TY - JOUR AU - Anderson, G. J. AU - Jansen, R. K. AU - Kim, Y. PY - 1996 DA - 1996// TI - The origin and relationships of the pepino, Solanum muricatum (Solanaceae): DNA restriction fragment evidence JO - Econ Bot VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/BF02866519 DO - 10.1007/BF02866519 ID - Anderson1996 ER - TY - JOUR AU - Anderson, G. J. AU - Martine, C. T. AU - Prohens, J. AU - Nuez, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Solanum perlongistylum and S. catilliflorum, new endemic Peruvian species of Solanum, Section Basarthrum, are close relatives of the domesticated pepino, S. muricatum JO - Novon VL - 16 UR - https://doi.org/10.3417/1055-3177(2006)16[161:SPASCN]2.0.CO;2 DO - 10.3417/1055-3177(2006)16[161:SPASCN]2.0.CO;2 ID - Anderson2006 ER - TY - JOUR AU - Rodríguez-Burruezo, A. AU - Prohens, J. AU - Fita, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Breeding strategies for improving the performance and fruit quality of the pepino (Solanum muricatum): A model for the enhancement of underutilized exotic fruits JO - Food Res Int VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.foodres.2010.12.028 DO - 10.1016/j.foodres.2010.12.028 ID - Rodríguez-Burruezo2011 ER - TY - JOUR AU - Yalçin, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Effect of ripening period on composition of pepino (Solanum muricatum) fruit grown in Turkey JO - Afr J Biotechnol VL - 9 ID - Yalçin2010 ER - TY - JOUR AU - Abouelnasr, H. AU - Li, Y. -. Y. AU - Zhang, Z. -. Y. AU - Liu, J. -. Y. AU - Li, S. -. F. AU - Li, D. -. W. AU - Yu, J. -. L. AU - McBeath, J. H. AU - Han, C. -. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - First Report of Potato Virus H on Solanum muricatum in China JO - Plant Dis VL - 98 UR - https://doi.org/10.1094/PDIS-01-14-0024-PDN DO - 10.1094/PDIS-01-14-0024-PDN ID - Abouelnasr2014 ER - TY - JOUR AU - Spooner, D. M. AU - Anderson, G. J. AU - Jansen, R. K. PY - 1993 DA - 1993// TI - Chloroplast DNA evidence for the interrelationships of tomatoes, potatoes, and pepinos (Solanaceae) JO - Am J Bot VL - 80 UR - https://doi.org/10.2307/2445438 DO - 10.2307/2445438 ID - Spooner1993 ER - TY - JOUR AU - Sarkinen, T. AU - Bohs, L. AU - Olmstead, R. G. AU - Knapp, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - A phylogenetic framework for evolutionary study of the nightshades (Solanaceae): a dated 1000-tip tree JO - BMC Evol Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-13-214 DO - 10.1186/1471-2148-13-214 ID - Sarkinen2013 ER - TY - CHAP AU - Nakitandwe, J. AU - Trognitz, F. C. H. AU - Trognitz, B. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetic mapping of Solanum caripense, a wild relative of pepino dulce, tomato and potato, and a genetic resource for resistance to potato late blight BT - VI International Solanaceae Conference: Genomics Meets Biodiversity 745 ID - Nakitandwe2006 ER - TY - JOUR AU - Sakomoto, K. AU - Taguchi, T. PY - 1991 DA - 1991// TI - Regeneration of intergeneric somatic hybrid plants between Lycopersicon esculentum and Solanum muricatum JO - Theor Appl Genet VL - 81 UR - https://doi.org/10.1007/BF00219441 DO - 10.1007/BF00219441 ID - Sakomoto1991 ER - TY - JOUR AU - Bernardello, L. M. AU - Anderson, G. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Karyotypic studies in Solanum section Basarthrum (Solanaceae) JO - Am J Bot VL - 77 UR - https://doi.org/10.2307/2444728 DO - 10.2307/2444728 ID - Bernardello1990 ER - TY - JOUR AU - Arumuganathan, K. AU - Earle, E. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Nuclear DNA content of some important plant species JO - Plant Mol Biol Report VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/BF02672069 DO - 10.1007/BF02672069 ID - Arumuganathan2004 ER - TY - JOUR AU - Spooner, D. M. AU - Rodríguez, F. AU - Polgár, Z. AU - Ballard, H. E. AU - Jansky, S. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic origins of potato polyploids: GBSSI gene sequencing data JO - Crop Sci VL - 48 ID - Spooner2008 ER - TY - JOUR AU - Herraiz, F. J. AU - Vilanova, S. AU - Andújar, I. AU - Torrent, D. AU - Plazas, M. AU - Gramazio, P. AU - Prohens, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Morphological and molecular characterization of local varieties, modern cultivars and wild relatives of an emerging vegetable crop, the pepino (Solanum muricatum), provides insight into its diversity, relationships and breeding history JO - Euphytica VL - 206 UR - https://doi.org/10.1007/s10681-015-1454-8 DO - 10.1007/s10681-015-1454-8 ID - Herraiz2015 ER - TY - JOUR AU - Trognitz, F. C. AU - Trognitz, B. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Survey of resistance gene analogs in Solanum caripense, a relative of potato and tomato, and update on R gene genealogy JO - Mol Genet Genomics VL - 274 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-005-0038-z DO - 10.1007/s00438-005-0038-z ID - Trognitz2005 ER - TY - JOUR AU - Hajjar, R. AU - Hodgkin, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - The use of wild relatives in crop improvement: a survey of developments over the last 20 years JO - Euphytica VL - 156 UR - https://doi.org/10.1007/s10681-007-9363-0 DO - 10.1007/s10681-007-9363-0 ID - Hajjar2007 ER - TY - JOUR AU - Doebley, J. F. AU - Gaut, B. S. AU - Smith, B. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular genetics of crop domestication JO - Cell VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.12.006 DO - 10.1016/j.cell.2006.12.006 ID - Doebley2006 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. M. AU - Prohens, J. AU - Anderson, G. J. AU - Zuriaga, E. AU - Canizares, J. AU - Nuez, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - AFLP and DNA sequence variation in an Andean domesticate, pepino (Solanum muricatum, Solanaceae): implications for evolution and domestication JO - Am J Bot VL - 94 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.94.7.1219 DO - 10.3732/ajb.94.7.1219 ID - Blanca2007 ER - TY - JOUR AU - Rodríguez-Burruezo, A. AU - Prohens, J. AU - Nuez, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Wild relatives can contribute to the improvement of fruit quality in pepino (Solanum muricatum) JO - Euphytica VL - 129 UR - https://doi.org/10.1023/A:1022280719618 DO - 10.1023/A:1022280719618 ID - Rodríguez-Burruezo2003 ER - TY - JOUR AU - Herraiz, F. J. AU - Villaño, D. AU - Plazas, M. AU - Vilanova, S. AU - Ferreres, F. AU - Prohens, J. AU - Moreno, D. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Phenolic profile and biological activities of the pepino (Solanum muricatum) fruit and its wild relative S. caripense JO - Int J Mol Sci VL - 17 UR - https://doi.org/10.3390/ijms17030394 DO - 10.3390/ijms17030394 ID - Herraiz2016 ER - TY - JOUR AU - Leiva-Brondo, M. AU - Prohens, J. AU - Nuez, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Characterization of pepino accessions and hybrids resistant to Tomato mosaic virus (ToMV) JO - J Food Agric Env VL - 4 ID - Leiva-Brondo2006 ER - TY - JOUR AU - Nakitandwe, J. AU - Trognitz, F. AU - Trognitz, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reliable allele detection using SNP-based PCR primers containing Locked Nucleic Acid: application in genetic mapping JO - Plant Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1746-4811-3-2 DO - 10.1186/1746-4811-3-2 ID - Nakitandwe2007 ER - TY - JOUR AU - Andrivon, D. PY - 1996 DA - 1996// TI - The origin of Phytophthora infestans populations present in Europe in the 1840s: a critical review of historical and scientific evidence JO - Plant Pathol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-3059.1996.d01-196.x DO - 10.1046/j.1365-3059.1996.d01-196.x ID - Andrivon1996 ER - TY - JOUR AU - Prohens, J. AU - Ruiz, J. J. AU - Nuez, F. PY - 1996 DA - 1996// TI - The pepino (Solanum muricatum, Solanaceae): A “new” crop with a history JO - Econ Bot VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/BF02866518 DO - 10.1007/BF02866518 ID - Prohens1996 