TY - JOUR AU - Stringer, J. R. AU - Keely, S. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genetics of surface antigen expression in Pneumocystis carinii JO - Infect Immun VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.69.2.627-639.2001 DO - 10.1128/IAI.69.2.627-639.2001 ID - Stringer2001 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. AU - Fairlamb, A. H. AU - Fraunholz, M. J. AU - Roos, D. S. AU - Ralph, S. A. AU - McFadden, G. I. AU - Cummings, L. M. AU - Subramanian, G. M. AU - Mungall, C. AU - Venter, J. C. AU - Carucci, D. J. AU - Hoffman, S. L. AU - Newbold, C. AU - Davis, R. W. AU - Fraser, C. M. AU - Barrell, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - del Portillo, H. A. AU - Fernandez-Becerra, C. AU - Bowman, S. AU - Oliver, K. AU - Preuss, M. AU - Sanchez, C. P. AU - Schneider, N. K. AU - Villalobos, J. M. AU - Rajandream, M. A. AU - Harris, D. AU - Pereira da Silva, L. H. AU - Barrell, B. AU - Lanzer, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - A superfamily of variant genes encoded in the subtelomeric region of Plasmodium vivax JO - Nature VL - 410 UR - https://doi.org/10.1038/35071118 DO - 10.1038/35071118 ID - del Portillo2001 ER - TY - JOUR AU - Fischer, K. AU - Chavchich, M. AU - Huestis, R. AU - Wilson, D. W. AU - Kemp, D. J. AU - Saul, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ten families of variant genes encoded in subtelomeric regions of multiple chromosomes of Plasmodium chabaudi, a malaria species that undergoes antigenic variation in the laboratory mouse JO - Mol Microbiol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03491.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03491.x ID - Fischer2003 ER - TY - JOUR AU - Janssen, C. S. AU - Phillips, R. S. AU - Turner, C. M. AU - Barrett, M. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Plasmodium interspersed repeats: the major multigene superfamily of malaria parasites JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh907 DO - 10.1093/nar/gkh907 ID - Janssen2004 ER - TY - JOUR AU - Sam-Yellowe, T. Y. AU - Florens, L. AU - Johnson, J. R. AU - Wang, T. AU - Drazba, J. A. AU - Le Roch, K. G. AU - Zhou, Y. AU - Batalov, S. AU - Carucci, D. J. AU - Winzeler, E. A. AU - Yates, J. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A Plasmodium gene family encoding Maurer's cleft membrane proteins: structural properties and expression profiling JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2126104 DO - 10.1101/gr.2126104 ID - Sam-Yellowe2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, Q. AU - Fernandez, V. AU - Sundstrom, A. AU - Schlichtherle, M. AU - Datta, S. AU - Hagblom, P. AU - Wahlgren, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Developmental selection of var gene expression in Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 394 UR - https://doi.org/10.1038/28660 DO - 10.1038/28660 ID - Chen1998 ER - TY - JOUR AU - Fernandez, V. AU - Hommel, M. AU - Chen, Q. AU - Hagblom, P. AU - Wahlgren, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Small, clonally variant antigens expressed on the surface of the Plasmodium falciparum-infected erythrocyte are encoded by the rif gene family and are the target of human immune responses JO - J Exp Med VL - 190 UR - https://doi.org/10.1084/jem.190.10.1393 DO - 10.1084/jem.190.10.1393 ID - Fernandez1999 ER - TY - JOUR AU - Kyes, S. A. AU - Rowe, J. A. AU - Kriek, N. AU - Newbold, C. I. PY - 1999 DA - 1999// TI - Rifins: a second family of clonally variant proteins expressed on the surface of red cells infected with Plasmodium falciparum JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.16.9333 DO - 10.1073/pnas.96.16.9333 ID - Kyes1999 ER - TY - JOUR AU - Scherf, A. AU - Hernandez-Rivas, R. AU - Buffet, P. AU - Bottius, E. AU - Benatar, C. AU - Pouvelle, B. AU - Gysin, J. AU - Lanzer, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Antigenic variation in malaria: in situ switching, relaxed and mutually exclusive transcription of var genes during intra-erythrocytic development in Plasmodium falciparum JO - Embo J VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/17.18.5418 DO - 10.1093/emboj/17.18.5418 ID - Scherf1998 ER - TY - JOUR AU - Freitas-Junior, L. H. AU - Bottius, E. AU - Pirrit, L. A. AU - Deitsch, K. W. AU - Scheidig, C. AU - Guinet, F. AU - Nehrbass, U. AU - Wellems, T. E. AU - Scherf, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Frequent ectopic recombination of virulence factor genes in telomeric chromosome clusters of P. falciparum JO - Nature VL - 407 UR - https://doi.org/10.1038/35039531 DO - 10.1038/35039531 ID - Freitas-Junior2000 ER - TY - JOUR AU - Hernandez-Rivas, R. AU - Hinterberg, K. AU - Scherf, A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Compartmentalization of genes coding for immunodominant antigens to fragile chromosome ends leads to dispersed subtelomeric gene families and rapid gene evolution in Plasmodium falciparum JO - Mol Biochem Parasitol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(96)02618-7 DO - 10.1016/S0166-6851(96)02618-7 ID - Hernandez-Rivas1996 ER - TY - JOUR AU - Rasti, N. AU - Wahlgren, M. AU - Chen, Q. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular aspects of malaria pathogenesis JO - FEMS Immunol Med Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsim.2004.01.010 DO - 10.1016/j.femsim.2004.01.010 ID - Rasti2004 ER - TY - JOUR AU - Robinson, B. A. AU - Welch, T. L. AU - Smith, J. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Widespread functional specialization of Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 family members to bind CD36 analysed across a parasite genome JO - Mol Microbiol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03378.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03378.x ID - Robinson2003 ER - TY - JOUR AU - Cheng, Q. AU - Cloonan, N. AU - Fischer, K. AU - Thompson, J. AU - Waine, G. AU - Lanzer, M. AU - Saul, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - stevor and rif are Plasmodium falciparum multicopy gene families which potentially encode variant antigens JO - Mol Biochem Parasitol VL - 97 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(98)00144-3 DO - 10.1016/S0166-6851(98)00144-3 ID - Cheng1998 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Tettelin, H. AU - Carucci, D. J. AU - Cummings, L. M. AU - Aravind, L. AU - Koonin, E. V. AU - Shallom, S. AU - Mason, T. AU - Yu, K. AU - Fujii, C. AU - Pederson, J. AU - Shen, K. AU - Jing, J. AU - Aston, C. AU - Lai, Z. AU - Schwartz, D. C. AU - Pertea, M. AU - Salzberg, S. AU - Zhou, L. AU - Sutton, G. G. AU - Clayton, R. AU - White, O. AU - Smith, H. O. AU - Fraser, C. M. AU - Adams, M. D. AU - Venter, J. C. AU - Hoffman, S. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Chromosome 2 sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Science VL - 282 UR - https://doi.org/10.1126/science.282.5391.1126 DO - 10.1126/science.282.5391.1126 ID - Gardner1998 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Mistry, J. AU - Schuster-Bockler, B. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Hollich, V. AU - Lassmann, T. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Durbin, R. AU - Eddy, S. R. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Bateman, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pfam: clans, web tools and services JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj149 DO - 10.1093/nar/gkj149 ID - Finn2006 ER - TY - JOUR AU - Florens, L. AU - Washburn, M. P. AU - Raine, J. D. AU - Anthony, R. M. AU - Grainger, M. AU - Haynes, J. D. AU - Moch, J. K. AU - Muster, N. AU - Sacci, J. B. AU - Tabb, D. L. AU - Witney, A. A. AU - Wolters, D. AU - Wu, Y. AU - Gardner, M. J. AU - Holder, A. A. AU - Sinden, R. E. AU - Yates, J. R. AU - Carucci, D. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - A proteomic view of the Plasmodium falciparum life cycle JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01107 DO - 10.1038/nature01107 ID - Florens2002 ER - TY - JOUR AU - Haeggstrom, M. AU - Kironde, F. AU - Berzins, K. AU - Chen, Q. AU - Wahlgren, M. AU - Fernandez, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Common trafficking pathway for variant antigens destined for the surface of the Plasmodium falciparum-infected erythrocyte JO - Mol Biochem Parasitol VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2003.07.006 DO - 10.1016/j.molbiopara.2003.07.006 ID - Haeggstrom2004 ER - TY - JOUR AU - Helmby, H. AU - Cavelier, L. AU - Pettersson, U. AU - Wahlgren, M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Rosetting Plasmodium falciparum-infected erythrocytes express unique strain-specific antigens on their surface JO - Infect Immun VL - 61 ID - Helmby1993 ER - TY - JOUR AU - Petter, M. AU - Haeggstrom, M. AU - Khattab, A. AU - Fernandez, V. AU - Klinkert, M. Q. AU - Wahlgren, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Variant proteins of the Plasmodium falciparum RIFIN family show distinct subcellular localization and developmental expression patterns JO - Mol Biochem Parasitol VL - 156 