Microarray-based estimation of SNP allele-frequency in pooled DNA using the Langmuir kinetic model

BMC Genomics

Table 3 Allele frequency estimates from pooled DNA samples with the minor allele frequency ranging from 2% to 10% for the "C" allele of SNP HBB28

Measurement No.	Pool 1	Pool 2	Pool 3	Pool 4	Pool 5	Pool 6	Pool 7	Pool 8	Pool 9
1	0.014	0.035	0.047	0.048	0.058	0.078	0.091	0.079	0.110
2	0.015	0.028	0.038	0.049	0.059	0.051	0.085	0.091	0.095
3	0.030	0.033	0.043	0.054	0.059	0.072	0.088	0.087	0.099
4	0.018	0.040	0.042	0.049	0.067	0.070	0.077	0.092	0.118
5	0.031	0.032	0.043	0.048	0.063	0.065	0.083	0.082	0.095
6	0.022	0.035	0.037	0.052	0.054	0.053	0.077	0.096	0.097
7	0.024	0.034	0.039	0.052	0.072	0.073	0.087	0.085	0.096
8	0.032	0.037	0.041	0.059	0.067	0.067	0.089	0.091	0.125
9	0.032	0.029	0.046	0.048	0.070	0.078	0.078	0.079	0.119
10	0.019	0.028	0.036	0.057	0.059	0.081	0.061	0.087	0.120
11	0.018	0.038	0.044	0.034	0.056	0.074	0.084	0.087	0.114
12	0.031	0.030	0.041	0.059	0.059	0.069	0.084	0.084	0.098
13	0.022	0.029	0.048	0.067	0.054	0.067	0.079	0.088	0.097
14	0.024	0.031	0.032	0.063	0.065	0.067	0.087	0.087	0.095
15	0.032	0.022	0.042	0.054	0.067	0.065	0.080	0.089	0.114
16	0.023	0.024	0.039	0.054	0.062	0.057	0.077	0.093	0.111
17	0.024	0.032	0.048	0.067	0.062	0.069	0.080	0.094	0.094
18	0.030	0.032	0.040	0.052	0.058	0.067	0.082	0.093	0.097
19	0.024	0.037	0.032	0.054	0.058	0.067	0.077	0.091	0.096
20	0.029	0.039	0.035	0.049	0.072	0.074	0.082	0.091	0.100
Actual	0.020	0.030	0.040	0.050	0.060	0.070	0.080	0.090	0.100
Observed	0.025	0.032	0.041	0.053	0.062	0.068	0.081	0.088	0.105
SD	0.006	0.005	0.005	0.007	0.006	0.008	0.006	0.005	0.010
SEM	0.0060	0.0050	0.0049	0.0077	0.0059	0.0083	0.0064	0.0044	0.0103

ISSN: 1471-2164