Table 4 Statistics of transposable elements in Xiphophorus genomes. Left panels: Genomes without filtration. Right panels: Genomes after removing small (less than 80 bp) and divergent (less than 80 % identify) TE elements

DNA Transposons

12.348

12.267

12.013

6.212

6.023

6.022

DNA/Academ

0.019

0.206

0.021

0.016

0.016

0.017

DNA/Buster

0

0.005

0

0

0

0

DNA/CMC-Chapaev-3

0.017

0.017

0.017

0.016

0.017

0.015

DNA/CMC-Enspm

0.02

0.018

0.021

0.014

0.013

0.014

DNA/Ginger2

0

0.001

0

0

0

0

DNA/Helitron

0.256

0.252

0.256

0.157

0.153

0.162

DNA/IS4EU

0.053

0.052

0.05

0.045

0.046

0.046

DNA/Kolobok

0

0

0

0

0

0

DNA/P

0.041

0.04

0.04

0.029

0.028

0.03

DNA/PIF-Harbinger

0.634

0.619

0.614

0.568

0.557

0.555

DNA/PiggyBac

0.25

0.249

0.245

0.233

0.232

0.231

DNA/Polinton

0.024

0.025

0.029

0.014

0.015

0.017

DNA/Tc-Mariner

6.631

6.495

6.494

1.778

1.71

1.721

DNA/hAT

3.368

3.29

3.242

2.515

2.44

2.427

DNA/MITE

0.033

0.032

0.03

0.023

0.021

0.02

Unclassified

1.002

0.966

0.954

0.804

0.775

0.767

LINE Retrotransposons

2.576

2.417

2.411

1.678

1.572

1.536

LINE/I-Nimb

0.057

0.055

0.055

0.025

0.024

0.023

LINE/Jockev

0.058

0.058

0.058

0.031

0.05

0.031

LINE/L1

0.125

0.106

0.124

0.064

0.06

0.061

LINE/L2

0.942

0.905

0.899

0.659

0.623

0.624

LINE/R2

0.001

0.003

0.001

0.001

0.002

0.001

LINE/R4

0.016

0.013

0.012

0.007

0.003

0.002

LINE/RTE

0.563

0.537

0.536

0.343

0.326

0.321

LINE/Rex-Babar

0.756

0.687

0.671

0.526

0.464

0.453

PLE/Penelope

0.004

0.004

0.004

0.001

0

0

Unclassified

0.054

0.049

0.051

0.021

0.02

0.02

LTR Retrotransponsons

0.632

0.592

0.635

0.316

0.253

0.333

LTR/BEL-Pao

0.036

0.035

0.033

0.006

0.008

0.007

LTR/Copia

0.005

0.005

0.005

0.002

0.002

0.002

LTR/DIRS1-Ngaro

0.129

0.105

0.12

0.053

0.047

0.046

LTR/ERV

0.113

0.118

0.14

0.08

0.083

0.109

LTR/ERV1

0.01

0.01

0.01

0.008

0.008

0.009

LTR/Gypsy

0.234

0.219

0.228

0.09

0.077

0.086

Unclassified

0.105

0.1

0.099

0.077

0.028

0.074

SINE Retrotransposons

0.611

0.524

0.567

0.395

0.315

0.347

SINE

0.188

0.144

0.181

0.135

0.093

0.117

SINE/Hpa

0.004

0.005

0.005

0

0.001

0

SINE/MIR

0.114

0.112

0.112

0.059

0.058

0.061

SINE/V

0.238

0.196

0.203

0.16

0.121

0.128

SINE/tRNA

0.067

0.067

0.066

0.041

0.042

0.041

Unknown

5.657

5.58

5.502

4.012

3.947

3.903

Total

21.824

21.38

21.128

12.613

12.11

12.141