Skip to main content

Table 5 Conservation of gene-associated repeats

From: Chloroplast genome sequencing analysis of Heterosigma akashiwo CCMP452 (West Atlantic) and NIES293 (West Pacific) strains

     Cytochrome Associated Genes
Organism rbc S rps 10 atp A pet A B/D F G J L M/N css A
Heterosigma akashiwo CCMP452 IR T/IR T IR IR IR IR IR - IR# IR
Heterosigma akashiwo NIES293 IR - T IR IR IR IR IR - IR# IR
(C) Odontella sinensis IR IR IR IR/T* - IR/T* IR/IR 0 - IR# -
(C) Thalassiosira pseudonana - T/IR IR/T IR - - - 0 - IR -
(P) Phaeodactylum tricornutum IR IR IR IR* IR IR* - 0 IR# - -
Emiliana huxleyi IR IR - IR - 0 IR 0 - - IR
Guillardia theta IR T/IR* - IR T T* IR# 0 - - IR#
(F) Graciliaria tenuistipitata - IR* - - IR IR* - IR 0 - -
(F) Porphyra purpurea - IR IR - IR - IR IR - - -
(F) Porphyra yezoensis IR IR IR - - - IR/T IR - - -
(B) Cyanidium caldarium IR - - - - T - - 0 - -
(B) Cyanidioschyzon merolae IR - T/T T - T# - - - - T/T
Cyanophora paradoxa IR IR IR IR IR IR IR 0 IR IR IR
  1. IR: inverted repeat; T: tandem repeat; – no repeat; 0 gene absent from cpDNA ; * shared repeat; # located 5' to the gene. All other repeats are 3' to the gene.