ER - TY - CHAP AU - Heiser, C. B. PY - 1964 DA - 1964// TI - Origin and Variability of the Pepino (Solanum Muricatum) BT - Preliminary Report ID - Heiser1964 ER - TY - JOUR AU - Ahmad, H. AU - Khan, A. AU - Muhammad, K. AU - Nadeem, M. S. AU - Ahmad, W. AU - Iqbal, S. AU - Nosheen, A. AU - Akbar, N. AU - Ahmad, I. AU - Que, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Morphogenetic study of pepino and other members of solanaceae family JO - Am J Plant Sci VL - 5 UR - https://doi.org/10.4236/ajps.2014.526393 DO - 10.4236/ajps.2014.526393 ID - Ahmad2014 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Papanicolaou, A. AU - Yassour, M. AU - Grabherr, M. AU - Blood, P. D. AU - Bowden, J. AU - Couger, M. B. AU - Eccles, D. AU - Li, B. AU - Lieber, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.084 DO - 10.1038/nprot.2013.084 ID - Haas2013 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Fan, L. AU - Raychowdhury, R. AU - Zeng, Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2484 DO - 10.1038/nrg2484 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - McKain, M. R. AU - Wickett, N. AU - Zhang, Y. AU - Ayyampalayam, S. AU - McCombie, W. R. AU - Chase, M. W. AU - Pires, J. C. AU - Pamphilis, C. W. AU - Leebens-Mack, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phylogenomic analysis of transcriptome data elucidates co-occurrence of a paleopolyploid event and the origin of bimodal karyotypes in Agavoideae (Asparagaceae) JO - Am J Bot VL - 99 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.1100537 DO - 10.3732/ajb.1100537 ID - McKain2012 ER - TY - JOUR AU - Barker, M. S. AU - Vogel, H. AU - Schranz, M. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Paleopolyploidy in the Brassicales: analyses of the Cleome transcriptome elucidate the history of genome duplications in Arabidopsis and other Brassicales JO - Genome Biol Evol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evp040 DO - 10.1093/gbe/evp040 ID - Barker2009 ER - TY - JOUR AU - Rensink, W. AU - Lee, Y. AU - Liu, J. AU - Iobst, S. AU - Ouyang, S. AU - Buell, C. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative analyses of six solanaceous transcriptomes reveal a high degree of sequence conservation and species-specific transcripts JO - BMC Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-124 DO - 10.1186/1471-2164-6-124 ID - Rensink2005 ER - TY - JOUR AU - Koenig, D. AU - Jimenez-Gomez, J. M. AU - Kimura, S. AU - Fulop, D. AU - Chitwood, D. H. AU - Headland, L. R. AU - Kumar, R. AU - Covington, M. F. AU - Devisetty, U. K. AU - Tat, A. V. AU - Tohge, T. AU - Bolger, A. AU - Schneeberger, K. AU - Ossowski, S. AU - Lanz, C. AU - Xiong, G. AU - Taylor-Teeples, M. AU - Brady, S. M. AU - Pauly, M. AU - Weigel, D. AU - Usadel, B. AU - Fernie, A. R. AU - Peng, J. AU - Sinha, N. R. AU - Maloof, J. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative transcriptomics reveals patterns of selection in domesticated and wild tomato JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1309606110 DO - 10.1073/pnas.1309606110 ID - Koenig2013 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. M. AU - Cañizares, J. AU - Ziarsolo, P. AU - Esteras, C. AU - Mir, G. AU - Nuez, F. AU - Garcia-Mas, J. AU - Picó, M. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Melon transcriptome characterization: Simple sequence repeats and single nucleotide polymorphisms discovery for high throughput genotyping across the species JO - Plant Genome VL - 4 UR - https://doi.org/10.3835/plantgenome2011.01.0003 DO - 10.3835/plantgenome2011.01.0003 ID - Blanca2011 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. AU - Canizares, J. AU - Roig, C. AU - Ziarsolo, P. AU - Nuez, F. AU - Pico, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcriptome characterization and high throughput SSRs and SNPs discovery in Cucurbita pepo (Cucurbitaceae) JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-104 DO - 10.1186/1471-2164-12-104 ID - Blanca2011 ER - TY - JOUR AU - Howe, G. T. AU - Yu, J. AU - Knaus, B. AU - Cronn, R. AU - Kolpak, S. AU - Dolan, P. AU - Lorenz, W. W. AU - Dean, J. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - A SNP resource for Douglas-fir: de novo transcriptome assembly and SNP detection and validation JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-137 DO - 10.1186/1471-2164-14-137 ID - Howe2013 ER - TY - JOUR AU - Consortium, T. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11119 DO - 10.1038/nature11119 ID - Consortium2012 ER - TY - JOUR PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome sequence and analysis of the tuber crop potato JO - Nature VL - 475 UR - https://doi.org/10.1038/nature10158 DO - 10.1038/nature10158 ID - ref37 ER - TY - CHAP AU - Anderson, G. J. AU - Jansen, R. K. PY - 1994 DA - 1994// TI - Biosystematic and molecular systematic studies of Solanum section Basarthrum and the origin and relationships of the pepino (S. muricatum) BT - Proceedings of the VI Congreso Latinoamericano de botanica: Mar del Plata, Argentina ID - Anderson1994 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - STD TI - Swiss Prot [http://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html]. Accessed 29 Apr 2016. UR - http://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html ID - ref40 ER - TY - STD TI - SGN release versionITAG2.4 [ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/annotation/]. Accessed 29 Apr 2016. UR - ftp://ftp.sgn.cornell.edu/tomato_genome/annotation/ ID - ref41 ER - TY - STD TI - Uniref [http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/download.html]. Accessed 29 Apr 2016. UR - http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/download.html ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Wei, D. -. D. AU - Chen, E. -. H. AU - Ding, T. -. B. AU - Chen, S. -. C. AU - Dou, W. AU - Wang, J. -. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - De novo assembly, gene annotation, and marker discovery in stored-product pest Liposcelis entomophila (Enderlein) using transcriptome sequences JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080046 DO - 10.1371/journal.pone.0080046 ID - Wei2013 ER - TY - JOUR AU - Li, D. AU - Deng, Z. AU - Qin, B. AU - Liu, X. AU - Men, Z. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo assembly and characterization of bark transcriptome using Illumina sequencing and development of EST-SSR markers in rubber tree (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-192 DO - 10.1186/1471-2164-13-192 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Lulin, H. AU - Xiao, Y. AU - Pei, S. AU - Wen, T. AU - Shangqin, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - The first Illumina-based de novo transcriptome sequencing and analysis of safflower flowers JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0038653 DO - 10.1371/journal.pone.0038653 ID - Lulin2012 ER - TY - JOUR AU - Mitraki, A. AU - Barge, A. AU - Chroboczek, J. AU - Andrieu, J. P. AU - Gagnon, J. AU - Ruigrok, R. W. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nomenclature committee of the international union of biochemistry and molecular biology (NC-IUBMB) JO - Eur J Biochem VL - 264 UR - https://doi.org/10.1046/j.1432-1327.1999.00683.x DO - 10.1046/j.1432-1327.1999.00683.x ID - Mitraki1999 ER - TY - JOUR AU - Sierro, N. AU - Battey, J. N. AU - Ouadi, S. AU - Bovet, L. AU - Goepfert, S. AU - Bakaher, N. AU - Peitsch, M. C. AU - Ivanov, N. