TY - JOUR AU - Roth, F. P. AU - Hughes, J. D. AU - Estep, P. W. AU - Church, G. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Finding DNA regulatory motifs within unaligned noncoding sequences clustered by whole-genome mRNA quantitation JO - Nat Biotechnol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1098-939 DO - 10.1038/nbt1098-939 ID - Roth1998 ER - TY - JOUR AU - Bussemaker, H. J. AU - Li, H. AU - Siggia, E. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulatory element detection using correlation with expression JO - Nat Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/84792 DO - 10.1038/84792 ID - Bussemaker2001 ER - TY - JOUR AU - Kellis, M. AU - Patterson, N. AU - Endrizzi, M. AU - Birren, B. AU - Lander, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements JO - Nature VL - 423 UR - https://doi.org/10.1038/nature01644 DO - 10.1038/nature01644 ID - Kellis2003 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Robert, F. AU - Odom, D. T. AU - Bar-Joseph, Z. AU - Gerber, G. K. AU - Hannett, N. M. AU - Harbison, C. T. AU - Thompson, C. M. AU - Simon, I. AU - Zeitlinger, J. AU - Jennings, E. G. AU - Murray, H. L. AU - Gordon, D. B. AU - Ren, B. AU - Wyrick, J. J. AU - Tagne, J. B. AU - Volkert, T. L. AU - Fraenkel, E. AU - Gifford, D. K. AU - Young, R. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1075090 DO - 10.1126/science.1075090 ID - Lee2002 ER - TY - JOUR AU - Bar-Joseph, Z. AU - Gerber, G. K. AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Yoo, J. Y. AU - Robert, F. AU - Gordon, D. B. AU - Fraenkel, E. AU - Jaakkola, T. S. AU - Young, R. A. AU - Gifford, D. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Computational discovery of gene modules and regulatory networks JO - Nat Biotechnol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt890 DO - 10.1038/nbt890 ID - Bar-Joseph2003 ER - TY - JOUR AU - Luscombe, N. M. AU - Babu, M. M. AU - Yu, H. AU - Snyder, M. AU - Teichmann, S. A. AU - Gerstein, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genomic analysis of regulatory network dynamics reveals large topological changes JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02782 DO - 10.1038/nature02782 ID - Luscombe2004 ER - TY - JOUR AU - Banerjee, N. AU - Zhang, M. Q. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional genomics as applied to mapping transcription regulatory networks JO - Curr Opin Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/S1369-5274(02)00322-3 DO - 10.1016/S1369-5274(02)00322-3 ID - Banerjee2002 ER - TY - JOUR AU - Siggia, E. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Computational methods for transcriptional regulation JO - Curr Opin Genet Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2005.02.004 DO - 10.1016/j.gde.2005.02.004 ID - Siggia2005 ER - TY - JOUR AU - Blais, A. AU - Dynlacht, B. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Constructing transcriptional regulatory networks JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1325605 DO - 10.1101/gad.1325605 ID - Blais2005 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Mewes, H. W. AU - Albermann, K. AU - Heumann, K. AU - Liebl, S. AU - Pfeiffer, F. PY - 1997 DA - 1997// TI - MIPS: a database for protein sequences, homology data and yeast genome information JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.1.28 DO - 10.1093/nar/25.1.28 ID - Mewes1997 ER - TY - JOUR AU - Piper, M. D. W. AU - Daran-Lapujade, P. AU - Bro, C. AU - Regenberg, B. AU - Knudsen, S. AU - Nielsen, J. AU - Pronk, J. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Reproducibility of oligonucleotide microarray transcriptome analyses. An interlaboratory comparison using chemostat cultures of Saccharomyces cerevisiae JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M204490200 DO - 10.1074/jbc.M204490200 ID - Piper2002 ER - TY - JOUR AU - Tai, S. L. AU - Boer, V. M. AU - Daran-Lapujade, P. AU - Walsh, M. C. AU - de Winde, J. H. AU - Daran, J. M. AU - Pronk, J. