Skip to main content

Table 1 LncRNAs and its potential target genes that are involved in melonagenesis

From: Genome-wide analysis of long non-coding RNAs at early stage of skin pigmentation in goats (Capra hircus)

Protein-coding genes

lncRNAs in cis

lncRNAs in trans

ASIP a

XLOC_005274

XLOC_013372, XLOC_006290, XLOC_013615, XLOC_024549,

XLOC_004858

XLOC_000129, XLOC_006932, XLOC_020962, -XLOC_020019b, -XLOC_018830b

MITF

XLOC_013722

-XLOC_013372 b, -XLOC_022057b, XLOC_000689, XLOC_018361, XLOC_012968, XLOC_009509, XLOC_023640, -XLOC_013890b, XLOC_005088, XLOC_015448a

TYRP1 a (BROWN)

 

XLOC_023806, XLOC_019686, XLOC_008226, XLOC_013939, XLOC_015399, XLOC_017870, XLOC_000404, XLOC_002582

DCT a

 

XLOC_023806, XLOC_019686, XLOC_008226, XLOC_013939, XLOC_015399, XLOC_017870, XLOC_000404, XLOC_002582, -XLOC_005274b

TYR

 

-XLOC_010559b, -XLOC_024478b, XLOC_021855, XLOC_006064

CREB3L1 a

 

XLOC_000995, -XLOC_009688 b, XLOC_005961, XLOC_006605, XLOC_004319, XLOC_008730, XLOC_010430 a, XLOC_019547, -XLOC_000912b, XLOC_024598, XLOC_004263

FZD4 a

 

XLOC_000995, XLOC_018035, XLOC_005957, XLOC_006451, XLOC_004319, XLOC_020603, XLOC_009285, XLOC_019333, XLOC_004805, XLOC_008730, XLOC_010430 a, XLOC_006605, XLOC_003840, XLOC_002867a, XLOC_023214, XLOC_023692, XLOC_002389a

WNT2 a

 

XLOC_000995, XLOC_018035, XLOC_005957, XLOC_006451, XLOC_004319, XLOC_020603, XLOC_009285, XLOC_019333, XLOC_004805, XLOC_008730, XLOC_010430 a, XLOC_006605, XLOC_003840, XLOC_019547, -XLOC_009688 b, XLOC_005961, XLOC_004341a, -XLOC_014182b, XLOC_013150, XLOC_022462, XLOC_013012, XLOC_025297a, XLOC_008538, -XLOC_007438b, XLOC_005975, XLOC_004597

  1. aDifferentially expressed in dark and normal skins of goats
  2. bNegative correlation between the lncRNAs and their targets in trans. Italic font indicates that one lncRNA acts on at least two different protein-coding genes in trans. For example, XLOC_013372 regulated ASIP and MITF in trans