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Table 2 Conserved neural specific sequence elements within two or more neural precursor cell enhancers

From: Sequence conservation and combinatorial complexity of Drosophila neural precursor cell enhancers

CDTs

CNS Neural Precursor Cell Enhancers

PNS Neural Precursor Cell Enhancers

Gene->

dpn

hb

nf-1

scrt

sna

wor

ac

amos

ato

brd

char

dpn

edl

pfe

rho

sc

scrt

siz

sna

ACTTGAT T

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TTTGAATTA

-

1

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TAATTGAT

-

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TGAT TTCT

-

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAATTA GT

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAGTGCAA

-

-

-

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAATTA GT

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

ACAGCTG T

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TACGTGT

-

-

-

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GATTTAC

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CGGCGTC

-

-

2

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CAGGATA

-

-

-

2

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CACTTCA

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AATGTGT

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AATGCAC

-

-

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AACATAA

-

-

1

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAAATGC

-

2

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TGAT CCA

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GCACGA

2

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GATTCC

-

-

2

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GAGTGC

-

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

 

-

-

-

-

-

ATGGC

-

-

-

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CTAAGC

1

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AATCCC

-

1

-

-

-

3

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CACCCG

-

-

-

-

2

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AGATAT

1

-

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AGCTTA

-

1

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GGGGCA

1

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TTTTAATTA

-

-

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CAAATTA G

1

-

-

-

-

2

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

ACAAACAA

-

1

1

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AGTTATTA

2

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

TTTGAT TT

1

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

AACAGCTG

-

-

3

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

AAATATG

1

-

1

1

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TATTGAA

1

-

-

2

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

 

ATATTTG

-

-

-

2

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAACTAA

-

2

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GTGTAAA

1

1

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TTGAT CC

1

-

-

1

-

1

-

-

-

-

 

-

-

-

-

-

1

-

-

GGAAAAA

-

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

CACCCCA

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

CCACCCC

-

1

1

1

-

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

ACCCCA

-

-

1

1

1

2

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

1

ATTA GTT

-

-

-

1

-

2

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AGCTGAC

1

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

ACAATGA

-

-

1

1

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TCCCAC

1

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TTCCCAC

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

GTTCCCA

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

TCCCAC

2

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

CCATTA T

-

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

TGAT CC

2

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

CACGAT

2

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

ACCTTG

1

-

-

2

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

CTAAAC

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

GTGAT C

-

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

CACTCA

1

-

-

1

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

ACCTGA

1

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

AGCACGTG CC

-

-

-

-

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CAGCAGCTG

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

AATTA GC

-

1

-

-

-

1

2

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CGTGCCA

1

-

-

2

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TCACACA

1

-

1

-

1

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

AAAGTT

1

-

-

1

1

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

1

-

-

TCAATAA

1

-

-

1

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

1

-

GCACTTG

-

-

-

3

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

CACTTG C

-

-

-

-

-

2

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

GGCTAA

-

1

-

2

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CGTGCC

1

-

1

2

-

2

-

1

3

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

CACGTC

-

-

-

11

-

1

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

1

1

-

CAGCTT

-

-

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

CAGGTT

1

-

-

1

-

1

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

1

CGGTTT

-

-

-

-

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

GCTTCC

1

-

-

1

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

GTTTGA

-

-

-

2

-

2

1

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TCACCT

-

-

-

1

1

-

1

-

-

-

-

1

-

-

-

-

1

-

-

AAAAACT

-

-

-

-

-

1

1

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

AACACGC

-

-

-

-

-

1

1

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CAAACAA

-

1

-

-

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

GTCAATA

1

-

-

-

-

2

-

1

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

TGCAGCTG

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

1

-

2

1

1

-

-

-

-

CGGCAGCTG

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

AATTCATA

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

ATTA GCAT

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

AAATTA GC

-

1

-

1

-

1

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TTATTA CA

-

-

-

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

TAAT TGCC

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

2

-

-

-

-

GCAGCTG T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

1

-

-

TACCTG G

-

-

-

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

CACGTG CT

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CAAACG

-

-

-

-

-

1

1

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

CCTACT

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

CCTGTC

-

-

-

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

1

TGAGAA

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

3

-

-

-

-

-

-

-

CGCGAG

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

2

-

CGCGTGGCA

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

GCTTTCAATTA

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

CAGCTG CAATT

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

GCACGTG TGC

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

1

CACCAAATG G

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

CACGTG CAA

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

-

-

-

-

-

GCAGGTG TA

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

TGGTGGTGG

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

1

TTGAAAAA

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

ATTGCAGC

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

ATTGAAAA

-

-

-

-

-

-

-

-

2

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

GACAACA

-

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

1

-

-

-

-

GAATTGA

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

CTTTCAA

-

-

-

-

-

-

1

2

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

GTGAGAA

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

2

-

-

-

-

-

-

-

ACGTGTG

-

-

-

-

-

-

1

-

1

1

-

-

-

-

-

-

-

1

1

AACCACC

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

-

-

1

ACCCCTA

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

-

1

-

-

-

ACGGAAG

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

AGATTA T

-

-

-

-

-

-

-

1

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

AGCGTCA

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

-

-

-

-

1

-

-

CATCTG T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

1

1

-

CAGCAC

-

-

-

-

-

-

-

-

3

-

-

-

-

-

-

-

3

-

-

GTAGGA

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

2

1

-

-

-

-

-

-

-

CCGTGC

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

-

CGCCTC

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

1

-

1

-

-

GAAAGC

-

-

-

-

-

-

1

-

1

-

1

-

-

-

-

1

-

1

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GAGTCA

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1

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1

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1

TAGCCA

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1

2

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1

1

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TCTATT

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1

1

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1

ATCTAA

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1

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2

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  1. Consensus binding sites for bHLH transcription factors (CANNTG), Antp class homeodomain proteins (ATTA and TAAT), Pbx/Extradenticle (TGAT and ATCA), Tramtrack (AGGA) and Su(H) (TTCCCAC) are bold.
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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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