TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sørlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. AU - Fluge, Ø. AU - Pergamenschikov, A. AU - Williams, C. AU - Zhu, S. X. AU - Lønning, P. E. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - Sørlie, T. AU - Perou, C. M. AU - Tibshirani, R. AU - Aas, T. AU - Geisler, S. AU - Johnsen, H. AU - Hastie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Thorsen, T. AU - Quist, H. AU - Matese, J. C. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. AU - Lønning, P. E. AU - Børresen-Dale, A. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.191367098 DO - 10.1073/pnas.191367098 ID - Sørlie2001 ER - TY - JOUR AU - Sørlie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Parker, J. AU - Hastie, T. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. AU - Deng, S. AU - Johnsen, H. AU - Pesich, R. AU - Geisler, S. AU - Demeter, J. AU - Perou, C. M. AU - Lønning, P. E. AU - Brown, P. O. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Botstein, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0932692100 DO - 10.1073/pnas.0932692100 ID - Sørlie2003 ER - TY - CHAP AU - Kapp, A. V. AU - Tibshirani, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Are clusters found in one dataset present in another dataset? BT - Biostatistics ID - Kapp2006 ER - TY - JOUR AU - Fletcher, G. AU - Patel, S. AU - Tyson, K. AU - Adam, P. AU - Schenker, M. AU - Loader, J. AU - Daviet, L. AU - Legrain, P. AU - Parekh, R. AU - Harris, A. AU - Terrett, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - hAG-2 and hAG-3, human homologues of genes involved in differentiation, are associated with oestrogen receptor-positive breast tumors and interact with metastasis gene C4.4a and dystroglycan JO - Br J Cancer VL - 88 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6600740 DO - 10.1038/sj.bjc.6600740 ID - Fletcher2003 ER - TY - JOUR AU - Lacroix, M. AU - Leclercq, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - About GATA3, HNF3A, and XBP1, three genes co-expressed with the oestrogen receptor α-gene (ESR1) in breast cancer JO - Molecular and Cellular Endocrinology VL - 219 UR - https://doi.org/10.1016/j.mce.2004.02.021 DO - 10.1016/j.mce.2004.02.021 ID - Lacroix2004 ER - TY - JOUR AU - Prati, R. AU - Apple, S. K. AU - He, J. AU - Gornbein, J. A. AU - Chang, H. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Histopathologic Characteristics Predicting Her-2/neu Amplification in Breast Cancer JO - Breast J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1111/j.1075-122X.2005.00125.x DO - 10.1111/j.1075-122X.2005.00125.x ID - Prati2005 ER - TY - JOUR AU - Chang, H. Y. AU - Nuyten, D. S. A. AU - Sneddon, J. B. AU - Hastie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Sørlie, T. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Bartelink, H. AU - van de Rijn, M. AU - Brown, P. O. AU - van de Vijver, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Robustness, scalability, and integration of a wound-response gene expression signature in predicting breast cancer survival JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409462102 DO - 10.1073/pnas.0409462102 ID - Chang2005 ER - TY - JOUR AU - van de Vijver, M. J. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - Hart, A. A. AU - Voskuil, D. W. AU - Schreiber, G. J. AU - Peterse, J. L. AU - Roberts, C. AU - Marton, M. J. AU - Parrish, M. AU - Atsma, D. AU - Witteveen, A. AU - Glas, A. AU - Delahaye, L. AU - van der Velde, T. AU - Bartelink, H. AU - Rodenhuis, S. AU - Rutgers, E. T. AU - Friend, S. H. AU - Bernards, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - A Gene-Expression Signature as a Predictor of Survival in Breast Cancer JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa021967 DO - 10.1056/NEJMoa021967 ID - van de Vijver2002 ER - TY - JOUR AU - Zhao, H. AU - Langerød, A. AU - Ji, Y. AU - Nowels, K. W. AU - Nesland, J. M. AU - Tibshirani, R. AU - Bukholm, I. K. AU - Kåresen, R. AU - Botstein, D. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Different Gene Expression Patterns in Invasive Lobular and Ductal Carcinomas of the Breast JO - Molecular Biology of the Cell VL - 15 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.E03-11-0786 DO - 10.1091/mbc.E03-11-0786 ID - Zhao2004 ER - TY - STD TI - Stanford Microarray Database. [http://genome-www.stanford.edu/] UR - http://genome-www.stanford.edu/ ID - ref11 ER - TY - STD TI - NKI Central Microarray Facility. [http://microarrays.nki.nl] UR - http://microarrays.nki.nl ID - ref12 ER - TY - STD TI - Stefanie Jeffrey Lab – Protocols. [http://www.stanford.edu/group/sjeffreylab/protocol2.html] UR - http://www.stanford.edu/group/sjeffreylab/protocol2.html ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Zhao, H. AU - Hastie, T. AU - Whitfield, M. L. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Optimization and evaluation of T7 based RNA linear amplification protocols for cDNA microarray analysis JO - BMC Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-3-31 DO - 10.1186/1471-2164-3-31 ID - Zhao2002 ER - TY - BOOK PY - 2005 DA - 2005// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref15 ER - TY - STD TI - The Comprehensive R Archive Network. [http://cran.r-project.org/] UR - http://cran.r-project.org/ ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - McLachlan, G. J. AU - Bean, R. W. AU - Peel, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - A mixture model-based approach to the clustering of microarray expression data JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.413 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.413 ID - McLachlan2002 ER -