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Table 3 A typical probe-level data generated from GeneChip® gene expression analysis array

From: A class of models for analyzing GeneChip® gene expression analysis array data

Sample ID Probe PM (1) 1 2 ... k ... K
Covariate ID MM(0) x 1 x 2 ... x k ... x K
ORF1 1 1 y 1111 y 1112   y 111k ... y 111K
  1 0 y 1101 y 1102   y 110k ... y 110K
  2 1 y 1211 y 1212   y 121k ... y 121K
  2 0 y 1201 y 1202   y 120k ... y 120K
  ...        
  N 1 y 1N 11 y 1N 12   y 1N 1k ... y 1N 1K
  N 0 y 1N 01 y 1N 02   y 1N 0k ... y 1N 0K
...         
ORF j 1 1 y j 111 y j 112   y j 11k ... y j 11K
  1 0 y j 101 y j 102   y j 10k ... y j 10K
  2 1 y j 211 y j 212   y j 21k ... y j 21K
  2 0 y j 201 y j 202   y j 20k ... y j 20K
  ...        
  i 1 y ji 11 y ji 12   y ji 1k ... y ji 1K
  i 0 y ji 01 y ji 02   y ji 0k ... y ji 0K
  ...        
  N 1 y jN 11 y jN 12   y jN 1k ... y jN 1K
  N 0 y jN 01 y jN 02   y jN 0k ... y jN 0K
...         
ORF J 1 1 y J 111 y J 112   y J 11k ... y J 11K
  1 0 y J 101 y J 102   y J 10k ... y J 10K
  2 1 y J 211 y J 212   y J 21k ... y J 21K
  2 0 y J 201 y J 202   y J 20k ... y J 20K
  ...        
  N 1 y JN 11 y JN 12   y JN 1k ... y JN 1K
  N 0 y JN 01 y JN 02   y JN 0k ... y JN 0K