Putative cold acclimation pathways in Arabidopsis thaliana identified by a combined analysis of mRNA co-expression patterns, promoter motifs and transcription factors

Table 3 Motif synergy groups from down-regulated genes

Regulators	EC score	Threshold EC score	No. of genes
AP2(CBF)	0.34	0.22	55
AP2(CBF), HSF	0.42	0.21	34
BHLH	0.58	0.20	214
BHLH, AP2(CBF)	0.51	0.21	30
BHLH, AP2(CBF), HSF	0.23	0.20	19
BHLH, HSF	0.27	0.21	33
BHLH, MADS	0.50	0.20	5
BHLH, MADS, AP2(CBF)	1.00	0.16	3
BHLH, TCP2	0.85	0.16	8
BZIP	0.36	0.18	9
BZIP, BHLH, AP2(CBF)	0.53	0.20	6
BZIP, HSF	0.20	0.20	6
DOF	0.38	0.20	154
DOF, AP2(CBF)	0.28	0.22	65
DOF, BHLH	0.37	0.19	119
DOF, BHLH, AP2(CBF)	0.25	0.20	27
DOF, BHLH, AP2(CBF), HSF	0.28	0.22	20
DOF, BHLH, HSF	0.31	0.22	43
DOF, BHLH, MADS	0.39	0.17	8
DOF, BZIP	0.33	0.16	3
DOF, BZIP, AP2(CBF)	0.40	0.20	6
DOF, BZIP, BHLH, HSF	0.53	0.20	6
DOF, BZIP, HSF	0.52	0.20	7
DOF, HSF	0.21	0.21	60
DOF, MADS	1.00	0.16	3
DOF, MYB	0.54	0.20	35
DOF, MYB, AP2(CBF)	0.30	0.20	5
DOF, MYB, BHLH	0.47	0.18	20
DOF, MYB, MADS	0.33	0.17	4
DOF, WRKY	0.26	0.21	32
DOF, WRKY, AP2(CBF)	0.25	0.20	18
DOF, WRKY, BHLH	0.24	0.20	25
DOF, WRKY, BHLH, AP2(CBF), HSF	0.33	0.18	15
DOF, WRKY, BHLH, HSF	0.21	0.20	27
DOF, WRKY, HSF	0.26	0.22	45
MADS	0.80	0.20	6
MYB	0.57	0.18	20
MYB, AP2(CBF)	0.57	0.17	8
MYB, BHLH	0.63	0.18	14
WRKY	0.26	0.20	28
WRKY, AP2(CBF), HSF	0.21	0.18	17
WRKY, BHLH	0.40	0.20	27
WRKY, BHLH, AP2(CBF)	0.25	0.18	17
WRKY, BHLH, HSF	0.20	0.20	25
WRKY, BZIP, HSF	0.33	0.17	4
WRKY, HSF	0.25	0.20	23

Motif synergy groups for down-regulated genes. For explanations see legend in table 2.

ISSN: 1471-2164