Skip to main content

Table 2 Summary of genetic-based classification: observed and expected heterozygosity (H o , H e ), percentage of markers with a major frequency allele lower that 0.95 (P95) and number of individuals (N) for the species, groups and subgroups of the genetic-based classification (subgroups with less than 5 accessions are not listed)

From: Genomic variation in tomato, from wild ancestors to contemporary breeding accessions

Species

Group

Subgroup

H 0

H e

P95

N

SP

  

0.042

0.205

0.557

112

 

SP Ecuador

 

0.019

0.085

0.269

17

  

SP Ecuador 1

0.009

0.059

0.169

10

  

SP Ecuador 2

0.037

0.084

0.207

5

 

SP Montane

 

0.027

0.132

0.353

12

  

SP Montane 1

0.007

0.060

0.133

5

  

SP Montane 2

0.041

0.139

0.364

7

 

SP Peru

 

0.050

0.151

0.444

83

  

SP Peru 1

0.095

0.166

0.437

13

  

SP Peru 2

0.059

0.138

0.405

18

  

SP Peru 3

0.086

0.116

0.359

9

  

SP Peru 4

0.035

0.089

0.251

14

  

SP Peru 7

0.046

0.093

0.243

6

  

SP Peru 8

0.018

0.072

0.192

6

  

SP Peru 9

0.011

0.040

0.098

7

SLC

  

0.023

0.170

0.551

221

 

SLC Ecuador

 

0.038

0.188

0.522

45

  

SLC Ecuador 1

0.024

0.125

0.357

12

  

SLC Ecuador 2

0.035

0.174

0.492

17

  

SLC Ecuador 3

0.004

0.095

0.241

6

  

SLC Vintage

0.087

0.168

0.486

10

 

SLC Peru

 

0.023

0.177

0.541

43

  

SLC Peru 1

0.017

0.122

0.324

8

  

SLC Peru 2

0.019

0.142

0.492

20

  

SLC Peru 3

0.031

0.199

0.620

15

 

SLC SP Peru

SLC SP Peru

0.031

0.116

0.323

7

 

SLC non_Andean

 

0.012

0.110

0.317

119

  

SLC Colombia

0.028

0.101

0.293

7

  

SLC Costa Rica

0.024

0.090

0.257

8

  

SLC Mesoamerica

0.009

0.079

0.262

37

  

SLC Asia

0.007

0.071

0.197

14

  

SLC other

0.010

0.095

0.237

49

 

SLC 1

SLC 1

0.087

0.164

0.512

7

SLL

  

0.012

0.124

0.346

492

 

SLL vintage

 

0.010

0.094

0.257

172

  

SLL Mesoamerica

0.021

0.102

0.279

33

  

SLL vintage 1

0.007

0.082

0.223

120

  

SLL early breed

0.006

0.064

0.229

14

  

SLL vintage 2

0.008

0.097

0.231

5

 

Contemporary SLL

 

0.012

0.115

0.310

306

 

SLL fresh

 

0.010

0.091

0.272

128

  

SLL vintage/fresh

0.013

0.087

0.253

54

  

SLL fresh 1

0.006

0.069

0.208

69

  

SLL fresh 2

0.043

0.063

0.148

5

 

SLL processing 1

 

0.013

0.096

0.265

165

  

SLL processing 1 1

0.011

0.094

0.264

37

  

SLL processing 1 2

0.012

0.084

0.003

124

 

SLL processing 2

SLL processing 2

0.012

0.056

0.132

13