Skip to main content

Table 5 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in microsatellites with two allowed mismatched repeat positions

From: Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

Length GC content simpfreq compfreq totfreq fracsimp simprepe comprepe simppoly comppoly
3 0 3.226 0.447 3.673 0.882 8.739 9.487 0.189 0.145
  0.333 4.822 0.595 5.417 0.905 8.309 9.217 0.163 0.189
  0.667 4.037 0.483 4.521 0.896 8.051 8.418 0.172 0.214
  1 6.45 0.566 7.017 0.942 7.888 7.817 0.162 0.231
4 0 1.107 0.101 1.208 0.917 5.497 5.513 0.133 0.152
  0.25 0.577 0.074 0.651 0.919 5.585 5.878 0.191 0.169
  0.5 0.225 0.018 0.244 0.928 5.475 5.772 0.185 0.206
  0.75 0.237 0.024 0.262 0.909 5.504 5.578 0.174 0.176
  1 0.14 0.015 0.156 0.899 5.224 5.109 0.201 0.166
5 0 0.763 0.073 0.836 0.918 4.188 4.283 0.129 0.144
  0.2 0.314 0.035 0.348 0.925 4.276 4.333 0.176 0.185
  0.4 0.14 0.014 0.154 0.925 4.318 4.507 0.167 0.245
  0.6 0.11 0.009 0.119 0.939 4.341 3.825 0.19 0.142
  0.8 0.109 0.013 0.121 0.939 4.242 3.99 0.178 0.207
  1 0.143 0.022 0.165 0.879 4.12 4.299 0.168 0.137
6 0 0.101 0.016 0.117 0.878 4.213 4.385 0.148 0.165
  0.167 0.06 0.008 0.069 0.867 4.167 3.86 0.168 0.116
  0.333 0.042 0.006 0.048 0.889 4.19 3.392 0.195 0.115
  0.5 0.058 0.009 0.067 0.9 4.323 3.682 0.234 0.164
  0.667 0.056 0.01 0.067 0.839 4.103 3.846 0.206 0.19
  0.833 0.104 0.014 0.118 0.897 4.261 4.23 0.188 0.207
  1 0.102 0.01 0.112 0.916 4.137 3.57 0.143 0.219