Skip to main content

Table 4 Specific genes expressed in the skin, liver, adipose tissue, lungs, bone, and skeletal muscle

From: Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

                 Tissues from GEO and accession number    
Tag Testis Prostate Ovary Mammary gland Uterus Vagina Skin Liver Adipose tissue Lung Bone Skeletal muscle Cerebral cortex Hypothalamus Pituitary gland Mouse embryonic fibroblasts GSM7759 Heart normal GSM106587 Thymus normal GSM106587 Bladder normal GSM106599 Kidney normal GSM56242 Spleen normal GSM106591 Pancreas normal GSM 106592 Intestine UniGene and EST expression (%) Description [UniGene cluster, GenBank Accession No] General function
   Skin                          
ATTCCCTGTTA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 299 2a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 8-1 [Mm.13979, D86423] Cell structure
AAGTGAAAGCA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 204 2a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 trichohyalin – human [Mm.1160, CD545918] Fibrillar forming collagen
CCTCCATTTCC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 86 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin complex 1, acidic, gene 4 [Mm.289644, NM_027563] Cell structure
GTTCTCAGTAT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 66 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 6-1 [Mm.310892, D86419] Cell structure
TTGCTTCTGGG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 65 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 3-2 [Mm.46389, NM_025720] Cell structure
AAGCTTTGATA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 59 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 16-5 [Mm.28425, NM_130857] Cell structure
GCTTCACCTTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 40 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 11-1 [Mm.310906, AV018433] Cell structure
ATGGTCTGAGC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 40 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 S100 calcium binding protein A17 [Mm.68064, NM_027762] Cell signaling
CAACTCCTTTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 35 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin complex 1, acidic, gene 1 [Mm.19109, NM_010659] Cell structure
GGCCTGGCTTA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 35 1a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 lymphocyte antigen 6 complex, locus G6C [Mm.215096, NM_023463] Cell defence
GTACTGTCTTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 34 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 keratin associated protein 4.7 (Homo sapiens) [Mm.340791, AV089658] Cell structure
TCCTGCACAAT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 25 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 G protein-coupled receptor, family C, group 5, member D [Mm.49902, NM_053118] Cell signaling
   Liver                          
AAGACTCAGGA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 185 0a 0a 3a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 albumin 1 [Mm.16773, NM_009654] Cell defence
TCGGACCATAG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 120 1a 0a 1a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 alpha 1 microglobulin/bikunin [Mm.2197, NM_007443] Cell defence
CAAATAGGTTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 101 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 1a [Mm.259233, AI527352] Cell defence
ACCCTTAGAGA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 93 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 betaine-homocysteine methyltransferase [Mm.329582, NM_016668] Amino acid metabolism
GCCACGCCCCC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 89 1a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 4-hydroxyphenylpyruvic acid dioxygenase [Mm.6584, NM_008277] Amino acid metabolism
GTGATTGCTGA 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 79 0a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 murinoglobulin 2 [Mm.244937, NM_008646] Cell defence
TGTTCCGTCTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 67 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 coagulation factor II [Mm.89048, NM_010168] Cell defence
TTTCTTAAATC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 67 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 esterase 31-like [Mm.347422, NM_144511] Cell defence
TTGTCCTCGTA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 61 0a 2a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4 [Mm.211681, NM_018746] Cell defence
GCGATGAAATC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 59 0a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 esterase 1 [Mm.88078, AI256598] Cell defence
CTCATCGTATG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 57 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
GGCACCTTCAC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 56 1a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 peptidoglycan recognition protein 4 [Mm.316644, XM_357978] Cell defence
GAGCTGTTTCT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 56 0a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 40 [Mm.335940, NM_010004] Steroid hormone synthesis
TTGCAAGGCTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 46 1a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0 albumin 1 [Mm.16773, AI747247] Cell defence
