Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

BMC Genomics

Table 5 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in microsatellites with two allowed mismatched repeat positions

Length	GC content	simpfreq	compfreq	totfreq	fracsimp	simprepe	comprepe	simppoly	comppoly
3	0	3.226	0.447	3.673	0.882	8.739	9.487	0.189	0.145
	0.333	4.822	0.595	5.417	0.905	8.309	9.217	0.163	0.189
	0.667	4.037	0.483	4.521	0.896	8.051	8.418	0.172	0.214
	1	6.45	0.566	7.017	0.942	7.888	7.817	0.162	0.231
4	0	1.107	0.101	1.208	0.917	5.497	5.513	0.133	0.152
	0.25	0.577	0.074	0.651	0.919	5.585	5.878	0.191	0.169
	0.5	0.225	0.018	0.244	0.928	5.475	5.772	0.185	0.206
	0.75	0.237	0.024	0.262	0.909	5.504	5.578	0.174	0.176
	1	0.14	0.015	0.156	0.899	5.224	5.109	0.201	0.166
5	0	0.763	0.073	0.836	0.918	4.188	4.283	0.129	0.144
	0.2	0.314	0.035	0.348	0.925	4.276	4.333	0.176	0.185
	0.4	0.14	0.014	0.154	0.925	4.318	4.507	0.167	0.245
	0.6	0.11	0.009	0.119	0.939	4.341	3.825	0.19	0.142
	0.8	0.109	0.013	0.121	0.939	4.242	3.99	0.178	0.207
	1	0.143	0.022	0.165	0.879	4.12	4.299	0.168	0.137
6	0	0.101	0.016	0.117	0.878	4.213	4.385	0.148	0.165
	0.167	0.06	0.008	0.069	0.867	4.167	3.86	0.168	0.116
	0.333	0.042	0.006	0.048	0.889	4.19	3.392	0.195	0.115
	0.5	0.058	0.009	0.067	0.9	4.323	3.682	0.234	0.164
	0.667	0.056	0.01	0.067	0.839	4.103	3.846	0.206	0.19
	0.833	0.104	0.014	0.118	0.897	4.261	4.23	0.188	0.207
	1	0.102	0.01	0.112	0.916	4.137	3.57	0.143	0.219

ISSN: 1471-2164