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Table 3 Absolute number of polymorphic positions between strains in a pairwise comparison.

From: Efficient single nucleotide polymorphism discovery in laboratory rat strains using wild rat-derived SNP candidates

  ACI AO AUG BDE BDII BDIX BDV BH BN BN2 BS BUF COP DA DA2 E3 F344 LEW LE LOU LUDW MWF MNS NAR OM PAR PVG R33 RP SD SD2 SHR SR SS WAG WC WF WIST WKY wild3 wild2 wild1
ACI x                                          
AO 131 x                                         
AUG 111 167 x                                        
BDE 145 178 158 x                                       
BDII 130 166 143 148 x                                      
BDIX 129 196 191 159 115 x                                     
BDV 109 131 145 137 78 142 x                                    
BH 145 189 192 212 156 177 167 x                                   
BN 225 263 279 266 206 258 244 274 x                                  
BN2 227 270 285 268 222 271 251 274 4 x                                 
BS 159 167 163 178 166 185 143 180 246 251 x                                
BUF 148 158 181 171 168 190 151 166 250 263 158 x                               
COP 84 194 187 166 155 147 155 191 262 275 203 192 x                              
DA 62 107 116 134 115 130 117 130 210 216 150 126 116 x                             
DA2 76 141 144 157 149 167 127 176 261 269 193 167 151 2 x                            
E3 136 189 170 86 154 180 144 204 244 253 172 182 171 148 180 x                           
F344 132 165 178 178 152 150 138 144 170 176 141 156 166 121 165 168 x                          
LEW 156 178 213 197 160 163 141 169 213 222 166 160 191 133 181 186 16 x                         
LE 131 144 136 155 148 152 122 142 221 224 157 127 147 110 140 167 142 149 x                        
LOU 145 146 165 191 153 203 120 178 242 250 138 171 212 111 142 192 126 150 149 x                       
LUDW 153 175 186 198 161 169 153 195 252 263 183 177 189 123 163 215 115 125 133 161 x                      
MWF 148 147 172 166 136 166 111 167 209 222 135 148 185 133 164 158 115 134 148 136 163 x                     
MNS 151 167 178 173 158 186 122 169 239 250 155 194 210 128 176 166 123 132 156 141 159 137 x                    
NAR 147 169 184 212 168 177 145 177 233 249 146 155 197 134 193 188 137 166 122 170 153 164 151 x                   
OM 127 161 153 170 120 158 143 150 216 222 154 138 176 125 147 183 125 156 127 156 139 143 144 147 x                  
PAR 140 182 168 166 149 158 133 175 225 227 155 138 167 136 159 169 128 136 127 151 159 133 160 150 162 x                 
PVG 95 164 152 153 153 181 129 184 252 263 170 151 164 110 150 148 142 175 145 143 196 146 161 172 160 147 x                
R33 155 198 183 213 169 198 186 177 261 257 173 210 204 142 184 223 183 209 164 185 196 191 187 182 159 173 189 x               
RP 146 159 171 171 132 164 109 186 216 230 113 161 176 138 175 153 119 141 134 141 166 108 157 136 147 132 139 166 x              
SD 121 154 156 177 153 160 129 118 233 247 149 134 174 100 148 184 131 138 135 125 145 144 141 149 103 133 130 147 138 x             
SD2 95 116 134 150 117 130 122 85 219 220 117 96 145 104 115 168 109 115 92 99 110 118 121 107 90 121 109 126 109 16 x            
SHR 159 212 166 186 179 175 168 204 264 275 188 178 180 135 189 205 156 176 173 202 188 180 200 184 182 177 192 207 187 185 139 x           
SR 129 171 172 170 160 161 147 138 235 244 163 131 170 120 172 174 146 169 156 157 175 150 160 164 136 117 134 166 160 60 64 184 x          
SS 114 145 167 183 142 150 139 111 249 253 149 152 175 117 161 186 136 161 121 134 156 146 153 128 130 143 145 145 144 69 46 191 83 x         
WAG 120 105 156 147 143 158 115 160 197 200 96 125 164 94 136 151 110 132 127 96 145 120 121 129 140 126 128 154 108 118 84 181 119 110 x        
WC 140 164 158 155 129 180 92 188 214 232 151 177 177 125 158 157 131 160 156 145 171 87 157 179 152 158 138 213 126 153 122 195 170 157 126 x       
WF 155 183 195 211 162 164 152 183 266 274 176 173 193 129 175 224 120 123 133 156 50 180 158 148 141 155 196 189 157 141 97 201 179 135 149 186 x      
WIST 101 116 116 113 98 101 112 93 160 162 107 91 119 83 114 133 82 86 82 110 95 89 94 85 105 101 96 115 100 83 51 112 71 67 76 114 91 x     
WKY 169 208 198 213 164 188 168 208 264 276 208 181 205 128 170 228 180 210 165 229 206 200 220 195 189 197 208 205 194 196 148 115 196 189 183 216 203 101 x    
wild3 137 181 153 177 162 164 134 149 175 194 156 173 153 111 172 169 162 182 156 184 173 171 160 149 134 140 161 154 165 161 120 152 160 152 140 158 178 108 163 x   
wild2 197 233 207 223 182 213 194 187 256 268 203 221 211 181 227 218 204 243 180 234 220 213 210 203 177 198 219 202 214 210 163 190 208 205 208 213 210 141 210 52 x  
wild1 334 414 368 406 329 405 339 372 520 551 369 400 395 315 392 397 386 446 338 415 410 413 391 403 331 352 377 371 387 373 321 334 375 388 372 404 410 280 357 134 157 x
  1. The matrix is built from genotyping data of 960 polymorphisms in 36 strains and three wild individuals. Two inbred strains are represented by two substrains (BN and DA) and outbred SD is represented by two individuals from different stocks. Sets of polymorphisms, including a graphical representation, can be retrieved from [24].
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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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