Skip to main content

Table 2 Summary of genetic-based classification: observed and expected heterozygosity (H o , H e ), percentage of markers with a major frequency allele lower that 0.95 (P95) and number of individuals (N) for the species, groups and subgroups of the genetic-based classification (subgroups with less than 5 accessions are not listed)

From: Genomic variation in tomato, from wild ancestors to contemporary breeding accessions

Species Group Subgroup H 0 H e P95 N
SP    0.042 0.205 0.557 112
  SP Ecuador   0.019 0.085 0.269 17
   SP Ecuador 1 0.009 0.059 0.169 10
   SP Ecuador 2 0.037 0.084 0.207 5
  SP Montane   0.027 0.132 0.353 12
   SP Montane 1 0.007 0.060 0.133 5
   SP Montane 2 0.041 0.139 0.364 7
  SP Peru   0.050 0.151 0.444 83
   SP Peru 1 0.095 0.166 0.437 13
   SP Peru 2 0.059 0.138 0.405 18
   SP Peru 3 0.086 0.116 0.359 9
   SP Peru 4 0.035 0.089 0.251 14
   SP Peru 7 0.046 0.093 0.243 6
   SP Peru 8 0.018 0.072 0.192 6
   SP Peru 9 0.011 0.040 0.098 7
SLC    0.023 0.170 0.551 221
  SLC Ecuador   0.038 0.188 0.522 45
   SLC Ecuador 1 0.024 0.125 0.357 12
   SLC Ecuador 2 0.035 0.174 0.492 17
   SLC Ecuador 3 0.004 0.095 0.241 6
   SLC Vintage 0.087 0.168 0.486 10
  SLC Peru   0.023 0.177 0.541 43
   SLC Peru 1 0.017 0.122 0.324 8
   SLC Peru 2 0.019 0.142 0.492 20
   SLC Peru 3 0.031 0.199 0.620 15
  SLC SP Peru SLC SP Peru 0.031 0.116 0.323 7
  SLC non_Andean   0.012 0.110 0.317 119
   SLC Colombia 0.028 0.101 0.293 7
   SLC Costa Rica 0.024 0.090 0.257 8
   SLC Mesoamerica 0.009 0.079 0.262 37
   SLC Asia 0.007 0.071 0.197 14
   SLC other 0.010 0.095 0.237 49
  SLC 1 SLC 1 0.087 0.164 0.512 7
SLL    0.012 0.124 0.346 492
  SLL vintage   0.010 0.094 0.257 172
   SLL Mesoamerica 0.021 0.102 0.279 33
   SLL vintage 1 0.007 0.082 0.223 120
   SLL early breed 0.006 0.064 0.229 14
   SLL vintage 2 0.008 0.097 0.231 5
  Contemporary SLL   0.012 0.115 0.310 306
  SLL fresh   0.010 0.091 0.272 128
   SLL vintage/fresh 0.013 0.087 0.253 54
   SLL fresh 1 0.006 0.069 0.208 69
   SLL fresh 2 0.043 0.063 0.148 5
  SLL processing 1   0.013 0.096 0.265 165
   SLL processing 1 1 0.011 0.094 0.264 37
   SLL processing 1 2 0.012 0.084 0.003 124
  SLL processing 2 SLL processing 2 0.012 0.056 0.132 13