Table 1 Summary of small RNA sequencing data and annotation after alignment to GenBank and Rfam in twelve libraries
Sample | HB-1 | HB-2 | HB-3 | GH-1 | GH-2 | GH-3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Replicates | HB-1_1 | HB-1_2 | HB-2_1 | HB-2_2 | HB-3_1 | HB-3_2 | GH-1_1 | GH-1_2 | GH-2_1 | GH-2_2 | GH-3_1 | GH-3_2 |
Total reads | 17037715 | 38683099 | 17621481 | 39548578 | 19663044 | 40162945 | 17535885 | 42963064 | 15705025 | 44430802 | 15566886 | 44635615 |
High quality | 16999950 | 38487499 | 17584242 | 39343421 | 19623323 | 39952352 | 17500038 | 42748962 | 15674392 | 44207130 | 15531635 | 44414589 |
Clean reads | 16956969 | 38325616 | 17545718 | 39013183 | 19532324 | 39667678 | 17269743 | 42429457 | 15616800 | 43371288 | 15486371 | 44193060 |
(99.5 %) | (99.1 %) | (99.6 %) | (98.6 %) | (99.3 %) | (98.8 %) | (98.5 %) | (98.7 %) | (99.4 %) | (97.6 %) | (99.5 %) | (99.0 %) | |
Unique reads | 6269391 | 11867928 | 6312996 | 10786793 | 6962669 | 10862638 | 6093498 | 12676590 | 5838882 | 12526797 | 5611881 | 12624626 |
Exon_antisense | 167765 | 301351 | 161911 | 302793 | 182564 | 279824 | 182182 | 327182 | 154665 | 314229 | 146167 | 311287 |
(2.68 %) | (2.54 %) | (2.56 %) | (2.81 %) | (2.62 %) | (2.58 %) | (2.99 %) | (2.58 %) | (2.65 %) | (2.51 %) | (2.60 %) | (2.47 %) | |
Exon_sense | 270529 | 490497 | 251688 | 459169 | 267032 | 439731 | 276961 | 520264 | 236032 | 495847 | 225372 | 471758 |
(4.32 %) | (4.13 %) | (3.99 %) | (4.26 %) | (3.84 %) | (4.05 %) | (4.55 %) | (4.1 %) | (4.04 %) | (3.96 %) | (4.02 %) | (3.74 %) | |
intron_antisense | 66416 | 115941 | 66338 | 102366 | 75012 | 103434 | 65927 | 123923 | 62673 | 119586 | 60638 | 122622 |
(1.06 %) | (0.98 %) | (1.05 %) | (0.95 %) | (1.08 %) | (0.95 %) | (1.08 %) | (0.98 %) | (1.07 %) | (0.95 %) | (1.08 %) | (0.97 %) | |
intron_sense | 86296 | 144496 | 84417 | 128534 | 96497 | 130467 | 87253 | 154342 | 81847 | 151772 | 79880 | 155531 |
(1.38 %) | (1.22 %) | (1.34 %) | (1.19 %) | (1.39 %) | (1.2 %) | (1.43 %) | (1.22 %) | (1.40 %) | (1.21 %) | (1.42 %) | (1.23 %) | |
rRNA | 76868 | 95598 | 59951 | 90644 | 62681 | 90479 | 69226 | 84718 | 57901 | 98165 | 65986 | 91555 |
(1.23 %) | (0.81 %) | (0.95 %) | (0.84 %) | (0.90 %) | (0.83 %) | (1.14 %) | (0.67 %) | (0.99 %) | (0.78 %) | (1.18 %) | (0.73 %) | |
snRNA | 2494 | 4615 | 2051 | 5184 | 2258 | 4792 | 2807 | 4981 | 2084 | 5499 | 2205 | 5476 |
(0.04 %) | (0.04 %) | (0.03 %) | (0.05 %) | (0.03 %) | (0.04 %) | (0.05 %) | (0.04 %) | (0.04 %) | (0.04 %) | (0.04 %) | (0.04 %) | |
snoRNA | 953 | 2034 | 930 | 1741 | 882 | 1663 | 986 | 2200 | 811 | 2161 | 818 | 1966 |
(0.02 %) | (0.02 %) | (0.01 %) | (0.02 %) | (0.01 %) | (0.02 %) | (0.02 %) | (0.02 %) | (0.01 %) | (0.02 %) | (0.01 %) | (0.02 %) | |
tRNA | 8148 | 9972 | 6239 | 9656 | 6846 | 10974 | 7579 | 10219 | 6224 | 13986 | 8251 | 15950 |
(0.13 %) | (0.08 %) | (0.10 %) | (0.09 %) | (0.10 %) | (0.10 % | (0.12 %) | (0.08 %) | (0.11 %) | (0.11 %) | (0.15 %) | (0.13 %) | |
unann | 5555591 | 10664812 | 5648863 | 9650918 | 6235482 | 9764013 | 5367007 | 11405633 | 5204483 | 11282120 | 4996366 | 11407309 |