TY - JOUR AU - Kotloff, K. L. AU - Winickoff, J. P. AU - Ivanoff, B. AU - Clemens, J. D. AU - Swerdlow, D. L. AU - Sansonetti, P. J. AU - Adak, G. K. AU - Levine, M. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Global burden of Shigella infections: implications for vaccine development and implementation of control strategies JO - Bull World Health Organ VL - 77 ID - Kotloff1999 ER - TY - JOUR AU - Sansonetti, P. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Slaying the Hydra all at once or head by head? JO - Nature Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nm0598supp-499 DO - 10.1038/nm0598supp-499 ID - Sansonetti1998 ER - TY - JOUR AU - Hale, T. L. PY - 1991 DA - 1991// TI - Genetic basis of virulence in Shigella species JO - Microbiol Rev VL - 55 ID - Hale1991 ER - TY - JOUR AU - Mei, Y. AU - Liu, H. AU - Xu, J. PY - 1989 DA - 1989// TI - Cloning and application of genus specific DNA probes for Shigella JO - Chinese J Epidemiol VL - 10 ID - Mei1989 ER - TY - JOUR AU - Sansonetti, P. J. AU - Kopecko, D. J. AU - Formal, S. B. PY - 1982 DA - 1982// TI - Involvement of a plasmid in the invasive ability of Shigella flexneri JO - Infect Immun VL - 35 ID - Sansonetti1982 ER - TY - JOUR AU - Al-Hasani, K. AU - Henderson, I. R. AU - Sakellaris, H. AU - Rajakumar, K. AU - Grant, T. AU - Nataro, J. P. AU - Robins-Browne, R. AU - Adler, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - The sigA gene which is borne on the she pathogenicity island of Shigella flexneri 2a encodes an exported cytopathic protease involved in intestinal fluid accumulation JO - Infect Immun VL - 68 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.68.5.2457-2463.2000 DO - 10.1128/IAI.68.5.2457-2463.2000 ID - Al-Hasani2000 ER - TY - JOUR AU - Hong, M. AU - Gleason, Y. AU - Wyckoff, E. E. AU - Payne, S. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Identification of two Shigella flexneri chromosomal loci involved in intercellular spreading JO - Infect Immun VL - 66 ID - Hong1998 ER - TY - JOUR AU - Mogull, S. A. AU - Runyen-Janecky, L. J. AU - Hong, M. AU - Payne, S. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - dksA is required for intercellular spread of Shigella flexneri via an RpoS-independent mechanism JO - Infect Immun VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.69.9.5742-5751.2001 DO - 10.1128/IAI.69.9.5742-5751.2001 ID - Mogull2001 ER - TY - JOUR AU - Henderson, I. R. AU - Czeczulin, J. AU - Eslava, C. AU - Noriega, F. AU - Nataro, J. P. PY - 1999 DA - 1999// TI - Characterization of Pic, a secreted protease of Shigella flexneri and enteroaggregative Escherichia coli JO - Infect Immun VL - 67 ID - Henderson1999 ER - TY - JOUR AU - Vokes, S. A. AU - Reeves, S. A. AU - Torres, A. G. AU - Payne, S. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - The aerobactin iron transport system genes in Shigella flexneri are present within a pathogenicity island JO - Mol Microbiol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1999.01448.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1999.01448.x ID - Vokes1999 ER - TY - JOUR AU - Dorma, C. J. AU - McKenna, S. AU - Beloin, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulation of virulence gene expression in Shigella flexneri, a facultative intracellular pathogen JO - Int J Med Microbio VL - 290 UR - https://doi.org/10.1078/1438-4221-00105 DO - 10.1078/1438-4221-00105 ID - Dorma2001 ER - TY - JOUR AU - Jin, Q. AU - Yuan, Z. AU - Xu, J. AU - Wang, Y. AU - Shen, Y. AU - Lu, W. AU - Wang, J. AU - Liu, H. AU - Yang, J. AU - Yang, F. AU - Zhang, X. AU - Zhang, J. AU - Yang, G. AU - Wu, H. AU - Qu, D. AU - Dong, J. AU - Sun, L. AU - Xue, Y. AU - Zhao, A. AU - Gao, Y. AU - Zhu, J. AU - Kan, B. AU - Ding, K. AU - Chen, S. AU - Cheng, H. AU - Yao, Z. AU - He, B. AU - Chen, R. AU - Ma, D. AU - Qiang, B. AU - Wen, Y. AU - Hou, Y. AU - Yu, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of Shigella flexneri 2a: insights into pathogenicity through comparison with genomes of Escherichia coli K12 and O157 JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf566 DO - 10.1093/nar/gkf566 ID - Jin2002 ER - TY - JOUR AU - Wei, J. AU - Goldberg, M. B. AU - Burland, V. AU - Venkatesan, M. M. AU - Deng, W. AU - Fournier, G. AU - Mayhew, G. F. AU - Plunkett, G. AU - Rose, D. J. AU - Darling, A. AU - Mau, B. AU - Perna, N. T. AU - Payne, S. M. AU - Runyen-Janecky, L. J. AU - Zhou, S. AU - Schwartz, D. C. AU - Blattner, F. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete Genome Sequence and Comparative Genomics of Shigella flexneri Serotype 2a Strain 2457T JO - InfectImmun VL - 71 ID - Wei2003 ER - TY - STD TI - Yang F, Yang J, Zhang X, Chen L, Jiang Y, Yan Y, Tang X, Wang J, Xiong Z, Dong J, Xue Y, Zhu Y, Xu X, Sun L, Chen S, Nie H, Peng J, Xu J, Wang Y, Yuan Z, Wen Y, Yao Z, Shen Y, Qiang B, Hou Y, Yu J, Jin Q: Genome dynamics and diversity of Shigella species, the etiologic agents of bacillary dysentery. Nucleic Acids Res. 33 (19): 6445-6458. 10.1093/nar/gki954. 2005, Nov 7 ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Buchrieser, C. AU - Glaser, P. AU - Rusniok, C. AU - Nedjari, H. AU - D'Hauteville, H. AU - Kunst, F. AU - Sansonetti, P. AU - Parsot, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - The virulence plasmid pWR100 and the repertoire of proteins secreted by the type III secretion apparatus of Shigella flexneri JO - Mol Microbiol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2000.02179.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2000.02179.x ID - Buchrieser2000 ER - TY - JOUR AU - Venkatesan, M. M. AU - Goldberg, M. B. AU - Rose, D. J. AU - Grotbeck, E. J. AU - Burland, V. AU - Blattner, F. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete DNA sequence and analysis of the large virulence plasmid of Shigella flexneri JO - Infect Immun VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.69.5.3271-3285.2001 DO - 10.1128/IAI.69.5.3271-3285.2001 ID - Venkatesan2001 ER - TY - JOUR AU - BLOT, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Transposable elements and adaptation of host bacteria JO - Genetica VL - 93 UR - https://doi.org/10.1007/BF01435235 DO - 10.1007/BF01435235 ID - BLOT1994 ER - TY - JOUR AU - Badia, J. AU - Ibanez, E. AU - Sabate, M. AU - Baldoma, L. AU - Aguilar, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - A Rare 920-Kilobase Chromosomal Inversion Mediated by IS1 Transposition Causes Constitutive Expression of the yiaK-S Operon for Carbohydrate Utilization in Escherichia coli JO - J Biol Chem VL - 273 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.273.14.8376 DO - 10.1074/jbc.273.14.8376 ID - Badia1998 ER - TY - JOUR AU - Schneider, D. AU - Duperchy, E. AU - Coursange, E. AU - Lenski, R. E. AU - Blot, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Long-term experimental evolution in Escherichia coli. IX. Characterization of insertion sequence-mediated mutations and rearrangements JO - Genetics VL - 156 ID - Schneider2000 ER - TY - JOUR AU - Turlan, C. AU - Chandler, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - IS1-mediated intramolecular rearrangements: formation of excised transposon circles and replicative deletions JO - EMBO J VL - 14 ID - Turlan1995 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Burland, V. AU - Plunkett, G. AU - Boutin, A. AU - Mayhew, G. F. AU - Liss, P. AU - Perna, N. T. AU - Rose, D. J. AU - Mau, B. AU - Zhou, S. AU - Schwartz, D. C. AU - Fetherston, J. D. AU - Lindler, L. E. AU - Brubaker, R. R. AU - Plano, G. V. AU - Straley, S. C. AU - McDonough, K. A. AU - Nilles, M. L. AU - Matson, J. S. AU - Blattner, F. R. AU - Perry, R. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of Yersinia pestis KIM JO - J Bacteriol VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/JB.184.16.4601-4611.2002 DO - 10.1128/JB.184.16.4601-4611.2002 ID - Deng2002 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Liou, S. R. AU - Plunkett, G. AU - Mayhew, G. F. AU - Rose, D. J. AU - Burland, V. AU - Kodoyianni, V. AU - Schwartz, D. C. AU - Blattner, F. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi strains Ty2 and CT18 JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.7.2330-2337.2003 DO - 10.1128/JB.185.7.2330-2337.2003 ID - Deng2003 ER - TY - JOUR AU - Kohara, Y. AU - Akiyama, K. AU - Isono, K. PY - 1987 DA - 1987// TI - The physical map of the whole E. coli chromosome: application of a new strategy for rapid analysis and sorting of a large genomic library JO - Cell VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(87)90503-4 DO - 10.1016/0092-8674(87)90503-4 ID - Kohara1987 ER - TY - JOUR AU - Zhong, Q. P. PY - 1999 DA - 1999// TI - Pathogenic effects of Opolysaccharide from Shigella flexneri strain JO - World J Gastroenterol VL - 5 UR - https://doi.org/10.3748/wjg.v5.i3.245 DO - 10.3748/wjg.v5.i3.245 ID - Zhong1999 ER - TY - JOUR AU - Herbert, S. c. h. m. i. d. t. AU - Michael, H. e. n. s. e. l. PY - 2004 DA - 2004// TI - Pathogenicity Islands in Bacterial Pathogenesis JO - Clin Microbiol Rev VL - 17 ID - Herbert2004 ER - TY - JOUR AU - Ingersoll, M. AU - Groisman, E. A. AU - Zychlinsky, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Pathogenicity islands of Shigella JO - Curr Top Microbiol Immunol VL - 264 ID - Ingersoll2002 ER - TY - JOUR AU - Huan, P. T. AU - Bastin, D. A. AU - Whittle, B. L. AU - Lindberg, A. A. AU - Verma, N. K. PY - 1997 DA - 1997// TI - Molecular characterization of the genes involved in O-antigen modification, attachment, integration and excision in Shigella flexneri bacteriophage SfV JO - Gene VL - 195 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(97)00143-1 DO - 10.1016/S0378-1119(97)00143-1 ID - Huan1997 ER - TY - JOUR AU - Markine-Goriaynoff, N. AU - Gillet, L. AU - Van Etten, J. L. AU - Korres, H. AU - Verma, N. AU - Vanderplasschen, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Glycosyltransferases encoded by viruses JO - J Gen Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.80320-0 DO - 10.1099/vir.0.80320-0 ID - Markine-Goriaynoff2004 ER - TY - JOUR AU - Petrovskaya, V. G. AU - Licheva, T. A. PY - 1982 DA - 1982// TI - A provisional chromosome map of Shigella and the regions related to pathogenicity JO - Acta Microbiol Acad Sci Hung VL - 29 ID - Petrovskaya1982 ER - TY - JOUR AU - Mavris, M. AU - Manning, P. A. AU - Morona, R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Mechanism of bacteriophage SfII-mediated serotype conversion in Shigella flexneri JO - Mol Microbiol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1997.6301997.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1997.6301997.x ID - Mavris1997 ER - TY - JOUR AU - Huan, P. T. AU - Whittle, B. L. AU - Bastin, D. A. AU - Lindberg, A. A. AU - Verma, N. K. PY - 1997 DA - 1997// TI - Shigella flexneri type-specific antigen V: cloning, sequencing and characterization of the glucosyl transferase gene of temperate bacteriophage SfV JO - Gene VL - 195 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(97)00144-3 DO - 10.1016/S0378-1119(97)00144-3 ID - Huan1997 ER - TY - JOUR AU - Al-Hasani, K. AU - Adler, B. AU - Rajakumar, K. AU - Sakellaris, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Distribution and structural variation of the she pathogenicity island in enteric bacterial pathogens JO - J Med Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-50-9-780 DO - 10.1099/0022-1317-50-9-780 ID - Al-Hasani2001 ER - TY - JOUR AU - Sakellaris Harry AU - Luck AU - Shelley, N. AU - Al-Hasani AU - Keith AU - Rajakumar AU - Kumar AU - Turner AU - Sally, A. AU - Adler AU - Ben PY - 2004 DA - 2004// TI - Regulated site-specific recombination of the she pathogenicity island of Shigella flexneri JO - Molecular Microbiology VL - 52 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2004.04048.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2004.04048.x ID - Sakellaris Harry2004 ER - TY - JOUR AU - Moss, J. E. AU - Cardozo, T. J. AU - Zychlinsky, A. AU - Groisman, E. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - The selC-associated SHI-2 pathogenicity island of Shigella flexneri JO - Mol Microbiol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1999.01449.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1999.01449.x ID - Moss1999 ER - TY - JOUR AU - Eisen, J. A. AU - Heidelberg, J. F. AU - White, O. AU - Salzberg, S. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Evidence for symmetric chromosomal inversions around the replication origin in bacteria JO - Genome Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2000-1-6-research0011 DO - 10.1186/gb-2000-1-6-research0011 ID - Eisen2000 ER - TY - JOUR AU - Schmid, M. B. AU - Roth, J. R. PY - 1987 DA - 1987// TI - Gene location affects expression level in Salmonella typhimurium JO - J Bacteriol VL - 169 ID - Schmid1987 ER - TY - JOUR AU - Sushma Kothapalli AU - Satheesh Nair AU - Suneetha Alokam AU - Tikki Pang AU - Rasik Khakhria AU - David Woodward AU - Wendy Johnson AU - Stocker, B. r. u. c. e. A. D. AU - Sanderson, K. e. n. n. e. t. h. E. AU - Shu-Lin Liu PY - 2005 DA - 2005// TI - Diversity of Genome Structure in Salmonella enterica Serovar Typhi Populations JO - J Bacteriology VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.8.2638-2650.2005 DO - 10.1128/JB.187.8.2638-2650.2005 ID - Sushma Kothapalli2005 ER - TY - JOUR AU - Landfald, B. AU - Strom, A. R. PY - 1986 DA - 1986// TI - Choline-glycine betaine pathway confers a high level of osmotic tolerance in Escherichia coli JO - J Bacteriol VL - 165 ID - Landfald1986 ER - TY - JOUR AU - Farwick, M. AU - Siewe, R. M. AU - Kramer, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Glycine Betaine Uptake after Hyperosmotic Shift in Corynebacterium glutamicum JO - J Bacteriol VL - 177 ID - Farwick1995 ER - TY - JOUR AU - Yancey, P. H. AU - Clark, M. E. AU - Hand, S. C. AU - Bowlus, R. D. AU - Somero, G. N. PY - 1982 DA - 1982// TI - Living with water stress: evolution of osmolyte systems JO - Science VL - 217 UR - https://doi.org/10.1126/science.7112124 DO - 10.1126/science.7112124 ID - Yancey1982 ER - TY - STD TI - Pupo GM, Lan R, Reeves PR: Multiple independent origins of Shigella clones of Escherichia coli and convergent evolution of many of their characteristics. Proc Natl Acad Sci USA. 97: 10567-10572. 10.1073/pnas.180094797. 2000, Sep 12 ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Andersson, J. O. AU - Andersson, S. G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome degradation is an ongoing process in Rickettsia JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026208 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026208 ID - Andersson1999 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using Phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Salzberg, S. L. AU - Delcher, A. L. AU - Kasif, S. AU - White PY - 1998 DA - 1998// TI - Microbial gene identification using interpolated Markov models JO - Nucleic Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.2.544 DO - 10.1093/nar/26.2.544 ID - Salzberg1998 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Galperin, M. Y. AU - Natale, D. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.33 DO - 10.1093/nar/28.1.33 ID - Tatusov2000 ER - TY - STD TI - The IS FINDER Database. [http://www-is.biotoul.fr] UR - http://www-is.biotoul.fr ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Yang, J. AU - Wang, J. AU - Yao, Z. J. AU - Jin, Q. AU - Shen, Y. AU - Chen, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - GenomeComp: a visualization tool for microbial genome comparison JO - J Microbiol Methods VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-7012(03)00094-0 DO - 10.1016/S0167-7012(03)00094-0 ID - Yang2003 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Kawashima, S. AU - Okuno, Y. AU - Hattori, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The KEGG resource for deciphering the genome JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh063 DO - 10.1093/nar/gkh063 ID - Kanehisa2004 ER -