TY - JOUR AU - Hillier, L. W. AU - Miller, W. AU - Birney, E. AU - Warren, W. AU - Hardison, R. C. AU - Ponting, C. P. AU - Bork, P. AU - Burt, D. W. AU - Groenen, M. A. M. AU - Delany, M. E. AU - Dodgson, J. B. AU - Chinwalla, A. T. AU - Cliften, P. F. AU - Clifton, S. W. AU - Delehaunty, K. D. AU - Fronick, C. AU - Fulton, R. S. AU - Graves, T. A. AU - Kremitzki, C. AU - Layman, D. AU - Magrini, V. AU - McPherson, J. D. AU - Miner, T. L. AU - Minx, P. AU - Nash, W. E. AU - Nhan, M. N. AU - Nelson, J. O. AU - Oddy, L. G. AU - Pohl, C. S. AU - Randall-Maher, J. AU - Smith, S. M. AU - Wallis, J. W. AU - Yang, S. P. AU - Romanov, M. N. AU - Rondelli, C. M. AU - Paton, B. AU - Smith, J. AU - Morrice, D. AU - Daniels, L. AU - Tempest, H. G. AU - Robertson, L. AU - Masabanda, J. S. AU - Griffin, D. K. AU - Vignal, A. AU - Fillon, V. AU - Jacobbson, L. AU - Kerje, S. AU - Andersson, L. AU - Crooijmans, R. P. M. AU - Aerts, J. AU - van der Poel, J. J. AU - Ellegren, H. AU - Caldwell, R. B. AU - Hubbard, S. J. AU - Grafham, D. V. AU - Kierzek, A. M. AU - McLaren, S. R. AU - Overton, I. M. AU - Arakawa, H. AU - Beattie, K. J. AU - Bezzubov, Y. AU - Boardman, P. E. AU - Bonfield, J. K. AU - Croning, M. D. R. AU - Davies, R. M. AU - Francis, M. D. AU - Humphray, S. J. AU - Scott, C. E. AU - Taylor, R. G. AU - Tickle, C. AU - Brown, W. R. A. AU - Rogers, J. AU - Buerstedde, J. M. AU - Wilson, S. A. AU - Stubbs, L. AU - Ovcharenko, I. AU - Gordon, L. AU - Lucas, S. AU - Miller, M. M. AU - Inoko, H. AU - Shiina, T. AU - Kaufman, J. AU - Salomonsen, J. AU - Skjoedt, K. AU - Wong, G. K. S. AU - Wang, J. AU - Liu, B. AU - Wang, J. AU - Yu, J. AU - Yang, H. M. AU - Nefedov, M. AU - Koriabine, M. AU - deJong, P. J. AU - Goodstadt, L. AU - Webber, C. AU - Dickens, N. J. AU - Letunic, I. AU - Suyama, M. AU - Torrents, D. AU - von Mering, C. AU - Zdobnov, E. M. AU - Makova, K. AU - Nekrutenko, A. AU - Elnitski, L. AU - Eswara, P. AU - King, D. C. AU - Yang, S. AU - Tyekucheva, S. AU - Radakrishnan, A. AU - Harris, R. S. AU - Chiaromonte, F. AU - Taylor, J. AU - He, J. B. AU - Rijnkels, M. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Hoffman, M. M. AU - Severin, J. AU - Searle, S. M. J. AU - Law, A. S. AU - Speed, D. AU - Waddington, D. AU - Cheng, Z. AU - Tuzun, E. AU - Eichler, E. AU - Bao, Z. R. AU - Flicek, P. AU - Shteynberg, D. D. AU - Brent, M. R. AU - Bye, J. M. AU - Huckle, E. J. AU - Chatterji, S. AU - Dewey, C. AU - Pachter, L. AU - Kouranov, A. AU - Mourelatos, Z. AU - Hatzigeorgiou, A. G. AU - Paterson, A. H. AU - Ivarie, R. AU - Brandstrom, M. AU - Axelsson, E. AU - Backstrom, N. AU - Berlin, S. AU - Webster, M. T. AU - Pourquie, O. AU - Reymond, A. AU - Ucla, C. AU - Antonarakis, S. E. AU - Long, M. Y. AU - Emerson, J. J. AU - Betran, E. AU - Dupanloup, I. AU - Kaessmann, H. AU - Hinrichs, A. S. AU - Bejerano, G. AU - Furey, T. S. AU - Harte, R. A. AU - Raney, B. AU - Siepel, A. AU - Kent, W. J. AU - Haussler, D. AU - Eyras, E. AU - Castelo, R. AU - Abril, J. F. AU - Castellano, S. AU - Camara, F. AU - Parra, G. AU - Guigo, R. AU - Bourque, G. AU - Tesler, G. AU - Pevzner, P. A. AU - Smit, A. AU - Fulton, L. A. AU - Mardis, E. R. AU - Wilson, R. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03154 DO - 10.1038/nature03154 ID - Hillier2004 ER - TY - JOUR AU - O'Brien, S. J. AU - Menotti-Raymond, M. AU - Murphy, W. J. AU - Nash, W. G. AU - Wienberg, J. AU - Stanyon, R. AU - Copeland, N. G. AU - Jenkins, N. A. AU - Womack, J. E. AU - Graves, J. A. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - The promise of comparative genomics in mammals JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.458 DO - 10.1126/science.286.5439.458 ID - O'Brien1999 ER - TY - JOUR AU - Wienberg, J. AU - Stanyon, R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Comparative painting of mammalian chromosomes JO - Curr Opin Genet Dev VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(97)80041-X DO - 10.1016/S0959-437X(97)80041-X ID - Wienberg1997 ER - TY - JOUR AU - Dumas, L. AU - Kim, Y. H. AU - Karimpour-Fard, A. AU - Cox, M. AU - Hopkins, J. AU - Pollack, J. R. AU - Sikela, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene copy number variation spanning 60 million years of human and primate evolution JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6557307 DO - 10.1101/gr.6557307 ID - Dumas2007 ER - TY - JOUR AU - Fortna, A. AU - Kim, Y. AU - MacLaren, E. AU - Marshall, K. AU - Hahn, G. AU - Meltesen, L. AU - Brenton, M. AU - Hink, R. AU - Burgers, S. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Karimpour-Fard, A. AU - Glueck, D. AU - McGavran, L. AU - Berry, R. AU - Pollack, J. AU - Sikela, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Lineage-specific gene duplication and loss in human and great ape evolution JO - PLoS Biology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020207 DO - 10.1371/journal.pbio.0020207 ID - Fortna2004 ER - TY - JOUR AU - Locke, D. P. AU - Segraves, R. AU - Carbone, L. AU - Archidiacono, N. AU - Albertson, D. G. AU - Pinkel, D. AU - Eichler, E. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Large-scale variation among human and great ape genomes determined by array comparative genomic hybridization JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1003303 DO - 10.1101/gr.1003303 ID - Locke2003 ER - TY - JOUR AU - Perry, G. H. AU - Tchinda, J. AU - McGrath, S. D. AU - Zhang, J. J. AU - Picker, S. R. AU - Caceres, A. M. AU - Iafrate, A. J. AU - Tyler-Smith, C. AU - Scherer, S. W. AU - Eichler, E. E. AU - Stone, A. C. AU - Lee, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Hotspots for copy number variation in chimpanzees and humans JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0602318103 DO - 10.1073/pnas.0602318103 ID - Perry2006 ER - TY - JOUR AU - Sawatzki, H. K. AU - Cooper, D. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Understanding the recent evolution of the human genome: Insights from human-chimpanzee genome comparisons JO - Hum Mutat VL - 28 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20420 DO - 10.1002/humu.20420 ID - Sawatzki2007 ER - TY - JOUR AU - Chaves, L. D. AU - Rowe, J. A. AU - Reed, K. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Survey of a cDNA library from the turkey (Meleagris gallopavo) JO - Genome VL - 48 UR - https://doi.org/10.1139/g04-088 DO - 10.1139/g04-088 ID - Chaves2005 ER - TY - JOUR AU - Chaves, L. D. AU - Knutson, T. P. AU - Krueth, S. B. AU - Reed, K. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Using the chicken genome sequence in the development and mapping of genetic markers in the turkey (Meleagris gallopavo) JO - Anim Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2005.01396.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2005.01396.x ID - Chaves2006 ER - TY - JOUR AU - Reed, K. M. AU - Hall, M. K. AU - Chaves, L. D. AU - Knutson, T. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Single nucleotide polymorphisms for integrative mapping in the turkey (Meleagris gallopavo) JO - Anim Biotechnol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1080/10495390500461112 DO - 10.1080/10495390500461112 ID - Reed2006 ER - TY - JOUR AU - Reed, K. M. AU - Sullivan, L. R. AU - Foster, L. K. AU - Chaves, L. D. AU - de Leon, F. A. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Assignment of linkage groups to turkey chromosome 1 (MGA1) JO - Cytogenet Genome Res VL - 115 UR - https://doi.org/10.1159/000095239 DO - 10.1159/000095239 ID - Reed2006 ER - TY - JOUR AU - Reed, K. M. AU - Chaves, L. D. AU - Knutson, T. P. AU - Krueth, S. B. AU - Ashwell, C. M. AU - Burt, D. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integration of microsatellite-based genetic maps for the turkey (Meleagris gallopavo) JO - Genome VL - 49 UR - https://doi.org/10.1139/g06-084 DO - 10.1139/g06-084 ID - Reed2006 ER - TY - JOUR AU - Griffin, D. K. AU - Robertson, L. B. W. AU - Tempest, H. G. AU - Skinner, B. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolution of the avian genome as revealed by molecular cytogenetics JO - Cytogenet Genome Res VL - 117 UR - https://doi.org/10.1159/000103166 DO - 10.1159/000103166 ID - Griffin2007 ER - TY - JOUR AU - Shibusawa, M. AU - Nishibori, M. AU - Nishida-Umehara, C. AU - Tsudzuki, M. AU - Masabanda, J. AU - Griffin, D. K. AU - Matsuda, Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - Karyotypic evolution in the Galliformes: An examination of the process of karyotypic evolution by comparison of the molecular cytogenetic findings with the molecular phylogeny JO - Cytogenet Genome Res VL - 106 UR - https://doi.org/10.1159/000078570 DO - 10.1159/000078570 ID - Shibusawa2004 ER - TY - JOUR AU - Stock, A. D. AU - Bunch, T. D. PY - 1982 DA - 1982// TI - The evolutionary implications of chromosome-banding pattern homologies in the bird order Galliformes JO - Cytogenet Cell Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1159/000131802 DO - 10.1159/000131802 ID - Stock1982 ER - TY - JOUR AU - Feuk, L. AU - Carson, A. R. AU - Scherer, S. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Structural variation in the human genome JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1767 DO - 10.1038/nrg1767 ID - Feuk2006 ER - TY - JOUR AU - Freeman, J. L. AU - Perry, G. H. AU - Feuk, L. AU - Redon, R. AU - McCarroll, S. A. AU - Altshuler, D. M. AU - Aburatani, H. AU - Jones, K. W. AU - Tyler-Smith, C. AU - Hurles, M. E. AU - Carter, N. P. AU - Scherer, S. W. AU - Lee, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Copy number variation: New insights in genome diversity JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3677206 DO - 10.1101/gr.3677206 ID - Freeman2006 ER - TY - CHAP AU - Emanuel, B. S. AU - Saitta, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - From microscopes to microarrays: dissecting recurrent chromosomal rearrangements BT - Nat Rev Genet ID - Emanuel2007 ER - TY - JOUR AU - Bailey, J. A. AU - Eichler, E. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Primate segmental duplications: crucibles of evolution, diversity and disease JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1895 DO - 10.1038/nrg1895 ID - Bailey2006 ER - TY - JOUR AU - Newman, T. L. AU - Tuzun, E. AU - Morrison, V. A. AU - Hayden, K. E. AU - Ventura, M. AU - McGrath, S. D. AU - Rocchi, M. AU - Eichler, E. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A genome-wide survey of structural variation between human and chimpanzee JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4338005 DO - 10.1101/gr.4338005 ID - Newman2005 ER - TY - JOUR AU - Samonte, R. V. AU - Eichler, E. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Segmental duplications and the evolution of the primate genome JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg705 DO - 10.1038/nrg705 ID - Samonte2002 ER - TY - STD TI - ArkDB - genomes for the rest of us. [http://www.thearkdb.org] UR - http://www.thearkdb.org ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Redon, R. AU - Ishikawa, S. AU - Fitch, K. R. AU - Feuk, L. AU - Perry, G. H. AU - Andrews, T. D. AU - Fiegler, H. AU - Shapero, M. H. AU - Carson, A. R. AU - Chen, W. W. AU - Cho, E. K. AU - Dallaire, S. AU - Freeman, J. L. AU - Gonzalez, J. R. AU - Gratacos, M. AU - Huang, J. AU - Kalaitzopoulos, D. AU - Komura, D. AU - MacDonald, J. R. AU - Marshall, C. R. AU - Mei, R. AU - Montgomery, L. AU - Nishimura, K. AU - Okamura, K. AU - Shen, F. AU - Somerville, M. J. AU - Tchinda, J. AU - Valsesia, A. AU - Woodwark, C. AU - Yang, F. T. AU - Zhang, J. J. AU - Zerjal, T. AU - Zhang, J. AU - Armengol, L. AU - Conrad, D. F. AU - Estivill, X. AU - Tyler-Smith, C. AU - Carter, N. P. AU - Aburatani, H. AU - Lee, C. AU - Jones, K. W. AU - Scherer, S. W. AU - Hurles, M. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Global variation in copy number in the human genome JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05329 DO - 10.1038/nature05329 ID - Redon2006 ER - TY - JOUR AU - Fillon, V. AU - Vignoles, M. AU - Crooijmans, R. AU - Groenen, M. A. M. AU - Zoorob, R. AU - Vignal, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - FISH mapping of 57 BAC clones reveals strong conservation of synteny between Galliformes and Anseriformes JO - Anim Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2007.01578.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2007.01578.x ID - Fillon2007 ER - TY - CHAP AU - Kayang, B. B. AU - Fillon, V. AU - Inoue-Murayama, M. AU - Miwa, M. AU - Leroux, S. AU - Feve, K. AU - Monvoisin, J. L. AU - Pitel, F. AU - Vignoles, M. AU - Mouilhayrat, C. AU - Beaumont, C. AU - Ito, S. AU - Minvielle, F. AU - Vignal, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrated maps in quail (Coturnix japonica) confirm the high degree of synteny conservation with chicken (Gallus gallus) despite 35 million years of divergence BT - BMC Genomics ID - Kayang2006 ER - TY - JOUR AU - Masabanda, J. S. AU - Burt, D. W. AU - O'Brien, P. C. M. AU - Vignal, A. AU - Fillon, V. AU - Walsh, P. S. AU - Cox, H. AU - Tempest, H. G. AU - Smith, J. AU - Habermann, F. AU - Schmid, M. AU - Matsuda, Y. AU - Ferguson-Smith, M. A. AU - Crooijmans, R. AU - Groenen, M. A. M. AU - Griffin, D. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular cytogenetic definition of the chicken genome: The first complete avian karyotype JO - Genetics VL - 166 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.166.3.1367 DO - 10.1534/genetics.166.3.1367 ID - Masabanda2004 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, D. Q. AU - Webber, C. AU - Ponting, C. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bias of selection on human copy-number variants JO - PLoS Genetics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020020 DO - 10.1371/journal.pgen.0020020 ID - Nguyen2006 ER - TY - JOUR AU - Burt, D. W. AU - Bruley, C. AU - Dunn, I. C. AU - Jones, C. T. AU - Ramage, A. AU - Law, A. S. AU - Morrice, D. R. AU - Paton, I. R. AU - Smith, J. AU - Windsor, D. AU - Sazanov, A. AU - Fries, R. AU - Waddington, D. PY - 1999 DA - 1999// TI - The dynamics of chromosome evolution in birds and mammals JO - Nature VL - 402 UR - https://doi.org/10.1038/46555 DO - 10.1038/46555 ID - Burt1999 ER - TY - JOUR AU - Ahlroth, M. K. AU - Kola, E. H. AU - Ewald, D. AU - Masabanda, J. AU - Sazanov, A. AU - Fries, R. AU - Kulomaa, M. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization and chromosomal localization of the chicken avidin gene family JO - Anim Genet VL - 31 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.2000.00681.x DO - 10.1046/j.1365-2052.2000.00681.x ID - Ahlroth2000 ER - TY - JOUR AU - Griffin, D. K. AU - Haberman, F. AU - Masabanda, J. AU - O'Brien, P. AU - Bagga, M. AU - Sazanov, A. AU - Smith, J. AU - Burt, D. W. AU - Ferguson-Smith, M. AU - Wienberg, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Micro- and macrochromosome paints generated by flow cytometry and microdissection: tools for mapping the chicken genome JO - Cytogenet Cell Genet VL - 87 UR - https://doi.org/10.1159/000015449 DO - 10.1159/000015449 ID - Griffin1999 ER - TY - JOUR AU - Krasikova, A. AU - Deryusheva, S. AU - Galkina, S. AU - Kurganova, A. AU - Evteev, A. AU - Gaginskaya, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - On the positions of centromeres in chicken lampbrush chromosomes JO - Chromosome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-006-1085-y DO - 10.1007/s10577-006-1085-y ID - Krasikova2006 ER - TY - STD TI - Macgregor H: Lampbrush chromosomes. [http://www.projects.ex.ac.uk/lampbrush/] UR - http://www.projects.ex.ac.uk/lampbrush/ ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Masabanda, J. S. AU - Griffin, D. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Generation of chromosome paints: Approach for increasing specificity and intensity of signals JO - Biotechniques VL - 34 ID - Masabanda2003 ER - TY - JOUR AU - Telenius, H. AU - Carter, N. P. AU - Bebb, C. E. AU - Nordenskjold, M. AU - Ponder, B. A. J. AU - Tunnacliffe, A. PY - 1992 DA - 1992// TI - Degenerate Oligonucleotide-Primed Pcr - General Amplification of Target DNA by a Single Degenerate Primer JO - Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/0888-7543(92)90147-K DO - 10.1016/0888-7543(92)90147-K ID - Telenius1992 ER - TY - JOUR AU - Crooijmans, R. AU - Vrebalov, J. AU - Dijkhof, R. J. M. AU - van der Poel, J. J. AU - Groenen, M. A. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Two-dimensional screening of the Wageningen chicken BAC library JO - Mamm Genome VL - 11 UR - https://doi.org/10.1007/s003350010068 DO - 10.1007/s003350010068 ID - Crooijmans2000 ER - TY - JOUR AU - Groenen, M. A. M. AU - Cheng, H. H. AU - Bumstead, N. AU - Benkel, B. F. AU - Briles, W. E. AU - Burke, T. AU - Burt, D. W. AU - Crittenden, L. B. AU - Dodgson, J. AU - Hillel, J. AU - Lamont, S. AU - de Leon, A. P. AU - Soller, M. AU - Takahashi, H. AU - Vignal, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - A consensus linkage map of the chicken genome JO - Genome Res VL - 10 ID - Groenen2000 ER - TY - JOUR AU - Lichter, P. AU - Tang, C. J. C. AU - Call, K. AU - Hermanson, G. AU - Evans, G. A. AU - Housman, D. AU - Ward, D. C. PY - 1990 DA - 1990// TI - High-resolution mapping of human chromosome 11 by in situ hybridization with cosmid clones JO - Science VL - 247 UR - https://doi.org/10.1126/science.2294592 DO - 10.1126/science.2294592 ID - Lichter1990 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Repbase Update - a database and an electronic journal of repetitive elements JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02093-X DO - 10.1016/S0168-9525(00)02093-X ID - Jurka2000 ER - TY - STD TI - Genetic Information Research Institute. [http://www.girinst.org] UR - http://www.girinst.org ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Workman, C. AU - Jensen, L. AU - Jarmer, H. AU - Berka, R. AU - Gautier, L. AU - Nielser, H. AU - Saxild, H. H. AU - Nielsen, C. AU - Brunak, S. AU - Knudsen, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - A new non-linear normalization method for reducing variability in DNA microarray experiments JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-9-research0048 DO - 10.1186/gb-2002-3-9-research0048 ID - Workman2002 ER - TY - CHAP AU - Tukey, J. W. ED - Olkin, E. PY - 1960 DA - 1960// BT - Contributions to Probability and Statistics ID - Tukey1960 ER - TY - JOUR AU - Olshen, A. B. AU - Venkatraman, E. S. AU - Lucito, R. AU - Wigler, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Circular binary segmentation for the analysis of array-based DNA copy number data JO - Biostatistics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxh008 DO - 10.1093/biostatistics/kxh008 ID - Olshen2004 ER - TY - STD TI - The Wellcome Trust Sanger Institute - GFF (General Feature Format) Specifications Document. [http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/GFF_Spec.shtml] UR - http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/GFF_Spec.shtml ID - ref44 ER -