandala, V. S. AU - Douglas, N. A. AU - Kates, H. R. AU - Qi, X. AU - Brockington, S. F. AU - Soltis, P. S. AU - Soltis, D. E. AU - Gitzendanner, M. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - A targeted enrichment strategy for massively parallel sequencing of angiosperm plastid genomes JO - Appl Plant Sci VL - 1 ID - Stull2013 ER - TY - JOUR AU - McPherson, H. AU - van der Merwe, M. AU - Delaney, S. K. AU - Edwards, M. A. AU - Henry, R. J. AU - McIntosh, E. AU - Rymer, R. D. AU - Milner, M. L. AU - Siow, J. AU - Rossetto, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Capturing chloroplast variation for molecular ecology studies: a simple next generation sequencing approach applied to a rainforest tree JO - BMC Ecol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6785-13-8 DO - 10.1186/1472-6785-13-8 ID - McPherson2013 ER - TY - JOUR AU - Provan, J. AU - Powell, W. AU - Hollingsworth, P. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Chloroplast microsatellites: new tools for studies in plant ecology and evolution JO - Trends Ecol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-5347(00)02097-8 DO - 10.1016/S0169-5347(00)02097-8 ID - Provan2001 ER - TY - JOUR AU - Neville, P. G. AU - Bradbury, D. AU - Williams, A. AU - Tomlinson, S. AU - Krauss, S. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic and palaeo-climatic evidence for widespread persistence of the coastal tree species Eucalyptus gomphocephala (Myrtaceae) during the Last Glacial Maximum JO - Ann Bot VL - 113 UR - https://doi.org/10.1093/aob/mct253 DO - 10.1093/aob/mct253 ID - Neville2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Schwartz, S. AU - Wagner, L. AU - and Miller, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - A greedy algorithm for aligning DNA sequences JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/10665270050081478 DO - 10.1089/10665270050081478 ID - Zhang2000 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler Transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Bonfield, J. K. AU - Whitwham, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gap5--editing the billion fragment sequence assembly JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq268 DO - 10.1093/bioinformatics/btq268 ID - Bonfield2010 ER - TY - JOUR AU - Wyman, S. R. AU - Jansen, R. K. AU - Boore, J. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Automatic annotation of organellar genomes with DOGMA JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth352 DO - 10.1093/bioinformatics/bth352 ID - Wyman2004 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Misawa, K. AU - Kuma, K. AU - Miyata, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform JO - Nuc Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf436 DO - 10.1093/nar/gkf436 ID - Katoh2002 ER - TY - JOUR AU - Frazer, K. A. AU - Pachter, L. AU - Poliakov, A. AU - Rubin, E. M. AU - Dubchak, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - VISTA: computational tools for comparative genomics JO - Nuc Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh458 DO - 10.1093/nar/gkh458 ID - Frazer2004 ER - TY - JOUR AU - Faircloth, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - MSATCOMMANDER: detection of microsatellite repeat arrays and automated, locus-specific primer design JO - Mol Ecol Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01884.x DO - 10.1111/j.1471-8286.2007.01884.x ID - Faircloth2008 ER - TY - JOUR AU - Lanfear, R. AU - Calcott, B. AU - Ho, S. Y. W. AU - Guindon, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - PartitionFinder: combined selection of partitioning schemes and substitution models for phylogenetic analyses JO - Mol Biol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mss020 DO - 10.1093/molbev/mss020 ID - Lanfear2012 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Raxml-vi-hpc: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446 DO - 10.1093/bioinformatics/btl446 ID - Stamatakis2006 ER -