Skip to main content

Table 2 Levels of LD for different distance categories between SNP pairs for the different autosomes

From: Evaluation of the linkage-disequilibrium method for the estimation of effective population size when generations overlap: an empirical case

Chr

NSNP

0.5 Mb

1.0 Mb

5.0 Mb

10.0 Mb

50.0 Mb

SSC1

3953

0.24

0.21

0.13

0.10

0.06

SSC2

2462

0.42

0.37

0.24

0.18

0.09

SSC3

1868

0.46

0.41

0.28

0.22

0.11

SSC4

2337

0.49

0.44

0.28

0.20

0.07

SSC5

1567

0.40

0.36

0.22

0.16

0.07

SSC6

2352

0.48

0.42

0.28

0.21

0.08

SSC7

2295

0.38

0.33

0.21

0.16

0.07

SSC8

2064

0.50

0.45

0.28

0.21

0.11

SSC9

2308

0.41

0.37

0.24

0.18

0.08

SSC10

1217

0.32

0.28

0.17

0.12

0.05

SSC11

1410

0.37

0.31

0.19

0.14

0.06

SSC12

1022

0.38

0.33

0.18

0.13

0.06

SSC13

2802

0.52

0.47

0.31

0.25

0.16

SSC14

2530

0.47

0.42

0.28

0.21

0.10

SSC15

2099

0.44

0.40

0.26

0.20

0.10

SSC16

1134

0.42

0.36

0.22

0.18

0.08

SSC17

1054

0.47

0.41

0.26

0.20

0.09

SSC18

1045

0.39

0.34

0.20

0.14

0.06

Average

 

0.42

0.37

0.24

0.18

0.08

  1. Chr chromosome
  2. N SNP number of SNPs