Table 3 Percentage of TEs annotated with repeat masker and RepBase Insecta library on every available genomes of Drosophila genus
Species | Subgenus | Group | Subgroup | Seq method | TEs |
|---|---|---|---|---|---|
D. albomicans | Drosophila | immigrans | nasuta | NGS | 2.73 |
D. buzzatii st-1 | Drosophila | repleta | mulleri | NGS | 5.99 |
D. buzzatii j-19 | Drosophila | repleta | mulleri | NGS | 2.40 |
D. mojavensis | Drosophila | repleta | mulleri | Sanger | 16.14 |
D. americana | Drosophila | virilis | virilis | NGS | 9.11 |
D. virilis | Drosophila | virilis | virilis | Sanger | 17.51 |
D. grimshawi | Hawaian | grimshawi | grimshawi | Sanger | 15.86 |
D. ananassae | Sophophora | melanogaster | ananassae | Sanger | 30.33 |
D. bipectinata | Sophophora | melanogaster | ananassae | NGS | 16.94 |
D. elegans | Sophophora | melanogaster | elegans | NGS | 12.05 |
D. eugracilis | Sophophora | melanogaster | eugracilis | NGS | 13.67 |
D. ficusphila | Sophophora | melanogaster | ficusphila | NGS | 9.45 |
D. erecta | Sophophora | melanogaster | melanogaster | Sanger | 14.41 |
D. melanogaster | Sophophora | melanogaster | melanogaster | Sanger | 21.67 |
D. sechellia | Sophophora | melanogaster | melanogaster | Sanger | 20.90 |
D. simulans | Sophophora | melanogaster | melanogaster | Sanger | 11.85 |
D. simulans | Sophophora | melanogaster | melanogaster | NGS | 8.44 |
D. yakuba | Sophophora | melanogaster | melanogaster | Sanger | 21.98 |
D. kikkawai | Sophophora | melanogaster | montium | NGS | 11.95 |
D. rhopaloa | Sophophora | melanogaster | rhopaloa | NGS | 18.62 |
D. biarmipes | Sophophora | melanogaster | suzukii | NGS | 14.48 |
D. suzukii | Sophophora | melanogaster | suzukii | NGS | 18.70 |
D. takahashii | Sophophora | melanogaster | takahashii | NGS | 14.68 |
D. miranda | Sophophora | obscura | obscura | NGS | 5.47 |
D. persimilis | Sophophora | obscura | obscura | Sanger | 23.97 |
D. pseudoobscura | Sophophora | obscura | obscura | Sanger | 12.68 |
D. willistoni | Sophophora | willistoni | willistoni | Sanger | 24.39 |