Skip to main content

Table 3 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in perfect microsatellites

From: Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

Length

GC content

simpfreq

compfreq

totfreq

fracsimp

simprepe

comprepe

simppoly

comppoly

3

0

3.464

16.996

20.46

0.144

6.254

3.412

0.168

0.115

 

0.333

5.178

24.711

29.889

0.142

5.864

3.369

0.166

0.142

 

0.667

4.66

21.682

26.342

0.163

5.646

3.354

0.169

0.146

 

1

7.442

28.194

35.636

0.167

5.564

3.323

0.158

0.146

4

0

0.8

29.279

30.079

0.022

4.407

2.058

0.131

0.106

 

0.25

0.353

24.872

25.225

0.012

4.555

2.042

0.147

0.108

 

0.5

0.158

12.031

12.189

0.013

4.317

2.039

0.195

0.121

 

0.75

0.148

10.598

10.746

0.012

4.345

2.03

0.169

0.113

 

1

0.085

9.502

9.587

0.003

4.373

2.018

0.217

0.091

5

0

0.663

6.274

6.937

0.076

3.171

2.051

0.123

0.103

 

0.2

0.245

3.426

3.671

0.05

3.194

2.031

0.144

0.112

 

0.4

0.118

2.056

2.174

0.051

3.242

2.03

0.149

0.121

 

0.6

0.091

1.293

1.384

0.056

3.264

2.04

0.163

0.135

 

0.8

0.083

1.084

1.167

0.055

3.174

2.033

0.146

0.109

 

1

0.104

1.927

2.03

0.055

3.18

2.026

0.122

0.099

6

0

0.099

1.074

1.173

0.052

3.093

2.054

0.108

0.109

 

0.167

0.048

0.674

0.721

0.046

3.085

2.05

0.162

0.122

 

0.333

0.034

0.399

0.433

0.067

3.188

2.046

0.188

0.142

 

0.5

0.047

0.39

0.436

0.098

3.202

2.065

0.188

0.147

 

0.667

0.05

0.286

0.335

0.133

3.106

2.086

0.192

0.152

 

0.833

0.081

0.46

0.541

0.151

3.202

2.092

0.187

0.151

 

1

0.084

0.462

0.546

0.137

3.079

2.068

0.183

0.116