Skip to main content

Table 5 Comparison of conserved cereal uORFs and their main ORF start context'

From: Conserved upstream open reading frames in higher plants

In five cereals
Identifier uORF1 uORF2 uORF3 uORF4 uORF5 Main ORF
AK106095 131_9_17a CCGATGCb      157_1179 CCCATGG
AK103391 205_75_74 TTGATGA      354_1116 CAAATGG
AK100589 240_9_334 TGGATGT 248_156_179 CTAATGG 296_108_179 TTGATGT    583_1197 CCAATGG
AK073303 67_9_142 TCCATGC 135_9_74 CTCATGA     218_774 AGCATGG
AK072868 249_27_248 GGAATGC 259_195_70 AAGATGT 269_39_216 TGCATGC 338_90_96 TTCATGA 392_36_96 ACTATGG 524_1332 GTGATGG
AK072649 100_192_117 CTCATGA      409_1443 AAGATGG
AK066145 178_12_58 GCTATGG      248_360 GAGATGG
AK064792 276_15_187 CGGATGC      478_330 GGAATGG
AK060523 173_123_185 ACTATGG      481_501 CGGATGG
In rice and arabidopsis
Identifier uORF1 uORF2 uORF3 uORF4 uORF5 Main ORF
AK101100 142_12_21 GCCATGG      175_1578 AAGATGG
AK066952 365_66_182 CCAATGA 368_63_182 ATGATGA 503_51_59 CTGATGA    613_2085 GGGATGC
AK119592 304_90_148 CCGATGA      542_1032 GCGATGG
AK100589 248_156_179 CTAATGG      583_1197 CCAATGG
AK103391 176_30_148 AACATGA 205_75_74 TTGATGA     354_1116 CAAATGG
AK069534 813_9_432 TCGATGA      1254_1602 GAGATGC
AK069526 214_126_544 GATATGG 690_9_185 TTGATGG 820_36_28 CATATGA    884_1455 AAAATGG
AK072868 338_90_96 TTCATGA      524_1332 GTGATGG
AK060523 173_123_185 ACTATGG 206_90_185 CCGATGC     481_501 CGGATGG
AK067412 222_84_49 CTGATGC      355_1059 GGGATGG
AK102277 228_117_150 TCTATGC      495_1017 GAAATGG
  1. a Pre-orf distance_uORF length_intercistronic distance.
  2. b uORF or mainORF sequence context from -3 position to +4.