Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

Kouadjo, Kouame E; Nishida, Yuichiro; Cadrin-Girard, Jean F; Yoshioka, Mayumi; St-Amand, Jonny

doi:10.1186/1471-2164-8-127

BMC Genomics

Table 5 Specific genes expressed in the brain

From: Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

																Tissues from GEO and accession number
Tag	Testis	Prostate	Ovary	Mammary gland	Uterus	Vagina	Skin	Liver	Adipose tissue	Lung	Bone	Skeletal muscle	Cerebral cortex	Hypothalamus	Pituitary gland	Mouse embryonic fibroblasts GSM7759	Heart normal GSM106587	Thymus normal GSM106596	Bladder normal GSM106599	Kidney normal GSM56242	Spleen normal GSM106591	Pancreas Normal GSM106592	Intestine UniGene and EST expression (%)	Description [UniGene cluster, GenBank Accession No]	General function
Cerebral cortex
GTCGTCCTCTA	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	47	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	solute carrier family 17 (sodium-dependent inorganic phosphate cotransporter), member 7 [Mm.255631, NM_182993]	Transport
TGACCTTGGCC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	41	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	gene model 748, (NCBI) [Mm.102203, AK122363]	Protein binding and heme Binding
GTACTTGGCTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	24	1^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	synaptic vesicle glycoprotein 2 b [Mm.273082, NM_153579]	Transporter activity
Hypothalamus
TTGGCAAGTCT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	198	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	RIKEN cDNA A230109K 23 gene [Mm.200361, BC048534]	neurotransmitter or neuromodulator
TGTGACGCTGG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	37	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	cocaine and amphetamine regulated transcript [Mm.75498, NM_013732]	Cell signaling
AGTTCCTTCGC	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	34	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	calbindin 2 [Mm.2755, NM_007586]	Calciunion binding
GGCCGCCGCGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	33	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	hypocretin [Mm.10096, NM_010410]	Cell signaling
Pituitary gland
AAGTGTCGCCG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	14963	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	growth horm one [Mm.343934, NM_008117]	Cell signaling
GGCGAGCTGAT	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1496	0^a	1^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	0	Pro-opiomelanocortin-alpha [Mm.277996, NM_008895]	Cell signaling
GCGGGAAAAGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1383	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
CTTGGGTGCAA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1307	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		prolactin [Mm.1270, NM_011164]	Cell signaling
AAGTGTCGCCT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	601	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
TTGGCGTCAAA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	436	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
AAGTGTCGCCA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	408	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
TCGGTTCTCTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	329	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
ACGTACTTCCG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	222	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
CGCAGCGACGA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	218	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GCTGGGGCCCG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	194	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
ACCCGCAGGTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	114	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GTCCGAGTACT	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	75	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	luteinizing hormone beta [Mm.57061, NM_008497]	Cell signaling
TTACTCCTTAT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	49	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	thyroid stimulating hormone, beta subunit [Mm.110730, NM_009432]	Thyroid structure and metabolism

^a Significant difference vs. no. of tags shown in bold (p < 0,05)

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com