Skip to main content

Table 2 Levels of LD for different distance categories between SNP pairs for the different autosomes

From: Evaluation of the linkage-disequilibrium method for the estimation of effective population size when generations overlap: an empirical case

Chr NSNP 0.5 Mb 1.0 Mb 5.0 Mb 10.0 Mb 50.0 Mb
SSC1 3953 0.24 0.21 0.13 0.10 0.06
SSC2 2462 0.42 0.37 0.24 0.18 0.09
SSC3 1868 0.46 0.41 0.28 0.22 0.11
SSC4 2337 0.49 0.44 0.28 0.20 0.07
SSC5 1567 0.40 0.36 0.22 0.16 0.07
SSC6 2352 0.48 0.42 0.28 0.21 0.08
SSC7 2295 0.38 0.33 0.21 0.16 0.07
SSC8 2064 0.50 0.45 0.28 0.21 0.11
SSC9 2308 0.41 0.37 0.24 0.18 0.08
SSC10 1217 0.32 0.28 0.17 0.12 0.05
SSC11 1410 0.37 0.31 0.19 0.14 0.06
SSC12 1022 0.38 0.33 0.18 0.13 0.06
SSC13 2802 0.52 0.47 0.31 0.25 0.16
SSC14 2530 0.47 0.42 0.28 0.21 0.10
SSC15 2099 0.44 0.40 0.26 0.20 0.10
SSC16 1134 0.42 0.36 0.22 0.18 0.08
SSC17 1054 0.47 0.41 0.26 0.20 0.09
SSC18 1045 0.39 0.34 0.20 0.14 0.06
Average   0.42 0.37 0.24 0.18 0.08
  1. Chr chromosome
  2. N SNP number of SNPs
\