TY - JOUR AU - Bourdichon, F. AU - Casaregola, S. AU - Farrokh, C. AU - Frisvad, J. C. AU - Gerds, M. L. AU - Hammes, W. P. AU - Harnett, J. AU - Huys, G. AU - Laulund, S. AU - Ouwehand, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Food fermentations: microorganisms with technological beneficial use JO - Int J Food Microbiol VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2011.12.030 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2011.12.030 ID - Bourdichon2012 ER - TY - BOOK AU - Hutkins, R. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microbiology and technology of fermented foods PB - Blackwell Publishing CY - Oxford UR - https://doi.org/10.1002/9780470277515 DO - 10.1002/9780470277515 ID - Hutkins2006 ER - TY - JOUR AU - Giraffa, G. AU - Chanishvili, N. AU - Widyastuti, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Importance of lactobacilli in food and feed biotechnology JO - Res Microbiol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.resmic.2010.03.001 DO - 10.1016/j.resmic.2010.03.001 ID - Giraffa2010 ER - TY - BOOK AU - Holzapfel, W. H. AU - Wood, B. J. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Lactic acid bacteria: biodiversity and taxonomy PB - Wiley CY - Hoboken UR - https://doi.org/10.1002/9781118655252 DO - 10.1002/9781118655252 ID - Holzapfel2014 ER - TY - JOUR AU - Leroy, F. AU - Vuyst, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Lactic acid bacteria as functional starter cultures for the food fermentation industry JO - Trends Food Sci Tech VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.tifs.2003.09.004 DO - 10.1016/j.tifs.2003.09.004 ID - Leroy2004 ER - TY - CHAP AU - Vuyst, L. AU - Lefeber, T. AU - Papalexandratou, Z. AU - Camu, N. ED - Mozzi, F. ED - Raya, R. R. ED - Vignolo, G. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The functional role of lactic acid bacteria in cocoa bean fermentation BT - Biotechnology of lactic acid bacteria: novel applications PB - Wiley-Blackwell CY - Ames UR - https://doi.org/10.1002/9780813820866.ch17 DO - 10.1002/9780813820866.ch17 ID - Vuyst2010 ER - TY - JOUR AU - Camu, N. AU - Winter, T. AU - Verbrugghe, K. AU - Cleenwerck, I. AU - Vandamme, P. AU - Takrama, J. S. AU - Vancanneyt, M. AU - Vuyst, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dynamics and biodiversity of populations of lactic acid bacteria and acetic acid bacteria involved in spontaneous heap fermentation of cocoa beans in Ghana JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02189-06 DO - 10.1128/AEM.02189-06 ID - Camu2007 ER - TY - JOUR AU - Camu, N. AU - González, Á. AU - Winter, T. AU - Schoor, A. AU - Bruyne, K. AU - Vandamme, P. AU - Takrama, J. S. AU - Addo, S. K. AU - Vuyst, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Influence of turning and environmental contamination on the dynamics of populations of lactic acid and acetic acid bacteria involved in spontaneous cocoa bean heap fermentation in Ghana JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01512-07 DO - 10.1128/AEM.01512-07 ID - Camu2008 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Armisen, T. AU - Papalexandratou, Z. AU - Hendryckx, H. AU - Camu, N. AU - Vrancken, G. AU - Vuyst, L. AU - Cornelis, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Diversity of the total bacterial community associated with Ghanaian and Brazilian cocoa bean fermentation samples as revealed by a 16S rRNA gene clone library JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-010-2698-9 DO - 10.1007/s00253-010-2698-9 ID - Garcia-Armisen2010 ER - TY - JOUR AU - Papalexandratou, Z. AU - Camu, N. AU - Falony, G. AU - Vuyst, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparison of the bacterial species diversity of spontaneous cocoa bean fermentations carried out at selected farms in Ivory Coast and Brazil JO - Food Microbiol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.fm.2011.01.010 DO - 10.1016/j.fm.2011.01.010 ID - Papalexandratou2011 ER - TY - JOUR AU - Papalexandratou, Z. AU - Falony, G. AU - Romanens, E. AU - Jimenez, J. C. AU - Amores, F. AU - Daniel, H. -. M. AU - Vuyst, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Species diversity, community dynamics, and metabolite kinetics of the microbiota associated with traditional Ecuadorian spontaneous cocoa bean fermentations JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.05523-11 DO - 10.1128/AEM.05523-11 ID - Papalexandratou2011 ER - TY - JOUR AU - Papalexandratou, Z. AU - Vrancken, G. AU - Bruyne, K. AU - Vandamme, P. AU - Vuyst, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Spontaneous organic cocoa bean box fermentations in Brazil are characterized by a restricted species diversity of lactic acid bacteria and acetic acid bacteria JO - Food Microbiol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.fm.2011.06.003 DO - 10.1016/j.fm.2011.06.003 ID - Papalexandratou2011 ER - TY - JOUR AU - Crafack, M. AU - Mikkelsen, M. B. AU - Saerens, S. AU - Knudsen, M. AU - Blennow, A. AU - Lowor, S. AU - Takrama, J. AU - Swiegers, J. H. AU - Petersen, G. B. AU - Heimdal, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Influencing cocoa flavour using Pichia kluyveri and Kluyveromyces marxianus in a defined mixed starter culture for cocoa fermentation JO - Int J Food Microbiol VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2013.06.024 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2013.06.024 ID - Crafack2013 ER - TY - JOUR AU - Melo Pereira, G. V. AU - Miguel, M. G. AU - Ramos, C. L. AU - Schwan, R. