Skip to main content

Table 2 Reads statistics on the test data from [18] – read counts are given in multiples of 106 (1 M = 1 million reads). Duplicate removal was not performed because this was a single-read analysis. Two samples (yw_1 and atf376_1) were treated with ribo-zero, whereas for the remaining samples, there is a significant degree of contamination with ribosomal RNA. For all samples, about the half of the reads map to the original strand because all data origin from unstranded libraries

From: QuickNGS elevates Next-Generation Sequencing data analysis to a new level of automation

Label

# Reads

# Aligned

MapQ ≥ 30

Stranded

miRNA

rRNA

Other ncRNA

yw_1

25.9 M

17.4 M

16.2 M

50.2 %

0.0 M

0.3 M

0.1 M

yw_2

37.4 M

34.2 M

32.5 M

50.5 %

0.0 M

5.3 M

0.2 M

atf376_1

26.9 M

20.8 M

19.3 M

50.3 %

0.0 M

0.1 M

0.1 M

atf376_2

36.3 M

32.5 M

31.3 M

50.9 %

0.0 M

3.4 M

0.2 M

foxo_1

37.6 M

34.1 M

32.6 M

50.0 %

0.0 M

2.9 M

0.3 M

foxo_2

39.3 M

33.0 M

31.7 M

50.2 %

0.0 M

3.0 M

0.3 M

rel_1

37.8 M

34.6 M

32.9 M

50.0 %

0.0 M

2.9 M

0.3 M

rel_2

38.1 M

34.6 M

33.0 M

50.1 %

0.0 M

3.0 M

0.3 M

atf3a_1

38.4 M

34.7 M

33.2 M

50.3 %

0.0 M

3.8 M

0.3 M

atf3a_2

38.5 M

35.2 M

33.7 M

50.3 %

0.0 M

3.9 M

0.3 M