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2007.07.011 DO - 10.1016/j.molbiopara.2007.07.011 ID - Petter2007 ER - TY - JOUR AU - Abdel-Latif, M. S. AU - Dietz, K. AU - Issifou, S. AU - Kremsner, P. G. AU - Klinkert, M. Q. PY - 2003 DA - 2003// TI - Antibodies to Plasmodium falciparum rifin proteins are associated with rapid parasite clearance and asymptomatic infections JO - Infect Immun VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.71.11.6229-6233.2003 DO - 10.1128/IAI.71.11.6229-6233.2003 ID - Abdel-Latif2003 ER - TY - JOUR AU - Abdel-Latif, M. S. AU - Khattab, A. AU - Lindenthal, C. AU - Kremsner, P. G. AU - Klinkert, M. Q. PY - 2002 DA - 2002// TI - Recognition of variant Rifin antigens by human antibodies induced during natural Plasmodium falciparum infections JO - Infect Immun VL - 70 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.70.12.7013-7021.2002 DO - 10.1128/IAI.70.12.7013-7021.2002 ID - Abdel-Latif2002 ER - TY - JOUR AU - Marti, M. AU - Good, R. T. AU - Rug, M. AU - Knuepfer, E. AU - Cowman, A. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Targeting malaria virulence and remodeling proteins to the host erythrocyte JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1102452 DO - 10.1126/science.1102452 ID - Marti2004 ER - TY - JOUR AU - Tham, W. H. AU - Payne, P. D. AU - Brown, G. V. AU - Rogerson, S. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of basic transcriptional elements required for rif gene transcription JO - Int J Parasitol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2006.11.006 DO - 10.1016/j.ijpara.2006.11.006 ID - Tham2007 ER - TY - JOUR AU - Abhiman, S. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Large-scale prediction of function shift in protein families with a focus on enzymatic function JO - Proteins VL - 60 UR - https://doi.org/10.1002/prot.20550 DO - 10.1002/prot.20550 ID - Abhiman2005 ER - TY - JOUR AU - Knudsen, B. AU - Miyamoto, M. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - A likelihood ratio test for evolutionary rate shifts and functional divergence among proteins JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.251526398 DO - 10.1073/pnas.251526398 ID - Knudsen2001 ER - TY - JOUR AU - Prim, N. AU - Bofill, C. AU - Pastor, F. I. AU - Diaz, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Esterase EstA6 from Pseudomonas sp. CR-611 is a novel member in the utmost conserved cluster of family VI bacterial lipolytic enzymes JO - Biochimie VL - 88 UR - https://doi.org/10.1016/j.biochi.2006.02.011 DO - 10.1016/j.biochi.2006.02.011 ID - Prim2006 ER - TY - JOUR AU - Stam, M. R. AU - Danchin, E. G. AU - Rancurel, C. AU - Coutinho, P. M. AU - Henrissat, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Dividing the large glycoside hydrolase family 13 into subfamilies: towards improved functional annotations of alpha-amylase-related proteins JO - Protein Eng Des Sel VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/protein/gzl044 DO - 10.1093/protein/gzl044 ID - Stam2006 ER - TY - JOUR AU - Khattab, A. AU - Klinkert, M. Q. PY - 2006 DA - 2006// TI - Maurer's clefts-restricted localization, orientation and export of a Plasmodium falciparum RIFIN JO - Traffic VL - 7 UR - https://doi.org/10.1111/j.1600-0854.2006.00494.x DO - 10.1111/j.1600-0854.2006.00494.x ID - Khattab2006 ER - TY - JOUR AU - Kraemer, S. M. AU - Smith, J. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evidence for the importance of genetic structuring to the structural and functional specialization of the Plasmodium falciparum var gene family JO - Mol Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2003.03814.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2003.03814.x ID - Kraemer2003 ER - TY - JOUR AU - DePristo, M. A. AU - Zilversmit, M. M. AU - Hartl, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - On the abundance, amino acid composition, and evolutionary dynamics of low-complexity regions in proteins JO - Gene VL - 378 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2006.03.023 DO - 10.1016/j.gene.2006.03.023 ID - DePristo2006 ER - TY - JOUR AU - Enea, V. AU - Corredor, V. PY - 1991 DA - 1991// TI - The evolution of plasmodial stage-specific rRNA genes is dominated by gene conversion JO - J Mol Evol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1007/BF02515391 DO - 10.1007/BF02515391 ID - Enea1991 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, K. M. AU - Kasper, J. AU - Choi, M. AU - Bedford, T. AU - Kristiansen, K. AU - Wirth, D. F. AU - Volkman, S. K. AU - Lozovsky, E. R. AU - Hartl, D. