TY - JOUR AU - Maston, G. A. AU - Evans, S. K. AU - Green, M. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptional Regulatory Elements in the Human Genome JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genom.7.080505.115623 DO - 10.1146/annurev.genom.7.080505.115623 ID - Maston2006 ER - TY - JOUR AU - Trinklein, N. D. AU - Aldred, S. J. AU - Saldanha, A. J. AU - Myers, R. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification and functional analysis of human transcriptional promoters JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.794803 DO - 10.1101/gr.794803 ID - Trinklein2003 ER - TY - JOUR AU - Berendzen, K. W. AU - Stuber, K. AU - Harter, K. AU - Wanke, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cis-motifs upstream of the transcription and translation initiation sites are effectively revealed by their positional disequilibrium in eukaryote genomes using frequency distribution curves JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-522 DO - 10.1186/1471-2105-7-522 ID - Berendzen2006 ER - TY - JOUR AU - Sharov, A. A. AU - Dudekula, D. B. AU - Ko, M. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - CisView: a browser and database of cis-regulatory modules predicted in the mouse genome JO - DNA Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsl005 DO - 10.1093/dnares/dsl005 ID - Sharov2006 ER - TY - JOUR AU - Xie, X. AU - Lu, J. AU - Kulbokas, E. J. AU - Golub, T. R. AU - Mootha, V. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Lander, E. S. AU - Kellis, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3' UTRs by comparison of several mammals JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03441 DO - 10.1038/nature03441 ID - Xie2005 ER - TY - JOUR AU - FitzGerald, P. C. AU - Shlyakhtenko, A. AU - Mir, A. A. AU - Vinson, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Clustering of DNA sequences in human promoters JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1953904 DO - 10.1101/gr.1953904 ID - FitzGerald2004 ER - TY - JOUR AU - Marino-Ramirez, L. AU - Spouge, J. L. AU - Kanga, G. C. AU - Landsman, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Statistical analysis of over-represented words in human promoter sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh246 DO - 10.1093/nar/gkh246 ID - Marino-Ramirez2004 ER - TY - JOUR AU - Wray, G. A. AU - Hahn, M. W. AU - Abouheif, E. AU - Balhoff, J. P. AU - Pizer, M. AU - Rockman, M. V. AU - Romano, L. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The evolution of transcriptional regulation in eukaryotes JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg140 DO - 10.1093/molbev/msg140 ID - Wray2003 ER - TY - JOUR AU - Smith, B. AU - Fang, H. AU - Pan, Y. AU - Walker, P. R. AU - Famili, A. F. AU - Sikorska, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolution of motif variants and positional bias of the cyclic-AMP response element JO - BMC Evol Biol VL - 7 Suppl 1 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-S1-S15 DO - 10.1186/1471-2148-7-S1-S15 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Roepcke, S. AU - Zhi, D. AU - Vingron, M. AU - Arndt, P. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of highly specific localized sequence motifs in human ribosomal protein gene promoters JO - Gene VL - 365 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.09.033 DO - 10.1016/j.gene.2005.09.033 ID - Roepcke2006 ER - TY - JOUR AU - Krivan, W. AU - Wasserman, W. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - A predictive model for regulatory sequences directing liver-specific transcription JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.180601 DO - 10.1101/gr.180601 ID - Krivan2001 ER - TY - JOUR AU - Howard, M. L. AU - Davidson, E. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - cis-Regulatory control circuits in development JO - Dev Biol VL - 271 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2004.03.031 DO - 10.1016/j.ydbio.2004.03.031 ID - Howard2004 ER - TY - JOUR AU - Ambrosini, G. AU - Praz, V. AU - Jagannathan, V. AU - Bucher, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Signal search analysis server JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg611 DO - 10.1093/nar/gkg611 ID - Ambrosini2003 ER - TY - JOUR AU - Bellora, N. AU - Farre, D. AU - Mar Alba, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - PEAKS: identification of regulatory motifs by their position in DNA sequences JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl568 DO - 10.1093/bioinformatics/btl568 ID - Bellora2007 ER - TY - STD TI - PEAKS. [http://genomics.imim.es/peaks/] UR - http://genomics.imim.es/peaks/ ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Morris, Q. D. AU - Chang, R. AU - Shai, O. AU - Bakowski, M. A. AU - Mitsakakis, N. AU - Mohammad, N. AU - Robinson, M. D. AU - Zirngibl, R. AU - Somogyi, E. AU - Laurin, N. AU - Eftekharpour, E. AU - Sat, E. AU - Grigull, J. AU - Pan, Q. AU - Peng, W. T. AU - Krogan, N. AU - Greenblatt, J. AU - Fehlings, M. AU - van der Kooy, D. AU - Aubin, J. AU - Bruneau, B. G. AU - Rossant, J. AU - Blencowe, B. J. AU - Frey, B. J. AU - Hughes, T. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The functional landscape of mouse gene expression JO - J Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/jbiol16 DO - 10.1186/jbiol16 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Karolchik, D. AU - Baertsch, R. AU - Diekhans, M. AU - Furey, T. S. AU - Hinrichs, A. AU - Lu, Y. T. AU - Roskin, K. M. AU - Schwartz, M. AU - Sugnet, C. W. AU - Thomas, D. J. AU - Weber, R. J. AU - Haussler, D. AU - Kent, W. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The UCSC Genome Browser Database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg129 DO - 10.1093/nar/gkg129 ID - Karolchik2003 ER - TY - JOUR AU - Matys, V. AU - Fricke, E. AU - Geffers, R. AU - Gossling, E. AU - Haubrock, M. AU - Hehl, R. AU - Hornischer, K. AU - Karas, D. AU - Kel, A. E. AU - Kel-Margoulis, O. V. AU - Kloos, D. U. AU - Land, S. AU - Lewicki-Potapov, B. AU - Michael, H. AU - Munch, R. AU - Reuter, I. AU - Rotert, S. AU - Saxel, H. AU - Scheer, M. AU - Thiele, S. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSFAC: transcriptional regulation, from patterns to profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg108 DO - 10.1093/nar/gkg108 ID - Matys2003 ER - TY - JOUR AU - Vlieghe, D. AU - Sandelin, A. AU - De Bleser, P. J. AU - Vleminckx, K. AU - Wasserman, W. W. AU - van Roy, F. AU - Lenhard, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - A new generation of JASPAR, the open-access repository for transcription factor binding site profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj115 DO - 10.1093/nar/gkj115 ID - Vlieghe2006 ER - TY - JOUR AU - Sharrocks, A. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - The ETS-domain transcription factor family JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35099076 DO - 10.1038/35099076 ID - Sharrocks2001 ER - TY - JOUR AU - Rowland, B. D. AU - Bernards, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Re-evaluating cell-cycle regulation by E2Fs JO - Cell VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.11.019 DO - 10.1016/j.cell.2006.11.019 ID - Rowland2006 ER - TY - JOUR AU - Suske, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - The Sp-family of transcription factors JO - Gene VL - 238 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00357-1 DO - 10.1016/S0378-1119(99)00357-1 ID - Suske1999 ER - TY - JOUR AU - Smale, S. T. AU - Baltimore, D. PY - 1989 DA - 1989// TI - The "initiator" as a transcription control element JO - Cell VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90176-1 DO - 10.1016/0092-8674(89)90176-1 ID - Smale1989 ER - TY - JOUR AU - Le Cam, L. AU - Lacroix, M. AU - Ciemerych, M. A. AU - Sardet, C. AU - Sicinski, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - The E4F protein is required for mitotic progression during embryonic cell cycles JO - Mol Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.24.14.6467-6475.2004 DO - 10.1128/MCB.24.14.6467-6475.2004 ID - Le Cam2004 ER - TY - JOUR AU - Vinogradov, A. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Dualism of gene GC content and CpG pattern in regard to expression in the human genome: magnitude versus breadth JO - Trends Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2005.09.002 DO - 10.1016/j.tig.2005.09.002 ID - Vinogradov2005 ER - TY - JOUR AU - Yamashita, R. AU - Suzuki, Y. AU - Sugano, S. AU - Nakai, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity JO - Gene VL - 350 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.01.012 DO - 10.1016/j.gene.2005.01.012 ID - Yamashita2005 ER - TY - JOUR AU - Odom, D. T. AU - Zizlsperger, N. AU - Gordon, D. B. AU - Bell, G. W. AU - Rinaldi, N. J. AU - Murray, H. L. AU - Volkert, T. L. AU - Schreiber, J. AU - Rolfe, P. A. AU - Gifford, D. K. AU - Fraenkel, E. AU - Bell, G. I. AU - Young, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1089769 DO - 10.1126/science.1089769 ID - Odom2004 ER - TY - JOUR AU - Mahapatra, N. R. AU - Mahata, M. AU - Ghosh, S. AU - Gayen, J. R. AU - O'Connor, D. T. AU - Mahata, S. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular basis of neuroendocrine cell type-specific expression of the chromogranin B gene: Crucial role of the transcription factors CREB, AP-2, Egr-1 and Sp1 JO - J Neurochem VL - 99 UR - https://doi.org/10.1111/j.1471-4159.2006.04128.x DO - 10.1111/j.1471-4159.2006.04128.x ID - Mahapatra2006 ER - TY - JOUR AU - Wolfe, S. A. AU - van Wert, J. AU - Grimes, S. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcription factor RFX2 is abundant in rat testis and enriched in nuclei of primary spermatocytes where it appears to be required for transcription of the testis-specific histone H1t gene JO - J Cell Biochem VL - 99 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.20959 DO - 10.1002/jcb.20959 ID - Wolfe2006 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. D. AU - Kremer, C. S. AU - Ravichandran, K. S. AU - Rajewsky, K. AU - Bender, T. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - c-Myb is critical for B cell development and maintenance of follicular B cells JO - Immunity VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2005.08.005 DO - 10.1016/j.immuni.2005.08.005 ID - Thomas2005 ER - TY - JOUR AU - van Deursen, D. AU - Botma, G. J. AU - Jansen, H. AU - Verhoeven, A. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative genomics and experimental promoter analysis reveal functional liver-specific elements in mammalian hepatic lipase genes JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-99 DO - 10.1186/1471-2164-8-99 ID - van Deursen2007 ER - TY - JOUR AU - Bajic, V. B. AU - Choudhary, V. AU - Hock, C. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Content analysis of the core promoter region of human genes JO - In Silico Biol VL - 4 ID - Bajic2004 ER - TY - JOUR AU - Chowdhary, R. AU - Ali, R. A. AU - Albig, W. AU - Doenecke, D. AU - Bajic, V. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Promoter modeling: the case study of mammalian histone promoters JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti387 DO - 10.1093/bioinformatics/bti387 ID - Chowdhary2005 ER - TY - CHAP AU - Carninci, P. AU - Sandelin, A. AU - Lenhard, B. AU - Katayama, S. AU - Shimokawa, K. AU - Ponjavic, J. AU - Semple, C. A. AU - Taylor, M. S. AU - Engstrom, P. G. AU - Frith, M. C. AU - Forrest, A. R. AU - Alkema, W. B. AU - Tan, S. L. AU - Plessy, C. AU - Kodzius, R. AU - Ravasi, T. AU - Kasukawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Kanamori-Katayama, M. AU - Kitazume, Y. AU - Kawaji, H. AU - Kai, C. AU - Nakamura, M. AU - Konno, H. AU - Nakano, K. AU - Mottagui-Tabar, S. AU - Arner, P. AU - Chesi, A. AU - Gustincich, S. AU - Persichetti, F. AU - Suzuki, H. AU - Grimmond, S. M. AU - Wells, C. A. AU - Orlando, V. AU - Wahlestedt, C. AU - Liu, E. T. AU - Harbers, M. AU - Kawai, J. AU - Bajic, V. B. AU - Hume, D. A. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution BT - Nat Genet ID - Carninci2006 ER - TY - JOUR AU - Bajic, V. B. AU - Tan, S. L. AU - Christoffels, A. AU - Schonbach, C. AU - Lipovich, L. AU - Yang, L. AU - Hofmann, O. AU - Kruger, A. AU - Hide, W. AU - Kai, C. AU - Kawai, J. AU - Hume, D. A. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mice and men: their promoter properties JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020054 DO - 10.1371/journal.pgen.0020054 ID - Bajic2006 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. S. AU - Galvin, K. M. AU - Shi, Y. PY - 1993 DA - 1993// TI - Evidence for physical interaction between the zinc-finger transcription factors YY1 and Sp1 JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 90 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.90.13.6145 DO - 10.1073/pnas.90.13.6145 ID - Lee1993 ER - TY - JOUR AU - Karlseder, J. AU - Rotheneder, H. AU - Wintersberger, E. PY - 1996 DA - 1996// TI - Interaction of Sp1 with the growth- and cell cycle-regulated transcription factor E2F JO - Mol Cell Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.16.4.1659 DO - 10.1128/MCB.16.4.1659 ID - Karlseder1996 ER - TY - JOUR AU - Frontini, M. AU - Imbriano, C. AU - diSilvio, A. AU - Bell, B. AU - Bogni, A. AU - Romier, C. AU - Moras, D. AU - Tora, L. AU - Davidson, I. AU - Mantovani, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - NF-Y recruitment of TFIID, multiple interactions with histone fold TAF(II)s JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M103651200 DO - 10.1074/jbc.M103651200 ID - Frontini2002 ER - TY - JOUR AU - Smith, A. D. AU - Sumazin, P. AU - Xuan, Z. AU - Zhang, M. Q. PY - 2006 DA - 2006// TI - DNA motifs in human and mouse proximal promoters predict tissue-specific expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0508169103 DO - 10.1073/pnas.0508169103 ID - Smith2006 ER - TY - JOUR AU - Smith, A. D. AU - Sumazin, P. AU - Zhang, M. Q. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tissue-specific regulatory elements in mammalian promoters JO - Mol Syst Biol VL - 3 ID - Smith2007 ER - TY - JOUR AU - Xie, X. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gnirke, A. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Kellis, M. AU - Lander, E. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Systematic discovery of regulatory motifs in conserved regions of the human genome, including thousands of CTCF insulator sites JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0701811104 DO - 10.1073/pnas.0701811104 ID - Xie2007 ER - TY - JOUR AU - Nelander, S. AU - Larsson, E. AU - Kristiansson, E. AU - Mansson, R. AU - Nerman, O. AU - Sigvardsson, M. AU - Mostad, P. AU - Lindahl, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Predictive screening for regulators of conserved functional gene modules (gene batteries) in mammals JO - BMC Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-68 DO - 10.1186/1471-2164-6-68 ID - Nelander2005 ER - TY - JOUR AU - Farre, D. AU - Bellora, N. AU - Mularoni, L. AU - Messeguer, X. AU - Alba, M. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Housekeeping genes tend to show reduced upstream sequence conservation JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r140 DO - 10.1186/gb-2007-8-7-r140 ID - Farre2007 ER - TY - JOUR AU - Quandt, K. AU - Frech, K. AU - Karas, H. AU - Wingender, E. AU - Werner, T. PY - 1995 DA - 1995// TI - MatInd and MatInspector: new fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data JO - Nucleic Acids Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/nar/23.23.4878 DO - 10.1093/nar/23.23.4878 ID - Quandt1995 ER - TY - STD TI - R Project. [http://www.r-project.org/] UR - http://www.r-project.org/ ID - ref45 ER -