From: Highly expressed proteins have an increased frequency of alanine in the second amino acid position
organism | codon position | |||||||||||
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 | 2 | 3 | 4 | 5 | ||||||||
 | codon | P-value | %HEG/ %all | codon | P-value | %HEG/ %all | codon | P-value | %HEG/ %all | codon | P-value | %HEG/ %all |
E. coli | GCU | 7.9E-06 | 15/3 | ACU | 1.1E-04 | 10/2 | AUU | 4.0E-05 | 16/4 | AAA | 0.001 | 15/5 |
 | GCA | 6.0E-04 | 11/3 | AAG | 0.004 | 11/4 | ACU | 0.007 | 6/1 |  |  |  |
 | UCC | 7.1E-04 | 8/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
B. subtilis | GCA | 8.5E-05 | 15/3 | GUA | 0.004 | 9/2 | GGA | 0.002 | 9/2 | Â | - | Â |
H. pylori | GCA | 0.001 | 15/4 | Â | - | Â | Â | - | Â | AAG | 0.009 | 9/2 |
 | ACA | 0.005 | 6/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
H. influenzae | GCA | 1.0E-04 | 17/4 | GUA | 0.005 | 6/1 | GAA | 0.009 | 11/4 | Â | - | Â |
 | GCU | 0.002 | 11/3 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | UCU | 0.006 | 10/3 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
M. tuberculosis | GCA | 3.1E-04 | 11/2 | AAG | 2.9E-04 | 11/2 | AAG | 2.1E-04 | 11/2 | AAG | 8.5E-05 | 11/2 |
 | GCG | 0.008 | 11/4 |  |  |  |  |  |  | ACU | 0.008 | 5/1 |
T. pallidum | GCA | 6.9E-04 | 15/3 | AAG | 0.010 | 13/4 | Â | - | Â | Â | - | Â |
R. prowazekii | Â | - | Â | Â | - | Â | Â | - | Â | Â | - | Â |
M. genitalium | Â | - | Â | Â | - | Â | Â | - | Â | Â | - | Â |
B. burgdorferi | GCA | 1.0E-04 | 15/2 | Â | - | Â | Â | - | Â | Â | - | Â |
 | UCA | 9.9E-04 | 10/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | GGU | 0.004 | 8/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
A. fulgidus | Â | - | Â | Â | - | Â | AAG | 0.004 | 15/5 | AAG | 0.002 | 15/4 |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  | UAU | 0.006 | 8/1 |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  | AGA | 0.006 | 11/3 |
M. jannaschii | GCA | 1.1E-05 | 14/2 | GGA | 0.003 | 9/2 | Â | - | Â | Â | - | Â |
 | GCU | 0.002 | 9/2 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | CCA | 0.008 | 7/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
P. horikoshii | Â | - | Â | Â | - | Â | AUG | 0.004 | 27/12 | Â | - | Â |
S. cerevisiae | GCU | 7.3E-08 | 19/3 | AGA | 2.5E-07 | 18/3 | GUU | 8.6E-08 | 15/2 | AAG | 8.4E-04 | 13/4 |
 | UCU | 7.2E-07 | 24/6 | CCA | 0.006 | 6/1 | GGU | 0.002 | 8/2 | ACU | 0.001 | 11/3 |
 | GGU | 1.0E-05 | 13/2 |  |  |  | CCA | 0.005 | 8/2 | GUU | 0.002 | 9/2 |
 | GCC | 0.006 | 6/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
S. pombe | GCA | 2.0E-07 | 22/4 | CGU | 4.5E-06 | 13/1 | Â | - | Â | AAG | 8.7E-04 | 13/3 |
 | GGA | 0.002 | 8/1 | AUU | 0.001 | 13/3 |  |  |  | AUC | 0.009 | 7/1 |
P. falciparum | GGA | 0.001 | 11/2 | Â | - | Â | CAA | 0.004 | 11/2 | Â | - | Â |
 | GCA | 0.001 | 11/2 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | UCA | 0.002 | 11/2 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | GCU | 0.002 | 11/2 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 | CCA | 0.006 | 6/1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |