Table 1 The distribution of various small RNA types in control and ABA-treated tomato plants
From: Genomic profiling of exogenous abscisic acid-responsive microRNAs in tomato (Solanum lycopersicum)
Category | Control | ABA treatment | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Â | Unique | Percent | Total reads | Percent | Unique | Percent | Total reads | Percent |
Total | 5345714 | 100.00Â % | 18179025 | 100.00Â % | 5601375 | 100.00Â % | 17763348 | 100.00Â % |
Exon antisense | 87855 | 1.64Â % | 312186 | 1.72Â % | 90115 | 1.61Â % | 317073 | 1.78Â % |
Exon sense | 166193 | 3.11Â % | 499371 | 2.75Â % | 156483 | 2.79Â % | 493025 | 2.78Â % |
Intron antisense | 301541 | 5.64Â % | 854012 | 4.70Â % | 319216 | 5.70Â % | 932614 | 5.25Â % |
Intron sense | 385395 | 7.21Â % | 1307703 | 7.19Â % | 404425 | 7.22Â % | 1418817 | 7.99Â % |
miRNA tags | 39329 | 0.74Â % | 1985940 | 10.92Â % | 35072 | 0.63Â % | 1732993 | 9.76Â % |
rRNA | 89865 | 1.68Â % | 1524613 | 8.39Â % | 83003 | 1.48Â % | 1175035 | 6.61Â % |
repeat | 817623 | 15.29Â % | 2663412 | 14.65Â % | 874556 | 15.61Â % | 2942990 | 16.57Â % |
snRNA | 3073 | 0.06Â % | 7334 | 0.04Â % | 3106 | 0.06Â % | 7605 | 0.04Â % |
snoRNA | 1098 | 0.02Â % | 1914 | 0.01Â % | 1187 | 0.02Â % | 2206 | 0.01Â % |
tRNA | 7638 | 0.14Â % | 284344 | 1.56Â % | 8251 | 0.15Â % | 246732 | 1.39Â % |
Un-annotated | 3446104 | 64.46Â % | 8738196 | 48.07Â % | 3625961 | 64.73Â % | 8494258 | 47.82Â % |