Skip to main content

Table 1 Number of SNPs, mean minor allelic frequency (MAF), spacing between adjacent SNPs and estimated of LD on different autosomes in present study.

From: Extent of genome-wide linkage disequilibrium in Australian Holstein-Friesian cattle based on a high-density SNP panel

BTA No. Snp Mean MAF Spacing (kb) Mean D' Median D' Mean adj D' Median adj D' Swept radius based on D' Mean r2 Median r2 Mean adj r2 Median adj r2
1 528 0.27 276 0.18 0.11 0.70 0.88 11993 (11514 – 12513) 0.013 0.003 0.337 0.107
2 462 0.30 270 0.18 0.11 0.70 0.87 8968 (8607 – 9360) 0.013 0.003 0.323 0.101
3 469 0.28 248 0.18 0.11 0.70 0.89 9307 (8996 – 9640) 0.014 0.003 0.309 0.096
4 384 0.29 284 0.18 0.12 0.66 0.81 9825 (9354 – 10346) 0.014 0.003 0.317 0.090
5 417 0.28 279 0.18 0.11 0.70 0.89 8945 (8623 – 9291) 0.014 0.003 0.316 0.109
6 443 0.28 252 0.18 0.11 0.70 0.92 10311 (9878 – 10784) 0.013 0.003 0.328 0.099
7 357 0.30 282 0.17 0.11 0.70 0.84 8883 (8564 – 9227) 0.015 0.003 0.303 0.118
8 389 0.29 265 0.19 0.12 0.68 0.89 15359 (14440 – 16403) 0.015 0.003 0.293 0.106
9 265 0.29 357 0.20 0.13 0.67 0.84 9109 (8579 – 9708) 0.018 0.004 0.330 0.086
10 403 0.29 238 0.19 0.12 0.68 0.85 7725 (7455 – 8016) 0.016 0.004 0.311 0.107
11 452 0.28 224 0.18 0.11 0.70 0.88 10830 (10453 – 11235) 0.013 0.003 0.312 0.099
12 276 0.28 278 0.19 0.12 0.69 0.90 7271 (6902 – 7683) 0.015 0.003 0.325 0.120
13 406 0.28 203 0.19 0.12 0.73 0.97 8919 (8633 – 9225) 0.017 0.003 0.382 0.165
14 303 0.30 271 0.20 0.13 0.72 0.94 7309 (7002 – 7643) 0.019 0.004 0.349 0.146
15 309 0.27 242 0.21 0.13 0.67 0.89 7530 (7156 – 7945) 0.017 0.004 0.336 0.100
16 317 0.30 230 0.19 0.13 0.71 0.91 5861 (5639 – 6102) 0.019 0.004 0.368 0.168
17 302 0.28 231 0.20 0.12 0.72 0.94 7788 (7503 – 8094) 0.018 0.004 0.319 0.126
18 294 0.30 212 0.19 0.12 0.66 0.86 7342 (7009 – 7708) 0.015 0.003 0.312 0.092
19 344 0.29 183 0.19 0.12 0.72 0.92 7500 (7240 – 7778) 0.016 0.003 0.290 0.118
20 254 0.27 265 0.21 0.14 0.68 0.82 10315 (9718 – 10990) 0.021 0.005 0.345 0.150
21 181 0.29 345 0.21 0.13 0.61 0.68 5273 (4923 – 5676) 0.019 0.004 0.234 0.064
22 252 0.29 230 0.21 0.14 0.72 0.91 7681 (7358 – 8033) 0.022 0.005 0.329 0.114
23 260 0.29 183 0.25 0.16 0.73 0.94 8610 (8197 – 9065) 0.024 0.006 0.318 0.117
24 222 0.29 271 0.21 0.14 0.65 0.80 5437 (5140 – 5770) 0.019 0.005 0.331 0.083
25 225 0.30 187 0.19 0.12 0.66 0.84 4417 (4187 – 4673) 0.019 0.004 0.308 0.097
26 184 0.27 255 0.24 0.17 0.71 0.90 7191 (6672 – 7797) 0.022 0.006 0.289 0.092
27 158 0.32 271 0.19 0.13 0.65 0.78 - 0.021 0.005 0.325 0.099
28 159 0.29 249 0.22 0.14 0.66 0.79 5916 (5474 – 6435) 0.020 0.005 0.288 0.068
29 180 0.30 250 0.21 0.13 0.67 0.85 4805 (4534 – 5110) 0.024 0.004 0.313 0.095
All 9195 0.29 252 0.19 0.12 0.69 0.88 8154 (8085 – 8225) 0.016 0.003 0.321 0.110
  1. The values in the parentheses of swept radius are confidence interval of swept radius.
  2. adj means estimate between adjacent SNPs only.