Table 3 Genotypes and their corresponding frequencies where the lack of phasing information leads to alternative outcomes (Group A or B). The relative likelihood of A vs. B is estimated based on allele frequencies
Case # | Case | Allele group 1a | Allele group 2a | Allele group 1b | Allele group 2b | Relative likelihood | Subgroup relevance | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Frequency | Identifier | Frequency | Identifier | Frequency | Identifier | Frequency | Identifier | Frequency | a/b | ||
1 | 12.545 % | O.01.01 | 31.772 % | O.02.01* | 18.479 % | O.01.11* | 0.014 % | O.02.02* | 0.137 % | 298,326 | No |
2 | 8.092 % | A1.01.01* | 20.286 % | O.02.01* | 18.479 % | Ax.02.02 | 0.015 % | O.02.02* | 0.137 % | 187,949 | Yes |
3 | 4.511 % | A2.01.01* | 6.588 % | O.01.01 | 31.772 % | A1.01.01* | 20.286 % | O.01.06 | 0.017 % | 617 | Yes |
4 | 3.250 % | B1.01.01* | 8.420 % | O.02.01* | 18.479 % | Ax.02.01 | 0.006 % | O.02.14 | 0.008 % | 3,313,940 | Yes |
5 | 2.868 % | A1.01.01* | 20.286 % | A2.01.01* | 6.588 % | A1.02.01 | 0.101 % | A2.06.01 | 0.204 % | 6,501 | No |
6 | 1.095 % | O.01.01 | 31.772 % | O.02.15* | 1.610 % | O.01.14 | 0.033 % | O.02.05 | 0.008 % | 193,859 | No |
7 | 0.113 % | O.01.01 | 31.772 % | O.09.01 | 0.163 % | O.01.05 | 0.033 % | O.09.03 | 0.005 % | 30,220 | No |
8 | 0.071 % | A1.02.01 | 0.101 % | O.01.01 | 31.772 % | A1.01.01* | 20.286 % | O.01.05 | 0.033 % | 5 | No |
9 | 0.068 % | A1.01.01* | 20.286 % | O.09.01 | 0.163 % | A1.02.01 | 0.101 % | O.09.03 | 0.005 % | 6,284 | No |
10 | 0.027 % | A2.01.01* | 6.588 % | O.01.05 | 0.033 % | A1.02.01 | 0.101 % | O.01.06 | 0.017 % | 128 | Yes |
11 | 0.026 % | B1.01.01* | 8.420 % | O.02.02* | 0.137 % | A1.01.02 | 0.023 % | O.02.14 | 0.008 % | 6,271 | Yes |
12 | 0.016 % | O.01.01 | 31.772 % | O.02.06 | 0.023 % | O.01.10 | 0.006 % | O.02.02* | 0.137 % | 853 | No |
13 | 0.010 % | A1.01.02 | 0.023 % | O.02.01* | 18.479 % | Ax.02.01 | 0.006 % | O.02.02* | 0.137 % | 528 | Yes |
14 | 0.007 % | Ax.02.02 | 0.015 % | O.01.01 | 31.772 % | A1.01.01* | 20.286 % | O.01.11* | 0.014 % | 2 | Yes |
15 | 0.005 % | A1.02.01 | 0.101 % | O.02.15* | 1.610 % | A2.20.01 | 0.013 % | O.02.05 | 0.008 % | 1,515 | Yes |
16 | 0.003 % | O.01.10 | 0.006 % | O.02.01* | 18.479 % | O.01.11* | 0.014 % | O.02.06 | 0.023 % | 350 | No |
17 | 0.002 % | A1.01.01* | 20.286 % | Ax.02.01 | 0.006 % | A1.01.02 | 0.023 % | Ax.02.02 | 0.015 % | 356 | No |
18 | 0.002 % | A1.01.01* | 20.286 % | Aw.25.01 | 0.005 % | A1.02.01 | 0.101 % | A3.02.01 | 0.454 % | 2 | Yes |
19 | 0.002 % | A1.01.01* | 20.286 % | B1.01.02 | 0.008 % | A1.01.02 | 0.023 % | B1.01.05 | 0.924 % | 8 | No |
20 | 0.002 % | Aw.25.01 | 0.005 % | O.01.01 | 31.772 % | A3.02.01 | 0.454 % | O.01.05 | 0.033 % | 10 | Yes |
21 | 0.001 % | A1.01.02 | 0.023 % | A2.01.01* | 6.588 % | A1.02.03 | 0.228 % | A2.06.01 | 0.204 % | 3 | No |
22 | 0.001 % | A2.01.01* | 6.588 % | O.01.11* | 0.014 % | Ax.02.02 | 0.015 % | O.01.06 | 0.017 % | 389 | Yes |
23 | 0.001 % | A1.01.01* | 20.286 % | Aw.01.01 | 0.004 % | A2.06.01 | 0.204 % | A2.17.01 | 0.005 % | 78 | Yes |
24 | 0.001 % | A2.01.01* | 6.588 % | O.09.03 | 0.005 % | A2.06.01 | 0.204 % | O.09.01 | 0.163 % | 1 | No |