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Microbiological and physicochemical characterization of small-scale cocoa fermentations and screening of yeast and bacterial strains to develop a defined starter culture JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01144-12 DO - 10.1128/AEM.01144-12 ID - Melo Pereira2012 ER - TY - JOUR AU - Melo Pereira, G. V. AU - Magalhães, K. T. AU - Almeida, E. G. AU - Silva, C. I. AU - Schwan, R. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Spontaneous cocoa bean fermentation carried out in a novel-design stainless steel tank: influence on the dynamics of microbial populations and physical-chemical properties JO - Int J Food Microbiol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2012.11.018 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2012.11.018 ID - Melo Pereira2013 ER - TY - JOUR AU - Hamdouche, Y. AU - Guehi, T. AU - Durand, N. AU - Kedjebo, K. B. D. AU - Montet, D. AU - Meile, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dynamics of microbial ecology during cocoa fermentation and drying: towards the identification of molecular markers JO - Food Control VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2014.05.031 DO - 10.1016/j.foodcont.2014.05.031 ID - Hamdouche2015 ER - TY - JOUR AU - Ho, V. T. T. AU - Zhao, J. AU - Fleet, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Yeasts are essential for cocoa bean fermentation JO - Int J Food Microbiol VL - 174 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2013.12.014 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2013.12.014 ID - Ho2013 ER - TY - JOUR AU - Kostinek, M. AU - Ban-Koffi, L. AU - Ottah-Atikpo, M. AU - Teniola, D. AU - Schillinger, U. AU - Holzapfel, W. AU - Franz, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diversity of predominant lactic acid bacteria associated with cocoa fermentation in Nigeria JO - Curr Microbiol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s00284-008-9097-9 DO - 10.1007/s00284-008-9097-9 ID - Kostinek2008 ER - TY - JOUR AU - Lefeber, T. AU - Gobert, W. AU - Vrancken, G. AU - Camu, N. AU - Vuyst, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dynamics and species diversity of communities of lactic acid bacteria and acetic acid bacteria during spontaneous cocoa bean fermentation in vessels JO - Food Microbiol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.fm.2010.10.010 DO - 10.1016/j.fm.2010.10.010 ID - Lefeber2011 ER - TY - JOUR AU - Meersman, E. AU - Steensels, J. AU - Mathawan, M. AU - Wittocx, P. -. J. AU - Saels, V. AU - Struyf, N. AU - Bernaert, H. AU - Vrancken, G. AU - Verstrepen, K. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Detailed analysis of the microbial population in Malaysian spontaneous cocoa pulp fermentations reveals a core and variable microbiota JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0081559 DO - 10.1371/journal.pone.0081559 ID - Meersman2013 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, D. S. AU - Teniola, O. D. AU - Ban-Koffi, L. AU - Owusu, M. AU - Andersson, T. S. AU - Holzapfel, W. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - The microbiology of Ghanaian cocoa fermentations analysed using culture-dependent and culture-independent methods JO - Int J Food Microbiol VL - 114 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2006.09.010 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2006.09.010 ID - Nielsen2007 ER - TY - JOUR AU - Papalexandratou, Z. AU - Lefeber, T. AU - Bahrim, B. AU - Lee, O. S. AU - Daniel, H. -. M. AU - Vuyst, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Hanseniaspora opuntiae, Saccharomyces cerevisiae, Lactobacillus fermentum, and Acetobacter pasteurianus predominate during well-performed Malaysian cocoa bean box fermentations, underlining the importance of these microbial species for a successful cocoa bean fermentation process JO - Food Microbiol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.fm.2013.02.015 DO - 10.1016/j.fm.2013.02.015 ID - Papalexandratou2013 ER - TY - JOUR AU - Ardhana, M. M. AU - Fleet, G. