Efficient single nucleotide polymorphism discovery in laboratory rat strains using wild rat-derived SNP candidates

Smits, Bart MG; Guryev, Victor; Zeegers, Dimphy; Wedekind, Dirk; Hedrich, Hans J; Cuppen, Edwin

doi:10.1186/1471-2164-6-170

Table 3 Absolute number of polymorphic positions between strains in a pairwise comparison.

From: Efficient single nucleotide polymorphism discovery in laboratory rat strains using wild rat-derived SNP candidates

	ACI	AO	AUG	BDE	BDII	BDIX	BDV	BH	BN	BN2	BS	BUF	COP	DA	DA2	E3	F344	LEW	LE	LOU	LUDW	MWF	MNS	NAR	OM	PAR	PVG	R33	RP	SD	SD2	SHR	SR	SS	WAG	WC	WF	WIST	WKY	wild3	wild2	wild1
ACI	x
AO	131	x
AUG	111	167	x
BDE	145	178	158	x
BDII	130	166	143	148	x
BDIX	129	196	191	159	115	x
BDV	109	131	145	137	78	142	x
BH	145	189	192	212	156	177	167	x
BN	225	263	279	266	206	258	244	274	x
BN2	227	270	285	268	222	271	251	274	4	x
BS	159	167	163	178	166	185	143	180	246	251	x
BUF	148	158	181	171	168	190	151	166	250	263	158	x
COP	84	194	187	166	155	147	155	191	262	275	203	192	x
DA	62	107	116	134	115	130	117	130	210	216	150	126	116	x
DA2	76	141	144	157	149	167	127	176	261	269	193	167	151	2	x
E3	136	189	170	86	154	180	144	204	244	253	172	182	171	148	180	x
F344	132	165	178	178	152	150	138	144	170	176	141	156	166	121	165	168	x
LEW	156	178	213	197	160	163	141	169	213	222	166	160	191	133	181	186	16	x
LE	131	144	136	155	148	152	122	142	221	224	157	127	147	110	140	167	142	149	x
LOU	145	146	165	191	153	203	120	178	242	250	138	171	212	111	142	192	126	150	149	x
LUDW	153	175	186	198	161	169	153	195	252	263	183	177	189	123	163	215	115	125	133	161	x
MWF	148	147	172	166	136	166	111	167	209	222	135	148	185	133	164	158	115	134	148	136	163	x
MNS	151	167	178	173	158	186	122	169	239	250	155	194	210	128	176	166	123	132	156	141	159	137	x
NAR	147	169	184	212	168	177	145	177	233	249	146	155	197	134	193	188	137	166	122	170	153	164	151	x
OM	127	161	153	170	120	158	143	150	216	222	154	138	176	125	147	183	125	156	127	156	139	143	144	147	x
PAR	140	182	168	166	149	158	133	175	225	227	155	138	167	136	159	169	128	136	127	151	159	133	160	150	162	x
PVG	95	164	152	153	153	181	129	184	252	263	170	151	164	110	150	148	142	175	145	143	196	146	161	172	160	147	x
R33	155	198	183	213	169	198	186	177	261	257	173	210	204	142	184	223	183	209	164	185	196	191	187	182	159	173	189	x
RP	146	159	171	171	132	164	109	186	216	230	113	161	176	138	175	153	119	141	134	141	166	108	157	136	147	132	139	166	x
SD	121	154	156	177	153	160	129	118	233	247	149	134	174	100	148	184	131	138	135	125	145	144	141	149	103	133	130	147	138	x
SD2	95	116	134	150	117	130	122	85	219	220	117	96	145	104	115	168	109	115	92	99	110	118	121	107	90	121	109	126	109	16	x
SHR	159	212	166	186	179	175	168	204	264	275	188	178	180	135	189	205	156	176	173	202	188	180	200	184	182	177	192	207	187	185	139	x
SR	129	171	172	170	160	161	147	138	235	244	163	131	170	120	172	174	146	169	156	157	175	150	160	164	136	117	134	166	160	60	64	184	x
SS	114	145	167	183	142	150	139	111	249	253	149	152	175	117	161	186	136	161	121	134	156	146	153	128	130	143	145	145	144	69	46	191	83	x
WAG	120	105	156	147	143	158	115	160	197	200	96	125	164	94	136	151	110	132	127	96	145	120	121	129	140	126	128	154	108	118	84	181	119	110	x
WC	140	164	158	155	129	180	92	188	214	232	151	177	177	125	158	157	131	160	156	145	171	87	157	179	152	158	138	213	126	153	122	195	170	157	126	x
WF	155	183	195	211	162	164	152	183	266	274	176	173	193	129	175	224	120	123	133	156	50	180	158	148	141	155	196	189	157	141	97	201	179	135	149	186	x
WIST	101	116	116	113	98	101	112	93	160	162	107	91	119	83	114	133	82	86	82	110	95	89	94	85	105	101	96	115	100	83	51	112	71	67	76	114	91	x
WKY	169	208	198	213	164	188	168	208	264	276	208	181	205	128	170	228	180	210	165	229	206	200	220	195	189	197	208	205	194	196	148	115	196	189	183	216	203	101	x
wild3	137	181	153	177	162	164	134	149	175	194	156	173	153	111	172	169	162	182	156	184	173	171	160	149	134	140	161	154	165	161	120	152	160	152	140	158	178	108	163	x
wild2	197	233	207	223	182	213	194	187	256	268	203	221	211	181	227	218	204	243	180	234	220	213	210	203	177	198	219	202	214	210	163	190	208	205	208	213	210	141	210	52	x
wild1	334	414	368	406	329	405	339	372	520	551	369	400	395	315	392	397	386	446	338	415	410	413	391	403	331	352	377	371	387	373	321	334	375	388	372	404	410	280	357	134	157	x

The matrix is built from genotyping data of 960 polymorphisms in 36 strains and three wild individuals. Two inbred strains are represented by two substrains (BN and DA) and outbred SD is represented by two individuals from different stocks. Sets of polymorphisms, including a graphical representation, can be retrieved from [24].

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ISSN: 1471-2164

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