GAGCTCTTCCT 2a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 45 0a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 cytochrome P450, family 2, subfamily d, polypeptide 26 [Mm.29064, NM_029562] Steroid hormone synthesis
AGACCTTGGGA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 44 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 kininogen 2 [Mm.2160, NM_023125] Cell defence
GTTGCTGACCG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 43 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 plasminogen [Mm.971, NM_008877] Protein synthesis
AAAACAGAAAA 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 39 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
TGTGTTATTTT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 35 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 regucalcin [Mm.2118, NM_009060] Regulation of enzymatic activity
AAAGTCCTCGA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 34 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 aldo-keto reductase family 1, member C6 [Mm.196666, NM_030611] Catalytic activity
GATACAGACTA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 33 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
GACACACACTA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 32 0a 1a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
ACATTTCCAGA 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0a 28 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 2a 0a 0a 0 silica-induced gene 111 [Mm.330825, AV058272] promoting cell survival
GGGACATTCGG 0a 1a 0a 0a 1a 0a 0a 25 0a 1a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 2 [Mm.290044, BC013442] Transport
AAATTATTCCT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 24 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 major urinary protein 1 [Mm.335875, AW110035] Cell defence
   Adipose tissue                          
CCAGCACTCAA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 31 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 leptin [Mm.277072, NM_008493] Cell signaling
TACCTTTCATA 0a 1a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 29 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 7 lectin, galactose binding, soluble 12 [Mm.298242, NM_019516] Cell division
   Lung                          
CAAGGATCTAC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 85 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 surfactant associated protein D [Mm.1321, NM_009160] Cell defence
TGTCTGCCTCT 0a 1a 0a 0a 0a 0a 1a 1a 1a 45 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 claudin 18 [Mm.35090, AK033657] Cell signaling
ACCCACACTCC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 40 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 surfactant associated protein A1 [Mm.46062, NM_023134] Cell defence
GCTCACAGAAA 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 35 0a 0a 0a 1a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 palate, lung, and nasal epithelium carcinoma associated [Mm.268852, NM_011126] Cell defence
GGCATCCCATT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 31 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 secretoglobin, family 3A, member 1 [Mm.22802, NM_170727] Cell defence
   Bone                          
CTTTCCTGGGT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0a 144 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 proteoglycan 2, bone marrow [Mm.142727, NM_008920] Cell defence
TTTTGGGCACA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 1a 0a 0 122 0a 0a 0a 0a 0a 4a 0a 0a 0a 0a 0a 0 solute carrier family 4 (anion exchanger), member 1 [Mm.7248, NM_011403] transport
TATGTGGACTG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 2a 1a 0a 59 0a 1a 1a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0 proteinase 3 [Mm.2364, NM_011178] Cell defence
TGCCGCCGTCG 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 1a 0a 0a 52 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 neutrophil elastase [Mm.262194, BX632826] Cell defence
ACAGGAAGAGC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 39 0a 0a 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 eosinophil peroxidase [Mm.1315, NM_007946] Cell defence
CCCTGGATCAA 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 29 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 cathepsin G [Mm.4858, NM_007800] Cell defence
CTGAGGTGGGC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0a 25 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 claudin 13 [Mm.86652, NM_020504] Cell signaling
GAAATATTCAC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 25 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 3 [Mm.119630, NM_133246] Cell defence
AAAGTGTGACC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0a 25 1a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 72 carbonic anhydrase 1 [Mm.273195, NM_009799] Cell defence
   Skeletal muscle                          
TGGAACGAGCA 0a 1a 0a 0a 0a 0a 1a 0a 0a 0a 1a 68 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
TGGGCAGCCTT 0a 0a 0a 0a 0a 0a 2a 0a 0a 0a 1a 58 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 myosin light chain, phosphorylatable, fast skeletal muscle [Mm.14526, AV165375] Cell structure
GACCTGAGGGC 0a 0a 0a 0a 0a 0a 1a 1a 0a 0a 0a 41 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a   NM Novel transcript
ACCTCTATATA 0a 0a 0a 2a 0a 0a 1a 0a 0a 1a 0a 38 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0a 0 tropomyosin 3, gamma [Mm.240839, U04541] Cell structure
  1. a Significant difference vs. no. of tags shown in bold (p < 0,05)