TY - JOUR AU - Dermitzakis, E. T. AU - Reymond, A. AU - Lyle, R. AU - Scamuffa, N. AU - Ucla, C. AU - Deutsch, S. AU - Stevenson, B. J. AU - Flegel, V. AU - Bucher, P. AU - Jongeneel, C. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Numerous potentially functional but non-genic conserved sequences on human chromosome 21 JO - Nature VL - 420 UR - https://doi.org/10.1038/nature01251 DO - 10.1038/nature01251 ID - Dermitzakis2002 ER - TY - JOUR AU - Thomas, J. W. AU - Touchman, J. W. AU - Blakesley, R. W. AU - Bouffard, G. G. AU - Beckstrom-Sternberg, S. M. AU - Margulies, E. H. AU - Blanchette, M. AU - Siepel, A. C. AU - Thomas, P. J. AU - McDowell, J. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative analyses of multi-species sequences from targeted genomic regions JO - Nature VL - 424 UR - https://doi.org/10.1038/nature01858 DO - 10.1038/nature01858 ID - Thomas2003 ER - TY - JOUR AU - Bejerano, G. AU - Pheasant, M. AU - Makunin, I. AU - Stephen, S. AU - Kent, W. J. AU - Mattick, J. S. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ultraconserved elements in the human genome JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1098119 DO - 10.1126/science.1098119 ID - Bejerano2004 ER - TY - JOUR AU - Woolfe, A. AU - Goodson, M. AU - Goode, D. K. AU - Snell, P. AU - McEwen, G. K. AU - Vavouri, T. AU - Smith, S. F. AU - North, P. AU - Callaway, H. AU - Kelly, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Highly conserved non-coding sequences are associated with vertebrate development JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030007 DO - 10.1371/journal.pbio.0030007 ID - Woolfe2005 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Bejerano, G. AU - Pedersen, J. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hou, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Spieth, J. AU - Hillier, L. W. AU - Richards, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3715005 DO - 10.1101/gr.3715005 ID - Siepel2005 ER - TY - JOUR AU - Drake, J. A. AU - Bird, C. AU - Nemesh, J. AU - Thomas, D. J. AU - Newton-Cheh, C. AU - Reymond, A. AU - Excoffier, L. AU - Attar, H. AU - Antonarakis, S. E. AU - Dermitzakis, E. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conserved noncoding sequences are selectively constrained and not mutation cold spots JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1710 DO - 10.1038/ng1710 ID - Drake2006 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Shin, J. T. AU - Priest, J. R. AU - Ovcharenko, I. AU - Ronco, A. AU - Moore, R. K. AU - Burns, C. G. AU - MacRae, C. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Human-zebrafish non-coding conserved elements act in vivo to regulate transcription JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki853 DO - 10.1093/nar/gki853 ID - Shin2005 ER - TY - JOUR AU - Pennacchio, L. A. AU - Ahituv, N. AU - Moses, A. M. AU - Prabhakar, S. AU - Nobrega, M. A. AU - Shoukry, M. AU - Minovitsky, S. AU - Dubchak, I. AU - Holt, A. AU - Lewis, K. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - In vivo enhancer analysis of human conserved non-coding sequences JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05295 DO - 10.1038/nature05295 ID - Pennacchio2006 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03154 DO - 10.1038/nature03154 ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Richards, S. AU - Liu, Y. AU - Bettencourt, B. R. AU - Hradecky, P. AU - Letovsky, S. AU - Nielsen, R. AU - Thornton, K. AU - Hubisz, M. J. AU - Chen, R. AU - Meisel, R. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative genome sequencing of Drosophila pseudoobscura: chromosomal, gene, and cis-element evolution JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3059305 DO - 10.1101/gr.3059305 ID - Richards2005 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - von Mering, C. AU - Letunic, I. AU - Bork, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Consistency of genome-based methods in measuring Metazoan evolution JO - FEBS Lett VL - 579 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2005.04.006 DO - 10.1016/j.febslet.2005.04.006 ID - Zdobnov2005 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - Bork, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantification of insect genome divergence JO - Trends Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2006.10.004 DO - 10.1016/j.tig.2006.10.004 ID - Zdobnov2007 ER - TY - JOUR AU - Margulies, E. H. AU - Blanchette, M. AU - Haussler, D. AU - Green, E. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification and characterization of multi-species conserved sequences JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1602203 DO - 10.1101/gr.1602203 ID - Margulies2003 ER - TY - CHAP AU - Dayhoff, M. O. AU - Schwartz, R. M. AU - Orcutt, B. C. ED - Dayhoff, M. O. PY - 1978 DA - 1978// TI - A model of evolutionary change in proteins BT - Atlas of Protein Sequence and Structure PB - National Biomedical Research Foundation CY - Washington D.C. ID - Dayhoff1978 ER - TY - CHAP AU - Jukes, T. H. AU - Cantor, C. ED - Press, A. PY - 1969 DA - 1969// TI - Evolution of protein molecules BT - Mammalian Protein Metabolism UR - https://doi.org/10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7 DO - 10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7 ID - Jukes1969 ER - TY - JOUR AU - Hinds, D. A. AU - Stuve, L. L. AU - Nilsen, G. B. AU - Halperin, E. AU - Eskin, E. AU - Ballinger, D. G. AU - Frazer, K. A. AU - Cox, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1105436 DO - 10.1126/science.1105436 ID - Hinds2005 ER - TY - JOUR AU - McEwen, G. K. AU - Woolfe, A. AU - Goode, D. AU - Vavouri, T. AU - Callaway, H. AU - Elgar, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ancient duplicated conserved noncoding elements in vertebrates: a genomic and functional analysis JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4143406 DO - 10.1101/gr.4143406 ID - McEwen2006 ER - TY - JOUR AU - Bejerano, G. AU - Lowe, C. B. AU - Ahituv, N. AU - King, B. AU - Siepel, A. AU - Salama, S. R. AU - Rubin, E. M. AU - Kent, W. J. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - A distal enhancer and an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon JO - Nature VL - 441 UR - https://doi.org/10.1038/nature04696 DO - 10.1038/nature04696 ID - Bejerano2006 ER - TY - JOUR AU - Glazov, E. A. AU - Pheasant, M. AU - McGraw, E. A. AU - Bejerano, G. AU - Mattick, J. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Ultraconserved elements in insect genomes: a highly conserved intronic sequence implicated in the control of homothorax mRNA splicing JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3545105 DO - 10.1101/gr.3545105 ID - Glazov2005 ER - TY - JOUR AU - Wagner, G. P. AU - Fried, C. AU - Prohaska, S. J. AU - Stadler, P. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Divergence of conserved non-coding sequences: rate estimates and relative rate tests JO - Mol Biol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh221 DO - 10.1093/molbev/msh221 ID - Wagner2004 ER - TY - JOUR AU - Davidson, E. H. AU - Erwin, D. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene regulatory networks and the evolution of animal body plans JO - Science VL - 311 UR - https://doi.org/10.1126/science.1113832 DO - 10.1126/science.1113832 ID - Davidson2006 ER - TY - JOUR AU - Prud'homme, B. AU - Gompel, N. AU - Carroll, S. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Emerging principles of regulatory evolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0700488104 DO - 10.1073/pnas.0700488104 ID - Prud'homme2007 ER - TY - JOUR AU - Vavouri, T. AU - Walter, K. AU - Gilks, W. R. AU - Lehner, B. AU - Elgar, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Parallel evolution of conserved non-coding elements that target a common set of developmental regulatory genes from worms to humans JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-2-r15 DO - 10.1186/gb-2007-8-2-r15 ID - Vavouri2007 ER - TY - JOUR AU - Prabhakar, S. AU - Poulin, F. AU - Shoukry, M. AU - Afzal, V. AU - Rubin, E. M. AU - Couronne, O. AU - Pennacchio, L. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Close sequence comparisons are sufficient to identify human cis-regulatory elements JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4717506 DO - 10.1101/gr.4717506 ID - Prabhakar2006 ER - TY - JOUR AU - Belting, H. G. AU - Shashikant, C. S. AU - Ruddle, F. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Modification of expression and cis-regulation of Hoxc8 in the evolution of diverged axial morphology JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.5.2355 DO - 10.1073/pnas.95.5.2355 ID - Belting1998 ER - TY - STD TI - UCSC Genome browser. [ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/] UR - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/ ID - ref27 ER - TY - CHAP AU - Chiaromonte, F. AU - Yap, V. B. AU - Miller, W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Scoring pairwise genomic sequence alignments BT - Pac Symp Biocomput ID - Chiaromonte2002 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Baertsch, R. AU - Hinrichs, A. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution's cauldron: duplication, deletion, and rearrangement in the mouse and human genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1932072100 DO - 10.1073/pnas.1932072100 ID - Kent2003 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Kent, W. J. AU - Smit, A. AU - Zhang, Z. AU - Baertsch, R. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human-mouse alignments with BLASTZ JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.809403 DO - 10.1101/gr.809403 ID - Schwartz2003 ER - TY - STD TI - Ensembl genome annotation. [ftp://ftp.ensembl.org/pub/] UR - ftp://ftp.ensembl.org/pub/ ID - ref31 ER - TY - STD TI - Ensembl Perl API. [http://www.ensembl.org/info/software/Pdoc/index.html] UR - http://www.ensembl.org/info/software/Pdoc/index.html ID - ref32 ER - TY - STD TI - Fasta2 package. [http://www.bio.net/bionet/mm/bio-soft/1995-August/012000.html] UR - http://www.bio.net/bionet/mm/bio-soft/1995-August/012000.html ID - ref33 ER - TY - STD TI - LiftOver program. [http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver] UR - http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver ID - ref34 ER -