Uncovering rate variation of lateral gene transfer during bacterial genome evolution

Table 5 Different α values in a Γ distribution after excluding certain genes. Estimates based on the select-genes tree and the common-genes tree are shown.

Group	Original				Genes removed				Difference^a
			Random		Informational		Conserved		(Ratio)
	Select	Common	Select	Common	Select	Common	Select	Common	Select	Common
Bacillus	0.39	0.39	0.38	0.39	0.39	0.39	0.47	0.47	0.11	0.00
Brucella	0.053	0.035	0.052	0.035	0.057	0.037	0.072	0.044	0.25	0.22
Burkholderia	0.35	0.18	0.35	0.16	0.37	0.19	0.50	0.21	0.13	0.60
Candidatus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Chlamydophila	0.41	0.39	0.40	0.41	0.54	0.52	0.56	0.52	0.87	1.00
Clostridium	0.50	0.52	0.49	0.52	0.59	0.63	1.06	1.12	0.18	0.18
Corynebacterium	0.79	1.19	0.80	1.19	1.01	1.70	1.75	3.06	0.22	0.27
Ehrlichia	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Escherichia	0.23	0.31	0.25	0.31	0.26	0.33	0.31	0.39	0.17	0.25
Helicobacter	0.47	0.52	0.47	0.52	0.59	0.70	0.66	0.79	0.63	0.67
Lactobacillus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Mycobacterium	0.41	0.23	0.40	0.24	0.49	0.26	0.65	0.35	0.36	0.18
Mycoplasma	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Prochlorococcus	2.42	2.56	2.46	2.56	3.05	3.44	5.50	6.95	0.19	0.20
Pseudomonas	1.66	1.91	1.64	1.91	2.16	2.28	3.80	3.86	0.24	0.19
Rhodopseudomonas	0.59	0.52	0.59	0.56	0.70	0.59	0.84	0.66	0.44	0.30
Rickettsia	0.33	0.35	0.33	0.37	0.44	0.41	0.53	0.50	0.55	0.31
Salmonella	0.37	0.080	0.39	0.080	0.44	0.095	0.49	0.102	0.50	0.68
Shigella	0.37	0.17	0.35	0.17	0.39	0.18	0.50	0.21	0.27	0.25
Staphylococcus	0.090	0.085	0.093	0.085	0.097	0.090	0.116	0.114	0.17	0.17
Streptococcus	0.34	0.29	0.34	0.29	0.37	0.33	0.47	0.41	0.23	0.33
Synechococcus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Vibrio	0.21	0.17	0.22	0.18	0.23	0.19	0.27	0.23	0.20	0.20
Xanthomonas	0.33	0.59	0.33	0.59	0.37	0.70	0.39	0.74	0.67	0.73
Yersinia	0.064	0.060	0.064	0.063	0.070	0.067	0.075	0.071	0.55	0.50

^aThe difference was calculated from $\frac{α_{informational} - α_{random}}{α_{conserved} - α_{random}}$