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene conversion as a source of nucleotide diversity in Plasmodium falciparum JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg076 DO - 10.1093/molbev/msg076 ID - Nielsen2003 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The effect of recombination on the accuracy of phylogeny estimation JO - J Mol Evol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-001-0034-9 DO - 10.1007/s00239-001-0034-9 ID - Posada2002 ER - TY - JOUR AU - Kennedy, M. AU - Holland, B. R. AU - Gray, R. D. AU - Spencer, H. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Untangling long branches: identifying conflicting phylogenetic signals using spectral analysis, neighbor-net, and consensus networks JO - Syst Biol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1080/106351591007462 DO - 10.1080/106351591007462 ID - Kennedy2005 ER - TY - JOUR AU - Stiller, J. W. AU - Hall, B. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Long-branch attraction and the rDNA model of early eukaryotic evolution JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026217 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026217 ID - Stiller1999 ER - TY - JOUR AU - Shakhnovich, B. E. AU - Koonin, E. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Origins and impact of constraints in evolution of gene families JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5346206 DO - 10.1101/gr.5346206 ID - Shakhnovich2006 ER - TY - JOUR AU - Lavstsen, T. AU - Salanti, A. AU - Jensen, A. T. AU - Arnot, D. E. AU - Theander, T. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sub-grouping of Plasmodium falciparum 3D7 var genes based on sequence analysis of coding and non-coding regions JO - Malar J VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1475-2875-2-27 DO - 10.1186/1475-2875-2-27 ID - Lavstsen2003 ER - TY - JOUR AU - Voss, T. S. AU - Thompson, J. K. AU - Waterkeyn, J. AU - Felger, I. AU - Weiss, N. AU - Cowman, A. F. AU - Beck, H. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic distribution and functional characterisation of two distinct and conserved Plasmodium falciparum var gene 5' flanking sequences JO - Mol Biochem Parasitol VL - 107 UR - https://doi.org/10.1016/S0166-6851(00)00176-6 DO - 10.1016/S0166-6851(00)00176-6 ID - Voss2000 ER - TY - JOUR AU - Fonager, J. AU - Cunningham, D. AU - Jarra, W. AU - Koernig, S. AU - Henneman, A. A. AU - Langhorne, J. AU - Preiser, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transcription and alternative splicing in the yir multigene family of the malaria parasite Plasmodium y. yoelii: identification of motifs suggesting epigenetic and post-transcriptional control of RNA expression JO - Mol Biochem Parasitol VL - 156 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2007.06.006 DO - 10.1016/j.molbiopara.2007.06.006 ID - Fonager2007 ER - TY - JOUR AU - Hiller, N. L. AU - Bhattacharjee, S. AU - van Ooij, C. AU - Liolios, K. AU - Harrison, T. AU - Lopez-Estrano, C. AU - Haldar, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - A host-targeting signal in virulence proteins reveals a secretome in malarial infection JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1102737 DO - 10.1126/science.1102737 ID - Hiller2004 ER - TY - JOUR AU - Golding, G. B. AU - Dean, A. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - The structural basis of molecular adaptation JO - Mol Biol Evol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025932 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025932 ID - Golding1998 ER - TY - JOUR AU - DePristo, M. A. AU - Weinreich, D. M. AU - Hartl, D. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Missense meanderings in sequence space: a biophysical view of protein evolution JO - Nat Rev Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1672 DO - 10.1038/nrg1672 ID - DePristo2005 ER - TY - JOUR AU - Weber, J. L. PY - 1988 DA - 1988// TI - Interspersed repetitive DNA from Plasmodium falciparum JO - Mol Biochem Parasitol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/0166-6851(88)90066-7 DO - 10.1016/0166-6851(88)90066-7 ID - Weber1988 ER - TY - JOUR AU - Bozdech, Z. AU - Llinas, M. AU - Pulliam, B. L. AU - Wong, E. D. AU - Zhu, J. AU - DeRisi, J. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - The transcriptome of the intraerythrocytic developmental cycle of Plasmodium falciparum JO - PLoS Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0000005 DO - 10.1371/journal.pbio.0000005 ID - Bozdech2003 ER - TY - JOUR AU - Daily, J. P. AU - Le Roch, K. G. AU - Sarr, O. AU - Ndiaye, D. AU - Lukens, A. AU - Zhou, Y. AU - Ndir, O. AU - Mboup, S. AU - Sultan, A. AU - Winzeler, E. A. AU - Wirth, D. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - In vivo transcriptome of Plasmodium falciparum reveals overexpression of transcripts that encode surface proteins JO - J Infect Dis VL - 191 UR - https://doi.org/10.1086/428289 DO - 10.1086/428289 ID - Daily2005 ER - TY - JOUR AU - Le Roch, K. G. AU - Zhou, Y. AU - Blair, P. L. AU - Grainger, M. AU - Moch, J. K. AU - Haynes, J. D. AU - De La Vega, P. AU - Holder, A. A. AU - Batalov, S. AU - Carucci, D. J. AU - Winzeler, E. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Discovery of gene function by expression profiling of the malaria parasite life cycle JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1087025 DO - 10.1126/science.1087025 ID - Le Roch2003 ER - TY - JOUR AU - Llinas, M. AU - Bozdech, Z. AU - Wong, E. D. AU - Adai, A. T. AU - DeRisi, J. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative whole genome transcriptome analysis of three Plasmodium falciparum strains JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj517 DO - 10.1093/nar/gkj517 ID - Llinas2006 ER - TY - JOUR AU - Fernandez-Becerra, C. AU - Pein, O. AU - de Oliveira, T. R. AU - Yamamoto, M. M. AU - Cassola, A. C. AU - Rocha, C. AU - Soares, I. S. AU - de Braganca Pereira, C. A. AU - del Portillo, H. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Variant proteins of Plasmodium vivax are not clonally expressed in natural infections JO - Mol Microbiol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04850.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2005.04850.x ID - Fernandez-Becerra2005 ER - TY - JOUR AU - Preiser, P. R. AU - Khan, S. AU - Costa, F. T. AU - Jarra, W. AU - Belnoue, E. AU - Ogun, S. AU - Holder, A. A. AU - Voza, T. AU - Landau, I. AU - Snounou, G. AU - Renia, L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Stage-specific transcription of distinct repertoires of a multigene family during Plasmodium life cycle JO - Science VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1064938 DO - 10.1126/science.1064938 ID - Preiser2002 ER - TY - STD TI - PlasmoDB v4.4. [http://v4-4.plasmodb.org/] UR - http://v4-4.plasmodb.org/ ID - ref52 ER - TY - STD TI - Broad Institute of Harvard and M.I.T. [http://www.broad.mit.edu/] UR - http://www.broad.mit.edu/ ID - ref53 ER - TY - JOUR AU - Lassmann, T. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-298 DO - 10.1186/1471-2105-6-298 ID - Lassmann2005 ER - TY - JOUR AU - Hall, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT JO - Nucl Acids Symp Ser VL - 41 ID - Hall1999 ER - TY - STD TI - GeneDB. [http://www.genedb.org/] UR - http://www.genedb.org/ ID - ref56 ER - TY - JOUR AU - Suyama, M. AU - Torrents, D. AU - Bork, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl315 DO - 10.1093/nar/gkl315 ID - Suyama2006 ER - TY - JOUR AU - Kumar, S. AU - Tamura, K. AU - Nei, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment JO - Brief Bioinform VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/bib/5.2.150 DO - 10.1093/bib/5.2.150 ID - Kumar2004 ER - TY - STD TI - Protein Sequence Logos and Relative Entropy. [http://www.cbs.dtu.dk/~gorodkin/appl/plogo.html] UR - http://www.cbs.dtu.dk/~gorodkin/appl/plogo.html ID - ref59 ER - TY - JOUR AU - Schneider, T. D. AU - Stephens, R. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Sequence logos: a new way to display consensus sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/nar/18.20.6097 DO - 10.1093/nar/18.20.6097 ID - Schneider1990 ER - TY - JOUR AU - Bryson, K. AU - McGuffin, L. J. AU - Marsden, R. L. AU - Ward, J. J. AU - Sodhi, J. S. AU - Jones, D. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Protein structure prediction servers at University College London JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki410 DO - 10.1093/nar/gki410 ID - Bryson2005 ER - TY - JOUR AU - Jones, D. T. PY - 1999 DA - 1999// TI - Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices JO - Journal of molecular biology VL - 292 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.3091 DO - 10.1006/jmbi.1999.3091 ID - Jones1999 ER - TY - JOUR AU - Clamp, M. AU - Cuff, J. AU - Searle, S. M. AU - Barton, G. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Jalview Java alignment editor JO - Bioinformatics (Oxford, England) VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg430 DO - 10.1093/bioinformatics/btg430 ID - Clamp2004 ER -