Skip to main content

Table 3 Motif synergy groups from down-regulated genes

From: Putative cold acclimation pathways in Arabidopsis thaliana identified by a combined analysis of mRNA co-expression patterns, promoter motifs and transcription factors

Regulators EC score Threshold EC score No. of genes
AP2(CBF) 0.34 0.22 55
AP2(CBF), HSF 0.42 0.21 34
BHLH 0.58 0.20 214
BHLH, AP2(CBF) 0.51 0.21 30
BHLH, AP2(CBF), HSF 0.23 0.20 19
BHLH, HSF 0.27 0.21 33
BHLH, MADS 0.50 0.20 5
BHLH, MADS, AP2(CBF) 1.00 0.16 3
BHLH, TCP2 0.85 0.16 8
BZIP 0.36 0.18 9
BZIP, BHLH, AP2(CBF) 0.53 0.20 6
BZIP, HSF 0.20 0.20 6
DOF 0.38 0.20 154
DOF, AP2(CBF) 0.28 0.22 65
DOF, BHLH 0.37 0.19 119
DOF, BHLH, AP2(CBF) 0.25 0.20 27
DOF, BHLH, AP2(CBF), HSF 0.28 0.22 20
DOF, BHLH, HSF 0.31 0.22 43
DOF, BHLH, MADS 0.39 0.17 8
DOF, BZIP 0.33 0.16 3
DOF, BZIP, AP2(CBF) 0.40 0.20 6
DOF, BZIP, BHLH, HSF 0.53 0.20 6
DOF, BZIP, HSF 0.52 0.20 7
DOF, HSF 0.21 0.21 60
DOF, MADS 1.00 0.16 3
DOF, MYB 0.54 0.20 35
DOF, MYB, AP2(CBF) 0.30 0.20 5
DOF, MYB, BHLH 0.47 0.18 20
DOF, MYB, MADS 0.33 0.17 4
DOF, WRKY 0.26 0.21 32
DOF, WRKY, AP2(CBF) 0.25 0.20 18
DOF, WRKY, BHLH 0.24 0.20 25
DOF, WRKY, BHLH, AP2(CBF), HSF 0.33 0.18 15
DOF, WRKY, BHLH, HSF 0.21 0.20 27
DOF, WRKY, HSF 0.26 0.22 45
MADS 0.80 0.20 6
MYB 0.57 0.18 20
MYB, AP2(CBF) 0.57 0.17 8
MYB, BHLH 0.63 0.18 14
WRKY 0.26 0.20 28
WRKY, AP2(CBF), HSF 0.21 0.18 17
WRKY, BHLH 0.40 0.20 27
WRKY, BHLH, AP2(CBF) 0.25 0.18 17
WRKY, BHLH, HSF 0.20 0.20 25
WRKY, BZIP, HSF 0.33 0.17 4
WRKY, HSF 0.25 0.20 23
  1. Motif synergy groups for down-regulated genes. For explanations see legend in table 2.