TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Roberts, C. J. AU - Dai, H. AU - Jones, A. R. AU - Meyer, M. R. AU - Slade, D. AU - Burchard, J. AU - Dow, S. AU - Ward, T. R. AU - Kidd, M. J. AU - Friend, S. H. AU - Marton, M. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Widespread aneuploidy revealed by DNA microarray expression profiling JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/77116 DO - 10.1038/77116 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Phillips, J. L. AU - Hayward, S. W. AU - Wang, Y. AU - Vasselli, J. AU - Pavlovich, C. AU - Padilla-Nash, H. AU - Pezullo, J. R. AU - Ghadimi, B. M. AU - Grossfeld, G. D. AU - Rivera, A. AU - Linehan, W. M. AU - Cunha, G. R. AU - Ried, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - The consequences of chromosomal aneuploidy on gene expression profiles in a cell line model for prostate carcinogenesis JO - Cancer Res VL - 61 ID - Phillips2001 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. R. AU - Huang, J. AU - Xu, Z. G. AU - Qian, B. Z. AU - Zhu, Z. D. AU - Yan, Q. AU - Cai, T. AU - Zhang, X. AU - Xiao, H. S. AU - Qu, J. AU - Liu, F. AU - Huang, Q. H. AU - Cheng, Z. H. AU - Li, N. G. AU - Du, J. J. AU - Hu, W. AU - Shen, K. T. AU - Lu, G. AU - Fu, G. AU - Zhong, M. AU - Xu, S. H. AU - Gu, W. Y. AU - Huang, W. AU - Zhao, X. T. AU - Hu, G. X. AU - Gu, J. R. AU - Chen, Z. AU - Han, Z. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Insight into hepatocellular carcinogenesis at transcriptome level by comparing gene expression profiles of hepatocellular carcinoma with those of corresponding noncancerous liver JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.241522398 DO - 10.1073/pnas.241522398 ID - Xu2001 ER - TY - JOUR AU - Virtaneva, K. AU - Wright, F. A. AU - Tanner, S. M. AU - Yuan, B. AU - Lemon, W. J. AU - Caligiuri, M. A. AU - Bloomfield, C. D. AU - de La Chapelle, A. AU - Krahe, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Expression profiling reveals fundamental biological differences in acute myeloid leukemia with isolated trisomy 8 and normal cytogenetics JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.98.3.1124 DO - 10.1073/pnas.98.3.1124 ID - Virtaneva2001 ER - TY - JOUR AU - Harding, M. A. AU - Arden, K. C. AU - Gildea, J. J. AU - Perlman, E. J. AU - Viars, C. AU - Theodorescu, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional genomic comparison of lineage-related human bladder cancer cell lines with differing tumorigenic and metastatic potentials by spectral karyotyping, comparative genomic hybridization, and a novel method of positional expression profiling. JO - Cancer Res VL - 62 ID - Harding2002 ER - TY - JOUR AU - Crawley, J. J. AU - Furge, K. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of frequent cytogenetic aberrations in hepatocellular carcinoma using gene expression data JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-12-research0075 DO - 10.1186/gb-2002-3-12-research0075 ID - Crawley2002 ER - TY - JOUR AU - Shaughnessy, J. D. AU - Barlogie, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Integrating cytogenetics and gene expression profiling in the molecular analysis of multiple myeloma. JO - Int J Hematol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1007/BF03165089 DO - 10.1007/BF03165089 ID - Shaughnessy2002 ER - TY - JOUR AU - Haddad, R. AU - Furge, K. A. AU - Miller, J. AU - Schoumans, J. AU - Haab, B. AU - Teh, B. AU - Barr, L. AU - Webb, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomic profiling and cDNA microarray analysis of human colon adenocarcinoma and associated peritoneal metastasis reveals consistant cytogenetic and transcriptional aberrations associated with progression of multiple metastases JO - Appl Genom Proteom VL - 1 ID - Haddad2002 ER - TY - JOUR AU - Pollack, J. R. AU - Sorlie, T. AU - Perou, C. M. AU - Rees, C. A. AU - Jeffrey, S. S. AU - Lonning, P. E. AU - Tibshirani, R. AU - Botstein, D. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Brown, P. O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Microarray analysis reveals a major direct role of DNA copy number alteration in the transcriptional program of human breast tumors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.162471999 DO - 10.1073/pnas.162471999 ID - Pollack2002 ER - TY - JOUR AU - Platzer, P. AU - Upender, M. B. AU - Wilson, K. AU - Willis, J. AU - Lutterbaugh, J. AU - Nosrati, A. AU - Willson, J. K. AU - Mack, D. AU - Ried, T. AU - Markowitz, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Silence of chromosomal amplifications in colon cancer JO - Cancer Res VL - 62 ID - Platzer2002 ER - TY - JOUR AU - Mao, R. AU - Zielke, C. L. AU - Zielke, R. AU - Pevsner, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global up-regulation of chromsome 21 gene expression in the developing Down syndrome brain JO - Genomics VL - 81 UR - https://doi.org/10.1016/S0888-7543(03)00035-1 DO - 10.1016/S0888-7543(03)00035-1 ID - Mao2003 ER - TY - JOUR AU - Masayesva, B. G. AU - Patrick, H. AU - Mayer-Garrett, E. AU - Pilkington, T. AU - Mao, R. AU - Pevsner, J. AU - Speed, T. AU - Benoit, N. AU - Moon, C. S. AU - Sidransky, D. AU - Westra, W. H. AU - Califino, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gene expression alterations over large chromosomal regions in cancers include multiple genes unrelated to malignant progression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400027101 DO - 10.1073/pnas.0400027101 ID - Masayesva2004 ER - TY - JOUR AU - Lindvall, C. AU - Furge, K. A. AU - Bjorkholm, M. AU - Guo, X. AU - Blennow, E. AU - Haab, B. AU - Nordenskjold, M. AU - Teh, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Combined genetic- and transcriptional profiling of acute myeloid leukemia with complex and normal karyotypes. JO - Haematologia VL - 89 ID - Lindvall2004 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. J. AU - Williamson, D. AU - Clark, J. AU - Wang, R. AU - Tiffin, N. AU - Skelton, L. AU - Gordon, T. AU - Williams, R. AU - Allan, B. AU - Jackman, A. AU - Cooper, C. AU - Prichard-Jones, K. AU - Shipley, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Comparative expressed sequence hybridization to chromosomes for tumor classification and identification of differential gene expression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.161272798 DO - 10.1073/pnas.161272798 ID - Lu2001 ER - TY - JOUR AU - van Eijk, R. AU - Oosting, J. AU - Sieben, N. AU - van Wezel, T. AU - Cleton-Jansen, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Visualization of regional gene expression biases by microarray data sorting. JO - Biotechniques VL - 36 ID - van Eijk2004 ER - TY - JOUR AU - Fischer, G. AU - Ibrahim, S. M. AU - Brockmann, G. A. AU - Pahnke, J. AU - Bartocci, E. AU - Thiesen, H. J. AU - Fernadez-Serrano, P. AU - Moller, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Expressionview: visualization of quantitative trait loci and gene-expression data in Ensembl JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-11-r77 DO - 10.1186/gb-2003-4-11-r77 ID - Fischer2003 ER - TY - CHAP AU - Breitkreutz, B. J. AU - Jorgensen, P. AU - Breitkreutz, A. AU - Tyers, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - AFM 4.0: a toolbox for DNA microarray analysis BT - Genome Biol ID - Breitkreutz2001 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Chung, H. J. AU - Park, C. H. AU - Park, W. Y. AU - Kim, J. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - ChromoViz: multimodal visualization of gene expression data onto chromosomes using scalable vector graphics JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth052 DO - 10.1093/bioinformatics/bth052 ID - Kim2004 ER - TY - JOUR AU - Midorikawa, Y. AU - Tsutsumi, S. AU - Nishimura, K. AU - Kamimura, N. AU - Kano, M. AU - Sakamoto, H. AU - Makuuchi, M. AU - Aburatani, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Distinct chromosomal bias of gene expression signatures in the progression of hepatocellular carcinoma. JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-1275 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-1275 ID - Midorikawa2004 ER - TY - JOUR AU - Husing, J. AU - Zeschingk, M. AU - Boes, T. AU - Jockel, K. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Combining DNA expression with positional information to detect functional silencing of chromsomal regions JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg314 DO - 10.1093/bioinformatics/btg314 ID - Husing2003 ER - TY - JOUR AU - Awad, I. A. AU - Rees, C. A. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Ball, C. A. AU - Sherlock, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Caryoscope: an Open Source Java application for viewing microarray data in a genomic context. JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-151 DO - 10.1186/1471-2105-5-151 ID - Awad2004 ER - TY - JOUR AU - Fridlyand, J. AU - Snijders, A. M. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. AU - Jain, A. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hidden Markov models approach to the analysis of CGH data JO - JMVA VL - 90 ID - Fridlyand2004 ER - TY - JOUR AU - Kovacs, G. AU - Akhtar, M. AU - Beckwith, B. J. AU - Bugert, P. AU - Cooper, C. S. AU - Delahunt, B. AU - Eble, J. N. AU - Fleming, S. AU - Ljungberg, B. AU - Medeiros, L. J. AU - Moch, H. AU - Reuter, V. E. AU - Ritz, E. AU - Roos, G. AU - Schmidt, D. AU - Srigley, J. R. AU - Storkel, S. AU - van den Berg, E. AU - Zbar, B. PY - 1997 DA - 1997// TI - The Heidelberg classification of renal cell tumours JO - J Pathol VL - 183 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-G DO - 3.0.CO;2-G ID - Kovacs1997 ER - TY - JOUR AU - Verdorf, I. AU - Hobisch, A. AU - Hittmair, A. AU - Duba, H. C. AU - Bartsch, G. AU - Utermann, G. AU - Erdel, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Cytogenetic characterization of 22 human renal cell tumors in relation to a histopathological classification. JO - Cancer Genet Cytogenet VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/S0165-4608(98)00217-9 DO - 10.1016/S0165-4608(98)00217-9 ID - Verdorf1999 ER - TY - JOUR AU - Consortium, T. G. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene Ontology: tool for the unification of biology JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Consortium2000 ER - TY - JOUR AU - Beissbart, T. AU - Speed, T. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - GOstat: Find statistically overrepresented Gene Ontologies within a group of genes JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth088 DO - 10.1093/bioinformatics/bth088 ID - Beissbart2004 ER - TY - JOUR AU - Furge, K. A. AU - Lucas, K. A. AU - Takahashi, M. AU - Sugimura, J. AU - Kort, E. J. AU - Kanayama, H. O. AU - Kagawa, S. AU - Hoekstra, P. AU - Curry, J. AU - Yang, X. J. AU - Teh, B. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Robust classification of renal cell carcinoma based on gene expression data and predicted cytogenetic profiles. JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-0534 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-0534 ID - Furge2004 ER - TY - JOUR AU - Brantley-Sieders, D. M. AU - Chen, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Eph receptor tyrosine kinases in angiogenesis: from development to disease. JO - Angiogenesis VL - 7 UR - https://doi.org/10.1023/B:AGEN.0000037340.33788.87 DO - 10.1023/B:AGEN.0000037340.33788.87 ID - Brantley-Sieders2004 ER - TY - JOUR AU - Clamp, M. AU - Andrews, D. AU - Barker, D. AU - Bevan, P. AU - Cameron, G. AU - Chen, Y. AU - Clark, L. AU - Cox, T. AU - Cuff, J. AU - Curwen, V. AU - Down, T. AU - Durbin, R. AU - Eyras, E. AU - Gilbert, J. AU - Hammond, M. AU - Hubbard, T. AU - Kasprzyk, A. AU - Keefe, D. AU - Lehvaslaiho, H. AU - Iyer, V. AU - Melsopp, C. AU - Mongin, E. AU - Pettett, R. AU - Potter, S. AU - Rust, A. AU - Schmidt, E. AU - Searle, S. AU - Slater, G. AU - Smith, J. AU - Spooner, W. AU - Stabenau, A. AU - Stalker, J. AU - Stupka, E. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Vastrik, I. AU - Birney, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ensembl 2002: accommodating comparative genomics JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg083 DO - 10.1093/nar/gkg083 ID - Clamp2003 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, N. AU - Boyle, S. AU - Fiegler, H. AU - Woodfine, K. AU - Carter, N. P. AU - Bickmore, W. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Chromatin architecture of the human genome: gene-rich domains are enriched in open chromatin fibers. JO - Cell VL - 118 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.08.011 DO - 10.1016/j.cell.2004.08.011 ID - Gilbert2004 ER - TY - JOUR AU - Semple, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Deep genomics in shallow times: the finished sequence of human chromosome 13 and 19 JO - European Journal of Human Genetics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/sj.ejhg.5201254 DO - 10.1038/sj.ejhg.5201254 ID - Semple2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Cheung, S. T. AU - So, S. AU - Fan, S. T. AU - Barry, C. AU - Higgins, J. AU - Lai, K. AU - Dudoit, S. AU - Ng, I. AU - vandeRijn, M. AU - Bostein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression patterns in human liver cancer JO - Mol Bio Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.02-02-0023. DO - 10.1091/mbc.02-02-0023. ID - Chen2002 ER - TY - JOUR AU - Higgins, J. P. AU - Shinghal, R. AU - Gill, H. AU - Reese, J. H. AU - Terris, M. AU - Cohen, R. J. AU - Fero, M. AU - Pollack, J. R. AU - Van De Rijn, M. AU - Brooks, J. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression patterns in renal cell carcinoma assessed by complementary DNA microarray JO - Am J Pathol VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63887-4 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63887-4 ID - Higgins2003 ER - TY - JOUR AU - Sherlock, G. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Kasarskis, A. AU - Binkley, G. AU - Matese, J. C. AU - Dwight, S. S. AU - Kaloper, M. AU - Weng, S. AU - Jin, H. AU - Ball, C. A. AU - Eisen, M. B. AU - Spellman, P. T. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. AU - Cherry, J. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - The Stanford Microarray Database JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.152 DO - 10.1093/nar/29.1.152 ID - Sherlock2001 ER - TY - JOUR AU - Yang, Y. H. AU - Dudoit, S. AU - Luu, P. AU - Lin, D. M. AU - Peng, V. AU - Ngai, J. AU - Speed, T. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.4.e15 DO - 10.1093/nar/30.4.e15 ID - Yang2002 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. H. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Veltman, J. A. AU - Fridlyand, J. AU - Pejavar, S. AU - Olshen, A. B. AU - Korkola, J. E. AU - DeVries, S. AU - Carroll, P. AU - Kuo, W. L. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. AU - Jain, A. N. AU - Waldman, F. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Array-based comparative genomic hybridization for genome-wide screening of DNA copy number in bladder tumors JO - Cancer Res VL - 63 ID - Veltman2003 ER -