Skip to main content

Table 3 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in perfect microsatellites

From: Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

Length GC content simpfreq compfreq totfreq fracsimp simprepe comprepe simppoly comppoly
3 0 3.464 16.996 20.46 0.144 6.254 3.412 0.168 0.115
  0.333 5.178 24.711 29.889 0.142 5.864 3.369 0.166 0.142
  0.667 4.66 21.682 26.342 0.163 5.646 3.354 0.169 0.146
  1 7.442 28.194 35.636 0.167 5.564 3.323 0.158 0.146
4 0 0.8 29.279 30.079 0.022 4.407 2.058 0.131 0.106
  0.25 0.353 24.872 25.225 0.012 4.555 2.042 0.147 0.108
  0.5 0.158 12.031 12.189 0.013 4.317 2.039 0.195 0.121
  0.75 0.148 10.598 10.746 0.012 4.345 2.03 0.169 0.113
  1 0.085 9.502 9.587 0.003 4.373 2.018 0.217 0.091
5 0 0.663 6.274 6.937 0.076 3.171 2.051 0.123 0.103
  0.2 0.245 3.426 3.671 0.05 3.194 2.031 0.144 0.112
  0.4 0.118 2.056 2.174 0.051 3.242 2.03 0.149 0.121
  0.6 0.091 1.293 1.384 0.056 3.264 2.04 0.163 0.135
  0.8 0.083 1.084 1.167 0.055 3.174 2.033 0.146 0.109
  1 0.104 1.927 2.03 0.055 3.18 2.026 0.122 0.099
6 0 0.099 1.074 1.173 0.052 3.093 2.054 0.108 0.109
  0.167 0.048 0.674 0.721 0.046 3.085 2.05 0.162 0.122
  0.333 0.034 0.399 0.433 0.067 3.188 2.046 0.188 0.142
  0.5 0.047 0.39 0.436 0.098 3.202 2.065 0.188 0.147
  0.667 0.05 0.286 0.335 0.133 3.106 2.086 0.192 0.152
  0.833 0.081 0.46 0.541 0.151 3.202 2.092 0.187 0.151
  1 0.084 0.462 0.546 0.137 3.079 2.068 0.183 0.116