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Two-dimensional transcriptome analysis in chemostat cultures. Combinatorial effects of oxygen availability and macronutrient limitation in Saccharomyces cerevisiae JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M410573200 DO - 10.1074/jbc.M410573200 ID - Tai2005 ER - TY - JOUR AU - Harbison, C. T. AU - Gordon, D. B. AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Macisaac, K. D. AU - Danford, T. W. AU - Hannett, N. M. AU - Tagne, J. B. AU - Reynolds, D. B. AU - Yoo, J. AU - Jennings, E. G. AU - Zeitlinger, J. AU - Pokholok, D. K. AU - Kellis, M. AU - Rolfe, P. A. AU - Takusagawa, K. T. AU - Lander, E. S. AU - Gifford, D. K. AU - Fraenkel, E. AU - Young, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genome JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02800 DO - 10.1038/nature02800 ID - Harbison2004 ER - TY - STD TI - Yeast Protein Database. [http://www.proteome.com] UR - http://www.proteome.com ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Marion, R. M. AU - Regev, A. AU - Segal, E. AU - Barash, Y. AU - Koller, D. AU - Friedman, N. AU - O'Shea, E. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sfp1 is a stress- and nutrient-sensitive regulator of ribosomal protein gene expression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0405353101 DO - 10.1073/pnas.0405353101 ID - Marion2004 ER - TY - JOUR AU - Moehle, C. M. AU - Hinnebusch, A. G. PY - 1991 DA - 1991// TI - Association of RAP1 binding sites with stringent control of ribosomal protein gene transcription in Saccharomyces cerevisiae JO - Mol Cell Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.11.5.2723 DO - 10.1128/MCB.11.5.2723 ID - Moehle1991 ER - TY - JOUR AU - Zitomer, R. S. AU - Lowry, C. V. PY - 1992 DA - 1992// TI - Regulation of gene expression by oxygen in Saccharomyces cerevisiae JO - Microbiol Rev VL - 56 ID - Zitomer1992 ER - TY - JOUR AU - Norman, T. C. AU - Smith, D. L. AU - Sorger, P. K. AU - Drees, B. L. AU - O'Rourke, S. M. AU - Hughes, T. R. AU - Roberts, C. J. AU - Friend, S. H. AU - Fields, S. AU - Murray, A. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genetic selection of peptide inhibitors of biological pathways JO - Science VL - 285 UR - https://doi.org/10.1126/science.285.5427.591 DO - 10.1126/science.285.5427.591 ID - Norman1999 ER - TY - JOUR AU - Simon, I. AU - Barnett, J. AU - Hannett, N. AU - Harbison, C. T. AU - Rinaldi, N. J. AU - Volkert, T. L. AU - Wyrick, J. J. AU - Zeitlinger, J. AU - Gifford, D. K. AU - Jaakkola, T. S. AU - Young, R. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Serial regulation of transcriptional regulators in the yeast cell cycle JO - Cell VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00494-9 DO - 10.1016/S0092-8674(01)00494-9 ID - Simon2001 ER - TY - JOUR AU - Hayes, T. E. AU - Sengupta, P. AU - Cochran, B. H. PY - 1988 DA - 1988// TI - The human c-fos serum response factor and the yeast factors GRM/PRTF have related DNA-binding specificities JO - Genes Dev VL - 2 UR - https://doi.org/10.1101/gad.2.12b.1713 DO - 10.1101/gad.2.12b.1713 ID - Hayes1988 ER - TY - JOUR AU - Kwast, K. E. AU - Lai, L. C. AU - Menda, N. AU - James, D. T. AU - Aref, S. AU - Burke, P. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomic analyses of anaerobically induced genes in Saccharomyces cerevisiae: functional roles of Rox1 and other factors in mediating the anoxic response JO - J Bacteriol VL - 184 UR - https://doi.org/10.1128/JB.184.1.250-265.2002 DO - 10.1128/JB.184.1.250-265.2002 ID - Kwast2002 ER - TY - JOUR AU - Forsburg, S. L. AU - Guarente, L. PY - 1989 DA - 1989// TI - Identification and characterization of HAP4: a third component of the CCAAT-bound HAP2/HAP3 heteromer JO - Genes Dev VL - 3 UR - https://doi.org/10.1101/gad.3.8.1166 DO - 10.1101/gad.3.8.1166 ID - Forsburg1989 ER - TY - JOUR AU - Vasconcelles, M. J. AU - Jiang, Y. AU - McDaid, K. AU - Gilooly, L. AU - Wretzel, S. AU - Porter, D. L. AU - Martin, C. E. AU - Goldberg, M. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Identification and characterization of a low oxygen response element involved in the hypoxic induction of a family of Saccharomyces cerevisiae genes. Implications for the conservation of oxygen sensing in eukaryotes JO - J Biol Chem VL - 276 ID - Vasconcelles2001 ER - TY - JOUR AU - Rouillon, A. AU - Barbey, R. AU - Patton, E. E. AU - Tyers, M. AU - Thomas, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Feedback-regulated degradation of the transcriptional activator Met4 is triggered by the SCF(Met30)complex JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.2.282 DO - 10.1093/emboj/19.2.282 ID - Rouillon2000 ER - TY - JOUR AU - Horak, C. E. AU - Luscombe, N. M. AU - Qian, J. AU - Bertone, P. AU - Piccirrillo, S. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Complex transcriptional circuitry at the G1/S transition in Saccharomyces cerevisiae JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1039602 DO - 10.1101/gad.1039602 ID - Horak2002 ER - TY - JOUR AU - Sipos, K. AU - Lange, H. AU - Fekete, Z. AU - Ullmann, P. AU - Lill, R. AU - Kispal, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Maturation of cytosolic iron-sulfur proteins requires glutathione JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M200677200 DO - 10.1074/jbc.M200677200 ID - Sipos2002 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, K. F. AU - Baker, R. E. PY - 1992 DA - 1992// TI - Possible cross-regulation of phosphate and sulfate metabolism in Saccharomyces cerevisiae JO - Genetics VL - 132 ID - O'Connell1992 ER - TY - JOUR AU - Fauchon, M. AU - Lagniel, G. AU - Aude, J. C. AU - Lombardia, L. AU - Soularue, P. AU - Petat, C. AU - Marguerie, G. AU - Sentenac, A. AU - Werner, M. AU - Labarre, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Sulfur sparing in the yeast proteome in response to sulfur demand JO - Mol Cell VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(02)00500-2 DO - 10.1016/S1097-2765(02)00500-2 ID - Fauchon2002 ER - TY - JOUR AU - Boer, V. M. AU - de Winde, J. H. AU - Pronk, J. T. AU - Piper, M. D. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome-wide transcriptional responses of Saccharomyces cerevisiae grown on glucose in aerobic chemostat cultures limited for carbon, nitrogen, phosphorus, or sulfur JO - J Biol Chem VL - 278 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M209759200 DO - 10.1074/jbc.M209759200 ID - Boer2003 ER - TY - STD TI - Genome Expression Omnibus. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ID - ref31 ER - TY - STD TI - Fraenkel Lab – Regulatory Map formatted for spreadsheet import. [http://fraenkel.mit.edu/Harbison/release_v24/txtfiles/] UR - http://fraenkel.mit.edu/Harbison/release_v24/txtfiles/ ID - ref32 ER - TY - STD TI - The Gene Ontology Version: 31 August 2005. [http://www.geneontology.org] UR - http://www.geneontology.org ID - ref33 ER - TY - STD TI - Munich information center for protein sequences Version: 20 June 2005. [http://mips.gsf.de/] UR - http://mips.gsf.de/ ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - STD TI - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Version: 8 June 2005. [http://www.genome.jp/kegg/] UR - http://www.genome.jp/kegg/ ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Leedan, Y. AU - Meer, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Heteroscedastic Regression in Computer Vision: Problems with Bilinear Constraint JO - Int J of Computer Vision VL - 37 UR - https://doi.org/10.1023/A:1008185619375 DO - 10.1023/A:1008185619375 ID - Leedan2000 ER - TY - JOUR AU - Davies, D. L. AU - Bouldin, D. W. PY - 1979 DA - 1979// TI - A cluster separation measure JO - IEEE Trans Patt Anal Machine Intell VL - PAMI-1 UR - https://doi.org/10.1109/TPAMI.1979.4766909 DO - 10.1109/TPAMI.1979.4766909 ID - Davies1979 ER - TY - JOUR AU - Ge, Y. AU - Dudoit, S. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Resampling-based multiple testing for microarray data analysis JO - TEST VL - 12 UR - https://doi.org/10.1007/BF02595811 DO - 10.1007/BF02595811 ID - Ge2003 ER - TY - JOUR AU - van Helden, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Regulatory sequence analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg567 DO - 10.1093/nar/gkg567 ID - van Helden2003 ER - TY - STD TI - Gene Regulation. [http://www.gene-regulation.com/] UR - http://www.gene-regulation.com/ ID - ref42 ER - TY - STD TI - SCPD The Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae. [http://rulai.cshl.edu/SCPD/] UR - http://rulai.cshl.edu/SCPD/ ID - ref43 ER - TY - JOUR AU - Hertz, G. Z. AU - Stormo, G. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Identifying DNA and protein patterns with statistically significant alignments of multiple sequences JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.7.563 DO - 10.1093/bioinformatics/15.7.563 ID - Hertz1999 ER -