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reference genomes and transcriptomes of Nicotiana sylvestris and Nicotiana tomentosiformis JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-6-r60 DO - 10.1186/gb-2013-14-6-r60 ID - Sierro2013 ER - TY - JOUR AU - Garzon-Martinez, G. A. AU - Zhu, Z. I. AU - Landsman, D. AU - Barrero, L. S. AU - Marino-Ramirez, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Physalis peruviana leaf transcriptome: assembly, annotation and gene model prediction JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-151 DO - 10.1186/1471-2164-13-151 ID - Garzon-Martinez2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, L. AU - Li, J. AU - Zhao, J. AU - He, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolutionary developmental genetics of fruit morphological variation within the Solanaceae JO - Front Plant Sci VL - 6 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Iseli, C. AU - Jongeneel, C. V. AU - Bucher, P. PY - 1999 DA - 1999// TI - ESTScan: a program for detecting, evaluating, and reconstructing potential coding regions in EST sequences JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 99 ID - Iseli1999 ER - TY - JOUR AU - Peralta, I. E. AU - Spooner, D. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Granule-bound starch synthase (GBSSI) gene phylogeny of wild tomatoes (Solanum L. section Lycopersicon [Mill.] Wettst. subsection Lycopersicon) JO - Am J Bot VL - 88 UR - https://doi.org/10.2307/3558365 DO - 10.2307/3558365 ID - Peralta2001 ER - TY - JOUR AU - Martins, T. R. AU - Barkman, T. J. AU - Smith, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reconstruction of Solanaceae phylogeny using the nuclear gene SAMT JO - Syst Bot VL - 30 UR - https://doi.org/10.1600/0363644054223675 DO - 10.1600/0363644054223675 ID - Martins2005 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Stecher, G. AU - Peterson, D. AU - Filipski, A. AU - Kumar, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst197 DO - 10.1093/molbev/mst197 ID - Tamura2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Diehl, A. AU - Wu, F. AU - Vrebalov, J. AU - Giovannoni, J. AU - Siepel, A. AU - Tanksley, S. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sequencing and comparative analysis of a conserved syntenic segment in the Solanaceae JO - Genetics VL - 180 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.108.087981 DO - 10.1534/genetics.108.087981 ID - Wang2008 ER - TY - CHAP AU - Garrison, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - FreeBayes BT - Marth Lab ID - Garrison2010 ER - TY - JOUR AU - Collins, D. W. AU - Jukes, T. H. PY - 1994 DA - 1994// TI - Rates of transition and transversion in coding sequences since the human-rodent divergence JO - Genomics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1006/geno.1994.1192 DO - 10.1006/geno.1994.1192 ID - Collins1994 ER - TY - JOUR AU - Xie, F. AU - Burklew, C. E. AU - Yang, Y. AU - Liu, M. AU - Xiao, P. AU - Zhang, B. AU - Qiu, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo sequencing and a comprehensive analysis of purple sweet potato (Ipomoea batatas L.) transcriptome JO - Planta VL - 236 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-012-1591-4 DO - 10.1007/s00425-012-1591-4 ID - Xie2012 ER - TY - JOUR AU - Mooers, A. Ø. AU - Holmes, E. C. PY - 2000 DA - 2000// TI - The evolution of base composition and phylogenetic inference JO - Trends Ecol Evol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-5347(00)01934-0 DO - 10.1016/S0169-5347(00)01934-0 ID - Mooers2000 ER - TY - JOUR AU - Aoki, K. AU - Yano, K. AU - Suzuki, A. AU - Kawamura, S. AU - Sakurai, N. AU - Suda, K. AU - Kurabayashi, A. AU - Suzuki, T. AU - Tsugane, T. AU - Watanabe, M. AU - Ooga, K. AU - Torii, M. AU - Narita, T. AU - Shin-I, T. AU - Kohara, Y. AU - Yamamoto, N. AU - Takahashi, H. AU - Watanabe, Y. AU - Egusa, M. AU - Kodama, M. AU - Ichinose, Y. AU - Kikuchi, M. AU - Fukushima, S. AU - Okabe, A. AU - Arie, T. AU - Sato, Y. AU - Yazawa, K. AU - Satoh, S. AU - Omura, T. AU - Ezura, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Large-scale analysis of full-length cDNAs from the tomato (Solanum lycopersicum) cultivar Micro-Tom, a reference system for the Solanaceae genomics JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-210 DO - 10.1186/1471-2164-11-210 ID - Aoki2010 ER - TY - JOUR AU - Crookshanks, M. AU - Emmersen, J. AU - Welinder, K. G. AU - Nielsen, K. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - The potato tuber transcriptome: analysis of 6077 expressed sequence tags JO - FEBS Lett VL - 506 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(01)02888-5 DO - 10.1016/S0014-5793(01)02888-5 ID - Crookshanks2001 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - CHAP AU - Lester, R. N. ED - Hawkes, J. G. ED - Lester, R. N. ED - Nee, M. ED - Estrad, N. PY - 1991 DA - 1991// TI - Evolutionary relationships of tomato, potato, pepino, and wild species of Lycopersicon and Solanum BT - Solanaceae III Taxonomy, Chem Evol Kew Linn Soc London ID - Lester1991 ER - TY - JOUR AU - Butelli, E. AU - Titta, L. AU - Giorgio, M. AU - Mock, H. -. P. AU - Matros, A. AU - Peterek, S. AU - Schijlen, E. G. W. M. AU - Hall, R. D. AU - Bovy, A. G. AU - Luo, J. AU - Martin, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Enrichment of tomato fruit with health-promoting anthocyanins by expression of select transcription factors JO - Nat Biotech VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1506 DO - 10.1038/nbt.1506 ID - Butelli2008 ER - TY - JOUR AU - Clé, C. AU - Hill, L. M. AU - Niggeweg, R. AU - Martin, C. R. AU - Guisez, Y. AU - Prinsen, E. AU - Jansen, M. A. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Modulation of chlorogenic acid biosynthesis in Solanum lycopersicum; consequences for phenolic accumulation and UV-tolerance JO - Phytochemistry VL - 69 UR - https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2008.04.024 DO - 10.1016/j.phytochem.2008.04.024 ID - Clé2008 ER - TY - JOUR AU - Niggeweg, R. AU - Michael, A. J. AU - Martin, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Engineering plants with increased levels of the antioxidant chlorogenic acid JO - Nat Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt966 DO - 10.1038/nbt966 ID - Niggeweg2004 ER - TY - JOUR AU - Prohens, J. AU - Sánchez, M. C. AU - Rodríguez-Burruezo, A. AU - Cámara, M. AU - Torija, E. AU - Nuez, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Morphological and physico-chemical characteristics of fruits of pepino (Solanum muricatum), wild relatives (S. caripense and S. tabanoense) and interspecific hybrids. Implications in pepino breeding JO - Eur J Hortic Sci VL - 70 ID - Prohens2005 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. AU - Montero-Pau, J. AU - Sauvage, C. AU - Bauchet, G. AU - Illa, E. AU - D’iez, M. J. AU - Francis, D. AU - Causse, M. AU - Knaap, E. AU - Cañizares, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genomic variation in tomato, from wild ancestors to contemporary breeding accessions JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1444-1 DO - 10.1186/s12864-015-1444-1 ID - Blanca2015 ER - TY - JOUR AU - Rong, J. AU - Lammers, Y. AU - Strasburg, J. L. AU - Schidlo, N. S. AU - Ariyurek, Y. AU - Jong, T. J. AU - Klinkhamer, P. G. L. AU - Smulders, M. J. M. AU - Vrieling, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - New insights into domestication of carrot from root transcriptome analyses JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-895 DO - 10.1186/1471-2164-15-895 ID - Rong2014 ER - TY - JOUR AU - Swanson-Wagner, R. AU - Briskine, R. AU - Schaefer, R. AU - Hufford, M. B. AU - Ross-Ibarra, J. AU - Myers, C. L. AU - Tiffin, P. AU - Springer, N. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Reshaping of the maize transcriptome by domestication JO - Proc Natl Acad Sci VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1201961109 DO - 10.1073/pnas.1201961109 ID - Swanson-Wagner2012 ER - TY - JOUR AU - Feng, Z. AU - Zhang, B. AU - Ding, W. AU - Liu, X. AU - Yang, D. -. L. AU - Wei, P. AU - Cao, F. AU - Zhu, S. AU - Zhang, F. AU - Mao, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Efficient genome editing in plants using a CRISPR/Cas system JO - Cell Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2013.114 DO - 10.1038/cr.2013.114 ID - Feng2013 ER - TY - JOUR AU - Park, T. AU - Vleeshouwers, V. AU - Jacobsen, E. AU - Vossen, E. AU - Visser, R. G. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular breeding for resistance to Phytophthora infestans (Mont.) de Bary in potato (Solanum tuberosum L.): a perspective of cisgenesis JO - Plant Breed VL - 128 UR - https://doi.org/10.1111/j.1439-0523.2008.01619.x DO - 10.1111/j.1439-0523.2008.01619.x ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Hedges, S. B. AU - Dudley, J. AU - Kumar, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - TimeTree: a public knowledge-base of divergence times among organisms JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl505 DO - 10.1093/bioinformatics/btl505 ID - Hedges2006 ER - TY - JOUR AU - Zhai, L. AU - Xu, L. AU - Wang, Y. AU - Cheng, H. AU - Chen, Y. AU - Gong, Y. AU - Liu, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Novel and useful genic-SSR markers from de novo transcriptome sequencing of radish (Raphanus sativus L.) JO - Mol Breed VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-013-9978-x DO - 10.1007/s11032-013-9978-x ID - Zhai2014 ER - TY - JOUR AU - Ahn, Y. -. K. AU - Tripathi, S. AU - Kim, J. -. H. AU - Cho, Y. -. I. AU - Lee, H. -. E. AU - Kim, D. -. S. AU - Woo, J. -. G. AU - Yoon, M. -. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Microsatellite marker information from high-throughput next-generation sequence data of Capsicum annuum varieties Mandarin and Blackcluster JO - Sci Hortic VL - 170 UR - https://doi.org/10.1016/j.scienta.2014.03.007 DO - 10.1016/j.scienta.2014.03.007 ID - Ahn2014 ER - TY - JOUR AU - Metzgar, D. AU - Bytof, J. AU - Wills, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Selection against frameshift mutations limits microsatellite expansion in coding DNA JO - Genome Res VL - 10 ID - Metzgar2000 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Korol, A. B. AU - Fahima, T. AU - Beiles, A. AU - Nevo, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Microsatellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review JO - Mol Ecol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-294X.2002.01643.x DO - 10.1046/j.1365-294X.2002.01643.x ID - Li2002 ER - TY - JOUR AU - Varshney, R. K. AU - Graner, A. AU - Sorrells, M. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genic microsatellite markers in plants: features and applications JO - Trends Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2004.11.005 DO - 10.1016/j.tibtech.2004.11.005 ID - Varshney2005 ER - TY - JOUR AU - Anderson, G. J. PY - 1975 DA - 1975// TI - The variation and evolution of selected species of Solanum section Basarthrum JO - Brittonia VL - 27 UR - https://doi.org/10.2307/2805892 DO - 10.2307/2805892 ID - Anderson1975 ER - TY - JOUR AU - Murray, B. G. AU - Hammett, K. R. W. AU - Grigg, F. D. W. PY - 1992 DA - 1992// TI - Seed set and breeding system in the pepino Solanum muricatum Ait., Solanaceae JO - Sci Hortic (Amsterdam) VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/0304-4238(92)90145-3 DO - 10.1016/0304-4238(92)90145-3 ID - Murray1992 ER - TY - JOUR AU - Perez-de-Castro, A. M. AU - Vilanova, S. AU - Canizares, J. AU - Pascual, L. AU - Blanca, J. M. AU - Diez, M. J. AU - Prohens, J. AU - Pico, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Application of genomic tools in plant breeding JO - Curr Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.2174/138920212800543084 DO - 10.2174/138920212800543084 ID - Perez-de-Castro2012 ER - TY - JOUR AU - Ruiz, J. J. AU - Prohens, J. AU - Nuez, F. PY - 1997 DA - 1997// TI - “Sweet Round” and “Sweet Long”: Two pepino cultivars for Mediterranean, climates JO - HortSci VL - 32 ID - Ruiz1997 ER - TY - STD TI - FASTAQC [http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/]. Accessed 29 Apr 2016. UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ID - ref82 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Dewey, C. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-323 DO - 10.1186/1471-2105-12-323 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. M. AU - Pascual, L. AU - Ziarsolo, P. AU - Nuez, F. AU - Cañizares, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - ngs_backbone: a pipeline for read cleaning, mapping and SNP calling using Next Generation Sequence JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-1 DO - 10.1186/1471-2164-12-1 ID - Blanca2011 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Gotz, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Blast2GO: A comprehensive suite for functional analysis in plant genomics JO - Int J Plant Genomics VL - 2008 UR - https://doi.org/10.1155/2008/619832 DO - 10.1155/2008/619832 ID - Conesa2008 ER - TY - JOUR AU - Lippman, Z. B. AU - Cohen, O. AU - Alvarez, J. P. AU - Abu-Abied, M. AU - Pekker, I. AU - Paran, I. AU - Eshed, Y. AU - Zamir, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades JO - PLoS Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060288 DO - 10.1371/journal.pbio.0060288 ID - Lippman2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Hu, Z. AU - Chu, G. AU - Huang, C. AU - Tian, S. AU - Zhao, Z. AU - Chen, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Anthocyanin accumulation and molecular analysis of anthocyanin biosynthesis-associated genes in eggplant (Solanum melongena L.) JO - J Agric Food Chem VL - 62 UR - https://doi.org/10.1021/jf404574c DO - 10.1021/jf404574c ID - Zhang2014 ER - TY - JOUR AU - Kohara, A. AU - Nakajima, C. AU - Hashimoto, K. AU - Ikenaga, T. AU - Tanaka, H. AU - Shoyama, Y. AU - Yoshida, S. AU - Muranaka, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - A novel glucosyltransferase involved in steroid saponin biosynthesis in Solanum aculeatissimum JO - Plant Mol Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-004-7204-2 DO - 10.1007/s11103-004-7204-2 ID - Kohara2005 ER - TY - JOUR AU - Gramazio, P. AU - Prohens, J. AU - Plazas, M. AU - Andujar, I. AU - Herraiz, F. J. AU - Castillo, E. AU - Knapp, S. AU - Meyer, R. S. AU - Vilanova, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Location of chlorogenic acid biosynthesis pathway and polyphenol oxidase genes in a new interspecific anchored linkage map of eggplant JO - BMC Plant Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/s12870-014-0350-z DO - 10.1186/s12870-014-0350-z ID - Gramazio2014 ER - TY - JOUR AU - Klann, E. AU - Yelle, S. AU - Bennett, A. B. PY - 1992 DA - 1992// TI - Tomato fruit Acid invertase complementary DNA: nucleotide and deduced amino Acid sequences JO - Plant Physiol VL - 99 UR - https://doi.org/10.1104/pp.99.1.351 DO - 10.1104/pp.99.1.351 ID - Klann1992 ER - TY - BOOK AU - Lam Cheng, K. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Golden2--like (GLK2) Transcription Factor: Developmental Control of Tomato Fruit Photosynthesis and Its Contribution to Ripe Fruit Characteristics PB - University of California CY - Davis ID - Lam Cheng2013 ER - TY - JOUR AU - Mott, R. PY - 1997 DA - 1997// TI - EST_GENOME: A program to align spliced DNA sequences to unspliced genomic DNA JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Mott1997 ER - TY - STD TI - EMBOSS [http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/]. Accessed 29 Apr 2016. UR - http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/ ID - ref94 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - Larkin, M. A. AU - Blackshields, G. AU - Brown, N. P. AU - Chenna, R. AU - McGettigan, P. A. AU - McWilliam, H. AU - Valentin, F. AU - Wallace, I. M. AU - Wilm, A. AU - Lopez, R. AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Higgins, D. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clustal W and Clustal X version 2.0. JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm404 DO - 10.1093/bioinformatics/btm404 ID - Larkin2007 ER - TY - STD TI - Abajian C. Sputnik. University of Washington Department of Molecular Biotechnology. 1994.[http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/EST-SSR/LaRota]. Accessed 29 Apr 2016. UR - http://wheat.pw.usda.gov/ITMI/EST-SSR/LaRota ID - ref97 ER -