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - The microbial ecology of cocoa bean fermentations in Indonesia JO - Int J Food Microbiol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1605(03)00081-3 DO - 10.1016/S0168-1605(03)00081-3 ID - Ardhana2003 ER - TY - JOUR AU - Adler, P. AU - Bolten, C. J. AU - Dohnt, K. AU - Hansen, C. E. AU - Wittmann, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Core fluxome and metafluxome of lactic acid bacteria under simulated cocoa pulp fermentation conditions JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01483-13 DO - 10.1128/AEM.01483-13 ID - Adler2013 ER - TY - JOUR AU - Lefeber, T. AU - Janssens, M. AU - Camu, N. AU - Vuyst, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Kinetic analysis of strains of lactic acid bacteria and acetic acid bacteria in cocoa pulp simulation media toward development of a starter culture for cocoa bean fermentation JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01206-10 DO - 10.1128/AEM.01206-10 ID - Lefeber2010 ER - TY - JOUR AU - Lefeber, T. AU - Janssens, M. AU - Moens, F. AU - Gobert, W. AU - Vuyst, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Interesting starter culture strains for controlled cocoa bean fermentation revealed by simulated cocoa pulp fermentations of cocoa-specific lactic acid bacteria JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00594-11 DO - 10.1128/AEM.00594-11 ID - Lefeber2011 ER - TY - JOUR AU - Illeghems, K. AU - Vuyst, L. AU - Weckx, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Complete genome sequence and comparative analysis of Acetobacter pasteurianus 386B, a strain well-adapted to the cocoa bean fermentation ecosystem JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-526 DO - 10.1186/1471-2164-14-526 ID - Illeghems2013 ER - TY - JOUR AU - Karlyshev, A. V. AU - Raju, K. AU - Abramov, V. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus fermentum strain 3872 JO - Genome Announc VL - 1 ID - Karlyshev2013 ER - TY - JOUR AU - Grover, S. AU - Sharma, V. K. AU - Mallapa, R. H. AU - Batish, V. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus fermentum Lf1, an Indian isolate of human gut origin JO - Genome Announc VL - 1 ID - Grover2013 ER - TY - JOUR AU - Jayashree, S. AU - Pooja, S. AU - Pushpanathan, M. AU - Vishnu, U. AU - Sankarasubramanian, J. AU - Rajendhran, J. AU - Gunasekaran, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequence of Lactobacillus fermentum strain MTCC 8711, a probiotic bacterium isolated from yogurt JO - Genome Announc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00770-13 DO - 10.1128/genomeA.00770-13 ID - Jayashree2013 ER - TY - JOUR AU - Jiménez, E. AU - Langa, S. AU - Martín, V. AU - Arroyo, R. AU - Martín, R. AU - Fernández, L. AU - Rodríguez, J. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Complete genome sequence of Lactobacillus fermentum CECT 5716, a probiotic strain isolated from human milk JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00702-10 DO - 10.1128/JB.00702-10 ID - Jiménez2010 ER - TY - JOUR AU - Morita, H. AU - Toh, H. AU - Fukuda, S. AU - Horikawa, H. AU - Oshima, K. AU - Suzuki, T. AU - Murakami, M. AU - Hisamatsu, S. AU - Kato, Y. AU - Takizawa, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative genome analysis of Lactobacillus reuteri and Lactobacillus fermentum reveal a genomic island for reuterin and cobalamin production JO - DNA Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsn009 DO - 10.1093/dnares/dsn009 ID - Morita2008 ER - TY - JOUR AU - Kleerebezem, M. AU - Boekhorst, J. AU - Kranenburg, R. AU - Molenaar, D. AU - Kuipers, O. P. AU - Leer, R. AU - Tarchini, R. AU - Peters, S. A. AU - Sandbrink, H. M. AU - Fiers, M. W. E. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum WCFS1 JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0337704100 DO - 10.1073/pnas.0337704100 ID - Kleerebezem2003 ER - TY - JOUR AU - Ladero, V. AU - Alvarez-Sieiro, P. AU - Redruello, B. AU - Rio, B. AU - Linares, D. M. AU - Martin, M. C. AU - Fernández, M. AU - Alvarez, M. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum strain IPLA 88 JO - Genome Announc VL - 1 ID - Ladero2013 ER - TY - JOUR AU - Grover, S. AU - Sharma, V. K. AU - Mallapa, R. H. AU - Batish, V. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum strain Lp91, a promising Indian probiotic isolate of human gut origin JO - Genome Announc VL - 1 ID - Grover2013 ER - TY - JOUR AU - Karlyshev, A. V. AU - Abramov, V. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum 2165 JO - Genome Announc VL - 2 ID - Karlyshev2014 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Gu, Q. AU - Lou, X. AU - Zhang, X. AU - Song, D. AU - Shen, L. AU - Zhao, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of the probiotic Lactobacillus plantarum strain ZJ316 JO - Genome Announc VL - 1 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Qureshi, A. AU - Itankar, Y. AU - Ojha, R. AU - Mandal, M. AU - Khardenavis, A. AU - Kapley, A. AU - Purohit, H. