Skip to main content

Table 2 Reads statistics on the test data from [18] – read counts are given in multiples of 106 (1 M = 1 million reads). Duplicate removal was not performed because this was a single-read analysis. Two samples (yw_1 and atf376_1) were treated with ribo-zero, whereas for the remaining samples, there is a significant degree of contamination with ribosomal RNA. For all samples, about the half of the reads map to the original strand because all data origin from unstranded libraries

From: QuickNGS elevates Next-Generation Sequencing data analysis to a new level of automation

Label # Reads # Aligned MapQ ≥ 30 Stranded miRNA rRNA Other ncRNA
yw_1 25.9 M 17.4 M 16.2 M 50.2 % 0.0 M 0.3 M 0.1 M
yw_2 37.4 M 34.2 M 32.5 M 50.5 % 0.0 M 5.3 M 0.2 M
atf376_1 26.9 M 20.8 M 19.3 M 50.3 % 0.0 M 0.1 M 0.1 M
atf376_2 36.3 M 32.5 M 31.3 M 50.9 % 0.0 M 3.4 M 0.2 M
foxo_1 37.6 M 34.1 M 32.6 M 50.0 % 0.0 M 2.9 M 0.3 M
foxo_2 39.3 M 33.0 M 31.7 M 50.2 % 0.0 M 3.0 M 0.3 M
rel_1 37.8 M 34.6 M 32.9 M 50.0 % 0.0 M 2.9 M 0.3 M
rel_2 38.1 M 34.6 M 33.0 M 50.1 % 0.0 M 3.0 M 0.3 M
atf3a_1 38.4 M 34.7 M 33.2 M 50.3 % 0.0 M 3.8 M 0.3 M
atf3a_2 38.5 M 35.2 M 33.7 M 50.3 % 0.0 M 3.9 M 0.3 M