TY - JOUR AU - Hochheimer, A. AU - Tjian, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Diversified transcription initiation complexes expand promoter selectivity and tissue-specific gene expression JO - Genes Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1099903 DO - 10.1101/gad.1099903 ID - Hochheimer2003 ER - TY - JOUR AU - Ayoubi, T. A. AU - Van De Ven, W. J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Regulation of gene expression by alternative promoters JO - Faseb J VL - 10 ID - Ayoubi1996 ER - TY - JOUR AU - Sandelin, A. AU - Carninci, P. AU - Lenhard, B. AU - Ponjavic, J. AU - Hayashizaki, Y. AU - Hume, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mammalian RNA polymerase II core promoters: insights from genome-wide studies JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2026 DO - 10.1038/nrg2026 ID - Sandelin2007 ER - TY - JOUR AU - Kimura, K. AU - Wakamatsu, A. AU - Suzuki, Y. AU - Ota, T. AU - Nishikawa, T. AU - Yamashita, R. AU - Yamamoto, J. AU - Sekine, M. AU - Tsuritani, K. AU - Wakaguri, H. AU - Ishii, S. AU - Sugiyama, T. AU - Saito, K. AU - Isono, Y. AU - Irie, R. AU - Kushida, N. AU - Yoneyama, T. AU - Otsuka, R. AU - Kanda, K. AU - Yokoi, T. AU - Kondo, H. AU - Wagatsuma, M. AU - Murakawa, K. AU - Ishida, S. AU - Ishibashi, T. AU - Takahashi-Fujii, A. AU - Tanase, T. AU - Nagai, K. AU - Kikuchi, H. AU - Nakai, K. AU - Isogai, T. AU - Sugano, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4039406 DO - 10.1101/gr.4039406 ID - Kimura2006 ER - TY - JOUR AU - Bajic, V. B. AU - Tan, S. L. AU - Christoffels, A. AU - Schonbach, C. AU - Lipovich, L. AU - Yang, L. AU - Hofmann, O. AU - Kruger, A. AU - Hide, W. AU - Kai, C. AU - Kawai, J. AU - Hume, D. A. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mice and men: their promoter properties JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020054 DO - 10.1371/journal.pgen.0020054 ID - Bajic2006 ER - TY - JOUR AU - Cooper, S. J. AU - Trinklein, N. D. AU - Anton, E. D. AU - Nguyen, L. AU - Myers, R. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comprehensive analysis of transcriptional promoter structure and function in 1% of the human genome JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4222606 DO - 10.1101/gr.4222606 ID - Cooper2006 ER - TY - CHAP AU - Davuluri, R. V. AU - Suzuki, Y. AU - Sugano, S. AU - Plass, C. AU - Huang, T. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The functional consequences of alternative promoter use in mammalian genomes BT - Trends Genet ID - Davuluri2008 ER - TY - JOUR AU - Zavolan, M. AU - Kondo, S. AU - Schonbach, C. AU - Adachi, J. AU - Hume, D. A. AU - Hayashizaki, Y. AU - Gaasterland, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Impact of alternative initiation, splicing, and termination on the diversity of the mRNA transcripts encoded by the mouse transcriptome JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1017303 DO - 10.1101/gr.1017303 ID - Zavolan2003 ER - TY - JOUR AU - Bourdon, J. C. AU - Fernandes, K. AU - Murray-Zmijewski, F. AU - Liu, G. AU - Diot, A. AU - Xirodimas, D. P. AU - Saville, M. K. AU - Lane, D. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - p53 isoforms can regulate p53 transcriptional activity JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1339905 DO - 10.1101/gad.1339905 ID - Bourdon2005 ER - TY - JOUR AU - Marcu, K. B. AU - Bossone, S. A. AU - Patel, A. J. PY - 1992 DA - 1992// TI - myc function and regulation JO - Annu Rev Biochem VL - 61 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.bi.61.070192.004113 DO - 10.1146/annurev.bi.61.070192.004113 ID - Marcu1992 ER - TY - JOUR AU - Agarwal, V. R. AU - Bulun, S. E. AU - Leitch, M. AU - Rohrich, R. AU - Simpson, E. R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Use of alternative promoters to express the aromatase cytochrome P450 (CYP19) gene in breast adipose tissues of cancer-free and breast cancer patients JO - J Clin Endocrinol Metab VL - 81 ID - Agarwal1996 ER - TY - JOUR AU - Orban, T. I. AU - Olah, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Emerging roles of BRCA1 alternative splicing JO - Mol Pathol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1136/mp.56.4.191 DO - 10.1136/mp.56.4.191 ID - Orban2003 ER - TY - JOUR AU - Li, C. Y. AU - Zhu, J. AU - Wang, J. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Ectopic expression of p73alpha, but not p73beta, suppresses myogenic differentiation JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M411194200 DO - 10.1074/jbc.M411194200 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Landry, J. R. AU - Rouhi, A. AU - Medstrand, P. AU - Mager, D. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Opitz syndrome gene Mid1 is transcribed from a human endogenous retroviral promoter JO - Mol Biol Evol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004017 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004017 ID - Landry2002 ER - TY - CHAP AU - Podgorski, I. AU - Sloane, B. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cathepsin B and its role(s) in cancer progression BT - Biochem Soc Symp ID - Podgorski2003 ER - TY - JOUR AU - Dehm, S. M. AU - Bonham, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Regulation of alternative SRC promoter usage in HepG2 hepatocellular carcinoma cells JO - Gene VL - 337 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.04.021 DO - 10.1016/j.gene.2004.04.021 ID - Dehm2004 ER - TY - JOUR AU - Pampalakis, G. AU - Kurlender, L. AU - Diamandis, E. P. AU - Sotiropoulou, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cloning and characterization of novel isoforms of the human kallikrein 6 gene JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 320 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.04.205 DO - 10.1016/j.bbrc.2004.04.205 ID - Pampalakis2004 ER - TY - JOUR AU - Archey, W. B. AU - Sweet, M. P. AU - Alig, G. C. AU - Arrick, B. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Methylation of CpGs as a determinant of transcriptional activation at alternative promoters for transforming growth factor-beta3 JO - Cancer Res VL - 59 ID - Archey1999 ER - TY - JOUR AU - Kamat, A. AU - Hinshelwood, M. M. AU - Murry, B. A. AU - Mendelson, C. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mechanisms in tissue-specific regulation of estrogen biosynthesis in humans JO - Trends Endocrinol Metab VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S1043-2760(02)00567-2 DO - 10.1016/S1043-2760(02)00567-2 ID - Kamat2002 ER - TY - CHAP AU - Thierry-Mieg, D. AU - Thierry-Mieg, J. AU - Potdevin, M. AU - Sienkiewicz, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - AceView: Identification and functional annotation of cDNA-supported genes in higher organisms BT - Unpublished ID - Thierry-Mieg2007 ER - TY - JOUR AU - Kim, N. AU - Shin, S. AU - Lee, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - ECgene: genome-based EST clustering and gene modeling for alternative splicing JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3030405 DO - 10.1101/gr.3030405 ID - Kim2005 ER - TY - CHAP AU - Siepel, A. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational identification of evolutionarily conserved exons BT - RECOMB '04 ID - Siepel2004 ER - TY - JOUR AU - Davuluri, R. V. AU - Grosse, I. AU - Zhang, M. Q. PY - 2001 DA - 2001// TI - Computational identification of promoters and first exons in the human genome JO - Nat Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/ng780 DO - 10.1038/ng780 ID - Davuluri2001 ER - TY - JOUR AU - Bajic, V. B. AU - Seah, S. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Dragon gene start finder: an advanced system for finding approximate locations of the start of gene transcriptional units JO - Genome Res VL - 13 ID - Bajic2003 ER - TY - JOUR AU - Sun, H. AU - Palaniswamy, S. K. AU - Pohar, T. T. AU - Jin, V. X. AU - Huang, T. H. AU - Davuluri, R. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj096 DO - 10.1093/nar/gkj096 ID - Sun2006 ER - TY - JOUR AU - Takeda, J. AU - Suzuki, Y. AU - Nakao, M. AU - Kuroda, T. AU - Sugano, S. AU - Gojobori, T. AU - Imanishi, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - H-DBAS: alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl854 DO - 10.1093/nar/gkl854 ID - Takeda2007 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Willingham, A. T. AU - Gingeras, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide transcription and the implications for genomic organization JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2083 DO - 10.1038/nrg2083 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Crawford, G. E. AU - Davis, S. AU - Scacheri, P. C. AU - Renaud, G. AU - Halawi, M. J. AU - Erdos, M. R. AU - Green, R. AU - Meltzer, P. S. AU - Wolfsberg, T. G. AU - Collins, F. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - DNase-chip: a high-resolution method to identify DNase I hypersensitive sites using tiled microarrays JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth888 DO - 10.1038/nmeth888 ID - Crawford2006 ER - TY - JOUR AU - Sabo, P. J. AU - Kuehn, M. S. AU - Thurman, R. AU - Johnson, B. E. AU - Johnson, E. M. AU - Cao, H. AU - Yu, M. AU - Rosenzweig, E. AU - Goldy, J. AU - Haydock, A. AU - Weaver, M. AU - Shafer, A. AU - Lee, K. AU - Neri, F. AU - Humbert, R. AU - Singer, M. A. AU - Richmond, T. A. AU - Dorschner, M. O. AU - McArthur, M. AU - Hawrylycz, M. AU - Green, R. D. AU - Navas, P. A. AU - Noble, W. S. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-scale mapping of DNase I sensitivity in vivo using tiling DNA microarrays JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth890 DO - 10.1038/nmeth890 ID - Sabo2006 ER - TY - JOUR AU - Kodzius, R. AU - Kojima, M. AU - Nishiyori, H. AU - Nakamura, M. AU - Fukuda, S. AU - Tagami, M. AU - Sasaki, D. AU - Imamura, K. AU - Kai, C. AU - Harbers, M. AU - Hayashizaki, Y. AU - Carninci, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - CAGE: cap analysis of gene expression JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0306-211 DO - 10.1038/nmeth0306-211 ID - Kodzius2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. H. AU - Barrera, L. O. AU - Zheng, M. AU - Qu, C. AU - Singer, M. A. AU - Richmond, T. A. AU - Wu, Y. AU - Green, R. D. AU - Ren, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - A high-resolution map of active promoters in the human genome JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03877 DO - 10.1038/nature03877 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Guenther, M. G. AU - Levine, S. S. AU - Boyer, L. A. AU - Jaenisch, R. AU - Young, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A chromatin landmark and transcription initiation at most promoters in human cells JO - Cell VL - 130 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.042 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.042 ID - Guenther2007 ER - TY - JOUR AU - Barski, A. AU - Cuddapah, S. AU - Cui, K. AU - Roh, T. Y. AU - Schones, D. E. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Chepelev, I. AU - Zhao, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution profiling of histone methylations in the human genome JO - Cell VL - 129 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.05.009 DO - 10.1016/j.cell.2007.05.009 ID - Barski2007 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. K. AU - Koche, R. P. AU - Lee, W. AU - Mendenhall, E. AU - O'Donovan, A. AU - Presser, A. AU - Russ, C. AU - Xie, X. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Jaenisch, R. AU - Nusbaum, C. AU - Lander, E. S. AU - Bernstein, B. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Frasor, J. AU - Danes, J. M. AU - Komm, B. AU - Chang, K. C. AU - Lyttle, C. R. AU - Katzenellenbogen, B. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Profiling of estrogen up- and down-regulated gene expression in human breast cancer cells: insights into gene networks and pathways underlying estrogenic control of proliferation and cell phenotype JO - Endocrinology VL - 144 UR - https://doi.org/10.1210/en.2003-0567 DO - 10.1210/en.2003-0567 ID - Frasor2003 ER - TY - JOUR AU - Pearce, S. T. AU - Jordan, V. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - The biological role of estrogen receptors alpha and beta in cancer JO - Crit Rev Oncol Hematol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/j.critrevonc.2003.09.003 DO - 10.1016/j.critrevonc.2003.09.003 ID - Pearce2004 ER - TY - JOUR AU - Hsu, F. AU - Kent, W. J. AU - Clawson, H. AU - Kuhn, R. M. AU - Diekhans, M. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The UCSC Known Genes JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl048 DO - 10.1093/bioinformatics/btl048 ID - Hsu2006 ER - TY - JOUR AU - Kawaji, H. AU - Kasukawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Katayama, S. AU - Kai, C. AU - Kawai, J. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - CAGE Basic/Analysis Databases: the CAGE resource for comprehensive promoter analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj034 DO - 10.1093/nar/gkj034 ID - Kawaji2006 ER - TY - JOUR AU - Khalili, A. AU - Potter, D. AU - Yan, P. AU - Li, L. AU - Gray, J. AU - Huang, T. AU - Lin, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gamma-Normal-Gamma Mixture Model for Detecting Differentially Methylated Loci in Three Breast Cancer Cell Lines JO - Cancer Informatics VL - 2 ID - Khalili2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Ungar, L. H. AU - Tseng, H. AU - Hannenhalli, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MetaProm: a neural network based meta-predictor for alternative human promoter prediction JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-374 DO - 10.1186/1471-2164-8-374 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Tsuritani, K. AU - Irie, T. AU - Yamashita, R. AU - Sakakibara, Y. AU - Wakaguri, H. AU - Kanai, A. AU - Mizushima-Sugano, J. AU - Sugano, S. AU - Nakai, K. AU - Suzuki, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct class of putative "non-conserved" promoters in humans: comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6030107 DO - 10.1101/gr.6030107 ID - Tsuritani2007 ER - TY - JOUR AU - Baek, D. AU - Davis, C. AU - Ewing, B. AU - Gordon, D. AU - Green, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterization and predictive discovery of evolutionarily conserved mammalian alternative promoters JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5872707 DO - 10.1101/gr.5872707 ID - Baek2007 ER - TY - JOUR AU - Carroll, J. S. AU - Meyer, C. A. AU - Song, J. AU - Li, W. AU - Geistlinger, T. R. AU - Eeckhoute, J. AU - Brodsky, A. S. AU - Keeton, E. K. AU - Fertuck, K. C. AU - Hall, G. F. AU - Wang, Q. AU - Bekiranov, S. AU - Sementchenko, V. AU - Fox, E. A. AU - Silver, P. A. AU - Gingeras, T. R. AU - Liu, X. S. AU - Brown, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide analysis of estrogen receptor binding sites JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1901 DO - 10.1038/ng1901 ID - Carroll2006 ER - TY - JOUR AU - Cheng, A. S. AU - Jin, V. X. AU - Fan, M. AU - Smith, L. T. AU - Liyanarachchi, S. AU - Yan, P. S. AU - Leu, Y. W. AU - Chan, M. W. AU - Plass, C. AU - Nephew, K. P. AU - Davuluri, R. V. AU - Huang, T. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Combinatorial analysis of transcription factor partners reveals recruitment of c-MYC to estrogen receptor-alpha responsive promoters JO - Mol Cell VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2005.12.016 DO - 10.1016/j.molcel.2005.12.016 ID - Cheng2006 ER - TY - JOUR AU - Peng, S. AU - Alekseyenko, A. A. AU - Larschan, E. AU - Kuroda, M. I. AU - Park, P. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Normalization and experimental design for ChIP-chip data JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-219 DO - 10.1186/1471-2105-8-219 ID - Peng2007 ER - TY - JOUR AU - Euskirchen, G. M. AU - Rozowsky, J. S. AU - Wei, C. L. AU - Lee, W. H. AU - Zhang, Z. D. AU - Hartman, S. AU - Emanuelsson, O. AU - Stolc, V. AU - Weissman, S. AU - Gerstein, M. B. AU - Ruan, Y. AU - Snyder, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mapping of transcription factor binding regions in mammalian cells by ChIP: comparison of array- and sequencing-based technologies JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5583007 DO - 10.1101/gr.5583007 ID - Euskirchen2007 ER - TY - JOUR AU - Mattia, M. AU - Gottifredi, V. AU - McKinney, K. AU - Prives, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - p53-Dependent p21 mRNA elongation is impaired when DNA replication is stalled JO - Mol Cell Biol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.01520-06 DO - 10.1128/MCB.01520-06 ID - Mattia2007 ER - TY - JOUR AU - Aiyar, S. E. AU - Sun, J. L. AU - Blair, A. L. AU - Moskaluk, C. A. AU - Lu, Y. Z. AU - Ye, Q. N. AU - Yamaguchi, Y. AU - Mukherjee, A. AU - Ren, D. M. AU - Handa, H. AU - Li, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Attenuation of estrogen receptor alpha-mediated transcription through estrogen-stimulated recruitment of a negative elongation factor JO - Genes Dev VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1214104 DO - 10.1101/gad.1214104 ID - Aiyar2004 ER - TY - JOUR AU - Aiyar, S. E. AU - Blair, A. L. AU - Hopkinson, D. A. AU - Bekiranov, S. AU - Li, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Regulation of clustered gene expression by cofactor of BRCA1 (COBRA1) in breast cancer cells JO - Oncogene VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1210047 DO - 10.1038/sj.onc.1210047 ID - Aiyar2007 ER - TY - JOUR AU - Martens, J. A. AU - Laprade, L. AU - Winston, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Intergenic transcription is required to repress the Saccharomyces cerevisiae SER3 gene JO - Nature VL - 429 UR - https://doi.org/10.1038/nature02538 DO - 10.1038/nature02538 ID - Martens2004 ER - TY - JOUR AU - Martianov, I. AU - Ramadass, A. AU - Serra Barros, A. AU - Chow, N. AU - Akoulitchev, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Repression of the human dihydrofolate reductase gene by a non-coding interfering transcript JO - Nature VL - 445 UR - https://doi.org/10.1038/nature05519 DO - 10.1038/nature05519 ID - Martianov2007 ER - TY - JOUR AU - Blume, S. W. AU - Meng, Z. AU - Shrestha, K. AU - Snyder, R. C. AU - Emanuel, P. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - The 5'-untranslated RNA of the human dhfr minor transcript alters transcription pre-initiation complex assembly at the major (core) promoter JO - J Cell Biochem VL - 88 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.10326 DO - 10.1002/jcb.10326 ID - Blume2003 ER - TY - JOUR AU - Saitou, N. AU - Nei, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees JO - Mol Biol Evol VL - 4 ID - Saitou1987 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT--the BLAST-like alignment tool JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Fan, M. AU - Yan, P. S. AU - Hartman-Frey, C. AU - Chen, L. AU - Paik, H. AU - Oyer, S. L. AU - Salisbury, J. D. AU - Cheng, A. S. AU - Li, L. AU - Abbosh, P. H. AU - Huang, T. H. AU - Nephew, K. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Diverse gene expression and DNA methylation profiles correlate with differential adaptation of breast cancer cells to the antiestrogens tamoxifen and fulvestrant JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-1666 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-1666 ID - Fan2006 ER - TY - JOUR AU - Leu, Y. W. AU - Yan, P. S. AU - Fan, M. AU - Jin, V. X. AU - Liu, J. C. AU - Curran, E. M. AU - Welshons, W. V. AU - Wei, S. H. AU - Davuluri, R. V. AU - Plass, C. AU - Nephew, K. P. AU - Huang, T. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Loss of estrogen receptor signaling triggers epigenetic silencing of downstream targets in breast cancer JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-2045 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-2045 ID - Leu2004 ER - TY - JOUR AU - Ren, B. AU - Robert, F. AU - Wyrick, J. J. AU - Aparicio, O. AU - Jennings, E. G. AU - Simon, I. AU - Zeitlinger, J. AU - Schreiber, J. AU - Hannett, N. AU - Kanin, E. AU - Volkert, T. L. AU - Wilson, C. J. AU - Bell, S. P. AU - Young, R. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genome-wide location and function of DNA binding proteins JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5500.2306 DO - 10.1126/science.290.5500.2306 ID - Ren2000 ER -