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome sequence of Lactobacillus plantarum EGD-AQ4, isolated from fermented product of northeast India JO - Genome Announc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.01122-13 DO - 10.1128/genomeA.01122-13 ID - Qureshi2014 ER - TY - JOUR AU - Axelsson, L. AU - Rud, I. AU - Naterstad, K. AU - Blom, H. AU - Renckens, B. AU - Boekhorst, J. AU - Kleerebezem, M. AU - Hijum, S. AU - Siezen, R. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of the naturally plasmid-free Lactobacillus plantarum strain NC8 (CCUG 61730) JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00141-12 DO - 10.1128/JB.00141-12 ID - Axelsson2012 ER - TY - JOUR AU - Crowley, S. AU - Bottacini, F. AU - Mahony, J. AU - Sinderen, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum strain 16, a broad-spectrum antifungal-producing lactic acid bacterium JO - Genome Announc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00533-13 DO - 10.1128/genomeA.00533-13 ID - Crowley2013 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. -. Y. AU - Liu, C. AU - Zhu, Y. -. Z. AU - Zhong, Y. AU - Zhu, Y. -. Q. AU - Zheng, H. -. J. AU - Zhao, G. -. P. AU - Wang, S. -. Y. AU - Guo, X. -. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum JDM1 JO - J Bacteriol VL - 191 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00587-09 DO - 10.1128/JB.00587-09 ID - Zhang2009 ER - TY - JOUR AU - D’Auria, G. AU - Džunková, M. AU - Moya, A. AU - Tomáška, M. AU - Kološta, M. AU - Kmet, V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome sequence of Lactobacillus plantarum 19L3, a strain proposed as a starter culture for Slovenská bryndza ovine cheese JO - Genome Announc VL - 2 ID - D’Auria2014 ER - TY - JOUR AU - Jang, J. Y. AU - Lim, H. I. AU - Park, H. W. AU - Choi, H. -. J. AU - Kim, T. -. W. AU - Kang, M. AU - Lee, J. -. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum wikim18, isolated from Korean kimchi JO - Genome Announc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00467-14 DO - 10.1128/genomeA.00467-14 ID - Jang2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, E. -. K. AU - Park, Y. M. AU - Lee, O. Y. AU - Lee, W. -. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum strain WJL, a Drosophila gut symbiont JO - Genome Announc VL - 1 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Li, X. -. R. AU - Gong, F. -. M. AU - Zheng, H. -. J. AU - Zhang, Z. -. H. AU - Luo, Y. -. Y. AU - Liu, C. -. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of Lactobacillus plantarum strain AY01, isolated from the raw material of fermented goat milk cheese JO - Genome Announc VL - 1 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Naz, S. AU - Tareb, R. AU - Bernardeau, M. AU - Vaisse, M. AU - Lucchetti-Miganeh, C. AU - Rechenmann, M. AU - Vernoux, J. -. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequence of Lactobacillus plantarum strain UCMA 3037 JO - Genome Announc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00251-13 DO - 10.1128/genomeA.00251-13 ID - Naz2013 ER - TY - JOUR AU - Laursen, M. F. AU - Bahl, M. I. AU - Licht, T. R. AU - Gram, L. AU - Knudsen, G. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - A single exposure to a sublethal pediocin concentration initiates a resistance-associated temporal cell envelope and general stress response in Listeria monocytogenes JO - Environ Microbiol ID - Laursen2014 ER - TY - JOUR AU - Christensen, J. E. AU - Dudley, E. G. AU - Pederson, J. A. AU - Steele, J. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Peptidases and amino acid catabolism in lactic acid bacteria JO - Antonie Van Leeuwenhoek VL - 76 UR - https://doi.org/10.1023/A:1002001919720 DO - 10.1023/A:1002001919720 ID - Christensen1999 ER - TY - JOUR AU - Fernández, M. AU - Zúñiga, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Amino acid catabolic pathways of lactic acid bacteria JO - Crit Rev Microbiol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1080/10408410600880643 DO - 10.1080/10408410600880643 ID - Fernández2006 ER - TY - JOUR AU - Liu, M. AU - Nauta, A. AU - Francke, C. AU - Siezen, R. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative genomics of enzymes in flavor-forming pathways from amino acids in lactic acid bacteria JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00150-08 DO - 10.1128/AEM.00150-08 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Pfeiler, E. A. AU - Klaenhammer, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The genomics of lactic acid bacteria JO - Trends Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2007.09.010 DO - 10.1016/j.tim.2007.09.010 ID - Pfeiler2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Chen, C. AU - Ai, L. AU - Zhou, F. AU - Zhou, Z. AU - Wang, L. AU - Zhang, H. AU - Chen, W. AU - Guo, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of the probiotic Lactobacillus plantarum ST-III JO - J Bacteriol VL - 193 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01159-10 DO - 10.1128/JB.01159-10 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Diep, D. B. AU - Straume, D. AU - Kjos, M. AU - Torres, C. AU - Nes, I. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - An overview of the mosaic bacteriocin pln loci from Lactobacillus plantarum JO - Peptides VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.peptides.2009.05.014 DO - 10.1016/j.peptides.2009.05.014 ID - Diep2009 ER - TY - JOUR AU - Navarro, L. AU - Rojo-Bezares, B. AU - Sáenz, Y. AU - Díez, L. AU - Zarazaga, M. AU - Ruiz-Larrea, F. AU - Torres, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative study of the pln locus of the quorum-sensing regulated bacteriocin-producing L. plantarum J51 strain JO - Int J Food Microbiol VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2008.08.004 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2008.08.004 ID - Navarro2008 ER - TY - JOUR AU - Anderssen, E. L. AU - Diep, D. B. AU - Nes, I. F. AU - Eijsink, V. G. H. AU - Nissen-Meyer, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Antagonistic activity of Lactobacillus plantarum C11: two new two-peptide bacteriocins, plantaricins EF and JK, and the induction factor plantaricin A JO - Appl Environ Microbiol VL - 64 ID - Anderssen1998 ER - TY - JOUR AU - Cotter, P. D. AU - Hill, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Surviving the acid test: responses of Gram-positive bacteria to low pH JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.67.3.429-453.2003 DO - 10.1128/MMBR.67.3.429-453.2003 ID - Cotter2003 ER - TY - JOUR AU - Frees, D. AU - Savijoki, K. AU - Varmanen, P. AU - Ingmer, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clp ATPases and ClpP proteolytic complexes regulate vital biological processes in low GC, Gram-positive bacteria JO - Mol Microbiol VL - 63 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05598.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2007.05598.x ID - Frees2007 ER - TY - CHAP AU - Angelis, M. AU - Gobbetti, M. ED - Tsakalidou, E. ED - Papadimitriou, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Stress responses of lactobacilli BT - Stress responses of lactic acid bacteria PB - Springer CY - Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-92771-8_11 DO - 10.1007/978-0-387-92771-8_11 ID - Angelis2011 ER - TY - JOUR AU - Wisselink, H. W. AU - Weusthuis, R. A. AU - Eggink, G. AU - Hugenholtz, J. AU - Grobben, G. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mannitol production by lactic acid bacteria: a review JO - Int Dairy J VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0958-6946(01)00153-4 DO - 10.1016/S0958-6946(01)00153-4 ID - Wisselink2002 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. AU - Slesarev, A. AU - Wolf, Y. AU - Sorokin, A. AU - Mirkin, B. AU - Koonin, E. AU - Pavlov, A. AU - Pavlova, N. AU - Karamychev, V. AU - Polouchine, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative genomics of the lactic acid bacteria JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0607117103 DO - 10.1073/pnas.0607117103 ID - Makarova2006 ER - TY - JOUR AU - Kieronczyk, A. AU - Skeie, S. AU - Langsrud, T. AU - Bars, D. AU - Yvon, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The nature of aroma compounds produced in a cheese model by glutamate dehydrogenase positive Lactobacillus INF15D depends on its relative aminotransferase activities towards the different amino acids JO - Int Dairy J VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.idairyj.2003.07.001 DO - 10.1016/j.idairyj.2003.07.001 ID - Kieronczyk2004 ER - TY - JOUR AU - Ryu, H. W. AU - Kang, K. H. AU - Pan, J. G. AU - Chang, H. N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Characteristics and glycerol metabolism of fumarate-reducing Enterococcus faecalis RKY1 JO - Biotechnol Bioeng VL - 72 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-0 DO - 3.0.CO;2-0 ID - Ryu2001 ER - TY - JOUR AU - Cunin, R. AU - Glansdorff, N. AU - Pierard, A. AU - Stalon, V. PY - 1986 DA - 1986// TI - Biosynthesis and metabolism of arginine in bacteria JO - Microbiol Rev VL - 50 ID - Cunin1986 ER - TY - JOUR AU - Vrancken, G. AU - Rimaux, T. AU - Weckx, S. AU - Vuyst, L. AU - Leroy, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Environmental pH determines citrulline and ornithine release through the arginine deiminase pathway in Lactobacillus fermentum IMDO 130101 JO - Int J Food Microbiol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2009.07.035 DO - 10.1016/j.ijfoodmicro.2009.07.035 ID - Vrancken2009 ER - TY - JOUR AU - Rimaux, T. AU - Rivière, A. AU - Illeghems, K. AU - Weckx, S. AU - Vuyst, L. AU - Leroy, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Expression of the arginine deiminase pathway genes in Lactobacillus sakei is strain dependent and is affected by the environmental pH JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.07724-11 DO - 10.1128/AEM.07724-11 ID - Rimaux2012 ER - TY - JOUR AU - Champomier Vergès, M. -. C. AU - Zuñiga, M. AU - Morel-Deville, F. AU - Pérez-Martínez, G. AU - Zagorec, M. AU - Ehrlich, S. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Relationships between arginine degradation, pH and survival in Lactobacillus sakei JO - FEMS Microbiol Lett VL - 180 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1097(99)00492-9 DO - 10.1016/S0378-1097(99)00492-9 ID - Champomier Vergès1999 ER - TY - JOUR AU - Poolman, B. AU - Glaasker, E. PY - 1998 DA - 1998// TI - Regulation of compatible solute accumulation in bacteria JO - Mol Microbiol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1998.00875.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1998.00875.x ID - Poolman1998 ER - TY - JOUR AU - Lechardeur, D. AU - Cesselin, B. AU - Fernandez, A. AU - Lamberet, G. AU - Garrigues, C. AU - Pedersen, M. AU - Gaudu, P. AU - Gruss, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Using heme as an energy boost for lactic acid bacteria JO - Curr Opin Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2010.12.001 DO - 10.1016/j.copbio.2010.12.001 ID - Lechardeur2011 ER - TY - JOUR AU - Brooijmans, R. J. W. AU - Vos, W. M. AU - Hugenholtz, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Lactobacillus plantarum WCFS1 electron transport chains JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00147-09 DO - 10.1128/AEM.00147-09 ID - Brooijmans2009 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, M. B. AU - Gaudu, P. AU - Lechardeur, D. AU - Petit, M. -. A. AU - Gruss, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Aerobic respiration metabolism in lactic acid bacteria and uses in biotechnology JO - Ann Rev Food Sci Tech VL - 3 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-food-022811-101255 DO - 10.1146/annurev-food-022811-101255 ID - Pedersen2012 ER - TY - JOUR AU - Nomura, M. AU - Kobayashi, M. AU - Ohmomo, S. AU - Okamoto, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Inactivation of the glutamate decarboxylase gene in Lactococcus lactis subsp. cremoris JO - Appl Environ Microbiol VL - 66 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.66.5.2235-2237.2000 DO - 10.1128/AEM.66.5.2235-2237.2000 ID - Nomura2000 ER - TY - JOUR AU - Altermann, E. AU - Russell, W. M. AU - Azcarate-Peril, M. A. AU - Barrangou, R. AU - Buck, B. L. AU - McAuliffe, O. AU - Souther, N. AU - Dobson, A. AU - Duong, T. AU - Callanan, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complete genome sequence of the probiotic lactic acid bacterium Lactobacillus acidophilus NCFM JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409188102 DO - 10.1073/pnas.0409188102 ID - Altermann2005 ER - TY - JOUR AU - Fernández, M. AU - Doesburg, W. AU - Rutten, G. A. M. AU - Marugg, J. D. AU - Alting, A. C. AU - Kranenburg, R. AU - Kuipers, O. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular and functional analyses of the metC gene of Lactococcus lactis, encoding cystathionine β-lyase JO - Appl Environ Microbiol VL - 66 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.66.1.42-48.2000 DO - 10.1128/AEM.66.1.42-48.2000 ID - Fernández2000 ER - TY - JOUR AU - Moens, F. AU - Lefeber, T. AU - Vuyst, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Oxidation of metabolites highlights the microbial interactions and role of Acetobacter pasteurianus during cocoa bean fermentation JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03344-13 DO - 10.1128/AEM.03344-13 ID - Moens2014 ER - TY - JOUR AU - Mira, A. AU - Martín-Cuadrado, A. B. AU - D’Auria, G. AU - Rodríguez-Valera, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - The bacterial pan-genome: a new paradigm in microbiology JO - Int Microbiol VL - 13 ID - Mira2010 ER - TY - JOUR AU - Lin, W. -. H. AU - Yu, B. AU - Jang, S. -. H. AU - Tsen, H. -. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Different probiotic properties for Lactobacillus fermentum strains isolated from swine and poultry JO - Anaerobe VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2007.04.006 DO - 10.1016/j.anaerobe.2007.04.006 ID - Lin2007 ER - TY - JOUR AU - Yebra, M. J. AU - Pérez-Martínez, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Cross-talk between the L-sorbose and D-sorbitol (D-glucitol) metabolic pathways in Lactobacillus casei JO - Microbiology VL - 148 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-148-8-2351 DO - 10.1099/00221287-148-8-2351 ID - Yebra2002 ER - TY - JOUR AU - Yebra, M. J. AU - Veyrat, A. AU - Santos, M. A. AU - Pérez-Martínez, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genetics of L-sorbose transport and metabolism in Lactobacillus casei JO - J Bacteriol VL - 182 UR - https://doi.org/10.1128/JB.182.1.155-163.2000 DO - 10.1128/JB.182.1.155-163.2000 ID - Yebra2000 ER - TY - JOUR AU - Spano, G. AU - Chieppa, G. AU - Beneduce, L. AU - Massa, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression analysis of putative arcA, arcB and arcC genes partially cloned from Lactobacillus plantarum isolated from wine JO - J Appl Microbiol VL - 96 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.2003.02132.x DO - 10.1046/j.1365-2672.2003.02132.x ID - Spano2004 ER - TY - JOUR AU - Spano, G. AU - Massa, S. AU - Arena, M. E. AU - Nadra, M. C. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Arginine metabolism in wine Lactobacillus plantarum: in vitro activities of the enzymes arginine deiminase (ADI) and ornithine transcarbamylase (OTCase) JO - Ann Microbiol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/BF03175052 DO - 10.1007/BF03175052 ID - Spano2007 ER - TY - JOUR AU - Fiocco, D. AU - Capozzi, V. AU - Pepe, D. AU - Crisetti, E. AU - Spano, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sulphite stress induce small heat shock genes in wine Lactobacillus plantarum JO - Res J Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.3923/jm.2007.838.844 DO - 10.3923/jm.2007.838.844 ID - Fiocco2007 ER - TY - JOUR AU - Altermann, E. AU - Klaenhammer, T. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Group-specific comparison of four lactobacilli isolated from human sources using differential BLAST analysis JO - Genes Nutr VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s12263-010-0191-9 DO - 10.1007/s12263-010-0191-9 ID - Altermann2011 ER - TY - JOUR AU - Illeghems, K. AU - Weckx, S. AU - Vuyst, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Applying meta-pathway analyses through metagenomics to identify the functional properties of the major bacterial communities of a single spontaneous cocoa bean fermentation process sample JO - Food Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/j.fm.2015.03.005 DO - 10.1016/j.fm.2015.03.005 ID - Illeghems2015 ER - TY - JOUR AU - Gevers, D. AU - Huys, G. AU - Swings, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Applicability of rep-PCR fingerprinting for identification of Lactobacillus species JO - FEMS Microbiol Lett VL - 205 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2001.tb10921.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10921.x ID - Gevers2001 ER - TY - JOUR AU - Ravyts, F. AU - Barbuti, S. AU - Frustoli, M. A. AU - Parolari, G. AU - Saccani, G. AU - Vuyst, L. AU - Leroy, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Competitiveness and antibacterial potential of bacteriocin-producing starter cultures in different types of fermented sausages JO - J Food Protect VL - 71 ID - Ravyts2008 ER - TY - JOUR AU - Delcher, A. L. AU - Harmon, D. AU - Kasif, S. AU - White, O. AU - Salzberg, S. L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Improved microbial gene identification with GLIMMER JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.23.4636 DO - 10.1093/nar/27.23.4636 ID - Delcher1999 ER - TY - JOUR AU - Badger, J. H. AU - Olsen, G. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - CRITICA: coding region identification tool invoking comparative analysis JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133 ID - Badger1999 ER - TY - JOUR AU - Suzek, B. E. AU - Ermolaeva, M. D. AU - Schreiber, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1123 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1123 ID - Suzek2001 ER - TY - JOUR AU - Lowe, T. M. AU - Eddy, S. R. PY - 1997 DA - 1997// TI - tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.5.0955 DO - 10.1093/nar/25.5.0955 ID - Lowe1997 ER - TY - JOUR AU - Linke, B. AU - McHardy, A. C. AU - Neuweger, H. AU - Krause, L. AU - Meyer, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - REGANOR: a gene prediction server for prokaryotic genomes and a database of high quality gene predictions for prokaryotes JO - Appl Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.2165/00822942-200605030-00008 DO - 10.2165/00822942-200605030-00008 ID - Linke2006 ER - TY - JOUR AU - Boeckmann, B. AU - Bairoch, A. AU - Apweiler, R. AU - Blatter, M. C. AU - Estreicher, A. AU - Gasteiger, E. AU - Martin, M. J. AU - Michoud, K. AU - O’Donovan, C. AU - Phan, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003 JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg095 DO - 10.1093/nar/gkg095 ID - Boeckmann2003 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Coin, L. AU - Durbin, R. AU - Finn, R. D. AU - Hollich, V. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Khanna, A. AU - Marshall, M. AU - Moxon, S. AU - Sonnhammer, E. L. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh121 DO - 10.1093/nar/gkh121 ID - Bateman2004 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - Selengut, J. D. AU - White, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - The TIGRFAMs database of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg128 DO - 10.1093/nar/gkg128 ID - Haft2003 ER - TY - JOUR AU - Bendtsen, J. D. AU - Nielsen, H. AU - Heijne, G. AU - Brunak, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0 JO - J Mol Biol VL - 340 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.05.028 DO - 10.1016/j.jmb.2004.05.028 ID - Bendtsen2004 ER - TY - JOUR AU - Dodd, I. B. AU - Egan, J. B. PY - 1990 DA - 1990// TI - Improved detection of helix-turn-helix DNA-binding motif in protein sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/nar/18.17.5019 DO - 10.1093/nar/18.17.5019 ID - Dodd1990 ER - TY - JOUR AU - Krogh, A. AU - Larsson, B. AU - Heijne, G. AU - Sonnhammer, E. L. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes JO - J Mol Biol VL - 305 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.4315 DO - 10.1006/jmbi.2000.4315 ID - Krogh2001 ER - TY - JOUR AU - Harris, M. A. AU - Clark, J. AU - Ireland, A. AU - Lomax, J. AU - Ashburner, M. AU - Foulger, R. AU - Eilbeck, K. AU - Lewis, S. AU - Marshall, B. AU - Mungall, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - The gene ontology (GO) database and informatics resource JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh066 DO - 10.1093/nar/gkh066 ID - Harris2004 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Natale, D. A. AU - Garkavtsev, I. V. AU - Tatusova, T. A. AU - Shankavaram, U. T. AU - Rao, B. S. AU - Kiryutin, B. AU - Galperin, M. Y. AU - Fedorova, N. D. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.22 DO - 10.1093/nar/29.1.22 ID - Tatusov2001 ER - TY - JOUR AU - Chen, L. AU - Xiong, Z. AU - Sun, L. AU - Yang, J. AU - Jin, Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - VFDB 2012 update: toward the genetic diversity and molecular evolution of bacterial virulence factors JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr989 DO - 10.1093/nar/gkr989 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Gupta, S. K. AU - Padmanabhan, B. R. AU - Diene, S. M. AU - Lopez-Rojas, R. AU - Kempf, M. AU - Landraud, L. AU - Rolain, J. -. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - ARG-ANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 58 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.01310-13 DO - 10.1128/AAC.01310-13 ID - Gupta2013 ER - TY - JOUR AU - Grissa, I. AU - Vergnaud, G. AU - Pourcel, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm360 DO - 10.1093/nar/gkm360 ID - Grissa2007 ER - TY - JOUR AU - Bland, C. AU - Ramsey, T. AU - Sabree, F. AU - Lowe, M. AU - Brown, K. AU - Kyrpides, N. AU - Hugenholtz, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPR recognition tool (CRT): a tool for automatic detection of clustered regularly interspaced palindromic repeats JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-209 DO - 10.1186/1471-2105-8-209 ID - Bland2007 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Liang, Y. AU - Lynch, K. H. AU - Dennis, J. J. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PHAST: a fast phage search tool JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr485 DO - 10.1093/nar/gkr485 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Heel, A. J. AU - Jong, A. AU - Montalbán-López, M. AU - Kok, J. AU - Kuipers, O. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - BAGEL3: automated identification of genes encoding bacteriocins and (non-)bactericidal posttranslationally modified peptides JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt391 DO - 10.1093/nar/gkt391 ID - Heel2013 ER - TY - JOUR AU - Blom, J. AU - Albaum, S. AU - Doppmeier, D. AU - Puhler, A. AU - Vorholter, F. -. J. AU - Zakrzewski, M. AU - Goesmann, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-154 DO - 10.1186/1471-2105-10-154 ID - Blom2009 ER - TY - BOOK AU - Felsenstein, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - PHYLIP (phylogeny inference package) version 3.695 PB - Department of Genome Sciences, University of Washington CY - Seattle ID - Felsenstein2013 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Castresana, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis JO - Mol Biol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334 ID - Castresana2000 ER - TY - JOUR AU - Newell, P. D. AU - Chaston, J. M. AU - Wang, Y. AU - Winans, N. J. AU - Sannino, D. AU - Wong, A. C. AU - Dobson, A. J. AU - Kagle, J. AU - Douglas, A. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - In vivo function and comparative genomic analyses of the Drosophila gut microbiota identify candidate symbiosis factors JO - Front Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00576 DO - 10.3389/fmicb.2014.00576 ID - Newell2014 ER - TY - JOUR AU - Siezen, R. J. AU - Francke, C. AU - Renckens, B. AU - Boekhorst, J. AU - Wels, M. AU - Kleerebezem, M. AU - Hijum, S. A. F. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete resequencing and reannotation of the Lactobacillus plantarum WCFS1 genome JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.06275-11 DO - 10.1128/JB.06275-11 ID - Siezen2012 ER -